ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43731

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 102, 124, 52, 20, 12, 9, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.044, 0.128, 0.211, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.128 std_dev=0.084
C4 B 0, 0.033, 0.129, 0.224, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.129 std_dev=0.095
N9 A 0, 0.070, 0.190, 0.309, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.190 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.040, 0.164, 0.287, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.164 std_dev=0.123
C5 B 0, 0.089, 0.213, 0.336, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.213 std_dev=0.123
C6 B 0, 0.107, 0.242, 0.376, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.242 std_dev=0.135
N9 B 0, 0.053, 0.199, 0.345, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.199 std_dev=0.146
N1 B 0, 0.074, 0.220, 0.367, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.220 std_dev=0.147
N3 A 0, 0.104, 0.257, 0.410, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.257 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.036, 0.196, 0.356, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.196 std_dev=0.160
C5 A 0, 0.041, 0.214, 0.386, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.214 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.099, 0.272, 0.445, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.272 std_dev=0.173
C2 A 0, 0.092, 0.274, 0.455, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.274 std_dev=0.181
C8 A 0, 0.124, 0.310, 0.495, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.310 std_dev=0.186
N6 B 0, 0.167, 0.363, 0.558, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.363 std_dev=0.196
N7 B 0, 0.116, 0.324, 0.531, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.324 std_dev=0.208
C8 B 0, 0.079, 0.295, 0.511, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.295 std_dev=0.216
N1 A 0, 0.041, 0.259, 0.476, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.259 std_dev=0.218
C1' A 0, 0.099, 0.319, 0.539, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.319 std_dev=0.220
O4' B 0, 0.158, 0.394, 0.631, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.394 std_dev=0.236
C6 A 0, 0.067, 0.306, 0.544, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.306 std_dev=0.238
N7 A 0, 0.095, 0.353, 0.610, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.353 std_dev=0.257
N2 A 0, 0.130, 0.392, 0.654, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.392 std_dev=0.262
O6 A 0, 0.090, 0.397, 0.704, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.397 std_dev=0.307
C4' B 0, 0.193, 0.537, 0.881, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.537 std_dev=0.344
C2' A 0, 0.147, 0.495, 0.843, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.495 std_dev=0.348
C3' A 0, 0.200, 0.566, 0.933, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.566 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.133, 0.527, 0.921, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.527 std_dev=0.394
