ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43712

back

Distances from reference structure (by RMSD)

39, 7, 0, 54, 17, 71, 21, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.075, 0.192, 0.309, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.192 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.066, 0.221, 0.375, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.221 std_dev=0.155
N1 A 0, 0.093, 0.262, 0.431, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.262 std_dev=0.169
N9 A 0, 0.126, 0.302, 0.479, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.302 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.163, 0.343, 0.524, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.343 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.063, 0.256, 0.449, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.256 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.105, 0.315, 0.525, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.315 std_dev=0.210
C6 A 0, 0.106, 0.359, 0.611, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.359 std_dev=0.252
C5 A 0, 0.108, 0.362, 0.616, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.362 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.149, 0.407, 0.665, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.407 std_dev=0.258
C1' A 0, 0.175, 0.439, 0.703, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.439 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.070, 0.352, 0.634, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.352 std_dev=0.282
N3 A 0, 0.199, 0.485, 0.772, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.485 std_dev=0.287
C2 A 0, 0.222, 0.511, 0.800, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.511 std_dev=0.289
C6 B 0, 0.245, 0.535, 0.826, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.535 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.243, 0.578, 0.913, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.578 std_dev=0.335
C8 A 0, 0.183, 0.590, 0.997, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.590 std_dev=0.407
O6 A 0, 0.217, 0.639, 1.062, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.639 std_dev=0.423
N6 B 0, 0.396, 0.844, 1.291, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.844 std_dev=0.447
N2 A 0, 0.392, 0.840, 1.287, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.840 std_dev=0.448
N7 A 0, 0.248, 0.717, 1.186, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.717 std_dev=0.469
C8 B 0, 0.253, 0.808, 1.363, 2.778 max_d=2.778 avg_d=0.808 std_dev=0.555
C2' A 0, 0.397, 0.970, 1.543, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.970 std_dev=0.573
N7 B 0, 0.370, 0.965, 1.559, 2.888 max_d=2.888 avg_d=0.965 std_dev=0.594
O4' B 0, 0.525, 1.205, 1.884, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.205 std_dev=0.680
C3' A 0, 0.534, 1.255, 1.975, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.255 std_dev=0.721
C2' B 0, 0.446, 1.235, 2.025, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.235 std_dev=0.790
O4' A 0, 0.344, 1.150, 1.956, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.150 std_dev=0.806
