ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43735

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 19, 6, 1, 0, 0, 0, 13, 21, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.019, 0.102, 0.186, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.102 std_dev=0.083
O6 B 0, 0.014, 0.141, 0.268, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.141 std_dev=0.127
C4 A 0, -0.005, 0.148, 0.300, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.148 std_dev=0.153
N2 B 0, -0.017, 0.151, 0.319, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.151 std_dev=0.168
O4' A 0, 0.049, 0.227, 0.405, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.227 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.034, 0.212, 0.391, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.212 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.094, 0.328, 0.561, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.328 std_dev=0.233
C1' A 0, 0.030, 0.276, 0.522, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.276 std_dev=0.246
N1 A 0, -0.011, 0.246, 0.503, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.246 std_dev=0.257
C6 B 0, -0.009, 0.282, 0.573, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.282 std_dev=0.291
N1 B 0, -0.006, 0.297, 0.600, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.297 std_dev=0.303
C6 A 0, -0.021, 0.291, 0.604, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.291 std_dev=0.313
N3 A 0, -0.031, 0.331, 0.693, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.331 std_dev=0.362
C2' A 0, 0.042, 0.428, 0.815, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.428 std_dev=0.387
N9 B 0, -0.035, 0.356, 0.748, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.356 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.010, 0.411, 0.811, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.411 std_dev=0.400
N9 A 0, -0.028, 0.408, 0.844, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.408 std_dev=0.436
C5 A 0, -0.053, 0.440, 0.933, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.440 std_dev=0.493
C5 B 0, -0.074, 0.422, 0.919, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.422 std_dev=0.497
N3 B 0, -0.075, 0.435, 0.945, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.435 std_dev=0.510
C4' B 0, 0.005, 0.524, 1.042, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.524 std_dev=0.519
C4' A 0, 0.006, 0.543, 1.080, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.543 std_dev=0.537
O6 A 0, -0.034, 0.510, 1.053, 2.357 max_d=2.357 avg_d=0.510 std_dev=0.544
C2 A 0, -0.062, 0.485, 1.032, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.485 std_dev=0.547
C2' B 0, -0.040, 0.539, 1.117, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.539 std_dev=0.579
C3' A 0, 0.011, 0.596, 1.181, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.596 std_dev=0.585
C2 B 0, -0.101, 0.567, 1.236, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.567 std_dev=0.669
O3' A 0, 0.010, 0.796, 1.582, 2.612 max_d=2.612 avg_d=0.796 std_dev=0.786
C3' B 0, -0.096, 0.750, 1.596, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.750 std_dev=0.846
O5' A 0, -0.019, 0.867, 1.753, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.867 std_dev=0.886
