ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 26, 5, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 38, 3, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 0.072, 0.173, 0.273, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.173 std_dev=0.101
O6 B 0, 0.086, 0.198, 0.309, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.198 std_dev=0.112
C4 A 0, 0.025, 0.210, 0.395, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.210 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.017, 0.214, 0.411, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.214 std_dev=0.197
C1' A 0, -0.001, 0.417, 0.835, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.417 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.083, 0.529, 0.975, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.529 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.008, 0.499, 0.989, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.499 std_dev=0.491
N1 A 0, -0.010, 0.484, 0.979, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.484 std_dev=0.495
C1' B 0, -0.005, 0.496, 0.997, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.496 std_dev=0.501
O4' A 0, -0.015, 0.638, 1.292, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.638 std_dev=0.654
N9 A 0, -0.065, 0.616, 1.297, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.616 std_dev=0.681
N9 B 0, -0.069, 0.640, 1.350, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.640 std_dev=0.710
C4' B 0, 0.068, 0.862, 1.657, 2.337 max_d=2.337 avg_d=0.862 std_dev=0.795
C2' B 0, 0.017, 0.896, 1.775, 2.983 max_d=2.983 avg_d=0.896 std_dev=0.879
O5' B 0, 0.039, 0.976, 1.913, 5.189 max_d=5.189 avg_d=0.976 std_dev=0.937
N3 A 0, -0.112, 0.845, 1.802, 2.190 max_d=2.190 avg_d=0.845 std_dev=0.957
N3 B 0, -0.103, 0.867, 1.836, 2.221 max_d=2.221 avg_d=0.867 std_dev=0.970
C6 A 0, -0.111, 0.891, 1.894, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.891 std_dev=1.002
C6 B 0, -0.094, 0.911, 1.915, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.911 std_dev=1.005
C5' B 0, 0.134, 1.171, 2.207, 3.981 max_d=3.981 avg_d=1.171 std_dev=1.036
C2 B 0, -0.135, 1.019, 2.173, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.019 std_dev=1.154
C2 A 0, -0.145, 1.019, 2.182, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.019 std_dev=1.164
C5 A 0, -0.176, 0.988, 2.152, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.988 std_dev=1.164
O2' B 0, 0.028, 1.194, 2.360, 4.441 max_d=4.441 avg_d=1.194 std_dev=1.166
C5 B 0, -0.154, 1.020, 2.194, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.020 std_dev=1.174
C3' B 0, -0.039, 1.221, 2.481, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.221 std_dev=1.260
P B 0, 0.055, 1.527, 2.998, 6.989 max_d=6.989 avg_d=1.527 std_dev=1.472
C4' A 0, -0.149, 1.326, 2.801, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.326 std_dev=1.475
O6 A 0, -0.343, 1.228, 2.799, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.228 std_dev=1.571
C2' A 0, -0.168, 1.433, 3.034, 3.705 max_d=3.705 avg_d=1.433 std_dev=1.601
O3' B 0, -0.101, 1.519, 3.139, 3.888 max_d=3.888 avg_d=1.519 std_dev=1.620
