ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43720

back

Distances from reference structure (by RMSD)

40, 25, 6, 0, 0, 3, 2, 20, 17, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.012, 0.124, 0.235, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.124 std_dev=0.111
C4 A 0, 0.032, 0.167, 0.302, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.167 std_dev=0.135
N1 B 0, 0.035, 0.194, 0.353, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.194 std_dev=0.159
C6 A 0, 0.007, 0.236, 0.466, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.236 std_dev=0.229
N9 B 0, -0.008, 0.232, 0.471, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.232 std_dev=0.239
N3 A 0, 0.001, 0.243, 0.486, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.243 std_dev=0.242
C5 A 0, -0.031, 0.265, 0.561, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.265 std_dev=0.296
C6 B 0, 0.009, 0.320, 0.632, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.320 std_dev=0.312
N1 A 0, 0.011, 0.331, 0.650, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.331 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.021, 0.346, 0.670, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.346 std_dev=0.324
N3 B 0, -0.009, 0.323, 0.656, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.323 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.018, 0.353, 0.687, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.353 std_dev=0.334
C2 B 0, 0.003, 0.340, 0.677, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.340 std_dev=0.337
O6 A 0, 0.017, 0.403, 0.788, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.403 std_dev=0.385
N9 A 0, -0.014, 0.426, 0.865, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.426 std_dev=0.440
C2 A 0, -0.114, 0.337, 0.787, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.337 std_dev=0.450
C8 B 0, 0.027, 0.544, 1.062, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.544 std_dev=0.517
C1' A 0, -0.015, 0.566, 1.148, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.566 std_dev=0.581
N6 B 0, 0.003, 0.585, 1.167, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.585 std_dev=0.582
N7 B 0, 0.020, 0.652, 1.284, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.652 std_dev=0.632
N7 A 0, -0.128, 0.533, 1.195, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.533 std_dev=0.662
O4' B 0, -0.039, 0.625, 1.289, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.625 std_dev=0.664
C8 A 0, -0.125, 0.595, 1.315, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.595 std_dev=0.720
C2' B 0, -0.085, 0.690, 1.466, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.690 std_dev=0.775
O2' B 0, -0.049, 0.750, 1.549, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.750 std_dev=0.799
N2 A 0, -0.237, 0.578, 1.393, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.578 std_dev=0.815
O2' A 0, 0.001, 0.915, 1.829, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.915 std_dev=0.914
O5' B 0, -0.114, 0.843, 1.800, 3.324 max_d=3.324 avg_d=0.843 std_dev=0.957
C2' A 0, -0.102, 0.886, 1.873, 2.743 max_d=2.743 avg_d=0.886 std_dev=0.988