O2' B 0, -0.079, 0.820, 1.719, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.820 std_dev=0.899
C5' A 0, -0.059, 0.853, 1.766, 3.108 max_d=3.108 avg_d=0.853 std_dev=0.913
C8 A 0, -0.103, 0.841, 1.785, 2.742 max_d=2.742 avg_d=0.841 std_dev=0.944
C8 B 0, -0.162, 0.818, 1.798, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.818 std_dev=0.980
N7 A 0, -0.113, 0.878, 1.868, 3.133 max_d=3.133 avg_d=0.878 std_dev=0.990
N2 A 0, -0.137, 0.925, 1.987, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.925 std_dev=1.062
N7 B 0, -0.191, 0.877, 1.944, 2.694 max_d=2.694 avg_d=0.877 std_dev=1.067
O5' B 0, 0.018, 1.103, 2.188, 3.127 max_d=3.127 avg_d=1.103 std_dev=1.085
OP2 A 0, -0.092, 1.180, 2.453, 4.042 max_d=4.042 avg_d=1.180 std_dev=1.273
O3' B 0, -0.233, 1.175, 2.583, 3.808 max_d=3.808 avg_d=1.175 std_dev=1.408
P A 0, -0.207, 1.223, 2.653, 4.573 max_d=4.573 avg_d=1.223 std_dev=1.430
C5' B 0, -0.176, 1.262, 2.701, 3.628 max_d=3.628 avg_d=1.262 std_dev=1.438
P B 0, -0.154, 1.512, 3.177, 4.378 max_d=4.378 avg_d=1.512 std_dev=1.666
OP1 A 0, -0.227, 1.588, 3.403, 6.000 max_d=6.000 avg_d=1.588 std_dev=1.815
OP2 B 0, -0.055, 2.205, 4.465, 5.620 max_d=5.620 avg_d=2.205 std_dev=2.260
OP1 B 0, -0.187, 2.382, 4.952, 6.671 max_d=6.671 avg_d=2.382 std_dev=2.570

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.40 0.03 0.25 0.62 0.28
C2 0.03 0.00 0.40 0.90 0.01 0.61 0.01 0.91 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 1.07 0.13 0.50 0.01 1.66 0.33 0.88
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.18 0.01 0.06 0.01 0.13 0.22 0.28 0.50 0.42 0.15 0.03 0.00 0.02 0.02 0.24 0.08 0.21 0.44 0.12
C3' 0.01 0.90 0.00 0.00 0.44 0.01 0.23 0.03 0.41 0.37 0.70 1.09 0.85 0.20 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.31 0.18 0.25 0.08
C4 0.02 0.01 0.18 0.44 0.00 0.34 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.46 0.07 0.22 0.02 0.97 0.67 0.24
C4' 0.01 0.61 0.01 0.01 0.34 0.00 0.23 0.01 0.35 0.22 0.52 0.73 0.56 0.09 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.29 0.13 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.23 0.01 0.23 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.25 0.03 0.46 0.01 0.88 1.09 0.31
C5' 0.06 0.91 0.01 0.03 0.54 0.01 0.44 0.00 0.62 0.20 0.83 1.05 0.79 0.14 0.19 0.04 0.09 0.02 0.01 0.56 0.11 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.41 0.01 0.35 0.01 0.62 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.48 0.06 0.28 0.00 1.24 0.90 0.32
C8 0.01 0.02 0.22 0.37 0.01 0.22 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.40 0.09 1.15 0.02 0.21 1.69 1.04
N1 0.03 0.01 0.28 0.70 0.01 0.52 0.01 0.83 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.84 0.10 0.32 0.01 1.61 0.47 0.68
N2 0.04 0.01 0.50 1.09 0.01 0.73 0.02 1.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 1.38 0.16 0.78 0.02 1.92 0.54 1.22
N3 0.03 0.01 0.42 0.85 0.01 0.56 0.01 0.79 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.96 0.12 0.38 0.02 1.37 0.28 0.68
N7 0.01 0.02 0.15 0.20 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.24 0.05 0.99 0.02 0.33 1.73 0.89
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.57 0.02 0.42 0.96 0.40
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.11 0.10 0.20 0.14 0.10 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06 0.06 0.15 0.16 0.06