C3' B 0, 0.199, 0.621, 1.042, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.621 std_dev=0.422
O3' A 0, 0.122, 0.563, 1.004, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.563 std_dev=0.441
O5' B 0, 0.189, 0.631, 1.072, 2.874 max_d=2.874 avg_d=0.631 std_dev=0.441
C5' B 0, 0.197, 0.660, 1.124, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.660 std_dev=0.463
P B 0, 0.067, 0.568, 1.069, 4.864 max_d=4.864 avg_d=0.568 std_dev=0.501
O4' A 0, 0.121, 0.630, 1.139, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.630 std_dev=0.509
OP2 B 0, 0.236, 0.831, 1.425, 6.531 max_d=6.531 avg_d=0.831 std_dev=0.595
C4' A 0, 0.157, 0.752, 1.347, 2.848 max_d=2.848 avg_d=0.752 std_dev=0.595
OP1 B 0, 0.087, 0.768, 1.448, 4.814 max_d=4.814 avg_d=0.768 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.228, 1.012, 1.796, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.012 std_dev=0.784
O2' A 0, -0.020, 0.805, 1.631, 4.188 max_d=4.188 avg_d=0.805 std_dev=0.825
O5' A 0, 0.225, 1.098, 1.970, 4.426 max_d=4.426 avg_d=1.098 std_dev=0.873
O2' B 0, 0.072, 0.954, 1.835, 3.992 max_d=3.992 avg_d=0.954 std_dev=0.882
C5' A 0, 0.184, 1.067, 1.950, 4.309 max_d=4.309 avg_d=1.067 std_dev=0.883
P A 0, 0.316, 1.393, 2.469, 6.731 max_d=6.731 avg_d=1.393 std_dev=1.077
OP2 A 0, 0.436, 1.548, 2.659, 6.545 max_d=6.545 avg_d=1.548 std_dev=1.111
OP1 A 0, 0.390, 1.810, 3.230, 7.935 max_d=7.935 avg_d=1.810 std_dev=1.420

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.21 0.03 0.56 0.44 0.20
C2 0.03 0.00 0.29 0.18 0.01 0.23 0.03 0.35 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.41 0.24 0.32 0.35 0.02 0.79 0.81 0.40
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.15 0.13 0.19 0.21 0.30 0.29 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.38 0.09 0.61 0.49 0.38
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.18 0.17 0.17 0.17 0.16 0.18 0.11 0.02 0.01 0.02 0.16 0.17 0.53 0.24 0.24
C4 0.02 0.01 0.15 0.14 0.00 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.16 0.30 0.02 0.80 0.78 0.37
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.11 0.16 0.19 0.28 0.21 0.13 0.05 0.18 0.02 0.01 0.02 0.10 0.28 0.26 0.07
C5 0.01 0.03 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.08 0.33 0.02 0.96 0.92 0.47
C5' 0.07 0.35 0.15 0.02 0.21 0.01 0.20 0.00 0.24 0.23 0.32 0.39 0.32 0.22 0.13 0.07 0.13 0.02 0.01 0.21 0.18 0.33 0.02
C6 0.02 0.06 0.13 0.18 0.02 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.25 0.12 0.13 0.34 0.01 0.98 0.98 0.50
C8 0.02 0.02 0.19 0.17 0.01 0.16 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.36 0.12 0.17 0.37 0.03 0.97 0.82 0.49
N1 0.04 0.02 0.21 0.17 0.03 0.19 0.02 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.31 0.18 0.26 0.36 0.01 0.89 0.94 0.46
N2 0.05 0.01 0.30 0.17 0.01 0.28 0.01 0.39 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.27 0.34 0.31 0.02 0.38 0.53 0.34
N3 0.03 0.01 0.29 0.16 0.00 0.21 0.01 0.32 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.24 0.32 0.32 0.02 0.72 0.73 0.35
N7 0.01 0.03 0.12 0.18 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.10 0.10 0.37 0.03 1.07 0.97 0.55
