ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43761

back

Distances from reference structure (by RMSD)

40, 13, 2, 0, 0, 28, 26, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 0.073, 0.143, 0.212, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.143 std_dev=0.070
N1 A 0, 0.047, 0.187, 0.326, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.187 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.075, 0.234, 0.393, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.234 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.012, 0.265, 0.518, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.265 std_dev=0.253
C2 B 0, -0.094, 0.174, 0.443, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.174 std_dev=0.269
C2 A 0, 0.057, 0.342, 0.627, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.342 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.065, 0.377, 0.689, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.377 std_dev=0.312
C1' A 0, -0.072, 0.240, 0.552, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.240 std_dev=0.312
N3 A 0, 0.073, 0.391, 0.709, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.391 std_dev=0.318
C6 A 0, -0.054, 0.275, 0.604, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.275 std_dev=0.329
O4' A 0, 0.084, 0.428, 0.773, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.428 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.048, 0.506, 0.965, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.506 std_dev=0.459
C4 A 0, -0.122, 0.342, 0.805, 3.336 max_d=3.336 avg_d=0.342 std_dev=0.464
C4' A 0, 0.067, 0.578, 1.088, 2.730 max_d=2.730 avg_d=0.578 std_dev=0.511
O5' A 0, 0.165, 0.709, 1.253, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.709 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.010, 0.558, 1.107, 3.211 max_d=3.211 avg_d=0.558 std_dev=0.548
C5 A 0, -0.237, 0.312, 0.862, 4.222 max_d=4.222 avg_d=0.312 std_dev=0.549
O2 A 0, -0.017, 0.549, 1.114, 3.658 max_d=3.658 avg_d=0.549 std_dev=0.565
OP1 A 0, 0.224, 0.797, 1.371, 4.215 max_d=4.215 avg_d=0.797 std_dev=0.574
C1' B 0, -0.050, 0.532, 1.114, 3.634 max_d=3.634 avg_d=0.532 std_dev=0.582
C2' A 0, -0.244, 0.342, 0.928, 4.555 max_d=4.555 avg_d=0.342 std_dev=0.586
O2 B 0, -0.184, 0.418, 1.019, 4.409 max_d=4.409 avg_d=0.418 std_dev=0.602
P A 0, 0.111, 0.775, 1.438, 4.638 max_d=4.638 avg_d=0.775 std_dev=0.664
C3' A 0, -0.153, 0.561, 1.275, 5.151 max_d=5.151 avg_d=0.561 std_dev=0.714
C5' A 0, 0.167, 0.894, 1.621, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.894 std_dev=0.727
N4 B 0, 0.045, 0.795, 1.544, 4.430 max_d=4.430 avg_d=0.795 std_dev=0.750
O4' B 0, 0.098, 0.874, 1.651, 3.126 max_d=3.126 avg_d=0.874 std_dev=0.777
O2' A 0, -0.438, 0.394, 1.226, 6.520 max_d=6.520 avg_d=0.394 std_dev=0.832
C2' B 0, -0.052, 0.794, 1.640, 5.483 max_d=5.483 avg_d=0.794 std_dev=0.846
OP2 A 0, -0.070, 0.821, 1.711, 6.786 max_d=6.786 avg_d=0.821 std_dev=0.891
O2' B 0, -0.409, 0.559, 1.526, 7.482 max_d=7.482 avg_d=0.559 std_dev=0.967
O3' A 0, -0.244, 0.759, 1.763, 7.263 max_d=7.263 avg_d=0.759 std_dev=1.003
OP1 B 0, 0.154, 1.214, 2.275, 5.311 max_d=5.311 avg_d=1.214 std_dev=1.061
O5' B 0, 0.208, 1.308, 2.408, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.308 std_dev=1.100
C5' B 0, 0.263, 1.499, 2.736, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.499 std_dev=1.236
