ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

39, 19, 14, 48, 4, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.017, 0.118, 0.219, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.118 std_dev=0.101
C4 A 0, 0.039, 0.163, 0.286, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.163 std_dev=0.124
N1 A 0, 0.055, 0.243, 0.431, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.243 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.068, 0.258, 0.448, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.258 std_dev=0.190
C1' A 0, 0.061, 0.261, 0.461, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.261 std_dev=0.200
C6 B 0, -0.045, 0.179, 0.403, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.179 std_dev=0.224
C6 A 0, -0.023, 0.219, 0.461, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.219 std_dev=0.242
N3 B 0, -0.065, 0.188, 0.440, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.188 std_dev=0.252
C1' B 0, 0.073, 0.344, 0.615, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.344 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.002, 0.276, 0.550, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.276 std_dev=0.274
N3 A 0, -0.089, 0.186, 0.460, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.186 std_dev=0.275
N9 A 0, 0.011, 0.296, 0.580, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.296 std_dev=0.285
O6 A 0, 0.037, 0.323, 0.609, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.323 std_dev=0.286
C5 A 0, -0.051, 0.247, 0.544, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.247 std_dev=0.297
N2 A 0, 0.106, 0.419, 0.733, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.419 std_dev=0.313
C5 B 0, -0.137, 0.178, 0.494, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.178 std_dev=0.316
C2 A 0, -0.056, 0.275, 0.606, 2.675 max_d=2.675 avg_d=0.275 std_dev=0.331
C2 B 0, -0.048, 0.285, 0.619, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.285 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.013, 0.392, 0.771, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.392 std_dev=0.379
O4' B 0, 0.103, 0.485, 0.868, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.485 std_dev=0.383
N6 B 0, -0.145, 0.274, 0.692, 3.679 max_d=3.679 avg_d=0.274 std_dev=0.418
C4' B 0, 0.091, 0.531, 0.971, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.531 std_dev=0.440
O4' A 0, 0.076, 0.526, 0.975, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.526 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.031, 0.482, 0.933, 2.960 max_d=2.960 avg_d=0.482 std_dev=0.451
O2' B 0, 0.047, 0.507, 0.968, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.507 std_dev=0.461
C5' B 0, 0.138, 0.649, 1.159, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.649 std_dev=0.511
C8 A 0, -0.081, 0.492, 1.065, 4.533 max_d=4.533 avg_d=0.492 std_dev=0.573
C8 B 0, -0.168, 0.412, 0.992, 4.613 max_d=4.613 avg_d=0.412 std_dev=0.580
N7 A 0, -0.125, 0.474, 1.074, 5.011 max_d=5.011 avg_d=0.474 std_dev=0.599
N7 B 0, -0.256, 0.368, 0.991, 5.179 max_d=5.179 avg_d=0.368 std_dev=0.624
O3' B 0, 0.022, 0.653, 1.285, 4.641 max_d=4.641 avg_d=0.653 std_dev=0.631
C2' A 0, 0.011, 0.649, 1.287, 2.840 max_d=2.840 avg_d=0.649 std_dev=0.638
C4' A 0, 0.044, 0.714, 1.383, 2.775 max_d=2.775 avg_d=0.714 std_dev=0.670
O2' A 0, 0.009, 0.808, 1.607, 3.674 max_d=3.674 avg_d=0.808 std_dev=0.799
C3' A 0, -0.001, 0.936, 1.874, 4.017 max_d=4.017 avg_d=0.936 std_dev=0.938
C5' A 0, 0.022, 1.132, 2.242, 4.631 max_d=4.631 avg_d=1.132 std_dev=1.110
O5' B 0, 0.048, 1.246, 2.444, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.246 std_dev=1.198
O3' A 0, -0.007, 1.312, 2.631, 5.552 max_d=5.552 avg_d=1.312 std_dev=1.319
O5' A 0, -0.020, 1.307, 2.633, 6.095 max_d=6.095 avg_d=1.307 std_dev=1.327
OP1 A 0, -0.198, 1.434, 3.067, 10.034 max_d=10.034 avg_d=1.434 std_dev=1.633
P B 0, -0.129, 1.802, 3.733, 4.457 max_d=4.457 avg_d=1.802 std_dev=1.931
P A 0, -0.096, 1.904, 3.904, 7.940 max_d=7.940 avg_d=1.904 std_dev=2.000