O4' A 0, -0.126, 0.979, 2.083, 2.987 max_d=2.987 avg_d=0.979 std_dev=1.105
C4' B 0, -0.191, 0.933, 2.056, 3.133 max_d=3.133 avg_d=0.933 std_dev=1.124
P B 0, -0.288, 0.855, 1.998, 3.494 max_d=3.494 avg_d=0.855 std_dev=1.143
C3' B 0, -0.232, 0.963, 2.158, 3.466 max_d=3.466 avg_d=0.963 std_dev=1.195
C5' B 0, -0.145, 1.140, 2.424, 3.577 max_d=3.577 avg_d=1.140 std_dev=1.285
OP2 B 0, -0.139, 1.212, 2.564, 4.352 max_d=4.352 avg_d=1.212 std_dev=1.351
C3' A 0, -0.208, 1.255, 2.718, 3.838 max_d=3.838 avg_d=1.255 std_dev=1.463
C4' A 0, -0.227, 1.309, 2.846, 4.160 max_d=4.160 avg_d=1.309 std_dev=1.537
O3' A 0, -0.183, 1.488, 3.159, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.488 std_dev=1.671
O3' B 0, -0.346, 1.418, 3.181, 5.063 max_d=5.063 avg_d=1.418 std_dev=1.764
O5' A 0, -0.376, 1.455, 3.286, 5.372 max_d=5.372 avg_d=1.455 std_dev=1.831
OP1 B 0, -0.429, 1.443, 3.315, 5.668 max_d=5.668 avg_d=1.443 std_dev=1.872
C5' A 0, -0.377, 1.608, 3.593, 5.722 max_d=5.722 avg_d=1.608 std_dev=1.985
P A 0, -0.458, 1.592, 3.641, 6.047 max_d=6.047 avg_d=1.592 std_dev=2.049
OP1 A 0, -0.298, 1.795, 3.888, 5.968 max_d=5.968 avg_d=1.795 std_dev=2.093
OP2 A 0, -0.557, 2.308, 5.172, 8.265 max_d=8.265 avg_d=2.308 std_dev=2.865

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.16 0.03 0.33 0.28 0.13
C2 0.04 0.00 0.26 0.20 0.01 0.11 0.02 0.17 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.38 0.20 0.19 0.02 0.43 0.69 0.29
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.19 0.14 0.13 0.20 0.25 0.25 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.40 0.11 0.66 0.45 0.48
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.21 0.01 0.28 0.02 0.29 0.31 0.24 0.11 0.17 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.07 0.29 0.29 0.20 0.17
C4 0.02 0.01 0.14 0.21 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.10 0.18 0.02 0.43 0.67 0.27
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.16 0.08 0.14 0.11 0.14 0.07 0.25 0.03 0.01 0.02 0.07 0.25 0.20 0.05
C5 0.01 0.02 0.09 0.28 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.12 0.07 0.22 0.02 0.51 0.88 0.37
C5' 0.07 0.17 0.19 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.14 0.15 0.15 0.17 0.16 0.15 0.08 0.08 0.19 0.02 0.01 0.12 0.37 0.40 0.02
C6 0.02 0.03 0.14 0.29 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.15 0.11 0.24 0.01 0.53 0.95 0.41
C8 0.02 0.02 0.13 0.31 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.10 0.23 0.03 0.50 0.79 0.31
N1 0.03 0.01 0.20 0.24 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.27 0.17 0.21 0.02 0.48 0.84 0.35
N2 0.05 0.01 0.25 0.11 0.02 0.14 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.19 0.46 0.20 0.13 0.03 0.40 0.50 0.17
N3 0.04 0.01 0.25 0.17 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.39 0.18 0.17 0.02 0.40 0.58 0.24
N7 0.02 0.02 0.07 0.34 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.17 0.06 0.26 0.03 0.56 0.98 0.41
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.12 0.02 0.16 0.02 0.41 0.57 0.21
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.15 0.25 0.25 0.08 0.23 0.33 0.17 0.19 0.15 0.34 0.19 0.00 0.06 0.17 0.32 0.25 0.65 0.55 0.46
