ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43771

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 38, 9, 0, 13, 9, 3, 20, 34, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.099, 0.230, 0.362, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.230 std_dev=0.131
C1' B 0, 0.099, 0.279, 0.459, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.279 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.109, 0.291, 0.473, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.291 std_dev=0.182
O4 A 0, 0.208, 0.400, 0.592, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.400 std_dev=0.192
C4 A 0, 0.111, 0.337, 0.564, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.337 std_dev=0.226
N1 A 0, 0.104, 0.354, 0.604, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.354 std_dev=0.250
O2 B 0, 0.146, 0.402, 0.657, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.402 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.147, 0.404, 0.660, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.404 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.106, 0.365, 0.625, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.365 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.184, 0.488, 0.791, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.488 std_dev=0.303
C5 B 0, 0.159, 0.485, 0.812, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.485 std_dev=0.327
N3 A 0, 0.200, 0.542, 0.884, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.542 std_dev=0.342
O4' A 0, 0.058, 0.415, 0.772, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.415 std_dev=0.357
O4 B 0, 0.267, 0.645, 1.022, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.645 std_dev=0.378
C6 A 0, 0.181, 0.588, 0.994, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.588 std_dev=0.406
C1' A 0, 0.177, 0.612, 1.047, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.612 std_dev=0.435
C5 A 0, 0.231, 0.718, 1.205, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.718 std_dev=0.487
O3' B 0, 0.392, 0.901, 1.410, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.901 std_dev=0.509
C2 A 0, 0.062, 0.624, 1.186, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.624 std_dev=0.562
C4' A 0, 0.234, 0.855, 1.476, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.855 std_dev=0.621
O4' B 0, 0.102, 0.829, 1.556, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.829 std_dev=0.727
C3' B 0, 0.193, 0.947, 1.702, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.947 std_dev=0.755
C2' B 0, 0.276, 1.061, 1.847, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.061 std_dev=0.785
C4' B 0, 0.087, 1.007, 1.926, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.007 std_dev=0.919
C5' A 0, 0.299, 1.235, 2.171, 3.512 max_d=3.512 avg_d=1.235 std_dev=0.936
C2' A 0, 0.123, 1.093, 2.062, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.093 std_dev=0.969
O2 A 0, 0.155, 1.161, 2.167, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.161 std_dev=1.006
C3' A 0, 0.178, 1.200, 2.221, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.200 std_dev=1.022
O5' A 0, 0.278, 1.450, 2.621, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.450 std_dev=1.171
O2' A 0, 0.211, 1.395, 2.578, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.395 std_dev=1.184
O2' B 0, 0.527, 1.784, 3.040, 3.177 max_d=3.177 avg_d=1.784 std_dev=1.256
O3' A 0, 0.186, 1.640, 3.093, 3.534 max_d=3.534 avg_d=1.640 std_dev=1.454
