ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43838

back

Distances from reference structure (by RMSD)

49, 7, 3, 4, 9, 24, 14, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.012, 0.094, 0.176, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.094 std_dev=0.082
N1 B 0, 0.030, 0.157, 0.283, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.157 std_dev=0.126
C4 A 0, -0.025, 0.153, 0.331, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.153 std_dev=0.178
C1' A 0, -0.019, 0.180, 0.379, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.180 std_dev=0.199
C2 B 0, -0.033, 0.197, 0.427, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.197 std_dev=0.230
C6 B 0, -0.016, 0.249, 0.513, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.249 std_dev=0.265
O4 A 0, -0.022, 0.253, 0.528, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.253 std_dev=0.275
C5 B 0, 0.039, 0.320, 0.602, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.320 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.042, 0.326, 0.611, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.326 std_dev=0.285
N3 B 0, -0.011, 0.294, 0.598, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.294 std_dev=0.305
C1' B 0, 0.029, 0.356, 0.683, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.356 std_dev=0.327
C6 A 0, 0.039, 0.381, 0.723, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.381 std_dev=0.342
O4' A 0, 0.041, 0.389, 0.738, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.389 std_dev=0.348
N3 A 0, 0.021, 0.392, 0.763, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.392 std_dev=0.371
C5 A 0, 0.015, 0.386, 0.758, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.386 std_dev=0.371
C2 A 0, -0.008, 0.392, 0.791, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.392 std_dev=0.400
O2 B 0, -0.035, 0.402, 0.838, 2.532 max_d=2.532 avg_d=0.402 std_dev=0.437
C2' A 0, 0.020, 0.460, 0.900, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.460 std_dev=0.440
N4 B 0, 0.034, 0.541, 1.049, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.541 std_dev=0.507
C4' A 0, 0.028, 0.559, 1.090, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.559 std_dev=0.531
C2' B 0, -0.016, 0.602, 1.221, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.602 std_dev=0.619
O2' A 0, -0.035, 0.605, 1.245, 3.459 max_d=3.459 avg_d=0.605 std_dev=0.640
C3' A 0, -0.019, 0.627, 1.273, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.627 std_dev=0.646
OP2 B 0, -0.062, 0.665, 1.392, 4.559 max_d=4.559 avg_d=0.665 std_dev=0.727
O4' B 0, 0.019, 0.750, 1.480, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.750 std_dev=0.731
O2 A 0, -0.017, 0.739, 1.496, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.739 std_dev=0.757
O2' B 0, -0.143, 0.634, 1.410, 3.380 max_d=3.380 avg_d=0.634 std_dev=0.776
C5' A 0, -0.003, 0.857, 1.717, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.857 std_dev=0.860
O5' B 0, -0.087, 0.787, 1.661, 4.958 max_d=4.958 avg_d=0.787 std_dev=0.874
O3' A 0, -0.036, 0.888, 1.812, 4.319 max_d=4.319 avg_d=0.888 std_dev=0.924
P B 0, -0.189, 0.741, 1.671, 6.244 max_d=6.244 avg_d=0.741 std_dev=0.930
O5' A 0, -0.017, 0.958, 1.934, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.958 std_dev=0.975
C4' B 0, -0.051, 1.071, 2.192, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.071 std_dev=1.122
P A 0, -0.090, 1.065, 2.220, 5.086 max_d=5.086 avg_d=1.065 std_dev=1.155
C3' B 0, -0.046, 1.148, 2.342, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.148 std_dev=1.194
OP1 B 0, -0.259, 0.939, 2.136, 8.061 max_d=8.061 avg_d=0.939 std_dev=1.198
OP2 A 0, -0.110, 1.091, 2.291, 5.585 max_d=5.585 avg_d=1.091 std_dev=1.200
OP1 A 0, -0.047, 1.218, 2.483, 5.552 max_d=5.552 avg_d=1.218 std_dev=1.265
C5' B 0, -0.056, 1.249, 2.554, 4.569 max_d=4.569 avg_d=1.249 std_dev=1.305
O3' B 0, -0.160, 1.618, 3.396, 4.548 max_d=4.548 avg_d=1.618 std_dev=1.778