O3' A 0, 0.642, 1.458, 2.274, 3.278 max_d=3.278 avg_d=1.458 std_dev=0.816
O3' B 0, 0.514, 1.395, 2.277, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.395 std_dev=0.881
C4' A 0, 0.520, 1.463, 2.406, 3.304 max_d=3.304 avg_d=1.463 std_dev=0.943
C3' B 0, 0.280, 1.260, 2.240, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.260 std_dev=0.980
C4' B 0, 0.538, 1.541, 2.544, 3.312 max_d=3.312 avg_d=1.541 std_dev=1.003
O2' A 0, 0.723, 1.791, 2.860, 3.736 max_d=3.736 avg_d=1.791 std_dev=1.068
O2' B 0, 0.862, 2.026, 3.190, 3.491 max_d=3.491 avg_d=2.026 std_dev=1.164
C5' B 0, 0.966, 2.505, 4.044, 4.853 max_d=4.853 avg_d=2.505 std_dev=1.539
C5' A 0, 0.607, 2.174, 3.741, 5.690 max_d=5.690 avg_d=2.174 std_dev=1.567
O5' B 0, 1.174, 2.790, 4.407, 4.890 max_d=4.890 avg_d=2.790 std_dev=1.616
P B 0, 1.234, 2.968, 4.702, 5.203 max_d=5.203 avg_d=2.968 std_dev=1.734
O5' A 0, 1.158, 3.190, 5.221, 6.482 max_d=6.482 avg_d=3.190 std_dev=2.031
OP2 B 0, 1.667, 3.749, 5.831, 6.036 max_d=6.036 avg_d=3.749 std_dev=2.082
OP1 B 0, 1.749, 4.110, 6.471, 7.420 max_d=7.420 avg_d=4.110 std_dev=2.361
P A 0, 1.724, 4.703, 7.682, 8.555 max_d=8.555 avg_d=4.703 std_dev=2.979
OP1 A 0, 1.895, 5.182, 8.470, 9.919 max_d=9.919 avg_d=5.182 std_dev=3.287
OP2 A 0, 2.026, 5.373, 8.720, 9.723 max_d=9.723 avg_d=5.373 std_dev=3.347

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.42 0.03 0.43 0.42 0.35
C2 0.05 0.00 0.39 0.29 0.01 0.31 0.02 0.56 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.29 0.40 0.85 0.01 0.98 1.06 0.97
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.21 0.02 0.11 0.24 0.19 0.21 0.31 0.45 0.38 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.51 0.15 0.63 0.64 0.54
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.28 0.01 0.38 0.02 0.39 0.40 0.34 0.20 0.25 0.44 0.25 0.02 0.01 0.02 0.22 0.45 0.37 0.24 0.18
C4 0.03 0.01 0.21 0.28 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.21 0.67 0.01 0.70 0.70 0.64
C4' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.12 0.00 0.11 0.01 0.12 0.30 0.21 0.28 0.30 0.25 0.09 0.32 0.03 0.00 0.02 0.12 0.17 0.30 0.13
C5 0.02 0.02 0.11 0.38 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.10 0.77 0.01 0.87 0.93 0.82
C5' 0.10 0.56 0.24 0.02 0.25 0.01 0.16 0.00 0.24 0.37 0.42 0.38 0.53 0.31 0.11 0.10 0.24 0.01 0.01 0.18 0.33 0.38 0.02
C6 0.03 0.04 0.19 0.39 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.16 0.18 0.79 0.00 0.91 0.96 0.85
C8 0.01 0.01 0.21 0.40 0.01 0.30 0.01 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.48 0.20 0.22 0.97 0.02 1.07 1.21 1.08
N1 0.05 0.01 0.31 0.34 0.03 0.21 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.19 0.30 0.79 0.01 0.93 0.97 0.88
N2 0.06 0.01 0.45 0.20 0.01 0.28 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.38 0.45 0.36 0.02 0.34 0.32 0.24
N3 0.05 0.01 0.38 0.25 0.00 0.30 0.01 0.53 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.32 0.39 0.80 0.01 0.85 0.89 0.84
N7 0.01 0.02 0.12 0.44 0.01 0.25 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.47 0.25 0.12 0.97 0.02 1.13 1.29 1.13
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.11 0.02 0.64 0.02 0.67 0.69 0.62