O5' B 0, 0.302, 1.855, 3.408, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.855 std_dev=1.553
P A 0, 0.341, 2.014, 3.686, 5.597 max_d=5.597 avg_d=2.014 std_dev=1.673
C5' B 0, 0.033, 1.839, 3.645, 4.311 max_d=4.311 avg_d=1.839 std_dev=1.806
OP2 A 0, 0.327, 2.177, 4.027, 5.622 max_d=5.622 avg_d=2.177 std_dev=1.850
OP1 A 0, 0.435, 2.430, 4.424, 6.723 max_d=6.723 avg_d=2.430 std_dev=1.994
OP2 B 0, 0.351, 3.031, 5.712, 6.375 max_d=6.375 avg_d=3.031 std_dev=2.680
P B 0, 0.118, 2.817, 5.516, 6.117 max_d=6.117 avg_d=2.817 std_dev=2.699
OP1 B 0, 0.044, 3.886, 7.728, 8.554 max_d=8.554 avg_d=3.886 std_dev=3.842

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.13 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.05 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.06 0.14 0.12 0.19 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.15 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.07 0.11 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.12 0.04 0.06 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.12 0.11 0.06
C4 0.03 0.05 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.00 0.02 0.22 0.19 0.31 0.20
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03
C5 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.14 0.00 0.03 0.24 0.20 0.30 0.20
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.10 0.06 0.11 0.04 0.04 0.03 0.08 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.01 0.04 0.19 0.13 0.21 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.13 0.09 0.17 0.09
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.00 0.06 0.20 0.17 0.27 0.18
O2 0.02 0.01 0.15 0.11 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.15 0.01 0.06 0.10 0.11 0.17 0.09
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.17 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.11 0.04
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.14 0.03 0.13 0.04 0.07 0.15 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.18 0.10 0.08
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.09 0.13 0.16 0.13
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.13 0.09
O5' 0.05 0.14 0.07 0.10 0.22 0.01 0.24 0.01 0.19 0.13 0.20 0.10 0.04 0.09 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.12 0.07 0.12 0.19 0.05 0.20 0.09 0.13 0.09 0.17 0.11 0.07 0.18 0.13 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.19 0.11 0.11 0.31 0.10 0.30 0.10 0.21 0.17 0.27 0.17 0.11 0.10 0.16 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.04 0.06 0.20 0.03 0.20 0.01 0.13 0.09 0.18 0.09 0.04 0.08 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.81 0.21 0.41 1.02 1.29 1.01 1.95 0.89 0.78 0.93 0.73 0.85 0.58 1.10 1.37 1.84 3.32 2.10 2.66
C2 0.46 0.68 0.38 0.28 0.92 1.17 0.88 1.87 0.73 0.63 0.82 0.61 1.10 0.48 1.03 1.25 1.89 3.65 2.50 2.87
C2' 1.16 1.36 0.45 0.75 1.59 1.69 1.60 2.23 1.48 1.34 1.48 1.26 0.34 0.75 1.66 1.87 2.17 3.46 2.47 2.94
C3' 1.04 1.22 0.42 0.70 1.40 1.57 1.40 2.11 1.31 1.20 1.32 1.14 0.33 0.70 1.45 1.70 2.03 3.37 2.10 2.77
C4 0.37 0.41 0.84 0.27 0.47 0.78 0.41 1.49 0.36 0.37 0.46 0.41 1.59 0.49 0.54 0.75 1.61 3.67 2.39 2.68
C4' 0.54 0.71 0.21 0.40 0.87 1.16 0.85 1.78 0.76 0.68 0.80 0.65 0.79 0.60 0.92 1.19 1.54 2.77 1.34 2.13
C5 0.48 0.42 0.95 0.35 0.40 0.69 0.37 1.37 0.40 0.43 0.42 0.44 1.68 0.51 0.43 0.64 1.44 3.53 2.13 2.50
C5' 0.23 0.38 0.56 0.25 0.51 0.65 0.46 1.28 0.37 0.32 0.47 0.36 1.19 0.60 0.57 0.60 1.03 2.36 0.75 1.55