OP1 B 0, -0.072, 2.119, 4.311, 5.329 max_d=5.329 avg_d=2.119 std_dev=2.191
OP2 B 0, -0.201, 2.393, 4.988, 5.858 max_d=5.858 avg_d=2.393 std_dev=2.594
OP2 A 0, -0.167, 2.593, 5.353, 8.534 max_d=8.534 avg_d=2.593 std_dev=2.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.24 0.14 0.06
C2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.10 0.22 0.01 0.62 0.58 0.30
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.15 0.10 0.14 0.14 0.16 0.06 0.00 0.02 0.01 0.07 0.13 0.16 0.14 0.10
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.16 0.25 0.12 0.18 0.14 0.26 0.11 0.02 0.01 0.01 0.10 0.20 0.27 0.24 0.11
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05 0.11 0.01 0.48 0.54 0.13
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.10 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.13 0.29 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.22 0.04 0.12 0.02 0.54 0.81 0.15
C5' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.15 0.13 0.17 0.14 0.13 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.20 0.44 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.23 0.06 0.13 0.01 0.60 0.88 0.17
C8 0.02 0.01 0.15 0.25 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.30 0.08 0.25 0.03 0.49 0.79 0.28
N1 0.03 0.01 0.10 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.08 0.18 0.01 0.63 0.74 0.24
N2 0.04 0.01 0.14 0.18 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.22 0.07 0.26 0.02 0.67 0.53 0.37
N3 0.03 0.01 0.14 0.14 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.10 0.20 0.01 0.53 0.45 0.25
N7 0.01 0.01 0.16 0.26 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.34 0.06 0.23 0.03 0.57 0.99 0.27
N9 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.02 0.10 0.02 0.38 0.46 0.11
O2' 0.03 0.13 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.14 0.14 0.09 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.09 0.19 0.21 0.06
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.09 0.03 0.22 0.03 0.23 0.30 0.15 0.22 0.16 0.34 0.12 0.06 0.00 0.03 0.15 0.30 0.54 0.41 0.13
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.08 0.06 0.22 0.07 0.07
O5' 0.07 0.22 0.07 0.10 0.11 0.01 0.12 0.01 0.13 0.25 0.18 0.26 0.20 0.23 0.10 0.04 0.15 0.08 0.00 0.12 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.30 0.06 0.12 0.00 0.63 1.04 0.15
OP1 0.24 0.62 0.16 0.27 0.48 0.13 0.54 0.20 0.60 0.49 0.63 0.67 0.53 0.57 0.38 0.19 0.54 0.22 0.02 0.63 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.58 0.14 0.24 0.54 0.29 0.81 0.44 0.88 0.79 0.74 0.53 0.45 0.99 0.46 0.21 0.41 0.07 0.02 1.04 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.30 0.10 0.11 0.13 0.02 0.15 0.02 0.17 0.28 0.24 0.37 0.25 0.27 0.11 0.06 0.13 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.44 0.43 0.51 0.27 0.42 0.27 0.43 0.25 0.42 0.33 0.41 0.29 0.43 0.28 0.47 0.69 0.31 0.60 0.37 0.91 0.11
C2 0.35 0.24 0.37 0.41 0.36 0.39 0.57 0.49 0.50 0.76 0.30 0.23 0.67 0.83 0.47 0.36 0.43 0.38 0.42 1.31 0.62 0.86
C2' 0.58 0.81 0.71 0.76 0.64 0.63 0.58 0.60 0.62 0.54 0.72 0.78 0.58 0.55 0.57 0.71 0.89 0.53 0.63 0.60 0.63 0.24
C3' 0.71 1.03 0.88 0.94 0.80 0.75 0.71 0.69 0.78 0.56 0.93 0.98 0.71 0.57 0.68 0.87 1.11 0.63 0.82 0.33 1.01 0.57
C4 0.27 0.39 0.36 0.43 0.22 0.39 0.31 0.43 0.26 0.51 0.27 0.36 0.37 0.53 0.28 0.39 0.57 0.31 0.48 0.81 0.42 0.36
C4' 0.43 0.66 0.63 0.71 0.46 0.51 0.37 0.48 0.42 0.32 0.56 0.63 0.36 0.31 0.37 0.65 0.94 0.37 0.74 0.40 1.32 0.60
C5 0.28 0.52 0.36 0.43 0.24 0.40 0.23 0.42 0.23 0.41 0.37 0.46 0.29 0.43 0.23 0.40 0.59 0.32 0.52 0.69 0.54 0.25
C5' 0.49 0.77 0.68 0.77 0.55 0.56 0.46 0.55 0.53 0.36 0.67 0.72 0.47 0.36 0.45 0.68 1.03 0.45 0.81 0.67 1.50 0.78
C6 0.27 0.45 0.33 0.40 0.21 0.39 0.28 0.43 0.25 0.49 0.31 0.40 0.37 0.52 0.26 0.37 0.53 0.33 0.47 0.88 0.35 0.41
C8 0.35 0.70 0.45 0.53 0.38 0.45 0.25 0.43 0.34 0.24 0.56 0.64 0.28 0.24 0.26 0.49 0.73 0.37 0.65 0.24 1.06 0.24
N1 0.30 0.29 0.33 0.38 0.27 0.38 0.45 0.46 0.39 0.67 0.24 0.26 0.56 0.72 0.38 0.34 0.44 0.35 0.41 1.15 0.43 0.68