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.16 0.32 0.30 0.10 0.27 0.48 0.21 0.39 0.28 0.47 0.22 0.00 0.10 0.22 0.42 0.33 0.59 0.74 0.50
O3' 0.34 0.29 0.04 0.01 0.16 0.03 0.15 0.24 0.16 0.20 0.19 0.38 0.32 0.25 0.11 0.10 0.00 0.25 0.27 0.21 0.46 0.37 0.29
O4' 0.01 0.40 0.02 0.02 0.21 0.00 0.10 0.01 0.18 0.22 0.30 0.45 0.39 0.12 0.02 0.22 0.25 0.00 0.34 0.12 0.33 0.29 0.23
O5' 0.42 0.85 0.51 0.22 0.67 0.02 0.77 0.01 0.79 0.97 0.79 0.36 0.80 0.97 0.64 0.42 0.27 0.34 0.00 0.84 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.15 0.45 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.21 0.12 0.84 0.00 1.01 1.08 0.94
OP1 0.43 0.98 0.63 0.37 0.70 0.17 0.87 0.33 0.91 1.07 0.93 0.34 0.85 1.13 0.67 0.59 0.46 0.33 0.02 1.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 1.06 0.64 0.24 0.70 0.30 0.93 0.38 0.96 1.21 0.97 0.32 0.89 1.29 0.69 0.74 0.37 0.29 0.02 1.08 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.97 0.54 0.18 0.64 0.13 0.82 0.02 0.85 1.08 0.88 0.24 0.84 1.13 0.62 0.50 0.29 0.23 0.00 0.94 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.46 0.94 0.45 0.47 0.37 0.56 0.43 0.55 0.65 0.50 0.43 0.61 0.70 0.50 1.05 0.42 0.41 0.44 0.46 0.27 0.26
C2 0.50 0.57 0.67 0.40 0.58 0.45 0.71 0.46 0.74 0.71 0.66 0.52 0.89 0.82 0.57 0.83 0.50 0.50 0.48 0.66 0.68 0.26
C2' 0.48 0.58 0.64 0.38 0.51 0.49 0.47 0.47 0.48 0.50 0.55 0.56 0.45 0.48 0.48 0.87 0.41 0.73 0.31 0.26 0.38 0.17
C3' 0.26 0.43 0.68 0.23 0.36 0.29 0.41 0.36 0.45 0.40 0.45 0.38 0.47 0.45 0.31 0.80 0.23 0.49 0.15 0.23 0.23 0.02
C4 0.28 0.36 0.66 0.25 0.31 0.31 0.40 0.35 0.44 0.46 0.41 0.30 0.54 0.52 0.32 0.88 0.26 0.38 0.31 0.41 0.70 0.20
C4' 0.55 0.69 0.81 0.42 0.60 0.56 0.57 0.52 0.60 0.51 0.65 0.67 0.58 0.53 0.55 0.77 0.39 0.70 0.31 0.45 0.35 0.22
C5 0.21 0.37 0.56 0.28 0.27 0.32 0.32 0.37 0.40 0.29 0.41 0.30 0.46 0.35 0.23 0.86 0.25 0.39 0.33 0.39 1.00 0.41
C5' 0.64 0.93 0.70 0.46 0.76 0.71 0.70 0.67 0.78 0.52 0.89 0.88 0.74 0.56 0.64 0.70 0.55 0.87 0.41 0.61 0.68 0.46
C6 0.23 0.37 0.47 0.31 0.27 0.33 0.31 0.36 0.39 0.30 0.41 0.31 0.44 0.35 0.24 0.78 0.26 0.39 0.36 0.42 1.07 0.42
C8 0.31 0.48 0.74 0.37 0.40 0.38 0.46 0.45 0.52 0.39 0.52 0.43 0.57 0.46 0.35 1.05 0.38 0.46 0.37 0.48 0.93 0.50
N1 0.34 0.42 0.51 0.29 0.37 0.34 0.46 0.35 0.50 0.48 0.47 0.36 0.62 0.54 0.38 0.75 0.31 0.41 0.36 0.51 0.89 0.27
N2 0.67 0.83 0.81 0.58 0.81 0.61 0.96 0.60 1.04 0.89 0.94 0.76 1.21 1.03 0.77 0.92 0.74 0.64 0.67 0.86 0.59 0.41
N3 0.50 0.55 0.75 0.42 0.57 0.46 0.71 0.48 0.71 0.75 0.62 0.50 0.85 0.86 0.58 0.88 0.50 0.50 0.51 0.66 0.56 0.28
N7 0.30 0.50 0.64 0.42 0.41 0.42 0.46 0.49 0.54 0.36 0.55 0.44 0.58 0.43 0.34 0.99 0.43 0.47 0.46 0.54 1.14 0.61
N9 0.28 0.38 0.76 0.27 0.33 0.30 0.40 0.35 0.44 0.43 0.42 0.33 0.52 0.49 0.32 0.98 0.26 0.38 0.25 0.31 0.60 0.18
O2' 0.78 0.68 0.88 0.62 0.67 0.74 0.61 0.64 0.57 0.72 0.61 0.72 0.57 0.69 0.71 1.15 0.66 1.02 0.43 0.38 0.72 0.35
O3' 0.35 0.41 0.70 0.19 0.42 0.28 0.48 0.33 0.48 0.54 0.45 0.39 0.51 0.55 0.43 0.72 0.20 0.46 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.69 0.86 1.03 0.56 0.81 0.58 0.84 0.53 0.86 0.79 0.87 0.82 0.87 0.85 0.76 1.02 0.51 0.68 0.45 0.56 0.24 0.27
O5' 0.51 0.89 0.73 0.45 0.70 0.43 0.71 0.37 0.82 0.51 0.90 0.80 0.85 0.61 0.56 0.78 0.50 0.63 0.40 0.65 0.90 0.56
