ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43798

back

Distances from reference structure (by RMSD)

45, 9, 2, 3, 0, 0, 0, 3, 12, 12, 0, 2, 2, 5, 12, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.009, 0.310, 0.611, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.310 std_dev=0.301
C2 A 0, -0.007, 0.319, 0.646, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.319 std_dev=0.326
C6 B 0, 0.004, 0.333, 0.661, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.333 std_dev=0.328
N1 A 0, -0.005, 0.361, 0.726, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.361 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.030, 0.401, 0.772, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.401 std_dev=0.371
C5 A 0, 0.008, 0.397, 0.786, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.397 std_dev=0.389
C6 A 0, 0.003, 0.434, 0.865, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.434 std_dev=0.431
C4 A 0, 0.008, 0.455, 0.902, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.455 std_dev=0.447
C5 B 0, -0.036, 0.417, 0.871, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.417 std_dev=0.454
N3 A 0, 0.008, 0.470, 0.931, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.470 std_dev=0.462
O2 B 0, 0.017, 0.608, 1.199, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.608 std_dev=0.591
O2 A 0, -0.019, 0.611, 1.241, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.611 std_dev=0.630
O4 B 0, -0.086, 0.583, 1.252, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.583 std_dev=0.669
N3 B 0, 0.019, 0.708, 1.397, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.708 std_dev=0.689
C4 B 0, -0.089, 0.693, 1.475, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.693 std_dev=0.782
C1' B 0, -0.062, 0.738, 1.538, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.738 std_dev=0.800
C1' A 0, -0.054, 0.750, 1.553, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.750 std_dev=0.803
N4 A 0, -0.021, 0.794, 1.609, 2.448 max_d=2.448 avg_d=0.794 std_dev=0.815
C2' A 0, -0.055, 0.936, 1.926, 2.889 max_d=2.889 avg_d=0.936 std_dev=0.990
O4' B 0, -0.011, 0.994, 1.998, 2.750 max_d=2.750 avg_d=0.994 std_dev=1.005
C2' B 0, -0.025, 0.994, 2.012, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.994 std_dev=1.019
O5' B 0, 0.181, 1.289, 2.397, 3.791 max_d=3.791 avg_d=1.289 std_dev=1.108
O4' A 0, -0.042, 1.098, 2.238, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.098 std_dev=1.140
O2' A 0, -0.042, 1.099, 2.239, 3.630 max_d=3.630 avg_d=1.099 std_dev=1.140
C3' B 0, 0.018, 1.244, 2.470, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.244 std_dev=1.226
P B 0, 0.200, 1.443, 2.687, 5.655 max_d=5.655 avg_d=1.443 std_dev=1.243
C4' B 0, 0.000, 1.272, 2.545, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.272 std_dev=1.272
O5' A 0, 0.145, 1.493, 2.840, 4.047 max_d=4.047 avg_d=1.493 std_dev=1.348
P A 0, 0.201, 1.562, 2.923, 4.759 max_d=4.759 avg_d=1.562 std_dev=1.361
C5' B 0, 0.132, 1.501, 2.870, 4.210 max_d=4.210 avg_d=1.501 std_dev=1.369
OP2 A 0, 0.248, 1.688, 3.128, 5.603 max_d=5.603 avg_d=1.688 std_dev=1.440
C3' A 0, 0.011, 1.466, 2.922, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.466 std_dev=1.455
OP2 B 0, 0.135, 1.616, 3.097, 5.295 max_d=5.295 avg_d=1.616 std_dev=1.481
C4' A 0, 0.016, 1.509, 3.001, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.509 std_dev=1.493
O2' B 0, -0.100, 1.398, 2.896, 4.281 max_d=4.281 avg_d=1.398 std_dev=1.498
