ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 52, 14, 0, 1, 0, 0, 6, 9, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 87,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 B 0, 0.109, 0.399, 0.688, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.399 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.156, 0.567, 0.978, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.567 std_dev=0.411
C5 A 0, 0.201, 0.620, 1.039, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.620 std_dev=0.419
C4 A 0, 0.177, 0.710, 1.242, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.710 std_dev=0.533
C6 B 0, 0.201, 0.940, 1.679, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.940 std_dev=0.739
C6 A 0, 0.159, 0.924, 1.689, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.924 std_dev=0.765
N7 B 0, 0.359, 1.163, 1.967, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.163 std_dev=0.804
N3 A 0, 0.214, 1.023, 1.832, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.023 std_dev=0.809
N3 B 0, 0.217, 1.031, 1.846, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.031 std_dev=0.814
N9 B 0, 0.305, 1.271, 2.236, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.271 std_dev=0.966
C2 B 0, 0.284, 1.331, 2.377, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.331 std_dev=1.047
C2 A 0, 0.323, 1.408, 2.494, 2.765 max_d=2.765 avg_d=1.408 std_dev=1.086
N1 B 0, 0.201, 1.295, 2.388, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.295 std_dev=1.094
C8 B 0, 0.425, 1.529, 2.633, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.529 std_dev=1.104
N1 A 0, 0.285, 1.464, 2.643, 3.134 max_d=3.134 avg_d=1.464 std_dev=1.179
O6 B 0, 0.224, 1.445, 2.666, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.445 std_dev=1.221
N7 A 0, 0.418, 1.645, 2.872, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.645 std_dev=1.227
N9 A 0, 0.345, 1.703, 3.060, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.703 std_dev=1.358
N6 A 0, 0.250, 1.678, 3.107, 4.289 max_d=4.289 avg_d=1.678 std_dev=1.428
C1' B 0, 0.392, 1.981, 3.569, 3.814 max_d=3.814 avg_d=1.981 std_dev=1.589
C8 A 0, 0.468, 2.122, 3.777, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.122 std_dev=1.655
N2 B 0, 0.322, 2.001, 3.681, 4.243 max_d=4.243 avg_d=2.001 std_dev=1.679
C2' B 0, 0.238, 1.963, 3.687, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.963 std_dev=1.725
C2' A 0, 0.490, 2.439, 4.388, 5.112 max_d=5.112 avg_d=2.439 std_dev=1.949
C1' A 0, 0.430, 2.452, 4.474, 4.845 max_d=4.845 avg_d=2.452 std_dev=2.022
O4' B 0, 0.678, 2.711, 4.744, 5.165 max_d=5.165 avg_d=2.711 std_dev=2.033
C3' B 0, 0.469, 2.584, 4.698, 5.052 max_d=5.052 avg_d=2.584 std_dev=2.114
O2' B 0, 0.472, 2.638, 4.804, 5.397 max_d=5.397 avg_d=2.638 std_dev=2.166
O2' A 0, 0.482, 2.792, 5.102, 6.519 max_d=6.519 avg_d=2.792 std_dev=2.310
O3' B 0, 0.660, 3.101, 5.543, 5.973 max_d=5.973 avg_d=3.101 std_dev=2.441
O5' B 0, 1.515, 4.018, 6.521, 6.863 max_d=6.863 avg_d=4.018 std_dev=2.503
C4' B 0, 0.599, 3.136, 5.674, 6.145 max_d=6.145 avg_d=3.136 std_dev=2.538
C3' A 0, 0.640, 3.372, 6.103, 7.046 max_d=7.046 avg_d=3.372 std_dev=2.731
C5' B 0, 1.072, 3.885, 6.697, 7.301 max_d=7.301 avg_d=3.885 std_dev=2.813
O4' A 0, 0.517, 3.381, 6.245, 7.125 max_d=7.125 avg_d=3.381 std_dev=2.864
OP2 B 0, 1.709, 4.606, 7.503, 8.994 max_d=8.994 avg_d=4.606 std_dev=2.897
O3' A 0, 0.756, 3.855, 6.955, 8.040 max_d=8.040 avg_d=3.855 std_dev=3.100
P B 0, 1.644, 4.746, 7.849, 9.029 max_d=9.029 avg_d=4.746 std_dev=3.102
C4' A 0, 0.619, 3.999, 7.379, 8.350 max_d=8.350 avg_d=3.999 std_dev=3.380
OP1 B 0, 1.905, 5.515, 9.126, 10.781 max_d=10.781 avg_d=5.515 std_dev=3.611
O5' A 0, 0.783, 4.572, 8.361, 9.739 max_d=9.739 avg_d=4.572 std_dev=3.789
C5' A 0, 0.759, 4.842, 8.924, 10.372 max_d=10.372 avg_d=4.842 std_dev=4.083