O6 0.24 0.44 0.43 0.41 0.32 0.38 0.36 0.40 0.46 0.28 0.49 0.37 0.46 0.33 0.26 0.77 0.36 0.42 0.46 0.47 1.22 0.56
OP1 0.80 1.29 0.84 0.78 1.01 0.78 1.00 0.71 1.15 0.74 1.28 1.17 1.18 0.85 0.83 0.86 0.94 0.90 0.72 0.93 1.09 0.77
OP2 0.61 1.09 0.65 0.67 0.85 0.58 0.90 0.51 1.05 0.64 1.13 0.96 1.13 0.79 0.68 0.72 0.85 0.70 0.64 0.79 1.20 0.74
P 0.64 1.10 0.80 0.62 0.84 0.56 0.83 0.48 0.98 0.57 1.10 0.98 1.01 0.67 0.66 0.84 0.70 0.69 0.55 0.82 1.06 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.00 0.26 0.26 0.31 0.25
C2 0.03 0.00 0.42 0.36 0.01 0.14 0.01 0.22 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.34 0.31 0.29 0.42 0.62 0.28
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.22 0.01 0.11 0.25 0.20 0.22 0.33 0.42 0.14 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.52 0.53 0.80 0.64
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.33 0.00 0.42 0.02 0.45 0.37 0.42 0.30 0.50 0.44 0.26 0.02 0.01 0.02 0.11 0.20 0.46 0.16
C4 0.02 0.01 0.22 0.33 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.18 0.16 0.28 0.37 0.57 0.29
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.26 0.11 0.14 0.17 0.24 0.11 0.34 0.03 0.00 0.02 0.14 0.32 0.05
C5 0.01 0.01 0.11 0.42 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.15 0.06 0.37 0.45 0.85 0.42
C5' 0.09 0.22 0.25 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.18 0.25 0.19 0.21 0.21 0.25 0.09 0.09 0.24 0.01 0.01 0.16 0.32 0.02
C6 0.02 0.03 0.20 0.45 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.20 0.13 0.38 0.49 0.96 0.44
C8 0.01 0.01 0.22 0.37 0.01 0.26 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.19 0.20 0.38 0.44 0.68 0.43
N1 0.03 0.01 0.33 0.42 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.25 0.24 0.33 0.46 0.83 0.37
N3 0.03 0.00 0.42 0.30 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.36 0.31 0.26 0.37 0.47 0.24
N6 0.02 0.01 0.14 0.50 0.01 0.17 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.39 0.24 0.09 0.44 0.55 1.16 0.54
N7 0.01 0.01 0.12 0.44 0.01 0.24 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.48 0.23 0.11 0.44 0.51 0.96 0.52
N9 0.00 0.01 0.02 0.26 0.00 0.11 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.10 0.01 0.27 0.33 0.44 0.28
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.24 0.34 0.34 0.09 0.34 0.47 0.31 0.34 0.39 0.48 0.24 0.00 0.04 0.25 0.40 0.38 0.93 0.60
O3' 0.36 0.34 0.03 0.01 0.18 0.03 0.15 0.24 0.20 0.19 0.25 0.36 0.24 0.23 0.10 0.04 0.00 0.26 0.29 0.48 0.43 0.26
O4' 0.00 0.31 0.01 0.02 0.16 0.00 0.06 0.01 0.13 0.20 0.24 0.31 0.09 0.11 0.01 0.25 0.26 0.00 0.16 0.19 0.22 0.18
O5' 0.26 0.29 0.52 0.11 0.28 0.02 0.37 0.01 0.38 0.38 0.33 0.26 0.44 0.44 0.27 0.40 0.29 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.42 0.53 0.20 0.37 0.14 0.45 0.16 0.49 0.44 0.46 0.37 0.55 0.51 0.33 0.38 0.48 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.62 0.80 0.46 0.57 0.32 0.85 0.32 0.96 0.68 0.83 0.47 1.16 0.96 0.44 0.93 0.43 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.28 0.64 0.16 0.29 0.05 0.42 0.02 0.44 0.43 0.37 0.24 0.54 0.52 0.28 0.60 0.26 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00