O3' 0.30 0.38 0.03 0.01 0.21 0.03 0.12 0.19 0.15 0.16 0.27 0.46 0.39 0.17 0.12 0.06 0.00 0.22 0.23 0.12 0.51 0.31 0.26
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.10 0.01 0.07 0.02 0.11 0.10 0.17 0.20 0.18 0.06 0.02 0.17 0.22 0.00 0.11 0.10 0.14 0.15 0.16
O5' 0.16 0.19 0.40 0.07 0.18 0.02 0.22 0.01 0.24 0.23 0.21 0.13 0.17 0.26 0.16 0.32 0.23 0.11 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.29 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.25 0.12 0.10 0.20 0.00 0.56 0.96 0.37
OP1 0.33 0.43 0.66 0.29 0.43 0.25 0.51 0.37 0.53 0.50 0.48 0.40 0.40 0.56 0.41 0.65 0.51 0.14 0.02 0.56 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.69 0.45 0.20 0.67 0.20 0.88 0.40 0.95 0.79 0.84 0.50 0.58 0.98 0.57 0.55 0.31 0.15 0.02 0.96 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.48 0.17 0.27 0.05 0.37 0.02 0.41 0.31 0.35 0.17 0.24 0.41 0.21 0.46 0.26 0.16 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 0.66 1.23 1.29 0.60 1.13 0.39 1.10 0.37 0.40 0.50 0.73 0.28 0.27 0.62 1.31 1.58 0.77 0.79 0.44 0.24 0.52
C2 0.41 0.23 0.59 0.82 0.27 0.64 0.28 0.55 0.29 0.33 0.24 0.27 0.38 0.33 0.32 0.70 1.30 0.55 0.54 0.96 1.07 0.64
C2' 0.89 0.71 1.33 1.41 0.66 1.23 0.52 1.22 0.51 0.51 0.59 0.78 0.50 0.46 0.68 1.41 1.73 0.81 0.87 0.49 0.39 0.59
C3' 1.37 0.98 1.82 1.92 0.97 1.84 0.66 1.97 0.56 0.78 0.74 1.12 0.36 0.52 1.06 1.88 2.13 1.36 1.62 1.43 1.03 1.45
C4 0.41 0.32 0.79 0.81 0.26 0.59 0.19 0.45 0.23 0.15 0.26 0.36 0.31 0.20 0.26 0.88 1.20 0.37 0.24 0.55 0.58 0.24
C4' 1.66 1.32 2.03 2.11 1.28 2.11 0.95 2.22 0.84 1.04 1.05 1.46 0.55 0.77 1.36 2.08 2.26 1.70 1.85 1.67 1.27 1.66
C5 0.37 0.35 0.79 0.72 0.29 0.48 0.27 0.34 0.30 0.23 0.31 0.37 0.37 0.29 0.27 0.87 1.07 0.28 0.18 0.72 0.57 0.32
C5' 1.96 1.56 2.37 2.49 1.50 2.48 1.12 2.57 1.01 1.22 1.25 1.72 0.67 0.92 1.59 2.42 2.65 2.01 2.09 1.95 1.56 1.83
C6 0.22 0.22 0.59 0.56 0.18 0.38 0.24 0.29 0.28 0.20 0.24 0.22 0.38 0.29 0.16 0.68 0.99 0.29 0.27 0.91 0.76 0.47
C8 0.76 0.66 1.23 1.18 0.60 0.93 0.47 0.83 0.46 0.47 0.54 0.71 0.42 0.43 0.61 1.29 1.41 0.60 0.59 0.68 0.40 0.47
N1 0.29 0.19 0.50 0.67 0.20 0.53 0.25 0.48 0.28 0.26 0.23 0.20 0.39 0.31 0.23 0.61 1.15 0.47 0.48 1.01 0.98 0.61
N2 0.62 0.37 0.73 1.06 0.45 0.86 0.42 0.77 0.38 0.53 0.35 0.44 0.43 0.47 0.52 0.81 1.54 0.74 0.75 1.10 1.29 0.81
N3 0.42 0.22 0.69 0.85 0.23 0.63 0.19 0.49 0.21 0.25 0.19 0.28 0.31 0.25 0.29 0.79 1.30 0.48 0.41 0.73 0.89 0.46
N7 0.61 0.55 1.07 0.97 0.50 0.69 0.43 0.56 0.43 0.42 0.47 0.59 0.44 0.42 0.50 1.13 1.20 0.41 0.39 0.77 0.47 0.41
N9 0.64 0.53 1.06 1.06 0.46 0.85 0.33 0.76 0.33 0.30 0.42 0.59 0.32 0.26 0.47 1.14 1.37 0.54 0.48 0.37 0.28 0.25
O2' 0.58 0.51 1.02 1.19 0.42 0.94 0.46 0.80 0.56 0.34 0.53 0.50 0.70 0.49 0.39 1.15 1.68 0.53 0.41 0.64 0.61 0.33
O3' 1.64 1.10 2.04 2.12 1.16 2.09 0.81 2.24 0.66 1.01 0.83 1.28 0.40 0.67 1.31 2.10 2.27 1.65 1.97 1.74 1.03 1.80
O4' 1.28 1.04 1.63 1.68 0.98 1.62 0.71 1.67 0.65 0.75 0.83 1.15 0.42 0.54 1.03 1.69 1.86 1.27 1.33 1.10 0.73 1.13
O5' 1.63 1.25 2.14 2.27 1.20 2.13 0.86 2.17 0.76 0.97 0.98 1.40 0.49 0.70 1.28 2.20 2.48 1.61 1.72 1.71 1.28 1.49