N9 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.11 0.02 0.27 0.02 0.76 0.67 0.33
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.20 0.18 0.21 0.07 0.25 0.36 0.31 0.42 0.40 0.33 0.13 0.00 0.04 0.12 0.32 0.22 0.66 0.57 0.37
O3' 0.21 0.24 0.03 0.01 0.15 0.02 0.09 0.13 0.12 0.12 0.18 0.27 0.24 0.10 0.11 0.04 0.00 0.15 0.17 0.10 0.58 0.27 0.26
O4' 0.00 0.32 0.02 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.13 0.17 0.26 0.34 0.32 0.10 0.02 0.12 0.15 0.00 0.13 0.10 0.51 0.42 0.24
O5' 0.21 0.35 0.38 0.16 0.30 0.02 0.33 0.01 0.34 0.37 0.36 0.31 0.32 0.37 0.27 0.32 0.17 0.13 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.17 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.22 0.10 0.10 0.29 0.00 0.48 0.77 0.54
OP1 0.56 0.79 0.61 0.53 0.80 0.28 0.96 0.18 0.98 0.97 0.89 0.38 0.72 1.07 0.76 0.66 0.58 0.51 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.81 0.49 0.24 0.78 0.26 0.92 0.33 0.98 0.82 0.94 0.53 0.73 0.97 0.67 0.57 0.27 0.42 0.02 0.77 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.40 0.38 0.24 0.37 0.07 0.47 0.02 0.50 0.49 0.46 0.34 0.35 0.55 0.33 0.37 0.26 0.24 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.37 0.38 0.17 0.32 0.19 0.38 0.21 0.42 0.33 0.41 0.33 0.48 0.41 0.28 0.40 0.18 0.27 0.22 0.32 0.40 0.25
C2 0.45 0.33 0.39 0.53 0.36 0.41 0.34 0.39 0.31 0.43 0.31 0.36 0.37 0.41 0.41 0.40 0.41 0.42 0.51 0.27 0.63 0.36
C2' 0.50 0.39 0.56 0.42 0.38 0.47 0.31 0.43 0.32 0.32 0.35 0.42 0.33 0.26 0.41 0.61 0.43 0.54 0.42 0.29 0.45 0.26
C3' 0.36 0.39 0.51 0.20 0.37 0.31 0.37 0.33 0.39 0.33 0.39 0.38 0.41 0.36 0.35 0.42 0.20 0.38 0.24 0.35 0.39 0.28
C4 0.31 0.27 0.28 0.35 0.22 0.29 0.21 0.29 0.25 0.27 0.27 0.25 0.32 0.25 0.25 0.37 0.29 0.32 0.38 0.22 0.57 0.28
C4' 0.62 0.74 0.65 0.41 0.69 0.49 0.66 0.43 0.67 0.59 0.71 0.73 0.64 0.60 0.64 0.54 0.42 0.60 0.29 0.46 0.33 0.30
C5 0.32 0.30 0.32 0.37 0.27 0.29 0.25 0.29 0.27 0.30 0.29 0.29 0.29 0.28 0.29 0.40 0.32 0.33 0.39 0.22 0.63 0.30
C5' 0.73 0.82 0.72 0.54 0.75 0.66 0.67 0.56 0.69 0.58 0.76 0.82 0.63 0.57 0.70 0.62 0.57 0.75 0.34 0.49 0.44 0.33
C6 0.40 0.37 0.36 0.48 0.36 0.36 0.35 0.34 0.35 0.38 0.36 0.37 0.36 0.38 0.37 0.41 0.39 0.38 0.46 0.23 0.68 0.34
C8 0.28 0.30 0.39 0.24 0.26 0.23 0.25 0.25 0.29 0.25 0.30 0.28 0.32 0.25 0.25 0.44 0.24 0.28 0.30 0.30 0.58 0.29
N1 0.45 0.40 0.40 0.53 0.40 0.40 0.39 0.37 0.38 0.43 0.38 0.41 0.39 0.43 0.42 0.42 0.42 0.41 0.50 0.24 0.67 0.35
N2 0.50 0.36 0.47 0.58 0.40 0.43 0.39 0.38 0.34 0.48 0.32 0.39 0.38 0.46 0.46 0.43 0.44 0.43 0.49 0.30 0.64 0.38
N3 0.37 0.27 0.31 0.44 0.25 0.35 0.25 0.35 0.28 0.35 0.28 0.27 0.38 0.33 0.31 0.36 0.34 0.38 0.45 0.25 0.57 0.32
N7 0.29 0.30 0.36 0.30 0.26 0.25 0.25 0.27 0.27 0.27 0.30 0.28 0.30 0.26 0.27 0.44 0.29 0.30 0.35 0.27 0.64 0.30
N9 0.26 0.29 0.33 0.24 0.24 0.22 0.25 0.24 0.31 0.24 0.31 0.27 0.36 0.26 0.23 0.39 0.22 0.28 0.29 0.25 0.50 0.24
O2' 0.79 0.51 0.78 0.69 0.52 0.81 0.39 0.70 0.41 0.44 0.44 0.58 0.49 0.36 0.60 0.93 0.73 0.91 0.55 0.41 0.58 0.31
O3' 0.40 0.52 0.56 0.23 0.51 0.25 0.57 0.28 0.59 0.54 0.56 0.49 0.62 0.60 0.48 0.45 0.21 0.36 0.23 0.23 0.33 0.30