C8 A 0, -0.274, 1.600, 3.475, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.600 std_dev=1.874
C8 B 0, -0.271, 1.637, 3.546, 4.245 max_d=4.245 avg_d=1.637 std_dev=1.908
OP2 B 0, 0.144, 2.122, 4.101, 7.490 max_d=7.490 avg_d=2.122 std_dev=1.978
OP1 B 0, -0.035, 1.974, 3.982, 9.688 max_d=9.688 avg_d=1.974 std_dev=2.009
O2' A 0, -0.174, 1.898, 3.970, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.898 std_dev=2.072
C3' A 0, -0.271, 1.900, 4.070, 4.797 max_d=4.797 avg_d=1.900 std_dev=2.170
N2 A 0, -0.560, 1.614, 3.788, 5.232 max_d=5.232 avg_d=1.614 std_dev=2.174
N7 A 0, -0.352, 1.857, 4.066, 4.916 max_d=4.916 avg_d=1.857 std_dev=2.209
C5' A 0, -0.231, 1.991, 4.213, 5.221 max_d=5.221 avg_d=1.991 std_dev=2.222
N7 B 0, -0.319, 1.917, 4.153, 4.970 max_d=4.970 avg_d=1.917 std_dev=2.236
O5' A 0, -0.347, 2.413, 5.173, 6.324 max_d=6.324 avg_d=2.413 std_dev=2.760
O3' A 0, -0.398, 2.726, 5.849, 6.876 max_d=6.876 avg_d=2.726 std_dev=3.124
P A 0, -0.558, 3.316, 7.190, 8.600 max_d=8.600 avg_d=3.316 std_dev=3.874
OP1 A 0, -0.486, 3.630, 7.747, 9.256 max_d=9.256 avg_d=3.630 std_dev=4.116
OP2 A 0, -0.593, 3.876, 8.344, 9.937 max_d=9.937 avg_d=3.876 std_dev=4.469

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.02 0.18 0.30 0.16
C2 0.03 0.00 0.25 0.33 0.01 0.11 0.03 0.18 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.39 0.08 0.35 0.01 0.30 0.65 0.35
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.17 0.30 0.26 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.28 0.06 0.40 0.23 0.25
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.19 0.00 0.14 0.02 0.20 0.13 0.27 0.35 0.30 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.42 0.17 0.64 0.17 0.35
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.20 0.03 0.38 0.01 0.32 0.68 0.37
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.13 0.09 0.11 0.11 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.12 0.22 0.27 0.03
C5 0.01 0.03 0.05 0.14 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.15 0.02 0.49 0.01 0.42 0.91 0.48
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.25 0.20 0.21 0.14 0.14 0.24 0.14 0.05 0.03 0.01 0.01 0.24 0.39 0.43 0.02
C6 0.02 0.05 0.09 0.20 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.22 0.02 0.50 0.01 0.44 0.97 0.51
C8 0.01 0.02 0.14 0.13 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.08 0.51 0.02 0.42 0.87 0.47
N1 0.04 0.01 0.17 0.27 0.03 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.32 0.06 0.44 0.01 0.39 0.84 0.45
N2 0.03 0.01 0.30 0.35 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.45 0.09 0.30 0.02 0.26 0.58 0.31
N3 0.03 0.01 0.26 0.30 0.01 0.09 0.02 0.14 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.35 0.08 0.31 0.01 0.26 0.56 0.31
N7 0.01 0.03 0.10 0.10 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.06 0.56 0.02 0.48 1.04 0.55
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.37 0.02 0.30 0.61 0.33
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.09 0.11 0.20 0.16 0.08 0.02 0.00 0.05 0.08 0.07 0.07 0.18 0.18 0.07
O3' 0.02 0.39 0.02 0.01 0.20 0.02 0.15 0.03 0.22 0.15 0.32 0.45 0.35 0.12 0.06 0.05 0.00 0.02 0.32 0.19 0.76 0.17 0.30