C6 0.33 0.38 0.73 0.21 0.47 0.82 0.41 1.52 0.35 0.34 0.44 0.37 1.44 0.43 0.54 0.80 1.54 3.49 2.07 2.53
N1 0.39 0.59 0.42 0.23 0.79 1.09 0.75 1.78 0.63 0.54 0.71 0.53 1.13 0.46 0.88 1.13 1.78 3.54 2.27 2.72
N3 0.33 0.52 0.60 0.20 0.71 1.00 0.66 1.72 0.52 0.45 0.64 0.47 1.34 0.44 0.82 1.03 1.80 3.72 2.54 2.84
O2 0.70 0.92 0.22 0.47 1.19 1.40 1.17 2.06 1.01 0.88 1.07 0.83 0.90 0.61 1.30 1.52 2.04 3.63 2.60 2.95
O2' 1.45 1.63 0.67 0.96 1.87 1.93 1.89 2.41 1.78 1.63 1.76 1.52 0.36 0.97 1.93 2.17 2.24 3.13 2.35 2.80
O3' 1.59 1.73 0.87 1.11 1.89 1.98 1.91 2.39 1.87 1.75 1.81 1.63 0.36 1.08 1.90 2.20 2.30 3.11 2.13 2.84
O4 0.19 0.24 0.46 0.19 0.33 0.74 0.26 1.49 0.20 0.19 0.31 0.24 1.29 0.55 0.42 0.69 1.59 3.80 2.55 2.75
O4' 0.31 0.49 0.40 0.30 0.65 0.99 0.63 1.68 0.52 0.44 0.59 0.44 1.13 0.65 0.72 1.00 1.50 2.92 1.52 2.23
O5' 0.45 0.37 0.86 0.34 0.46 0.44 0.47 1.09 0.46 0.41 0.42 0.34 1.54 0.58 0.51 0.37 0.96 2.70 1.00 1.68
OP1 1.42 1.20 1.66 1.09 1.28 0.80 1.42 0.65 1.50 1.37 1.19 1.09 2.19 1.05 1.24 0.99 0.53 1.51 0.36 0.56
OP2 1.28 1.13 1.54 0.86 1.24 0.46 1.39 0.56 1.44 1.28 1.13 1.03 2.32 1.02 1.20 0.67 0.53 2.48 0.89 1.33
P 1.21 1.05 1.51 0.89 1.10 0.46 1.21 0.58 1.27 1.17 1.03 0.97 2.24 1.04 1.06 0.65 0.47 2.15 0.53 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.01 0.00 0.35 0.61 0.89 0.51
C2 0.02 0.00 0.26 0.16 0.01 0.21 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.17 0.01 0.35 0.41 0.66 1.23 0.63
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.04 0.01 0.21 0.20 0.28 0.02 0.19 0.45 0.00 0.02 0.05 0.02 0.13 0.69 0.34 0.23
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.21 0.00 0.20 0.03 0.16 0.12 0.20 0.15 0.01 0.01 0.23 0.01 0.39 0.28 0.50 0.27
C4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.07 0.00 0.03 0.90 1.50 2.10 1.34
C4' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.27 0.04 0.16 0.40 0.22 0.02 0.07 0.00 0.01 0.26 0.33 0.05
C5 0.01 0.01 0.21 0.20 0.00 0.22 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.10 0.01 0.24 1.16 1.91 2.41 1.68
C5' 0.07 0.27 0.20 0.03 0.12 0.00 0.34 0.00 0.38 0.08 0.21 0.49 0.06 0.17 0.13 0.02 0.01 0.33 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.28 0.16 0.01 0.27 0.00 0.38 0.00 0.00 0.01 0.01 0.58 0.12 0.01 0.34 1.10 1.71 2.12 1.52
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.15 0.01 0.01 0.64 1.00 1.44 0.90
N3 0.01 0.00 0.19 0.20 0.00 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.12 0.01 0.25 0.59 0.96 1.60 0.90
O2 0.02 0.00 0.45 0.15 0.01 0.40 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.78 0.25 0.01 0.60 0.17 0.26 0.79 0.27
O2' 0.02 0.42 0.00 0.01 0.29 0.22 0.53 0.06 0.58 0.16 0.35 0.78 0.00 0.04 0.31 0.15 0.20 0.72 0.34 0.18
O3' 0.27 0.17 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.17 0.12 0.15 0.12 0.25 0.04 0.00 0.06 0.18 0.47 0.32 0.65 0.43
O4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.06 0.00 0.05 0.93 1.59 2.24 1.41
O4' 0.00 0.35 0.02 0.01 0.03 0.00 0.24 0.02 0.34 0.01 0.25 0.60 0.15 0.18 0.05 0.00 0.47 0.37 0.97 0.51
O5' 0.35 0.41 0.13 0.39 0.90 0.01 1.16 0.01 1.10 0.64 0.59 0.17 0.20 0.47 0.93 0.47 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.61 0.66 0.69 0.28 1.50 0.26 1.91 0.33 1.71 1.00 0.96 0.26 0.72 0.32 1.59 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.89 1.23 0.34 0.50 2.10 0.33 2.41 0.28 2.12 1.44 1.60 0.79 0.34 0.65 2.24 0.97 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.51 0.63 0.23 0.27 1.34 0.05 1.68 0.02 1.52 0.90 0.90 0.27 0.18 0.43 1.41 0.51 0.00 0.00 0.01 0.00