N2 0.24 0.26 0.25 0.28 0.23 0.30 0.25 0.34 0.28 0.22 0.28 0.24 0.32 0.25 0.22 0.26 0.34 0.28 0.28 1.54 1.01 1.11
N3 0.33 0.26 0.38 0.43 0.33 0.39 0.50 0.49 0.44 0.70 0.27 0.25 0.58 0.75 0.43 0.38 0.49 0.36 0.43 1.19 0.42 0.74
N7 0.34 0.71 0.43 0.50 0.37 0.45 0.25 0.43 0.34 0.26 0.57 0.64 0.28 0.27 0.25 0.47 0.69 0.37 0.62 0.39 0.90 0.17
N9 0.28 0.50 0.40 0.48 0.26 0.41 0.23 0.42 0.23 0.38 0.37 0.46 0.26 0.39 0.24 0.44 0.66 0.31 0.57 0.46 0.80 0.09
O2' 0.71 0.85 0.80 0.84 0.77 0.72 0.75 0.73 0.76 0.74 0.80 0.83 0.74 0.75 0.73 0.77 0.88 0.66 0.67 0.75 0.49 0.16
O3' 1.09 1.44 1.26 1.28 1.22 1.05 1.13 0.95 1.21 0.93 1.36 1.39 1.14 0.96 1.08 1.23 1.42 0.97 1.04 0.49 1.10 0.84
O4' 0.26 0.41 0.40 0.49 0.23 0.37 0.22 0.38 0.20 0.38 0.30 0.39 0.23 0.37 0.23 0.46 0.72 0.29 0.65 0.32 1.36 0.47
O5' 0.56 0.87 0.74 0.83 0.65 0.63 0.57 0.64 0.64 0.45 0.78 0.83 0.58 0.47 0.54 0.72 1.06 0.53 0.86 0.51 1.43 0.70
O6 0.28 0.21 0.33 0.40 0.20 0.41 0.21 0.42 0.23 0.20 0.22 0.22 0.28 0.21 0.22 0.38 0.53 0.35 0.49 0.82 0.35 0.35
OP1 0.76 1.10 0.82 0.87 0.91 0.71 0.89 0.73 0.96 0.74 1.06 1.04 0.95 0.80 0.80 0.73 0.95 0.72 0.95 0.78 1.76 0.94
OP2 0.89 1.26 1.25 1.37 0.99 1.01 0.88 0.93 0.97 0.69 1.15 1.20 0.89 0.72 0.85 1.30 1.74 0.76 1.12 0.92 1.48 0.92
P 0.66 1.00 0.82 0.92 0.79 0.68 0.74 0.70 0.81 0.61 0.94 0.94 0.78 0.65 0.67 0.77 1.15 0.62 0.91 0.67 1.48 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.30 0.42 0.52 0.17
C2 0.03 0.00 0.17 0.12 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.14 0.20 0.61 0.45 1.39 0.66
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.04 0.10 0.07 0.14 0.17 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.31 0.46 0.49 0.11
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.38 0.32 0.44 0.13
C4 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.10 0.57 0.32 1.26 0.60
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.17 0.11 0.15 0.10 0.15 0.07 0.08 0.03 0.01 0.02 0.61 0.24 0.32
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04 0.68 0.60 1.62 0.90
C5' 0.05 0.25 0.04 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.20 0.31 0.22 0.23 0.23 0.30 0.15 0.05 0.09 0.02 0.01 0.24 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.12 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.11 0.08 0.70 0.68 1.76 0.96
C8 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.17 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.15 0.10 0.11 0.71 0.60 1.38 0.86
N1 0.02 0.00 0.14 0.12 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.13 0.15 0.66 0.55 1.63 0.83
N3 0.02 0.00 0.17 0.11 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.20 0.54 0.38 1.18 0.53
N6 0.03 0.01 0.08 0.14 0.02 0.10 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.12 0.06 0.75 0.90 1.98 1.15
N7 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.15 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.11 0.07 0.77 0.82 1.75 1.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.52 0.25 1.02 0.49
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.08 0.08 0.06 0.05 0.08 0.15 0.14 0.19 0.08 0.13 0.05 0.00 0.05 0.08 0.13 0.88 0.31 0.42
O3' 0.07 0.14 0.02 0.01 0.08 0.03 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.05 0.05 0.00 0.05 0.34 0.53 0.29 0.20
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.02 0.08 0.11 0.15 0.20 0.06 0.07 0.01 0.08 0.05 0.00 0.26 0.52 0.28 0.27
O5' 0.30 0.61 0.31 0.38 0.57 0.02 0.68 0.01 0.70 0.71 0.66 0.54 0.75 0.77 0.52 0.13 0.34 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.45 0.46 0.32 0.32 0.61 0.60 0.24 0.68 0.60 0.55 0.38 0.90 0.82 0.25 0.88 0.53 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 1.39 0.49 0.44 1.26 0.24 1.62 0.15 1.76 1.38 1.63 1.18 1.98 1.75 1.02 0.31 0.29 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.66 0.11 0.13 0.60 0.32 0.90 0.02 0.96 0.86 0.83 0.53 1.15 1.08 0.49 0.42 0.20 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00