OP2 A 0, 0.774, 5.049, 9.325, 10.428 max_d=10.428 avg_d=5.049 std_dev=4.275
P A 0, 0.826, 5.403, 9.981, 11.360 max_d=11.360 avg_d=5.403 std_dev=4.578
OP1 A 0, 0.938, 6.420, 11.903, 13.600 max_d=13.600 avg_d=6.420 std_dev=5.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.13 0.09
C2 0.03 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.04 0.10 0.10 0.21 0.14
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.02 0.10 0.06 0.15 0.17 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.12 0.06
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.15 0.11 0.18 0.18 0.15 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.15 0.02 0.10 0.11 0.20 0.14
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.02 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.02 0.13 0.16 0.25 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.05 0.10 0.12 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.02 0.04 0.10 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.03 0.13 0.17 0.26 0.20
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.15 0.17 0.23 0.18
N1 0.03 0.01 0.15 0.18 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.25 0.03 0.11 0.13 0.24 0.17
N3 0.03 0.01 0.17 0.18 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.23 0.04 0.08 0.09 0.18 0.12
N6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.20 0.03 0.14 0.18 0.25 0.20
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.16 0.20 0.27 0.21
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.11 0.18 0.13
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.04 0.14 0.15 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.11 0.08 0.05
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.15 0.01 0.15 0.03 0.19 0.12 0.25 0.23 0.20 0.13 0.07 0.04 0.00 0.01 0.12 0.23 0.14 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.10 0.11 0.10
O5' 0.07 0.10 0.06 0.08 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.15 0.11 0.08 0.14 0.16 0.10 0.05 0.12 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.10 0.10 0.13 0.11 0.07 0.16 0.07 0.17 0.17 0.13 0.09 0.18 0.20 0.11 0.11 0.23 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.21 0.12 0.10 0.20 0.04 0.25 0.03 0.26 0.23 0.24 0.18 0.25 0.27 0.18 0.08 0.14 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.06 0.08 0.14 0.02 0.19 0.02 0.20 0.18 0.17 0.12 0.20 0.21 0.13 0.05 0.15 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.55 3.30 0.59 0.96 1.81 1.66 1.73 2.59 2.38 0.64 3.11 4.09 2.64 0.99 0.91 0.76 1.34 0.98 2.29 2.21 3.47 2.38 2.89
C2 2.95 0.25 2.90 3.55 1.45 4.23 1.30 4.55 0.58 2.52 0.27 0.82 0.84 1.94 2.33 3.00 3.68 3.79 4.19 0.44 4.57 3.94 4.32
C2' 0.97 3.23 0.99 0.92 1.96 1.41 1.79 2.33 2.33 0.89 3.00 3.86 2.73 1.13 1.20 1.20 1.22 0.90 2.11 2.06 3.27 2.34 2.76
C3' 1.88 3.86 1.97 1.06 2.75 0.74 2.49 1.31 2.92 1.49 3.56 4.42 3.51 1.77 2.04 2.30 1.02 0.96 1.16 2.59 2.41 1.59 1.90
C4 1.34 1.65 1.30 2.14 0.31 2.90 0.32 3.51 0.95 1.13 1.60 2.47 0.93 0.61 0.81 1.36 2.37 2.33 3.13 0.99 3.85 2.99 3.45
C4' 2.33 4.56 2.43 1.32 3.38 0.72 3.11 1.02 3.58 2.00 4.24 5.12 4.20 2.34 2.58 2.66 1.11 1.25 0.89 3.23 2.31 1.38 1.71
C5 1.31 1.46 1.21 1.95 0.20 2.70 0.19 3.26 0.81 1.09 1.43 2.27 0.77 0.59 0.80 1.28 2.14 2.23 2.90 0.90 3.58 2.79 3.21
C5' 2.97 4.87 3.23 2.16 3.84 1.41 3.56 0.84 3.96 2.55 4.56 5.38 4.58 2.84 3.14 3.53 1.94 1.92 0.76 3.62 1.66 1.10 1.23
C6 2.09 0.63 1.97 2.59 0.79 3.28 0.68 3.71 0.26 1.78 0.66 1.37 0.32 1.28 1.57 2.08 2.73 2.91 3.36 0.28 3.86 3.21 3.58
C8 0.23 2.83 0.41 0.66 1.45 1.45 1.40 2.24 2.03 0.31 2.70 3.64 2.20 0.69 0.60 0.56 0.90 0.93 1.92 1.99 2.91 1.98 2.43
N1 2.86 0.30 2.77 3.33 1.49 3.97 1.33 4.29 0.67 2.45 0.27 0.67 0.93 1.92 2.29 2.90 3.45 3.62 3.95 0.44 4.34 3.75 4.10
