ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43807

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 22, 6, 5, 16, 32, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.037, 0.141, 0.245, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.141 std_dev=0.104
C6 A 0, 0.044, 0.166, 0.288, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.166 std_dev=0.122
N1 A 0, 0.021, 0.147, 0.273, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.147 std_dev=0.126
C5 A 0, 0.049, 0.188, 0.328, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.188 std_dev=0.139
C4 A 0, 0.057, 0.207, 0.357, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.207 std_dev=0.150
C2 A 0, 0.054, 0.205, 0.357, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.205 std_dev=0.152
N3 A 0, 0.057, 0.210, 0.363, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.210 std_dev=0.153
N3 B 0, 0.070, 0.281, 0.493, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.281 std_dev=0.212
C1' A 0, 0.049, 0.274, 0.500, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.274 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.068, 0.301, 0.533, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.301 std_dev=0.233
O2 A 0, 0.091, 0.347, 0.602, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.347 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.083, 0.351, 0.619, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.351 std_dev=0.268
C2' A 0, -0.003, 0.266, 0.535, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.266 std_dev=0.269
O4 A 0, 0.108, 0.380, 0.653, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.380 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.053, 0.329, 0.604, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.329 std_dev=0.276
C3' A 0, 0.016, 0.313, 0.610, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.313 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.078, 0.394, 0.711, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.394 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.047, 0.374, 0.701, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.374 std_dev=0.327
O4' A 0, 0.036, 0.370, 0.705, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.370 std_dev=0.335
O2' A 0, 0.057, 0.411, 0.764, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.411 std_dev=0.354
C4' A 0, 0.054, 0.424, 0.794, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.424 std_dev=0.370
O3' A 0, 0.022, 0.433, 0.844, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.433 std_dev=0.411
C4' B 0, 0.072, 0.492, 0.911, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.492 std_dev=0.420
C5' B 0, 0.081, 0.537, 0.992, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.537 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.067, 0.534, 1.000, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.534 std_dev=0.466
C5 B 0, 0.067, 0.553, 1.039, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.553 std_dev=0.486
P A 0, 0.026, 0.540, 1.053, 3.590 max_d=3.590 avg_d=0.540 std_dev=0.514
OP1 A 0, 0.200, 0.733, 1.265, 3.081 max_d=3.081 avg_d=0.733 std_dev=0.533
N4 B 0, 0.078, 0.619, 1.161, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.619 std_dev=0.541
O5' B 0, 0.072, 0.618, 1.163, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.618 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.054, 0.608, 1.162, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.608 std_dev=0.554
