ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43750

back

Distances from reference structure (by RMSD)

27, 22, 22, 35, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 16,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, -0.050, 0.245, 0.540, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.245 std_dev=0.295
C2 A 0, 0.022, 0.339, 0.657, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.339 std_dev=0.317
N1 B 0, -0.078, 0.241, 0.560, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.241 std_dev=0.319
C6 B 0, -0.025, 0.296, 0.617, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.296 std_dev=0.321
C6 A 0, -0.058, 0.276, 0.609, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.276 std_dev=0.334
C2 B 0, -0.058, 0.338, 0.735, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.338 std_dev=0.396
C5 B 0, -0.130, 0.303, 0.735, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.303 std_dev=0.433
O2 B 0, -0.012, 0.477, 0.966, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.477 std_dev=0.489
O2 A 0, 0.052, 0.569, 1.086, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.569 std_dev=0.517
N4 A 0, -0.251, 0.273, 0.797, 4.465 max_d=4.465 avg_d=0.273 std_dev=0.524
C5 A 0, -0.138, 0.406, 0.950, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.406 std_dev=0.544
N3 A 0, -0.330, 0.513, 1.355, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.513 std_dev=0.843
C1' A 0, -0.344, 0.614, 1.571, 3.356 max_d=3.356 avg_d=0.614 std_dev=0.958
C4 A 0, -0.480, 0.505, 1.490, 3.326 max_d=3.326 avg_d=0.505 std_dev=0.985
N3 B 0, -0.370, 0.655, 1.680, 3.572 max_d=3.572 avg_d=0.655 std_dev=1.025
C1' B 0, -0.416, 0.649, 1.715, 3.968 max_d=3.968 avg_d=0.649 std_dev=1.066
C4 B 0, -0.466, 0.601, 1.668, 3.771 max_d=3.771 avg_d=0.601 std_dev=1.067
N4 B 0, -0.564, 0.592, 1.747, 5.223 max_d=5.223 avg_d=0.592 std_dev=1.155
C2' A 0, -0.385, 0.878, 2.140, 4.610 max_d=4.610 avg_d=0.878 std_dev=1.262
O2' A 0, -0.271, 0.995, 2.261, 5.639 max_d=5.639 avg_d=0.995 std_dev=1.266
C2' B 0, -0.577, 0.899, 2.375, 5.452 max_d=5.452 avg_d=0.899 std_dev=1.476
O4' A 0, -0.758, 0.761, 2.280, 4.951 max_d=4.951 avg_d=0.761 std_dev=1.519
O4' B 0, -0.723, 0.968, 2.659, 5.670 max_d=5.670 avg_d=0.968 std_dev=1.691
O2' B 0, -0.263, 1.574, 3.412, 6.851 max_d=6.851 avg_d=1.574 std_dev=1.837
C3' A 0, -0.936, 1.169, 3.274, 6.968 max_d=6.968 avg_d=1.169 std_dev=2.105
C3' B 0, -0.659, 1.456, 3.572, 7.094 max_d=7.094 avg_d=1.456 std_dev=2.116
O5' A 0, -0.617, 1.502, 3.621, 8.367 max_d=8.367 avg_d=1.502 std_dev=2.119
C4' A 0, -1.097, 1.071, 3.240, 7.082 max_d=7.082 avg_d=1.071 std_dev=2.168
O5' B 0, -0.325, 1.876, 4.077, 9.464 max_d=9.464 avg_d=1.876 std_dev=2.201
C4' B 0, -0.919, 1.369, 3.657, 7.624 max_d=7.624 avg_d=1.369 std_dev=2.288
C5' A 0, -0.970, 1.401, 3.771, 9.146 max_d=9.146 avg_d=1.401 std_dev=2.371
P A 0, -0.441, 1.948, 4.337, 10.107 max_d=10.107 avg_d=1.948 std_dev=2.389
OP2 A 0, -0.236, 2.231, 4.699, 9.842 max_d=9.842 avg_d=2.231 std_dev=2.467
C5' B 0, -0.887, 1.723, 4.333, 9.013 max_d=9.013 avg_d=1.723 std_dev=2.610
P B 0, -0.005, 2.708, 5.421, 11.067 max_d=11.067 avg_d=2.708 std_dev=2.713
O3' A 0, -1.211, 1.517, 4.246, 8.984 max_d=8.984 avg_d=1.517 std_dev=2.728
O3' B 0, -0.643, 2.257, 5.158, 9.648 max_d=9.648 avg_d=2.257 std_dev=2.900
OP1 A 0, -0.530, 2.461, 5.453, 11.014 max_d=11.014 avg_d=2.461 std_dev=2.992
OP1 B 0, -0.055, 3.161, 6.376, 11.413 max_d=11.413 avg_d=3.161 std_dev=3.215