O3' 0.02 1.07 0.02 0.01 0.46 0.03 0.25 0.09 0.48 0.40 0.84 1.38 0.96 0.24 0.06 0.05 0.00 0.02 0.19 0.37 0.16 0.16 0.29
O4' 0.00 0.13 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.12 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.35 0.04 0.13 0.43 0.30
O5' 0.40 0.50 0.24 0.14 0.22 0.01 0.46 0.01 0.28 1.15 0.32 0.78 0.38 0.99 0.57 0.06 0.19 0.35 0.00 0.38 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.31 0.02 0.29 0.01 0.56 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.37 0.04 0.38 0.00 1.18 1.12 0.31
OP1 0.25 1.66 0.21 0.18 0.97 0.13 0.88 0.11 1.24 0.21 1.61 1.92 1.37 0.33 0.42 0.15 0.16 0.13 0.02 1.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 0.33 0.44 0.25 0.67 0.04 1.09 0.10 0.90 1.69 0.47 0.54 0.28 1.73 0.96 0.16 0.16 0.43 0.01 1.12 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.88 0.12 0.08 0.24 0.03 0.31 0.01 0.32 1.04 0.68 1.22 0.68 0.89 0.40 0.06 0.29 0.30 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.92 0.35 0.61 0.28 0.17 0.18 0.35 0.15 0.68 0.62 0.21 0.81 0.70 0.15 0.53 0.89 0.41 0.13 0.19 0.33 0.21 0.14
C2 0.58 0.22 0.91 1.23 0.61 0.71 1.00 1.21 0.84 1.42 0.39 0.23 0.23 1.52 0.85 0.93 1.15 0.40 1.12 0.18 2.50 1.40 1.62
C2' 0.24 1.01 0.23 0.49 0.36 0.18 0.13 0.36 0.22 0.63 0.71 0.22 0.91 0.63 0.12 0.39 0.69 0.45 0.14 0.18 0.42 0.46 0.26
C3' 0.14 0.78 0.40 0.65 0.12 0.11 0.46 0.19 0.27 1.05 0.41 0.21 0.67 1.08 0.38 0.55 0.91 0.25 0.11 0.20 0.18 0.15 0.02
C4 0.12 0.76 0.42 0.77 0.16 0.19 0.32 0.54 0.18 0.83 0.48 0.21 0.66 0.88 0.25 0.52 0.91 0.27 0.35 0.16 1.29 0.49 0.69
C4' 0.38 0.45 0.73 0.92 0.35 0.22 0.77 0.26 0.59 1.26 0.19 0.24 0.36 1.32 0.65 0.90 1.29 0.15 0.06 0.22 0.24 0.28 0.16
C5 0.29 1.11 0.23 0.57 0.44 0.20 0.21 0.28 0.33 0.59 0.83 0.22 0.97 0.63 0.18 0.30 0.76 0.52 0.23 0.19 1.03 0.24 0.38
C5' 0.48 0.35 0.78 0.93 0.52 0.18 1.00 0.14 0.84 1.46 0.27 0.27 0.27 1.58 0.81 0.92 1.35 0.15 0.19 0.26 0.51 0.76 0.43
C6 0.20 0.88 0.34 0.71 0.29 0.18 0.30 0.45 0.26 0.74 0.62 0.23 0.76 0.81 0.23 0.38 0.82 0.37 0.37 0.19 1.51 0.35 0.68
C8 0.63 1.64 0.30 0.27 0.87 0.55 0.50 0.39 0.75 0.28 1.33 0.23 1.47 0.30 0.48 0.23 0.59 0.90 0.66 0.24 0.26 0.80 0.49
N1 0.34 0.37 0.67 1.02 0.35 0.46 0.71 0.89 0.55 1.14 0.24 0.23 0.30 1.24 0.58 0.68 1.00 0.20 0.81 0.18 2.17 0.91 1.25
N2 0.99 0.67 1.27 1.55 1.11 1.10 1.49 1.68 1.37 1.86 0.93 0.26 0.68 1.99 1.30 1.25 1.32 0.84 1.63 0.21 3.12 1.98 2.14
N3 0.45 0.23 0.81 1.14 0.44 0.59 0.82 1.09 0.65 1.28 0.21 0.22 0.18 1.35 0.70 0.87 1.13 0.26 0.93 0.16 2.10 1.29 1.42
N7 0.62 1.64 0.29 0.30 0.87 0.52 0.52 0.35 0.77 0.30 1.35 0.24 1.45 0.33 0.48 0.23 0.59 0.88 0.56 0.24 0.35 0.75 0.33
N9 0.29 1.11 0.24 0.54 0.43 0.22 0.14 0.24 0.28 0.57 0.81 0.21 0.98 0.60 0.14 0.37 0.80 0.53 0.22 0.19 0.52 0.17 0.14
O2' 0.24 0.86 0.30 0.51 0.32 0.19 0.16 0.58 0.20 0.57 0.60 0.23 0.79 0.57 0.16 0.49 0.68 0.38 0.17 0.19 0.28 0.86 0.36
O3' 0.26 0.64 0.45 0.66 0.21 0.12 0.64 0.19 0.43 1.25 0.29 0.23 0.55 1.26 0.56 0.58 0.86 0.16 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01
O4' 0.25 0.62 0.65 0.88 0.18 0.22 0.52 0.35 0.34 1.02 0.30 0.22 0.51 1.06 0.45 0.86 1.25 0.21 0.07 0.20 0.11 0.13 0.05
O5' 0.97 0.27 1.36 1.53 0.95 0.59 1.37 0.29 1.17 1.83 0.59 0.27 0.35 1.90 1.26 1.49 1.97 0.45 0.18 0.24 0.33 1.01 0.33