O2 B 0, 0.130, 0.732, 1.334, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.732 std_dev=0.602
O5' A 0, 0.053, 0.658, 1.263, 3.461 max_d=3.461 avg_d=0.658 std_dev=0.605
C5' A 0, 0.045, 0.652, 1.259, 3.539 max_d=3.539 avg_d=0.652 std_dev=0.607
P B 0, -0.001, 0.609, 1.219, 3.782 max_d=3.782 avg_d=0.609 std_dev=0.610
O2' B 0, 0.099, 0.747, 1.396, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.747 std_dev=0.648
OP2 A 0, 0.032, 0.683, 1.335, 4.828 max_d=4.828 avg_d=0.683 std_dev=0.652
OP2 B 0, -0.097, 0.695, 1.486, 5.559 max_d=5.559 avg_d=0.695 std_dev=0.792
O3' B 0, 0.038, 0.831, 1.625, 3.297 max_d=3.297 avg_d=0.831 std_dev=0.794
OP1 B 0, -0.031, 0.907, 1.844, 5.876 max_d=5.876 avg_d=0.907 std_dev=0.937

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.18 0.23 0.51 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.02 0.07 0.35 0.24 0.53 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.16 0.00 0.03 0.07 0.01 0.29 0.28 0.34 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.03 0.11 0.04 0.08 0.14 0.02 0.01 0.09 0.01 0.41 0.38 0.28 0.26
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.00 0.03 0.52 0.28 0.55 0.27
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.17 0.42 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.04 0.56 0.30 0.56 0.29
C5' 0.02 0.08 0.02 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.08 0.05 0.06 0.13 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.05 0.50 0.28 0.55 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.35 0.24 0.53 0.17
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.44 0.26 0.54 0.22
O2 0.03 0.01 0.16 0.14 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.02 0.10 0.27 0.22 0.52 0.16
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.03 0.06 0.13 0.00 0.07 0.07 0.03 0.12 0.25 0.35 0.06
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.12 0.06 0.12 0.05 0.11 0.16 0.07 0.00 0.12 0.02 0.40 0.50 0.26 0.35
O4 0.02 0.02 0.07 0.09 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.00 0.03 0.55 0.29 0.56 0.30
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.10 0.03 0.02 0.03 0.00 0.19 0.28 0.61 0.27
O5' 0.18 0.35 0.29 0.41 0.52 0.01 0.56 0.01 0.50 0.35 0.44 0.27 0.12 0.40 0.55 0.19 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.24 0.28 0.38 0.28 0.17 0.30 0.17 0.28 0.24 0.26 0.22 0.25 0.50 0.29 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.53 0.34 0.28 0.55 0.42 0.56 0.41 0.55 0.53 0.54 0.52 0.35 0.26 0.56 0.61 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.18 0.12 0.26 0.27 0.06 0.29 0.01 0.24 0.17 0.22 0.16 0.06 0.35 0.30 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.36 0.64 0.60 0.43 0.46 0.55 0.29 0.39 0.28 0.33 0.56 0.55 0.84 0.93 0.32 0.29 0.10 0.15 0.06
C2 0.35 0.32 0.53 0.44 0.40 0.37 0.54 0.22 0.39 0.24 0.28 0.53 0.53 0.76 0.75 0.29 0.40 0.23 0.25 0.16
C2' 0.42 0.34 0.63 0.62 0.41 0.51 0.54 0.34 0.38 0.28 0.30 0.53 0.53 0.80 0.94 0.35 0.32 0.13 0.15 0.12
C3' 0.19 0.17 0.39 0.41 0.39 0.31 0.50 0.24 0.34 0.15 0.23 0.51 0.27 0.50 0.68 0.16 0.16 0.08 0.14 0.01
C4 0.32 0.27 0.42 0.35 0.29 0.36 0.38 0.23 0.27 0.20 0.22 0.38 0.44 0.63 0.63 0.31 0.31 0.18 0.38 0.15
C4' 0.28 0.27 0.47 0.44 0.46 0.33 0.57 0.29 0.42 0.26 0.31 0.58 0.34 0.59 0.72 0.26 0.19 0.20 0.18 0.09
C5 0.33 0.28 0.43 0.41 0.29 0.41 0.35 0.29 0.26 0.23 0.24 0.37 0.41 0.61 0.69 0.33 0.25 0.16 0.43 0.17