OP2 B 0, 0.116, 3.404, 6.692, 10.289 max_d=10.289 avg_d=3.404 std_dev=3.288

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.20 0.01 0.13 0.17 0.23 0.18
C2 0.02 0.00 0.09 0.16 0.07 0.05 0.03 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.05 0.24 0.31 0.38 0.30
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.13 0.09 0.02 0.07 0.04 0.17 0.00 0.03 0.01 0.32 0.29 0.46 0.37
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.28 0.01 0.27 0.03 0.24 0.16 0.21 0.14 0.14 0.02 0.01 0.03 0.11 0.21 0.21 0.14
C4 0.04 0.07 0.05 0.28 0.00 0.16 0.01 0.29 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.24 0.17 0.05 0.37 0.47 0.52 0.44
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.16 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.08 0.08 0.05 0.23 0.02 0.00 0.01 0.12 0.11 0.03
C5 0.01 0.03 0.07 0.27 0.01 0.16 0.00 0.31 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.05 0.37 0.45 0.48 0.43
C5' 0.07 0.15 0.13 0.03 0.29 0.01 0.31 0.00 0.27 0.16 0.20 0.12 0.12 0.11 0.15 0.02 0.01 0.14 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.24 0.02 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.20 0.15 0.06 0.31 0.36 0.36 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.05 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.07 0.01 0.22 0.28 0.31 0.26
N3 0.02 0.01 0.07 0.21 0.02 0.08 0.02 0.20 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.24 0.09 0.04 0.28 0.37 0.44 0.36
N4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.09 0.02 0.18 0.18 0.41 0.17
O2 0.03 0.01 0.17 0.14 0.05 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.23 0.07 0.21 0.27 0.36 0.26
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.24 0.23 0.24 0.11 0.20 0.15 0.24 0.13 0.16 0.00 0.05 0.16 0.21 0.19 0.47 0.27
O3' 0.20 0.12 0.03 0.01 0.17 0.02 0.20 0.15 0.15 0.07 0.09 0.09 0.23 0.05 0.00 0.13 0.19 0.46 0.36 0.28
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.16 0.13 0.00 0.13 0.15 0.19 0.13
O5' 0.13 0.24 0.32 0.11 0.37 0.01 0.37 0.01 0.31 0.22 0.28 0.18 0.21 0.21 0.19 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.31 0.29 0.21 0.47 0.12 0.45 0.14 0.36 0.28 0.37 0.18 0.27 0.19 0.46 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.38 0.46 0.21 0.52 0.11 0.48 0.12 0.36 0.31 0.44 0.41 0.36 0.47 0.36 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.30 0.37 0.14 0.44 0.03 0.43 0.01 0.33 0.26 0.36 0.17 0.26 0.27 0.28 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 1.39 0.55 0.82 2.13 1.32 1.50 1.67 0.85 0.80 2.04 1.92 1.31 1.29 1.29 0.77 1.49 2.59 2.15 2.03
C2 1.28 0.31 1.27 1.72 0.92 2.37 0.43 2.63 0.47 0.56 0.80 1.04 0.35 1.86 2.07 1.92 2.31 3.22 2.65 2.69
C2' 0.61 1.69 0.69 0.62 2.30 1.06 1.66 1.42 1.10 1.10 2.28 2.01 1.65 1.38 1.13 0.58 1.21 2.27 1.74 1.69
C3' 1.23 2.46 1.15 0.44 3.08 0.37 2.46 0.62 1.89 1.88 3.04 2.58 2.39 1.47 0.52 0.64 0.73 1.86 1.66 1.34
C4 2.00 0.83 1.80 2.27 0.20 3.00 0.58 3.25 1.19 1.32 0.30 0.37 0.95 2.19 2.48 2.67 2.94 3.83 3.33 3.35
C4' 1.24 2.57 1.11 0.49 3.31 0.29 2.65 0.57 1.99 1.95 3.22 2.78 2.47 1.32 0.48 0.60 0.96 2.01 1.99 1.59
C5 1.45 0.34 1.32 1.87 0.48 2.50 0.25 2.83 0.71 0.80 0.35 0.67 0.46 1.70 2.15 2.10 2.63 3.71 3.27 3.18
C5' 1.43 2.69 1.26 0.81 3.48 0.43 2.89 0.49 2.21 2.14 3.31 2.89 2.55 1.28 0.59 0.85 1.17 2.08 2.36 1.81
C6 0.84 0.46 0.84 1.41 1.17 1.96 0.66 2.30 0.21 0.22 1.03 1.19 0.41 1.36 1.77 1.47 2.15 3.30 2.91 2.75
N1 0.78 0.66 0.83 1.32 1.39 1.90 0.83 2.22 0.29 0.26 1.27 1.38 0.59 1.46 1.71 1.40 2.00 3.06 2.58 2.50