C4' B 0, 0.164, 1.461, 2.757, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.461 std_dev=1.296
P B 0, 0.260, 1.862, 3.465, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.862 std_dev=1.603
C3' B 0, 0.150, 1.772, 3.394, 5.818 max_d=5.818 avg_d=1.772 std_dev=1.622
O3' B 0, 0.174, 2.648, 5.122, 8.023 max_d=8.023 avg_d=2.648 std_dev=2.474
OP2 B 0, 0.519, 3.253, 5.987, 6.273 max_d=6.273 avg_d=3.253 std_dev=2.734

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.14 0.15 0.22 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.01 0.03 0.35 0.30 0.32 0.27
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.07 0.00 0.02 0.05 0.01 0.29 0.35 0.11 0.23
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.04 0.12 0.07 0.10 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.39 0.44 0.12 0.32
C4 0.04 0.06 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.04 0.02 0.04 0.14 0.08 0.00 0.03 0.55 0.45 0.57 0.48
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.10 0.02 0.05 0.00 0.02 0.13 0.28 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.10 0.01 0.03 0.57 0.44 0.58 0.50
C5' 0.04 0.08 0.06 0.04 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.07 0.13 0.05 0.05 0.07 0.11 0.01 0.01 0.14 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.49 0.36 0.45 0.38
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01 0.34 0.27 0.31 0.25
N3 0.03 0.01 0.05 0.10 0.02 0.06 0.03 0.13 0.04 0.03 0.00 0.01 0.13 0.06 0.01 0.03 0.43 0.36 0.45 0.36
O2 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.01 0.05 0.28 0.27 0.23 0.20
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.14 0.10 0.12 0.05 0.09 0.07 0.13 0.10 0.00 0.04 0.05 0.07 0.14 0.25 0.15 0.13
O3' 0.09 0.08 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06 0.15 0.04 0.00 0.09 0.06 0.32 0.49 0.15 0.33
O4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.26 0.32 0.37 0.32
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.13 0.05 0.39 0.16
O5' 0.14 0.35 0.29 0.39 0.55 0.02 0.57 0.01 0.49 0.34 0.43 0.28 0.14 0.32 0.26 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.30 0.35 0.44 0.45 0.13 0.44 0.14 0.36 0.27 0.36 0.27 0.25 0.49 0.32 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.32 0.11 0.12 0.57 0.28 0.58 0.39 0.45 0.31 0.45 0.23 0.15 0.15 0.37 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.27 0.23 0.32 0.48 0.03 0.50 0.01 0.38 0.25 0.36 0.20 0.13 0.33 0.32 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.25 0.59 1.17 0.65 0.73 0.75 0.88 0.59 0.37 0.38 0.86 0.24 0.51 1.10 0.37 1.11 0.86 2.93 1.66
C2 0.60 0.36 0.78 1.43 0.56 1.03 0.72 1.16 0.63 0.49 0.31 0.73 0.47 0.75 1.49 0.64 1.32 1.03 3.24 1.91
C2' 0.22 0.34 0.29 0.82 0.84 0.44 0.91 0.65 0.69 0.42 0.55 1.08 0.13 0.35 0.63 0.32 0.93 0.91 2.64 1.51
C3' 0.22 0.36 0.15 0.56 0.80 0.24 0.84 0.47 0.63 0.40 0.54 1.02 0.26 0.45 0.32 0.37 0.77 0.87 2.46 1.38
C4 0.99 0.73 1.20 1.64 0.33 1.25 0.48 1.27 0.61 0.74 0.48 0.27 0.97 1.32 1.77 0.91 1.31 1.01 3.24 1.93
C4' 0.13 0.17 0.38 0.79 0.58 0.32 0.63 0.50 0.44 0.21 0.33 0.79 0.20 0.49 0.62 0.15 0.77 0.69 2.57 1.38
C5 0.98 0.79 1.21 1.56 0.34 1.15 0.44 1.14 0.59 0.76 0.55 0.21 1.04 1.32 1.63 0.86 1.20 0.89 3.13 1.82
C5' 0.28 0.21 0.49 0.75 0.32 0.29 0.39 0.35 0.22 0.15 0.15 0.52 0.41 0.67 0.62 0.23 0.60 0.54 2.48 1.26
C6 0.74 0.55 0.98 1.38 0.27 0.95 0.42 0.98 0.45 0.54 0.34 0.33 0.79 1.06 1.41 0.62 1.10 0.80 3.05 1.73
N1 0.54 0.32 0.77 1.31 0.45 0.88 0.60 0.99 0.50 0.40 0.22 0.63 0.49 0.78 1.32 0.50 1.16 0.88 3.08 1.76
