ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43820

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 13, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 28, 27, 8, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.017, 0.137, 0.257, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.137 std_dev=0.120
N1 A 0, 0.020, 0.210, 0.400, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.210 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.019, 0.324, 0.629, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.324 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.030, 0.344, 0.658, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.344 std_dev=0.314
C4 A 0, -0.010, 0.358, 0.726, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.358 std_dev=0.368
C1' A 0, 0.025, 0.456, 0.888, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.456 std_dev=0.431
N4 B 0, -0.053, 0.432, 0.917, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.432 std_dev=0.485
O4 A 0, 0.022, 0.600, 1.178, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.600 std_dev=0.578
N3 A 0, 0.166, 1.096, 2.027, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.096 std_dev=0.930
N3 B 0, 0.146, 1.078, 2.010, 2.423 max_d=2.423 avg_d=1.078 std_dev=0.932
C6 A 0, 0.163, 1.136, 2.110, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.136 std_dev=0.974
O4' A 0, 0.118, 1.099, 2.079, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.099 std_dev=0.980
C3' B 0, -0.062, 0.952, 1.967, 3.069 max_d=3.069 avg_d=0.952 std_dev=1.015
C2 A 0, 0.151, 1.185, 2.219, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.185 std_dev=1.034
O3' B 0, 0.256, 1.302, 2.348, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.302 std_dev=1.046
C5 A 0, 0.180, 1.245, 2.310, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.245 std_dev=1.065
C2 B 0, 0.159, 1.234, 2.308, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.234 std_dev=1.075
C2' B 0, 0.120, 1.201, 2.282, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.201 std_dev=1.081
C6 B 0, 0.143, 1.249, 2.354, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.249 std_dev=1.105
O4' B 0, 0.167, 1.319, 2.470, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.319 std_dev=1.151
C4' B 0, 0.122, 1.358, 2.594, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.358 std_dev=1.236
C5 B 0, 0.163, 1.432, 2.700, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.432 std_dev=1.269
C2' A 0, 0.224, 1.915, 3.606, 4.083 max_d=4.083 avg_d=1.915 std_dev=1.691
C4' A 0, 0.232, 1.938, 3.644, 4.034 max_d=4.034 avg_d=1.938 std_dev=1.706
O2 A 0, 0.278, 2.220, 4.162, 4.648 max_d=4.648 avg_d=2.220 std_dev=1.942
O2' B 0, 0.257, 2.266, 4.275, 5.066 max_d=5.066 avg_d=2.266 std_dev=2.009
O2' A 0, 0.258, 2.329, 4.401, 5.662 max_d=5.662 avg_d=2.329 std_dev=2.071
O2 B 0, 0.289, 2.388, 4.487, 4.649 max_d=4.649 avg_d=2.388 std_dev=2.099
C3' A 0, 0.316, 2.492, 4.667, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.492 std_dev=2.176
C5' B 0, 0.239, 2.656, 5.073, 6.247 max_d=6.247 avg_d=2.656 std_dev=2.417
C5' A 0, 0.353, 3.268, 6.184, 6.556 max_d=6.556 avg_d=3.268 std_dev=2.915
O3' A 0, 0.406, 3.350, 6.295, 6.805 max_d=6.805 avg_d=3.350 std_dev=2.945
O5' B 0, 0.363, 3.699, 7.034, 7.833 max_d=7.833 avg_d=3.699 std_dev=3.335
O5' A 0, 0.386, 3.809, 7.233, 7.748 max_d=7.748 avg_d=3.809 std_dev=3.423
P B 0, 0.538, 4.752, 8.965, 9.987 max_d=9.987 avg_d=4.752 std_dev=4.214
OP2 B 0, 0.672, 4.897, 9.121, 9.593 max_d=9.593 avg_d=4.897 std_dev=4.224
