ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43822

back

Distances from reference structure (by RMSD)

12, 76, 25, 4, 5, 1, 1, 5, 2, 1, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.016, 0.114, 0.211, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.114 std_dev=0.097
N1 B 0, 0.026, 0.148, 0.269, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.148 std_dev=0.122
C4 B 0, 0.065, 0.275, 0.485, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.275 std_dev=0.210
C1' A 0, -0.020, 0.193, 0.406, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.193 std_dev=0.213
C4 A 0, -0.040, 0.193, 0.427, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.193 std_dev=0.233
C2 B 0, -0.028, 0.208, 0.444, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.208 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.032, 0.285, 0.538, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.285 std_dev=0.253
O4 A 0, -0.028, 0.258, 0.544, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.258 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.029, 0.317, 0.605, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.317 std_dev=0.288
N3 B 0, 0.007, 0.297, 0.588, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.297 std_dev=0.290
O4 B 0, 0.053, 0.351, 0.650, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.351 std_dev=0.298
C6 B 0, -0.008, 0.294, 0.596, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.294 std_dev=0.302
C6 A 0, -0.065, 0.249, 0.563, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.249 std_dev=0.314
C2 A 0, -0.064, 0.255, 0.574, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.255 std_dev=0.319
C5 A 0, -0.049, 0.285, 0.619, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.285 std_dev=0.334
N3 A 0, -0.054, 0.284, 0.623, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.284 std_dev=0.338
C2' A 0, -0.012, 0.393, 0.799, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.393 std_dev=0.405
O2 B 0, -0.028, 0.415, 0.857, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.415 std_dev=0.443
C2' B 0, -0.114, 0.348, 0.810, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.348 std_dev=0.462
O4' A 0, -0.120, 0.364, 0.847, 2.862 max_d=2.862 avg_d=0.364 std_dev=0.484
O4' B 0, -0.016, 0.469, 0.954, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.469 std_dev=0.485
O2' B 0, -0.079, 0.413, 0.905, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.413 std_dev=0.492
O2' A 0, -0.003, 0.504, 1.010, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.504 std_dev=0.507
O2 A 0, -0.120, 0.457, 1.034, 3.229 max_d=3.229 avg_d=0.457 std_dev=0.577
C3' B 0, -0.127, 0.485, 1.096, 3.068 max_d=3.068 avg_d=0.485 std_dev=0.611
C4' B 0, -0.063, 0.584, 1.230, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.584 std_dev=0.646
C3' A 0, -0.131, 0.529, 1.189, 3.440 max_d=3.440 avg_d=0.529 std_dev=0.660
C4' A 0, -0.168, 0.496, 1.161, 3.753 max_d=3.753 avg_d=0.496 std_dev=0.664
O3' B 0, -0.197, 0.624, 1.445, 4.226 max_d=4.226 avg_d=0.624 std_dev=0.821
O3' A 0, -0.163, 0.733, 1.629, 4.528 max_d=4.528 avg_d=0.733 std_dev=0.896
C5' B 0, -0.133, 0.808, 1.748, 5.082 max_d=5.082 avg_d=0.808 std_dev=0.940
O5' B 0, -0.104, 0.875, 1.853, 5.961 max_d=5.961 avg_d=0.875 std_dev=0.978
C5' A 0, -0.317, 0.752, 1.821, 6.128 max_d=6.128 avg_d=0.752 std_dev=1.069
O5' A 0, -0.299, 0.832, 1.963, 5.785 max_d=5.785 avg_d=0.832 std_dev=1.131
OP2 B 0, -0.058, 1.351, 2.760, 8.580 max_d=8.580 avg_d=1.351 std_dev=1.409