N3 1.86 0.62 1.74 2.17 0.30 2.89 0.39 3.11 1.00 1.13 0.24 0.55 0.76 2.23 2.43 2.52 2.75 3.57 3.00 3.08
N4 0.89 0.50 0.78 0.84 0.25 1.15 0.39 1.21 0.60 0.65 0.32 0.19 0.57 0.93 0.84 1.12 0.93 0.75 0.57 0.80
O2 1.21 0.46 1.25 1.67 1.10 2.29 0.57 2.53 0.44 0.52 1.00 1.18 0.46 1.90 2.05 1.82 2.19 3.04 2.41 2.52
O2' 0.67 1.79 0.74 0.75 2.39 1.13 1.71 1.47 1.14 1.16 2.41 2.06 1.76 1.47 1.31 0.63 1.20 2.14 1.53 1.58
O3' 1.89 3.15 1.78 1.01 3.65 0.67 3.03 0.48 2.51 2.55 3.69 2.93 3.09 1.96 0.67 1.25 0.66 1.43 1.35 1.01
O4' 0.56 1.85 0.56 0.48 2.65 0.85 2.00 1.21 1.32 1.25 2.52 2.31 1.75 1.09 0.89 0.31 1.26 2.41 2.23 1.92
O5' 1.00 2.11 0.90 0.80 2.84 0.53 2.36 0.74 1.74 1.64 2.66 2.40 1.98 0.91 0.91 0.51 1.28 2.39 2.63 2.05
OP1 1.79 2.62 1.68 1.65 3.23 1.22 2.92 1.11 2.42 2.30 3.03 2.55 2.49 1.42 1.49 1.40 1.82 2.46 3.21 2.47
OP2 0.78 1.39 0.87 1.45 1.93 1.15 1.65 1.31 1.20 1.11 1.76 1.73 1.30 0.60 1.76 0.69 1.82 3.03 3.42 2.73
P 1.03 1.93 0.98 1.24 2.59 0.87 2.23 1.03 1.68 1.56 2.39 2.19 1.79 0.74 1.34 0.68 1.67 2.73 3.23 2.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.34 0.01 0.23 0.51 0.26 0.19
C2 0.02 0.00 0.12 0.18 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.30 0.05 0.50 0.74 0.46 0.56
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.19 0.11 0.02 0.09 0.03 0.22 0.00 0.03 0.03 0.22 0.90 0.22 0.27
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.35 0.01 0.42 0.02 0.38 0.22 0.26 0.38 0.12 0.02 0.01 0.02 0.42 1.14 0.25 0.40
C4 0.02 0.03 0.03 0.35 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.44 0.08 0.05 0.80 1.00 1.34 1.08
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.18 0.00 0.24 0.01 0.23 0.11 0.11 0.20 0.05 0.29 0.02 0.01 0.02 0.35 0.71 0.16
C5 0.01 0.01 0.09 0.42 0.01 0.24 0.00 0.32 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.41 0.20 0.08 0.89 1.05 1.55 1.21
C5' 0.04 0.11 0.19 0.02 0.27 0.01 0.32 0.00 0.27 0.13 0.18 0.31 0.05 0.10 0.22 0.02 0.01 0.34 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.38 0.01 0.23 0.00 0.27 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.18 0.09 0.78 0.92 1.12 0.98
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.25 0.15 0.02 0.52 0.73 0.49 0.58
N3 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.11 0.02 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.20 0.04 0.64 0.87 0.87 0.81
N4 0.01 0.01 0.03 0.38 0.01 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.49 0.09 0.05 0.87 1.11 1.62 1.24
O2 0.03 0.01 0.22 0.12 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.22 0.54 0.09 0.33 0.63 0.22 0.31
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.44 0.29 0.41 0.10 0.32 0.25 0.39 0.49 0.22 0.00 0.04 0.19 0.35 1.03 0.24 0.34
O3' 0.34 0.30 0.03 0.01 0.08 0.02 0.20 0.22 0.18 0.15 0.20 0.09 0.54 0.04 0.00 0.20 0.46 1.39 0.46 0.48
O4' 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.05 0.09 0.19 0.20 0.00 0.09 0.17 0.47 0.15
O5' 0.23 0.50 0.22 0.42 0.80 0.02 0.89 0.01 0.78 0.52 0.64 0.87 0.33 0.35 0.46 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.74 0.90 1.14 1.00 0.35 1.05 0.34 0.92 0.73 0.87 1.11 0.63 1.03 1.39 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.46 0.22 0.25 1.34 0.71 1.55 0.32 1.12 0.49 0.87 1.62 0.22 0.24 0.46 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.56 0.27 0.40 1.08 0.16 1.21 0.02 0.98 0.58 0.81 1.24 0.31 0.34 0.48 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00