O6 0.21 0.26 0.59 0.50 0.23 0.31 0.29 0.26 0.32 0.26 0.28 0.25 0.41 0.34 0.20 0.66 0.89 0.25 0.29 1.00 0.74 0.51
OP1 1.83 1.65 2.34 2.51 1.46 2.32 1.09 2.23 1.07 1.06 1.36 1.74 0.79 0.82 1.46 2.40 2.76 1.79 1.72 1.61 1.49 1.39
OP2 1.82 1.25 2.46 2.66 1.23 2.44 0.83 2.41 0.68 1.03 0.91 1.45 0.40 0.71 1.38 2.61 3.02 1.80 1.90 2.02 1.53 1.67
P 1.55 1.15 2.11 2.29 1.07 2.12 0.70 2.12 0.61 0.82 0.85 1.30 0.34 0.54 1.15 2.19 2.58 1.53 1.62 1.68 1.32 1.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.23 0.41 0.42 0.27
C2 0.04 0.00 0.37 0.22 0.01 0.24 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.26 0.40 0.53 1.02 0.60 0.59
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.20 0.02 0.12 0.15 0.20 0.18 0.30 0.35 0.16 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.36 0.69 0.70 0.55
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.20 0.01 0.25 0.03 0.27 0.28 0.25 0.19 0.30 0.29 0.17 0.03 0.01 0.02 0.19 0.47 0.27 0.25
C4 0.02 0.01 0.20 0.20 0.00 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.14 0.22 0.42 0.83 0.45 0.43
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.13 0.00 0.10 0.01 0.14 0.15 0.21 0.22 0.13 0.11 0.05 0.22 0.03 0.01 0.02 0.26 0.26 0.07
C5 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.18 0.13 0.42 0.99 0.46 0.44
C5' 0.10 0.47 0.15 0.03 0.31 0.01 0.27 0.00 0.36 0.13 0.45 0.42 0.34 0.16 0.15 0.08 0.17 0.02 0.01 0.35 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.27 0.01 0.14 0.01 0.36 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.21 0.21 0.48 1.14 0.49 0.54
C8 0.02 0.02 0.18 0.28 0.01 0.15 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.26 0.25 0.19 0.30 0.63 0.60 0.28
N1 0.04 0.01 0.30 0.25 0.02 0.21 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.23 0.33 0.53 1.14 0.56 0.61
N3 0.04 0.01 0.35 0.19 0.01 0.22 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.24 0.39 0.48 0.86 0.54 0.51
N6 0.03 0.01 0.16 0.30 0.02 0.13 0.02 0.34 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.26 0.17 0.47 1.24 0.51 0.54
N7 0.02 0.02 0.09 0.29 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.21 0.26 0.08 0.35 0.90 0.58 0.34
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.07 0.02 0.31 0.60 0.44 0.30
O2' 0.02 0.35 0.00 0.03 0.16 0.22 0.13 0.08 0.17 0.26 0.27 0.33 0.15 0.21 0.10 0.00 0.07 0.14 0.23 0.61 0.74 0.47
O3' 0.14 0.26 0.03 0.01 0.14 0.03 0.18 0.17 0.21 0.25 0.23 0.24 0.26 0.26 0.07 0.07 0.00 0.13 0.22 0.35 0.17 0.15
O4' 0.01 0.40 0.01 0.02 0.22 0.01 0.13 0.02 0.21 0.19 0.33 0.39 0.17 0.08 0.02 0.14 0.13 0.00 0.08 0.13 0.29 0.12
O5' 0.23 0.53 0.36 0.19 0.42 0.02 0.42 0.01 0.48 0.30 0.53 0.48 0.47 0.35 0.31 0.23 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 1.02 0.69 0.47 0.83 0.26 0.99 0.35 1.14 0.63 1.14 0.86 1.24 0.90 0.60 0.61 0.35 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.60 0.70 0.27 0.45 0.26 0.46 0.34 0.49 0.60 0.56 0.54 0.51 0.58 0.44 0.74 0.17 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.59 0.55 0.25 0.43 0.07 0.44 0.02 0.54 0.28 0.61 0.51 0.54 0.34 0.30 0.47 0.15 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00