OP1 B 0, 0.206, 1.790, 3.375, 7.252 max_d=7.252 avg_d=1.790 std_dev=1.584
C5' A 0, 0.116, 1.722, 3.328, 4.529 max_d=4.529 avg_d=1.722 std_dev=1.606
O3' B 0, -0.040, 1.648, 3.336, 5.079 max_d=5.079 avg_d=1.648 std_dev=1.688
OP1 A 0, 0.296, 2.103, 3.911, 6.132 max_d=6.132 avg_d=2.103 std_dev=1.808
O3' A 0, 0.052, 2.017, 3.981, 5.317 max_d=5.317 avg_d=2.017 std_dev=1.964

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.19 0.01 0.17 0.30 0.34 0.17
C2 0.04 0.00 0.15 0.19 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.11 0.24 0.43 0.44 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.05 0.02 0.14 0.13 0.17 0.03 0.11 0.06 0.27 0.00 0.03 0.01 0.25 0.36 0.44 0.33
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.27 0.00 0.32 0.03 0.30 0.17 0.23 0.28 0.22 0.02 0.01 0.02 0.13 0.22 0.20 0.15
C4 0.02 0.02 0.05 0.27 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.19 0.03 0.30 0.52 0.67 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.16 0.06 0.06 0.11 0.09 0.22 0.02 0.01 0.02 0.12 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.28 0.07 0.36 0.49 0.77 0.32
C5' 0.07 0.14 0.13 0.03 0.19 0.01 0.23 0.00 0.22 0.12 0.16 0.20 0.16 0.11 0.15 0.02 0.01 0.16 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.30 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.25 0.10 0.34 0.41 0.66 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.09 0.02 0.22 0.37 0.46 0.21
N3 0.03 0.00 0.11 0.23 0.01 0.06 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.13 0.09 0.27 0.50 0.53 0.31
N4 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.22 0.03 0.32 0.52 0.70 0.35
O2 0.06 0.01 0.27 0.22 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.29 0.17 0.25 0.41 0.37 0.29
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.24 0.22 0.26 0.11 0.24 0.14 0.22 0.23 0.26 0.00 0.08 0.14 0.18 0.32 0.44 0.28
O3' 0.19 0.15 0.03 0.01 0.19 0.02 0.28 0.15 0.25 0.09 0.13 0.22 0.29 0.08 0.00 0.14 0.26 0.43 0.29 0.28
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.09 0.03 0.17 0.14 0.14 0.00 0.16 0.30 0.24 0.15
O5' 0.17 0.24 0.25 0.13 0.30 0.02 0.36 0.01 0.34 0.22 0.27 0.32 0.25 0.18 0.26 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.43 0.36 0.22 0.52 0.12 0.49 0.16 0.41 0.37 0.50 0.52 0.41 0.32 0.43 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.44 0.44 0.20 0.67 0.15 0.77 0.20 0.66 0.46 0.53 0.70 0.37 0.44 0.29 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.27 0.33 0.15 0.32 0.04 0.32 0.01 0.27 0.21 0.31 0.35 0.29 0.28 0.28 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 1.01 0.57 0.78 1.31 0.68 1.10 0.60 0.86 0.79 1.25 0.95 1.15 1.32 0.74 0.58 0.63 0.98 0.86 0.75
C2 0.52 0.43 1.08 1.29 0.64 1.17 0.50 1.14 0.42 0.35 0.60 0.45 1.54 1.76 0.46 0.60 0.90 1.29 0.91 0.91
C2' 0.85 1.42 0.35 0.64 1.57 0.58 1.34 0.57 1.16 1.17 1.58 1.46 0.61 1.16 0.85 0.85 0.70 0.89 0.97 0.80
C3' 1.16 1.84 0.75 0.96 2.01 0.84 1.72 0.78 1.49 1.52 2.05 1.90 0.72 1.37 1.48 1.07 0.95 1.03 1.23 1.01
C4 0.75 0.30 1.23 1.46 0.41 1.46 0.29 1.52 0.42 0.36 0.45 0.45 1.63 1.87 0.31 0.90 1.26 1.79 1.27 1.33
C4' 1.08 1.82 0.74 0.91 2.13 0.85 1.83 0.81 1.55 1.50 2.12 1.78 0.91 1.28 1.60 1.04 0.99 1.12 1.29 1.10
C5 0.66 0.60 1.09 1.24 0.78 1.24 0.47 1.21 0.32 0.37 0.82 0.73 1.56 1.68 0.65 0.75 1.00 1.62 1.06 1.11
C5' 0.98 1.82 0.76 0.88 2.23 0.80 1.87 0.74 1.51 1.44 2.21 1.78 0.97 1.26 1.79 0.92 0.91 1.12 1.25 1.03
C6 0.50 0.74 0.94 1.05 1.03 1.00 0.71 0.90 0.44 0.44 1.02 0.80 1.46 1.54 0.74 0.54 0.75 1.37 0.88 0.88