O4' 0.54 0.75 0.57 0.33 0.68 0.37 0.70 0.33 0.73 0.59 0.76 0.71 0.72 0.65 0.60 0.52 0.35 0.47 0.24 0.41 0.32 0.26
O5' 0.59 0.64 0.63 0.43 0.57 0.56 0.51 0.52 0.52 0.44 0.59 0.65 0.49 0.43 0.54 0.55 0.46 0.63 0.33 0.46 0.55 0.35
O6 0.37 0.33 0.34 0.43 0.32 0.29 0.32 0.27 0.33 0.37 0.33 0.33 0.36 0.37 0.34 0.43 0.35 0.33 0.39 0.26 0.64 0.33
OP1 0.96 0.91 1.08 1.05 0.88 1.14 0.85 1.17 0.88 0.82 0.90 0.92 0.90 0.82 0.88 0.96 1.08 1.03 0.94 1.07 0.82 0.84
OP2 0.55 0.62 0.63 0.50 0.55 0.62 0.54 0.65 0.58 0.46 0.61 0.61 0.60 0.49 0.52 0.56 0.55 0.59 0.46 0.71 0.57 0.45
P 0.69 0.62 0.76 0.66 0.59 0.79 0.50 0.78 0.50 0.49 0.55 0.66 0.47 0.45 0.59 0.67 0.70 0.76 0.54 0.68 0.56 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.16 0.16 0.32 0.22
C2 0.04 0.00 0.27 0.30 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.29 0.12 0.20 0.23 0.39 0.27
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.20 0.13 0.15 0.21 0.28 0.11 0.11 0.04 0.00 0.04 0.02 0.46 0.40 0.64 0.51
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.27 0.01 0.34 0.02 0.36 0.30 0.34 0.26 0.39 0.35 0.22 0.02 0.01 0.02 0.14 0.16 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.14 0.27 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.17 0.07 0.20 0.22 0.37 0.26
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.17 0.10 0.09 0.14 0.17 0.09 0.31 0.03 0.00 0.02 0.09 0.13 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.14 0.03 0.30 0.31 0.48 0.33
C5' 0.07 0.14 0.20 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.18 0.21 0.15 0.12 0.21 0.23 0.11 0.11 0.22 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.18 0.06 0.31 0.33 0.51 0.35
C8 0.02 0.02 0.15 0.30 0.01 0.17 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.14 0.09 0.31 0.31 0.45 0.33
N1 0.03 0.01 0.21 0.34 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.23 0.10 0.26 0.28 0.46 0.31
N3 0.04 0.00 0.28 0.26 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.30 0.12 0.17 0.19 0.34 0.23
N6 0.02 0.01 0.11 0.39 0.02 0.14 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.40 0.20 0.05 0.37 0.40 0.59 0.41
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.18 0.06 0.36 0.37 0.54 0.39
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.11 0.01 0.19 0.20 0.35 0.24
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.26 0.31 0.34 0.11 0.36 0.31 0.32 0.22 0.40 0.37 0.21 0.00 0.07 0.22 0.33 0.23 0.71 0.42
O3' 0.32 0.29 0.04 0.01 0.17 0.03 0.14 0.22 0.18 0.14 0.23 0.30 0.20 0.18 0.11 0.07 0.00 0.22 0.28 0.42 0.37 0.30
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.10 0.12 0.05 0.06 0.01 0.22 0.22 0.00 0.09 0.16 0.23 0.16
O5' 0.16 0.20 0.46 0.14 0.20 0.02 0.30 0.01 0.31 0.31 0.26 0.17 0.37 0.36 0.19 0.33 0.28 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.23 0.40 0.16 0.22 0.09 0.31 0.12 0.33 0.31 0.28 0.19 0.40 0.37 0.20 0.23 0.42 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.39 0.64 0.16 0.37 0.13 0.48 0.13 0.51 0.45 0.46 0.34 0.59 0.54 0.35 0.71 0.37 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.27 0.51 0.11 0.26 0.05 0.33 0.02 0.35 0.33 0.31 0.23 0.41 0.39 0.24 0.42 0.30 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00