P B 0, -0.190, 1.235, 2.660, 8.376 max_d=8.376 avg_d=1.235 std_dev=1.425
P A 0, -0.489, 1.011, 2.511, 8.333 max_d=8.333 avg_d=1.011 std_dev=1.500
OP2 A 0, -0.508, 1.090, 2.688, 8.586 max_d=8.586 avg_d=1.090 std_dev=1.598
OP1 B 0, 0.658, 2.319, 3.980, 9.913 max_d=9.913 avg_d=2.319 std_dev=1.661
OP1 A 0, -0.460, 1.274, 3.007, 9.930 max_d=9.930 avg_d=1.274 std_dev=1.734

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.10 0.18 0.12
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.07 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.02 0.03 0.15 0.18 0.29 0.21
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.13 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.09 0.16 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.10 0.05 0.09 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.10 0.13 0.14 0.10
C4 0.04 0.07 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.11 0.00 0.04 0.19 0.27 0.38 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.08 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.11 0.01 0.04 0.22 0.29 0.38 0.28
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.11 0.06 0.07 0.04 0.09 0.02 0.01 0.08 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.20 0.22 0.30 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.14 0.16 0.25 0.18
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.03 0.11 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.11 0.01 0.04 0.19 0.25 0.36 0.27
O2 0.04 0.02 0.13 0.13 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.16 0.02 0.04 0.13 0.14 0.27 0.18
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.08 0.11 0.00 0.04 0.07 0.05 0.05 0.12 0.13 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.11 0.05 0.11 0.16 0.04 0.00 0.10 0.02 0.14 0.23 0.19 0.15
O4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.00 0.03 0.22 0.29 0.38 0.29
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.09 0.13 0.14 0.12
O5' 0.09 0.15 0.08 0.10 0.19 0.02 0.22 0.01 0.20 0.14 0.19 0.13 0.05 0.14 0.22 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.18 0.09 0.13 0.27 0.08 0.29 0.08 0.22 0.16 0.25 0.14 0.12 0.23 0.29 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.29 0.16 0.14 0.38 0.08 0.38 0.07 0.30 0.25 0.36 0.27 0.13 0.19 0.38 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.09 0.10 0.28 0.04 0.28 0.02 0.23 0.18 0.27 0.18 0.07 0.15 0.29 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.29 0.46 0.48 0.26 0.63 0.37 0.88 0.44 0.30 0.36 0.41 0.58 0.53 0.30 0.56 1.00 1.34 1.34 1.29
C2 0.51 0.22 0.50 0.69 0.34 0.82 0.64 1.07 0.68 0.46 0.22 0.23 0.57 0.73 0.31 0.74 1.23 1.51 1.61 1.50
C2' 0.45 0.28 0.50 0.52 0.29 0.70 0.49 0.97 0.55 0.37 0.33 0.39 0.60 0.52 0.24 0.64 1.09 1.46 1.44 1.42
C3' 0.54 0.56 0.65 0.50 0.45 0.69 0.37 0.93 0.47 0.46 0.62 0.70 0.77 0.47 0.43 0.64 0.99 1.43 1.31 1.33
C4 0.38 0.27 0.47 0.49 0.23 0.67 0.38 0.96 0.45 0.27 0.34 0.43 0.64 0.53 0.34 0.59 1.13 1.48 1.58 1.44
C4' 0.58 0.66 0.67 0.49 0.60 0.64 0.40 0.84 0.46 0.52 0.75 0.78 0.79 0.46 0.64 0.60 0.88 1.29 1.15 1.17
C5 0.42 0.54 0.61 0.40 0.47 0.55 0.22 0.80 0.27 0.34 0.64 0.69 0.76 0.41 0.56 0.47 0.92 1.30 1.34 1.24
C5' 0.81 0.99 0.91 0.65 0.97 0.75 0.69 0.87 0.68 0.81 1.10 1.10 1.01 0.57 1.01 0.74 0.84 1.25 1.02 1.09
C6 0.42 0.51 0.58 0.41 0.44 0.55 0.22 0.80 0.30 0.34 0.61 0.65 0.72 0.42 0.53 0.48 0.91 1.29 1.29 1.22
N1 0.38 0.28 0.46 0.49 0.23 0.64 0.35 0.90 0.43 0.28 0.35 0.41 0.60 0.53 0.29 0.56 1.04 1.37 1.41 1.34