OP1 A 0, 0.484, 5.047, 9.610, 10.597 max_d=10.597 avg_d=5.047 std_dev=4.563
P A 0, 0.480, 5.109, 9.738, 10.241 max_d=10.241 avg_d=5.109 std_dev=4.629
OP1 B 0, 0.588, 5.295, 10.003, 12.328 max_d=12.328 avg_d=5.295 std_dev=4.708
OP2 A 0, 0.598, 5.919, 11.240, 11.667 max_d=11.667 avg_d=5.919 std_dev=5.321

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.20 0.03 0.01 0.15 0.42 0.34 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.15 0.02 0.08 0.26 0.65 0.64 0.27
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.12 0.13 0.03 0.09 0.19 0.01 0.02 0.07 0.02 0.24 0.35 0.44 0.27
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.26 0.01 0.29 0.02 0.26 0.17 0.22 0.12 0.02 0.01 0.27 0.02 0.18 0.37 0.27 0.18
C4 0.03 0.02 0.07 0.26 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.17 0.01 0.05 0.35 0.90 0.97 0.43
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.08 0.23 0.02 0.11 0.01 0.02 0.12 0.30 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.23 0.02 0.07 0.38 0.93 0.97 0.48
C5' 0.04 0.11 0.12 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.09 0.14 0.12 0.12 0.15 0.18 0.02 0.01 0.16 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.26 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.19 0.02 0.09 0.34 0.80 0.72 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.09 0.03 0.03 0.24 0.63 0.54 0.24
N3 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.12 0.01 0.06 0.31 0.78 0.82 0.35
O2 0.04 0.01 0.19 0.12 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.28 0.02 0.14 0.24 0.57 0.58 0.26
O2' 0.03 0.19 0.01 0.02 0.28 0.23 0.29 0.12 0.25 0.16 0.23 0.22 0.00 0.05 0.29 0.16 0.17 0.29 0.47 0.25
O3' 0.20 0.15 0.02 0.01 0.17 0.02 0.23 0.15 0.19 0.09 0.12 0.28 0.05 0.00 0.20 0.13 0.27 0.61 0.46 0.31
O4 0.03 0.02 0.07 0.27 0.01 0.11 0.02 0.18 0.02 0.03 0.01 0.02 0.29 0.20 0.00 0.06 0.35 0.96 1.08 0.45
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.06 0.14 0.16 0.13 0.06 0.00 0.13 0.46 0.29 0.17
O5' 0.15 0.26 0.24 0.18 0.35 0.02 0.38 0.01 0.34 0.24 0.31 0.24 0.17 0.27 0.35 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.65 0.35 0.37 0.90 0.12 0.93 0.16 0.80 0.63 0.78 0.57 0.29 0.61 0.96 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.64 0.44 0.27 0.97 0.30 0.97 0.39 0.72 0.54 0.82 0.58 0.47 0.46 1.08 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.27 0.18 0.43 0.11 0.48 0.02 0.38 0.24 0.35 0.26 0.25 0.31 0.45 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.55 0.76 0.42 0.63 1.34 1.05 2.22 1.01 0.47 0.58 0.70 0.92 1.71 0.56 1.42 3.36 4.20 3.87 4.07
C2 0.61 0.57 0.34 0.45 1.18 1.50 1.80 2.47 1.61 0.83 0.69 1.49 0.89 1.42 0.55 1.63 3.46 4.08 3.81 3.97
C2' 1.51 0.99 0.89 1.38 1.26 2.54 1.80 3.31 1.93 1.46 0.94 1.24 0.75 0.67 0.96 2.60 4.47 5.19 4.87 5.11
C3' 1.04 0.43 0.68 1.24 0.50 2.30 0.92 3.08 1.16 0.82 0.44 0.39 0.46 0.86 0.97 2.13 4.28 5.23 5.11 5.21
C4 0.51 1.16 0.81 0.54 0.41 0.96 0.93 1.98 0.78 0.40 1.04 0.50 1.94 2.00 1.15 0.85 2.78 3.35 3.37 3.33
C4' 0.34 1.00 1.19 0.56 0.84 0.96 0.45 1.73 0.35 0.52 1.11 0.66 1.26 2.02 0.62 0.84 2.94 4.12 3.94 3.96
C5 0.96 1.80 1.31 0.72 0.93 0.68 0.26 1.64 0.20 0.93 1.74 0.67 2.50 2.48 1.36 0.54 2.47 3.16 3.27 3.15
C5' 1.27 1.99 2.00 1.14 1.93 0.30 1.48 0.88 1.29 1.55 2.14 1.75 2.14 2.76 1.16 0.28 2.02 3.35 3.37 3.17
C6 0.75 1.51 1.28 0.61 0.80 0.71 0.30 1.70 0.22 0.75 1.48 0.54 2.12 2.43 1.18 0.58 2.67 3.43 3.47 3.40