O6 0.31 1.08 0.25 0.60 0.46 0.21 0.29 0.31 0.39 0.60 0.83 0.25 0.94 0.67 0.24 0.27 0.74 0.50 0.31 0.23 1.36 0.28 0.52
OP1 0.56 0.29 0.70 0.82 0.66 0.21 1.28 0.45 1.13 1.71 0.38 0.22 0.19 1.92 0.97 0.75 1.23 0.19 0.32 0.25 0.65 1.29 0.63
OP2 1.28 0.64 1.73 1.83 1.30 0.76 1.67 0.27 1.51 1.98 0.97 0.21 0.77 2.08 1.53 1.87 2.34 0.63 0.25 0.18 0.42 1.51 0.50
P 1.24 0.55 1.54 1.64 1.33 0.70 1.84 0.29 1.67 2.22 1.00 0.20 0.66 2.37 1.60 1.62 2.05 0.67 0.31 0.21 0.23 1.09 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.20 0.03 0.22 0.37 0.17
C2 0.03 0.00 0.12 0.20 0.01 0.66 0.03 1.40 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.08 0.51 1.00 0.01 1.04 1.82 1.18
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.26 0.05 0.05 0.10 0.09 0.12 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.05 0.16 0.29 0.14
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.30 0.03 0.25 0.51 0.07 0.11 0.23 0.50 0.24 0.02 0.01 0.02 0.38 0.06 0.16 0.49 0.35
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.25 0.01 0.62 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.27 0.27 0.02 0.29 0.76 0.24
C4' 0.01 0.66 0.01 0.01 0.25 0.00 0.06 0.01 0.18 0.44 0.48 0.16 0.65 0.32 0.08 0.31 0.03 0.00 0.02 0.08 0.33 0.33 0.08
C5 0.01 0.03 0.04 0.30 0.01 0.06 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.13 0.38 0.01 0.89 0.46 0.39
C5' 0.11 1.40 0.26 0.03 0.62 0.01 0.28 0.00 0.54 0.61 1.07 0.34 1.30 0.41 0.10 0.08 0.21 0.02 0.01 0.22 0.47 0.37 0.02
C6 0.02 0.07 0.05 0.25 0.02 0.18 0.01 0.54 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.26 0.20 0.22 0.28 0.01 0.63 0.84 0.21
C8 0.02 0.02 0.05 0.51 0.01 0.44 0.01 0.61 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.12 0.27 1.16 0.02 1.73 0.86 1.25
N1 0.03 0.02 0.10 0.07 0.03 0.48 0.02 1.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.20 0.10 0.42 0.66 0.01 0.53 1.52 0.76
N2 0.04 0.01 0.09 0.11 0.02 0.16 0.02 0.34 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.11 0.11 0.25 0.02 0.45 0.27 0.25
N3 0.03 0.01 0.12 0.23 0.01 0.65 0.01 1.30 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.50 0.90 0.01 0.90 1.51 1.01
N7 0.02 0.03 0.04 0.50 0.01 0.32 0.00 0.41 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.20 0.14 1.01 0.02 1.81 0.65 1.17
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.07 0.01 0.44 0.02 0.70 0.36 0.42
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.18 0.31 0.30 0.08 0.26 0.35 0.20 0.14 0.10 0.39 0.21 0.00 0.05 0.23 0.30 0.09 0.16 0.39 0.25
O3' 0.31 0.08 0.02 0.01 0.05 0.03 0.15 0.21 0.20 0.12 0.10 0.11 0.13 0.20 0.07 0.05 0.00 0.24 0.40 0.05 0.23 0.72 0.50
O4' 0.01 0.51 0.01 0.02 0.27 0.00 0.13 0.02 0.22 0.27 0.42 0.11 0.50 0.14 0.01 0.23 0.24 0.00 0.14 0.05 0.13 0.39 0.12
O5' 0.20 1.00 0.16 0.38 0.27 0.02 0.38 0.01 0.28 1.16 0.66 0.25 0.90 1.01 0.44 0.30 0.40 0.14 0.00 0.36 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05 0.36 0.00 0.46 0.35 0.27
OP1 0.22 1.04 0.16 0.16 0.29 0.33 0.89 0.47 0.63 1.73 0.53 0.45 0.90 1.81 0.70 0.16 0.23 0.13 0.02 0.46 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 1.82 0.29 0.49 0.76 0.33 0.46 0.37 0.84 0.86 1.52 0.27 1.51 0.65 0.36 0.39 0.72 0.39 0.02 0.35 0.02 0.00 0.01
P 0.17 1.18 0.14 0.35 0.24 0.08 0.39 0.02 0.21 1.25 0.76 0.25 1.01 1.17 0.42 0.25 0.50 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00