N3 0.78 0.49 0.97 1.56 0.40 1.18 0.59 1.27 0.59 0.57 0.29 0.52 0.69 1.03 1.69 0.79 1.37 1.09 3.31 1.99
O2 0.66 0.51 0.74 1.49 0.85 1.13 1.01 1.30 0.88 0.66 0.58 1.01 0.43 0.52 1.53 0.78 1.49 1.18 3.32 2.01
O2' 0.38 0.57 0.33 0.83 1.09 0.51 1.11 0.71 0.87 0.62 0.81 1.34 0.32 0.26 0.58 0.47 0.99 0.96 2.50 1.45
O3' 0.49 0.63 0.22 0.32 1.00 0.40 1.01 0.53 0.81 0.64 0.79 1.22 0.52 0.56 0.18 0.65 0.76 0.93 2.19 1.26
O4 0.11 0.11 0.15 0.14 0.10 0.13 0.10 0.16 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.18 0.13 0.12 0.16 0.28 0.33 0.23
O4' 0.35 0.19 0.64 1.14 0.47 0.66 0.57 0.78 0.43 0.27 0.22 0.67 0.31 0.61 1.05 0.28 1.00 0.72 2.84 1.55
O5' 0.35 0.21 0.60 1.03 0.41 0.61 0.59 0.81 0.48 0.29 0.15 0.57 0.39 0.60 0.83 0.29 1.06 0.98 3.02 1.77
OP1 0.40 0.30 0.65 0.97 0.44 0.55 0.59 0.71 0.49 0.35 0.25 0.57 0.43 0.63 0.75 0.28 0.97 0.93 2.92 1.72
OP2 0.32 0.24 0.52 0.92 0.32 0.51 0.52 0.72 0.41 0.24 0.16 0.46 0.46 0.61 0.74 0.24 0.97 1.04 2.99 1.77
P 0.40 0.30 0.64 1.01 0.33 0.59 0.52 0.76 0.43 0.32 0.20 0.45 0.49 0.66 0.83 0.30 1.00 0.95 2.99 1.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.37 0.00 0.16 0.23 0.15 0.19
C2 0.01 0.00 0.15 0.25 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.28 0.22 0.07 0.09 0.31 0.56 0.16
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.21 0.14 0.01 0.11 0.03 0.27 0.00 0.02 0.02 0.40 0.63 0.75 0.75
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.41 0.00 0.43 0.02 0.37 0.25 0.34 0.44 0.16 0.01 0.00 0.02 0.13 0.07 0.51 0.26
C4 0.01 0.01 0.03 0.41 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.43 0.11 0.02 0.22 0.37 1.21 0.45
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.11 0.18 0.05 0.34 0.03 0.00 0.01 0.26 0.43 0.07
C5 0.01 0.01 0.10 0.43 0.00 0.21 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.42 0.22 0.06 0.24 0.36 1.25 0.50
C5' 0.06 0.07 0.21 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.19 0.08 0.13 0.22 0.06 0.11 0.24 0.01 0.01 0.41 0.49 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.37 0.01 0.20 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.15 0.09 0.16 0.32 0.81 0.32
N1 0.00 0.01 0.01 0.25 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.12 0.01 0.07 0.29 0.43 0.13
N3 0.01 0.00 0.11 0.34 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.10 0.05 0.16 0.35 0.91 0.30
N4 0.01 0.01 0.03 0.44 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.47 0.16 0.02 0.27 0.39 1.44 0.54
O2 0.03 0.00 0.27 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.43 0.12 0.08 0.29 0.33 0.10
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.43 0.34 0.42 0.11 0.34 0.25 0.37 0.47 0.18 0.00 0.03 0.23 0.26 0.52 0.83 0.72
O3' 0.37 0.22 0.02 0.00 0.11 0.03 0.22 0.24 0.15 0.12 0.10 0.16 0.43 0.03 0.00 0.26 0.35 0.46 0.31 0.08
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.12 0.23 0.26 0.00 0.08 0.16 0.08 0.11
O5' 0.16 0.09 0.40 0.13 0.22 0.01 0.24 0.01 0.16 0.07 0.16 0.27 0.08 0.26 0.35 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.31 0.63 0.07 0.37 0.26 0.36 0.41 0.32 0.29 0.35 0.39 0.29 0.52 0.46 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.56 0.75 0.51 1.21 0.43 1.25 0.49 0.81 0.43 0.91 1.44 0.33 0.83 0.31 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.16 0.75 0.26 0.45 0.07 0.50 0.01 0.32 0.13 0.30 0.54 0.10 0.72 0.08 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00