N1 0.23 0.70 0.75 0.31 0.51 1.17 1.01 2.14 0.92 0.30 0.66 0.63 1.26 1.87 0.74 1.18 3.19 3.91 3.74 3.84
N3 0.45 0.59 0.38 0.48 1.02 1.33 1.71 2.34 1.48 0.64 0.59 1.35 1.19 1.54 0.79 1.38 3.23 3.78 3.63 3.72
O2 1.15 1.08 0.43 0.73 1.91 1.89 2.44 2.77 2.20 1.46 1.31 2.28 0.82 0.99 0.33 2.15 3.78 4.41 3.96 4.23
O2' 2.06 1.69 1.30 1.68 1.93 2.89 2.38 3.52 2.48 2.08 1.65 1.75 1.43 0.68 1.26 3.09 4.61 5.40 4.74 5.16
O3' 1.76 0.96 1.13 1.92 0.80 3.06 1.24 3.73 1.59 1.42 0.72 0.61 0.88 0.41 1.75 2.87 4.92 6.13 5.69 6.01
O4 0.64 1.30 0.82 0.66 0.42 0.92 0.95 1.92 0.77 0.50 1.15 0.47 2.14 1.99 1.30 0.78 2.61 3.08 3.18 3.11
O4' 0.76 1.31 1.62 0.94 0.84 0.46 0.41 1.31 0.35 0.77 1.28 0.52 1.72 2.62 1.28 0.44 2.48 3.53 3.28 3.37
O5' 1.51 2.45 2.06 1.09 2.39 0.31 1.81 0.91 1.55 1.87 2.66 2.28 2.62 2.87 1.17 0.46 1.95 3.21 3.44 3.11
OP1 3.27 4.33 3.54 2.38 4.18 1.56 3.59 0.76 3.38 3.76 4.48 3.75 4.42 4.20 2.31 2.16 0.68 2.13 2.14 1.76
OP2 2.52 3.40 2.85 1.82 3.60 1.15 3.18 0.58 2.86 2.99 3.67 3.43 3.38 3.37 1.71 1.63 0.66 1.84 2.41 1.76
P 2.57 3.66 2.91 1.81 3.72 0.98 3.12 0.30 2.81 3.08 3.93 3.51 3.71 3.58 1.76 1.52 0.93 2.31 2.60 2.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.29 0.01 0.21 0.51 0.59 0.23
C2 0.03 0.00 0.17 0.21 0.06 0.10 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.28 0.14 0.39 0.52 0.75 0.45
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.06 0.03 0.13 0.20 0.17 0.03 0.13 0.06 0.29 0.01 0.04 0.03 0.35 0.61 0.48 0.30
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.31 0.01 0.35 0.03 0.30 0.19 0.28 0.22 0.19 0.02 0.01 0.02 0.32 0.61 0.45 0.19
C4 0.04 0.06 0.06 0.31 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.38 0.18 0.04 0.41 0.54 0.91 0.58
C4' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.21 0.09 0.13 0.12 0.14 0.24 0.03 0.01 0.02 0.48 0.62 0.19
C5 0.02 0.02 0.13 0.35 0.01 0.22 0.00 0.35 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.21 0.11 0.38 0.54 0.93 0.57
C5' 0.07 0.18 0.20 0.03 0.28 0.01 0.35 0.00 0.30 0.16 0.25 0.25 0.20 0.09 0.18 0.03 0.01 0.38 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.30 0.01 0.21 0.00 0.30 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.34 0.17 0.15 0.33 0.48 0.77 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.04 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.21 0.16 0.02 0.32 0.47 0.66 0.38
N3 0.03 0.01 0.13 0.28 0.02 0.13 0.02 0.25 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.33 0.23 0.11 0.42 0.54 0.82 0.53
N4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.21 0.04 0.44 0.41 0.99 0.66
O2 0.05 0.01 0.29 0.19 0.04 0.14 0.02 0.20 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.38 0.46 0.24 0.41 0.56 0.82 0.44
O2' 0.03 0.29 0.01 0.02 0.38 0.24 0.38 0.09 0.34 0.21 0.33 0.28 0.38 0.00 0.08 0.17 0.37 1.02 0.50 0.46
O3' 0.29 0.28 0.04 0.01 0.18 0.03 0.21 0.18 0.17 0.16 0.23 0.21 0.46 0.08 0.00 0.19 0.25 0.73 0.73 0.24
O4' 0.01 0.14 0.03 0.02 0.04 0.01 0.11 0.03 0.15 0.02 0.11 0.04 0.24 0.17 0.19 0.00 0.28 0.45 0.66 0.30
O5' 0.21 0.39 0.35 0.32 0.41 0.02 0.38 0.01 0.33 0.32 0.42 0.44 0.41 0.37 0.25 0.28 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 0.52 0.61 0.61 0.54 0.48 0.54 0.38 0.48 0.47 0.54 0.41 0.56 1.02 0.73 0.45 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.75 0.48 0.45 0.91 0.62 0.93 0.29 0.77 0.66 0.82 0.99 0.82 0.50 0.73 0.66 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.30 0.19 0.58 0.19 0.57 0.02 0.48 0.38 0.53 0.66 0.44 0.46 0.24 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00