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.03 0.14 0.20 0.10
O5' 0.18 0.35 0.28 0.42 0.38 0.02 0.49 0.01 0.50 0.51 0.44 0.30 0.31 0.56 0.37 0.07 0.32 0.07 0.00 0.55 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.19 0.03 0.55 0.00 0.51 1.06 0.56
OP1 0.18 0.30 0.40 0.64 0.32 0.22 0.42 0.39 0.44 0.42 0.39 0.26 0.26 0.48 0.30 0.18 0.76 0.14 0.02 0.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.65 0.23 0.17 0.68 0.27 0.91 0.43 0.97 0.87 0.84 0.58 0.56 1.04 0.61 0.18 0.17 0.20 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.35 0.25 0.35 0.37 0.03 0.48 0.02 0.51 0.47 0.45 0.31 0.31 0.55 0.33 0.07 0.30 0.10 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 1.33 0.26 0.47 0.15 0.27 1.06 0.37 0.85 1.67 0.47 0.15 1.11 2.08 0.54 0.61 0.96 0.25 0.58 0.22 0.86 0.50 0.55
C2 0.86 0.39 0.72 0.37 1.37 0.68 2.32 1.20 2.23 2.59 1.23 0.19 0.37 3.08 1.60 0.46 0.42 0.97 0.98 0.23 1.29 1.65 1.30
C2' 0.37 1.43 0.31 0.29 0.33 0.39 1.10 0.61 0.75 1.93 0.69 0.17 1.08 2.21 0.81 0.33 0.56 0.48 0.63 0.24 0.96 0.61 0.66
C3' 0.52 2.23 0.57 0.75 0.68 0.65 0.32 0.50 0.34 1.12 1.53 0.15 1.82 1.33 0.28 0.78 1.05 0.55 1.03 0.22 1.21 0.61 0.93
C4 0.42 1.20 0.58 0.84 0.11 0.54 0.98 0.33 0.92 1.36 0.27 0.15 1.16 1.85 0.30 0.98 1.40 0.35 0.72 0.20 1.03 0.56 0.65
C4' 0.57 2.16 0.65 0.82 0.67 0.64 0.24 0.40 0.25 0.98 1.43 0.18 1.79 1.25 0.19 0.93 1.18 0.53 1.02 0.23 1.12 0.61 0.89
C5 1.41 2.00 1.54 1.76 1.02 1.42 0.13 0.94 0.18 0.30 1.01 0.16 2.06 0.78 0.77 1.94 2.30 1.23 1.45 0.17 1.59 0.81 1.20
C5' 1.33 2.93 1.40 1.52 1.50 1.31 0.75 1.00 1.09 0.18 2.29 0.20 2.55 0.31 0.96 1.68 1.83 1.21 1.74 0.23 1.72 1.33 1.60
C6 1.35 1.55 1.47 1.73 0.81 1.41 0.24 0.91 0.35 0.37 0.63 0.18 1.72 0.84 0.67 1.85 2.31 1.19 1.33 0.16 1.54 0.71 1.09
C8 1.81 2.88 1.95 2.09 1.65 1.74 0.70 1.30 0.79 0.25 1.92 0.15 2.75 0.25 1.27 2.35 2.54 1.57 1.93 0.19 1.94 1.34 1.68
N1 0.25 0.41 0.41 0.66 0.50 0.40 1.40 0.50 1.44 1.53 0.60 0.20 0.50 2.02 0.63 0.78 1.28 0.27 0.63 0.19 1.11 1.01 0.82
N2 1.90 1.40 1.74 1.32 2.42 1.60 3.25 2.07 3.06 3.53 2.14 0.24 1.45 3.93 2.63 1.38 0.66 1.94 1.86 0.28 1.98 2.55 2.16
N3 0.73 0.18 0.60 0.27 1.14 0.56 2.15 1.04 2.02 2.54 0.89 0.17 0.14 3.04 1.45 0.37 0.46 0.83 0.79 0.24 1.13 1.38 1.07
N7 2.30 3.13 2.41 2.55 2.06 2.19 1.09 1.70 1.07 0.74 2.12 0.16 3.12 0.30 1.74 2.80 3.00 2.04 2.29 0.17 2.29 1.63 2.01
N9 0.74 1.79 0.89 1.11 0.52 0.80 0.50 0.44 0.40 0.98 0.84 0.15 1.65 1.44 0.16 1.28 1.62 0.61 1.00 0.20 1.17 0.53 0.83
O2' 1.10 0.84 1.00 0.75 0.99 0.93 1.83 1.21 1.41 2.76 0.46 0.20 0.49 3.00 1.59 0.81 0.40 1.12 0.85 0.28 1.13 1.15 0.99
O3' 0.43 2.20 0.42 0.55 0.62 0.58 0.45 0.55 0.46 1.35 1.60 0.17 1.71 1.47 0.44 0.51 0.74 0.52 0.94 0.23 1.16 0.60 0.89
O4' 0.55 1.79 0.68 0.87 0.46 0.60 0.53 0.30 0.37 1.10 0.95 0.18 1.56 1.50 0.15 1.05 1.33 0.45 0.89 0.22 0.99 0.50 0.73
O5' 1.40 2.84 1.58 1.64 1.51 1.31 0.78 0.99 1.07 0.22 2.20 0.16 2.50 0.25 1.03 1.96 1.96 1.18 1.77 0.17 1.79 1.41 1.63
O6 1.98 1.88 2.02 2.32 1.40 2.07 0.55 1.58 0.39 0.55 1.02 0.20 2.14 0.22 1.34 2.26 2.83 1.90 1.94 0.15 2.11 1.16 1.64
OP1 2.02 3.35 2.27 2.29 2.16 1.91 1.50 1.63 1.79 0.85 2.80 0.13 3.04 0.64 1.70 2.68 2.54 1.75 2.50 0.13 2.52 2.27 2.42