N3 0.53 0.21 0.51 0.72 0.34 0.86 0.66 1.12 0.71 0.47 0.18 0.21 0.59 0.76 0.33 0.78 1.30 1.57 1.69 1.57
O2 0.66 0.42 0.61 0.86 0.59 0.94 0.87 1.16 0.88 0.65 0.40 0.32 0.60 0.90 0.53 0.88 1.33 1.57 1.67 1.58
O2' 0.49 0.28 0.49 0.60 0.40 0.74 0.61 0.99 0.64 0.44 0.32 0.32 0.56 0.60 0.33 0.69 1.12 1.46 1.45 1.43
O3' 0.62 0.59 0.70 0.56 0.48 0.76 0.44 1.00 0.55 0.53 0.64 0.73 0.81 0.51 0.40 0.72 1.04 1.51 1.33 1.39
O4 0.31 0.27 0.24 0.59 0.30 0.84 0.58 1.28 0.60 0.26 0.38 0.49 0.23 0.59 0.32 0.70 1.53 2.20 2.28 2.07
O4' 0.45 0.53 0.55 0.42 0.48 0.56 0.29 0.78 0.36 0.39 0.62 0.64 0.68 0.45 0.55 0.51 0.85 1.22 1.15 1.13
O5' 0.86 1.07 0.97 0.69 1.07 0.76 0.75 0.87 0.72 0.86 1.20 1.18 1.06 0.60 1.08 0.75 0.83 1.27 1.01 1.08
OP1 1.24 1.45 1.32 1.04 1.51 1.09 1.23 1.09 1.15 1.27 1.59 1.52 1.36 0.92 1.48 1.11 0.97 1.31 0.89 1.07
OP2 1.22 1.53 1.33 1.01 1.61 1.00 1.25 0.98 1.13 1.28 1.70 1.61 1.37 0.88 1.63 1.03 0.88 1.26 0.89 1.01
P 1.12 1.38 1.22 0.92 1.43 0.94 1.11 0.96 1.02 1.16 1.53 1.46 1.28 0.80 1.45 0.97 0.86 1.23 0.87 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.18 0.02 0.01 0.11 0.19 0.19 0.18
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.07 0.06 0.03 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.01 0.03 0.16 0.19 0.33 0.20
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.06 0.02 0.06 0.12 0.00 0.02 0.05 0.01 0.24 0.24 0.35 0.24
C3' 0.03 0.12 0.00 0.00 0.19 0.01 0.21 0.03 0.18 0.12 0.16 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.34 0.18 0.16
C4 0.05 0.07 0.07 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.02 0.04 0.02 0.05 0.22 0.11 0.01 0.04 0.23 0.29 0.46 0.30
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.09 0.05 0.16 0.03 0.09 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04
C5 0.02 0.03 0.06 0.21 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.02 0.03 0.02 0.18 0.12 0.01 0.04 0.24 0.32 0.44 0.31
C5' 0.05 0.11 0.11 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.15 0.10 0.16 0.09 0.07 0.12 0.20 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.02 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.10 0.01 0.04 0.20 0.29 0.32 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.09 0.02 0.02 0.14 0.21 0.27 0.21
N3 0.03 0.01 0.06 0.16 0.02 0.09 0.03 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01 0.19 0.10 0.01 0.04 0.21 0.22 0.43 0.23
O2 0.04 0.01 0.12 0.10 0.05 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.24 0.01 0.05 0.14 0.16 0.31 0.19
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.22 0.16 0.18 0.07 0.14 0.11 0.19 0.16 0.00 0.06 0.06 0.11 0.17 0.19 0.36 0.19
O3' 0.18 0.14 0.02 0.01 0.11 0.03 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.24 0.06 0.00 0.11 0.12 0.20 0.65 0.28 0.34
O4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.04 0.24 0.35 0.46 0.36
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.11 0.12 0.04 0.00 0.08 0.33 0.14 0.23
O5' 0.11 0.16 0.24 0.12 0.23 0.02 0.24 0.01 0.20 0.14 0.21 0.14 0.17 0.20 0.24 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.19 0.24 0.34 0.29 0.09 0.32 0.07 0.29 0.21 0.22 0.16 0.19 0.65 0.35 0.33 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.33 0.35 0.18 0.46 0.06 0.44 0.09 0.32 0.27 0.43 0.31 0.36 0.28 0.46 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.20 0.24 0.16 0.30 0.04 0.31 0.02 0.27 0.21 0.23 0.19 0.19 0.34 0.36 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00