C5' 0.40 0.39 0.41 0.37 0.53 0.39 0.60 0.40 0.52 0.41 0.43 0.61 0.37 0.46 0.59 0.46 0.30 0.32 0.33 0.20
C6 0.34 0.29 0.49 0.47 0.33 0.43 0.40 0.31 0.29 0.23 0.26 0.43 0.43 0.66 0.77 0.32 0.25 0.14 0.38 0.16
N1 0.35 0.31 0.54 0.49 0.38 0.41 0.49 0.25 0.35 0.23 0.27 0.50 0.49 0.74 0.82 0.29 0.31 0.12 0.26 0.09
N3 0.33 0.29 0.46 0.37 0.35 0.35 0.47 0.22 0.34 0.21 0.25 0.46 0.49 0.69 0.66 0.29 0.39 0.24 0.31 0.17
O2 0.41 0.38 0.58 0.48 0.48 0.39 0.63 0.25 0.48 0.30 0.34 0.61 0.60 0.84 0.77 0.32 0.47 0.31 0.22 0.23
O2' 0.62 0.54 0.86 0.83 0.50 0.65 0.63 0.45 0.48 0.46 0.45 0.61 0.75 1.05 1.12 0.52 0.38 0.16 0.15 0.17
O3' 0.19 0.17 0.38 0.42 0.38 0.28 0.50 0.22 0.35 0.16 0.23 0.49 0.24 0.45 0.64 0.14 0.02 0.02 0.03 0.01
O4 0.34 0.30 0.40 0.33 0.25 0.38 0.33 0.25 0.24 0.23 0.23 0.33 0.47 0.63 0.58 0.35 0.29 0.20 0.41 0.16
O4' 0.32 0.30 0.55 0.51 0.45 0.38 0.57 0.28 0.40 0.25 0.32 0.59 0.44 0.72 0.82 0.26 0.22 0.16 0.18 0.05
O5' 0.72 0.57 0.85 0.88 0.48 0.88 0.49 0.83 0.51 0.58 0.49 0.54 0.66 0.96 1.09 0.74 0.62 0.60 0.76 0.59
OP1 0.69 0.57 0.79 0.83 0.45 0.79 0.48 0.79 0.57 0.61 0.49 0.38 0.61 0.82 0.96 0.69 0.74 0.97 0.87 0.78
OP2 0.50 0.52 0.45 0.44 0.57 0.52 0.56 0.48 0.51 0.50 0.54 0.63 0.53 0.51 0.63 0.54 0.32 0.46 0.52 0.34
P 0.65 0.55 0.71 0.72 0.46 0.73 0.47 0.69 0.51 0.56 0.49 0.47 0.61 0.78 0.88 0.67 0.55 0.69 0.72 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.13 0.01 0.08 0.50 0.25 0.21
C2 0.02 0.00 0.14 0.15 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.06 0.16 0.54 0.46 0.28
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.07 0.13 0.02 0.11 0.06 0.27 0.01 0.02 0.01 0.15 0.44 0.25 0.24
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.18 0.00 0.21 0.02 0.21 0.10 0.15 0.12 0.23 0.02 0.01 0.01 0.08 0.27 0.11 0.11
C4 0.02 0.03 0.05 0.18 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.13 0.03 0.24 0.55 0.53 0.35
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.07 0.07 0.13 0.02 0.00 0.01 0.31 0.07 0.06
C5 0.01 0.02 0.11 0.21 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.20 0.06 0.25 0.55 0.47 0.36
C5' 0.03 0.08 0.07 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.11 0.08 0.07 0.09 0.01 0.01 0.20 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.19 0.08 0.22 0.54 0.38 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.15 0.53 0.38 0.26
N3 0.02 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.15 0.05 0.19 0.55 0.52 0.31
N4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.02 0.14 0.54 0.56 0.37
O2 0.03 0.01 0.27 0.23 0.02 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.32 0.09 0.15 0.54 0.44 0.26
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.14 0.13 0.14 0.07 0.13 0.09 0.17 0.06 0.24 0.00 0.05 0.10 0.12 0.43 0.18 0.20
O3' 0.13 0.18 0.02 0.01 0.13 0.02 0.20 0.09 0.19 0.07 0.15 0.15 0.32 0.05 0.00 0.08 0.17 0.24 0.25 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.09 0.10 0.08 0.00 0.10 0.51 0.21 0.21
O5' 0.08 0.16 0.15 0.08 0.24 0.01 0.25 0.01 0.22 0.15 0.19 0.14 0.15 0.12 0.17 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.50 0.54 0.44 0.27 0.55 0.31 0.55 0.20 0.54 0.53 0.55 0.54 0.54 0.43 0.24 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.46 0.25 0.11 0.53 0.07 0.47 0.13 0.38 0.38 0.52 0.56 0.44 0.18 0.25 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.28 0.24 0.11 0.35 0.06 0.36 0.02 0.32 0.26 0.31 0.37 0.26 0.20 0.22 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00