OP2 1.84 3.29 2.02 1.98 2.08 1.64 1.53 1.33 1.87 0.84 2.86 0.20 2.91 0.70 1.60 2.40 2.23 1.55 2.20 0.18 2.20 1.90 2.08
P 1.97 3.34 2.17 2.18 2.13 1.82 1.48 1.50 1.77 0.83 2.80 0.12 3.00 0.62 1.67 2.57 2.45 1.70 2.36 0.11 2.34 2.04 2.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.00 0.58 0.02 0.55 0.40 0.53
C2 0.04 0.00 0.49 0.60 0.01 0.80 0.04 1.52 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.25 0.12 0.45 0.86 0.01 1.26 1.82 1.28
C2' 0.00 0.49 0.00 0.00 0.23 0.02 0.11 0.10 0.19 0.25 0.39 0.18 0.48 0.14 0.02 0.00 0.03 0.02 0.52 0.07 0.45 0.41 0.46
C3' 0.02 0.60 0.00 0.00 0.26 0.00 0.12 0.02 0.22 0.28 0.47 0.09 0.56 0.17 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.05 0.22 0.18 0.10
C4 0.02 0.01 0.23 0.26 0.00 0.35 0.01 0.64 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.22 0.27 0.01 0.23 0.46 0.19
C4' 0.02 0.80 0.02 0.00 0.35 0.00 0.15 0.01 0.30 0.37 0.62 0.14 0.76 0.22 0.03 0.10 0.03 0.01 0.02 0.06 0.29 0.26 0.06
C5 0.01 0.04 0.11 0.12 0.01 0.15 0.00 0.32 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.09 0.09 0.72 0.01 0.68 0.59 0.70
C5' 0.05 1.52 0.10 0.02 0.64 0.01 0.32 0.00 0.61 0.67 1.17 0.22 1.39 0.44 0.12 0.07 0.09 0.02 0.01 0.17 0.45 0.42 0.02
C6 0.02 0.07 0.19 0.22 0.02 0.30 0.01 0.61 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.15 0.09 0.16 0.39 0.00 0.35 0.51 0.33
C8 0.02 0.03 0.25 0.28 0.01 0.37 0.01 0.67 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.15 0.10 0.24 1.69 0.02 1.75 1.71 1.85
N1 0.05 0.02 0.39 0.47 0.03 0.62 0.02 1.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.20 0.11 0.36 0.42 0.01 0.76 1.26 0.74
N2 0.05 0.00 0.18 0.09 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.08 0.16 0.20 0.02 0.38 0.47 0.32
N3 0.05 0.01 0.48 0.56 0.01 0.76 0.02 1.39 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.12 0.46 0.72 0.01 0.99 1.48 1.03
N7 0.02 0.04 0.14 0.17 0.01 0.22 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.10 0.14 1.49 0.02 1.60 1.54 1.68
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.86 0.02 0.81 0.67 0.83
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.13 0.10 0.12 0.07 0.15 0.15 0.20 0.19 0.24 0.14 0.07 0.00 0.06 0.07 0.46 0.15 0.38 0.49 0.44
O3' 0.13 0.12 0.03 0.01 0.10 0.03 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.10 0.10 0.06 0.00 0.11 0.17 0.07 0.24 0.21 0.14
O4' 0.00 0.45 0.02 0.01 0.22 0.01 0.09 0.02 0.16 0.24 0.36 0.16 0.46 0.14 0.02 0.07 0.11 0.00 0.45 0.05 0.55 0.26 0.40
O5' 0.58 0.86 0.52 0.16 0.27 0.02 0.72 0.01 0.39 1.69 0.42 0.20 0.72 1.49 0.86 0.46 0.17 0.45 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.07 0.05 0.15 0.00 0.27 0.42 0.27
OP1 0.55 1.26 0.45 0.22 0.23 0.29 0.68 0.45 0.35 1.75 0.76 0.38 0.99 1.60 0.81 0.38 0.24 0.55 0.02 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 1.82 0.41 0.18 0.46 0.26 0.59 0.42 0.51 1.71 1.26 0.47 1.48 1.54 0.67 0.49 0.21 0.26 0.02 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.53 1.28 0.46 0.10 0.19 0.06 0.70 0.02 0.33 1.85 0.74 0.32 1.03 1.68 0.83 0.44 0.14 0.40 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00