N1 0.30 0.63 0.84 1.00 0.93 0.90 0.68 0.81 0.42 0.35 0.89 0.64 1.40 1.52 0.55 0.40 0.67 1.16 0.79 0.75
N3 0.74 0.28 1.26 1.52 0.43 1.47 0.44 1.53 0.53 0.43 0.40 0.33 1.63 1.94 0.36 0.87 1.25 1.67 1.22 1.27
N4 0.90 0.33 1.34 1.61 0.30 1.65 0.39 1.78 0.61 0.53 0.37 0.47 1.66 2.00 0.30 1.10 1.50 2.02 1.52 1.58
O2 0.64 0.65 1.15 1.36 0.80 1.14 0.75 1.12 0.69 0.63 0.75 0.63 1.53 1.83 0.74 0.70 0.89 1.15 0.86 0.85
O2' 1.22 1.60 0.61 0.75 1.67 0.86 1.52 0.89 1.42 1.45 1.67 1.63 0.58 1.11 0.62 1.22 1.00 1.04 1.20 1.08
O3' 1.77 2.31 1.38 1.52 2.42 1.38 2.19 1.33 2.01 2.05 2.47 2.38 1.19 1.74 1.97 1.63 1.51 1.44 1.77 1.54
O4' 0.69 1.26 0.69 0.84 1.65 0.79 1.41 0.71 1.12 1.02 1.58 1.15 1.19 1.30 1.16 0.77 0.78 1.07 1.03 0.90
O5' 0.74 1.57 0.64 0.82 1.95 0.74 1.56 0.65 1.19 1.16 1.95 1.58 0.97 1.30 1.61 0.69 0.66 0.93 0.90 0.71
OP1 1.03 1.89 0.94 0.99 2.30 0.87 1.87 0.77 1.48 1.45 2.31 1.91 1.09 1.35 2.11 0.88 0.91 1.37 1.23 1.06
OP2 0.57 1.31 0.70 0.91 1.68 0.89 1.23 0.84 0.85 0.86 1.70 1.38 1.07 1.45 1.46 0.61 0.58 0.89 0.57 0.49
P 0.67 1.49 0.69 0.84 1.92 0.77 1.48 0.65 1.08 1.05 1.92 1.52 1.04 1.33 1.65 0.61 0.61 1.02 0.85 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.16 0.02 0.01 0.24 0.50 0.36 0.17
C2 0.02 0.00 0.14 0.21 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.01 0.07 0.37 0.50 0.61 0.22
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.03 0.09 0.13 0.12 0.03 0.11 0.23 0.00 0.03 0.06 0.01 0.35 0.39 0.51 0.32
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.31 0.00 0.31 0.03 0.28 0.19 0.26 0.20 0.02 0.01 0.35 0.02 0.27 0.20 0.33 0.21
C4 0.03 0.05 0.06 0.31 0.00 0.13 0.01 0.18 0.02 0.03 0.02 0.04 0.25 0.24 0.01 0.04 0.56 0.40 1.02 0.48
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.05 0.23 0.02 0.14 0.00 0.01 0.31 0.18 0.12
C5 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.16 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.28 0.01 0.05 0.60 0.38 1.08 0.55
C5' 0.06 0.09 0.13 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.08 0.11 0.14 0.19 0.02 0.01 0.16 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.28 0.02 0.15 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.23 0.01 0.07 0.54 0.33 0.85 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.09 0.02 0.01 0.39 0.42 0.60 0.24
N3 0.03 0.01 0.11 0.26 0.02 0.08 0.02 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01 0.24 0.18 0.01 0.06 0.46 0.46 0.81 0.33
O2 0.03 0.01 0.23 0.20 0.04 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.27 0.01 0.10 0.29 0.60 0.47 0.17
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.25 0.23 0.24 0.11 0.20 0.14 0.24 0.22 0.00 0.07 0.29 0.16 0.21 0.46 0.40 0.25
O3' 0.16 0.16 0.03 0.01 0.24 0.02 0.28 0.14 0.23 0.09 0.18 0.27 0.07 0.00 0.29 0.11 0.29 0.41 0.33 0.32
O4 0.02 0.01 0.06 0.35 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.29 0.00 0.03 0.64 0.46 1.23 0.58
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.10 0.16 0.11 0.03 0.00 0.14 0.56 0.24 0.20
O5' 0.24 0.37 0.35 0.27 0.56 0.01 0.60 0.01 0.54 0.39 0.46 0.29 0.21 0.29 0.64 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.50 0.39 0.20 0.40 0.31 0.38 0.16 0.33 0.42 0.46 0.60 0.46 0.41 0.46 0.56 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.61 0.51 0.33 1.02 0.18 1.08 0.21 0.85 0.60 0.81 0.47 0.40 0.33 1.23 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.22 0.32 0.21 0.48 0.12 0.55 0.02 0.43 0.24 0.33 0.17 0.25 0.32 0.58 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00