N3 2.18 0.96 2.19 3.01 0.69 3.75 0.61 4.24 0.42 1.87 0.98 1.74 0.34 1.29 1.59 2.23 3.21 3.17 3.84 0.48 4.39 3.61 4.05
N6 2.01 0.53 1.90 2.46 0.85 3.07 0.77 3.48 0.36 1.75 0.56 1.18 0.42 1.30 1.55 1.99 2.59 2.73 3.17 0.20 3.66 3.09 3.40
N7 0.47 2.18 0.37 1.09 0.85 1.87 0.84 2.54 1.47 0.38 2.10 2.99 1.54 0.20 0.11 0.47 1.27 1.41 2.20 1.51 3.03 2.19 2.61
N9 0.41 2.63 0.42 1.23 1.18 2.00 1.15 2.79 1.81 0.42 2.50 3.46 1.95 0.49 0.37 0.56 1.52 1.39 2.45 1.75 3.41 2.44 2.92
O2' 1.14 3.35 1.06 1.16 2.14 1.57 1.99 2.52 2.51 1.13 3.15 3.87 2.86 1.36 1.40 1.20 1.52 1.04 2.38 2.17 3.63 2.68 3.10
O3' 2.55 4.00 2.57 1.65 3.12 1.25 2.80 1.12 3.13 1.98 3.70 4.42 3.78 2.15 2.56 2.95 1.54 1.66 1.09 2.71 2.09 1.50 1.66
O4' 1.38 4.17 1.41 0.47 2.73 0.74 2.59 1.73 3.19 1.34 3.91 4.92 3.59 1.79 1.81 1.53 0.59 0.50 1.52 2.95 2.92 1.78 2.26
O5' 2.46 4.40 2.77 1.81 3.33 1.06 3.10 0.77 3.53 2.11 4.13 4.98 4.05 2.41 2.64 3.06 1.67 1.48 0.63 3.26 1.61 1.00 1.18
OP1 3.52 4.93 3.99 3.23 4.10 2.45 3.85 1.70 4.18 3.06 4.69 5.38 4.69 3.25 3.57 4.34 3.29 2.67 1.62 3.88 1.27 1.48 1.34
OP2 2.21 4.02 2.60 1.87 3.02 1.15 2.86 0.92 3.28 1.96 3.83 4.61 3.64 2.25 2.39 2.82 1.88 1.37 0.80 3.10 1.44 1.03 1.13
P 2.81 4.58 3.21 2.38 3.60 1.61 3.40 1.09 3.80 2.49 4.35 5.13 4.24 2.76 2.97 3.46 2.32 1.91 1.03 3.56 1.41 1.16 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.02 0.19 0.31 0.20
C2 0.03 0.00 0.14 0.18 0.01 0.07 0.02 0.16 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.22 0.05 0.42 0.02 0.44 0.61 0.48
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.10 0.16 0.14 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.28 0.06 0.27 0.25 0.24
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.04 0.12 0.11 0.15 0.19 0.17 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.39 0.11 0.38 0.19 0.31
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.44 0.01 0.45 0.56 0.48
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.10 0.28 0.04
C5 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.56 0.01 0.60 0.70 0.62
C5' 0.04 0.16 0.03 0.04 0.14 0.01 0.17 0.00 0.19 0.15 0.17 0.09 0.13 0.18 0.11 0.05 0.05 0.01 0.01 0.14 0.15 0.40 0.02
C6 0.02 0.04 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.14 0.03 0.57 0.01 0.64 0.76 0.66
C8 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.55 0.02 0.55 0.58 0.57
N1 0.04 0.01 0.10 0.15 0.02 0.07 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.05 0.51 0.01 0.55 0.69 0.58
N2 0.04 0.01 0.16 0.19 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.25 0.06 0.39 0.02 0.38 0.43 0.42
N3 0.03 0.01 0.14 0.17 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.05 0.36 0.01 0.37 0.52 0.41
N7 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.62 0.02 0.66 0.73 0.68
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.40 0.02 0.39 0.47 0.42
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.10 0.15 0.11 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.15 0.21 0.07
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.14 0.12 0.18 0.25 0.19 0.11 0.05 0.05 0.00 0.02 0.32 0.14 0.38 0.17 0.28
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.03 0.11 0.32 0.14
O5' 0.18 0.42 0.28 0.39 0.44 0.02 0.56 0.01 0.57 0.55 0.51 0.39 0.36 0.62 0.40 0.07 0.32 0.10 0.00 0.66 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.14 0.03 0.66 0.00 0.70 0.75 0.72
OP1 0.19 0.44 0.27 0.38 0.45 0.10 0.60 0.15 0.64 0.55 0.55 0.38 0.37 0.66 0.39 0.15 0.38 0.11 0.01 0.70 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.61 0.25 0.19 0.56 0.28 0.70 0.40 0.76 0.58 0.69 0.43 0.52 0.73 0.47 0.21 0.17 0.32 0.02 0.75 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.48 0.24 0.31 0.48 0.04 0.62 0.02 0.66 0.57 0.58 0.42 0.41 0.68 0.42 0.07 0.28 0.14 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00