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.13 0.03 0.01 0.11 0.09 0.21 0.15
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.02 0.05 0.19 0.15 0.37 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.09 0.09 0.03 0.06 0.18 0.00 0.03 0.07 0.01 0.14 0.20 0.19 0.13
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.15 0.00 0.20 0.03 0.19 0.09 0.10 0.16 0.03 0.01 0.15 0.02 0.17 0.22 0.21 0.14
C4 0.03 0.02 0.06 0.15 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.10 0.00 0.03 0.29 0.29 0.56 0.41
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.07 0.12 0.02 0.07 0.00 0.02 0.11 0.10 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.01 0.05 0.31 0.30 0.57 0.43
C5' 0.05 0.08 0.09 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.09 0.09 0.05 0.10 0.13 0.02 0.01 0.08 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.01 0.05 0.27 0.23 0.45 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.02 0.02 0.19 0.14 0.34 0.26
N3 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.01 0.04 0.23 0.21 0.47 0.35
O2 0.05 0.01 0.18 0.16 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.32 0.02 0.09 0.15 0.12 0.31 0.23
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.17 0.12 0.15 0.05 0.12 0.09 0.17 0.20 0.00 0.07 0.19 0.08 0.13 0.22 0.20 0.12
O3' 0.13 0.17 0.03 0.01 0.10 0.02 0.16 0.10 0.15 0.07 0.12 0.32 0.07 0.00 0.11 0.08 0.20 0.40 0.32 0.26
O4 0.03 0.02 0.07 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.11 0.00 0.03 0.30 0.33 0.61 0.45
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.08 0.08 0.03 0.00 0.07 0.08 0.19 0.15
O5' 0.11 0.19 0.14 0.17 0.29 0.02 0.31 0.01 0.27 0.19 0.23 0.15 0.13 0.20 0.30 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.15 0.20 0.22 0.29 0.11 0.30 0.08 0.23 0.14 0.21 0.12 0.22 0.40 0.33 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.37 0.19 0.21 0.56 0.10 0.57 0.11 0.45 0.34 0.47 0.31 0.20 0.32 0.61 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.13 0.14 0.41 0.03 0.43 0.02 0.35 0.26 0.35 0.23 0.12 0.26 0.45 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.28 0.53 0.51 0.33 0.59 0.40 0.74 0.36 0.24 0.30 0.37 0.41 0.66 0.54 0.55 0.79 0.59 0.58 0.70
C2 0.51 0.44 0.36 0.48 0.26 0.67 0.30 0.79 0.34 0.38 0.37 0.22 0.60 0.69 0.50 0.79 0.95 0.51 0.74 0.73
C2' 0.29 0.23 0.63 0.61 0.30 0.59 0.40 0.80 0.39 0.25 0.24 0.32 0.32 0.63 0.49 0.54 0.90 0.64 0.70 0.80
C3' 0.40 0.51 0.88 0.74 0.60 0.44 0.65 0.72 0.60 0.48 0.57 0.64 0.55 0.73 0.42 0.31 0.78 0.81 0.75 0.90
C4 0.28 0.21 0.48 0.77 0.23 0.46 0.34 0.68 0.33 0.23 0.20 0.22 0.31 0.53 0.69 0.45 0.65 0.34 0.60 0.53
C4' 0.39 0.59 0.81 0.54 0.74 0.38 0.76 0.60 0.65 0.52 0.68 0.79 0.62 0.82 0.56 0.23 0.58 0.83 0.62 0.76
C5 0.34 0.33 0.71 0.91 0.46 0.48 0.54 0.70 0.50 0.37 0.38 0.50 0.32 0.56 0.73 0.32 0.50 0.34 0.52 0.48
C5' 0.64 0.89 1.01 0.63 1.04 0.19 1.03 0.35 0.90 0.80 0.99 1.06 0.89 1.01 0.56 0.26 0.41 0.86 0.72 0.68
C6 0.31 0.35 0.72 0.82 0.49 0.40 0.56 0.61 0.50 0.37 0.41 0.54 0.36 0.61 0.60 0.26 0.52 0.41 0.51 0.52
N1 0.25 0.21 0.48 0.58 0.25 0.47 0.34 0.64 0.30 0.17 0.21 0.29 0.35 0.58 0.47 0.49 0.74 0.47 0.59 0.63
N3 0.45 0.40 0.35 0.57 0.25 0.56 0.29 0.72 0.33 0.35 0.34 0.19 0.55 0.65 0.56 0.69 0.87 0.45 0.72 0.67
O2 0.83 0.77 0.56 0.50 0.53 0.99 0.50 1.03 0.57 0.70 0.68 0.48 0.94 0.95 0.64 1.12 1.18 0.63 0.86 0.86
O2' 0.56 0.39 0.70 0.65 0.43 1.00 0.55 1.17 0.57 0.48 0.34 0.31 0.44 0.82 0.76 0.87 1.08 0.72 0.73 0.88
O3' 0.68 0.67 1.15 0.92 0.76 0.71 0.86 0.99 0.86 0.72 0.70 0.75 0.65 0.93 0.52 0.59 1.07 1.14 0.98 1.22
O4 0.32 0.24 0.51 0.86 0.26 0.52 0.37 0.73 0.37 0.27 0.22 0.22 0.31 0.53 0.82 0.45 0.62 0.31 0.60 0.50
O4' 0.27 0.43 0.64 0.48 0.57 0.44 0.60 0.59 0.49 0.35 0.51 0.61 0.49 0.73 0.59 0.34 0.58 0.66 0.49 0.63
O5' 0.72 0.95 1.10 0.84 1.08 0.41 1.06 0.56 0.95 0.87 1.05 1.06 0.93 0.99 0.54 0.38 0.48 0.78 0.78 0.68
OP1 0.99 1.23 1.29 0.90 1.33 0.56 1.26 0.48 1.15 1.13 1.32 1.16 1.21 1.30 0.81 0.66 0.48 0.67 0.74 0.49
OP2 0.83 1.06 1.17 0.95 1.19 0.57 1.13 0.67 1.03 0.98 1.17 0.99 1.03 1.03 0.62 0.55 0.42 0.56 0.64 0.46
P 0.87 1.13 1.20 0.87 1.25 0.46 1.19 0.50 1.07 1.02 1.23 1.08 1.11 1.14 0.63 0.52 0.40 0.65 0.71 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.29 0.01 0.36 0.42 0.36 0.39
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.04 0.05 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.13 0.12 0.52 0.64 0.53 0.55
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.08 0.03 0.19 0.20 0.23 0.04 0.13 0.07 0.34 0.00 0.03 0.02 0.70 0.84 0.79 0.85
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.40 0.01 0.42 0.02 0.36 0.25 0.34 0.43 0.21 0.02 0.01 0.03 0.40 0.37 0.68 0.54
C4 0.04 0.04 0.08 0.40 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.37 0.25 0.05 0.61 0.81 0.68 0.67
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.21 0.09 0.09 0.17 0.09 0.33 0.03 0.01 0.02 0.27 0.27 0.07
C5 0.02 0.02 0.19 0.42 0.00 0.22 0.00 0.33 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.43 0.34 0.10 0.64 0.83 0.69 0.70
C5' 0.07 0.18 0.20 0.02 0.28 0.01 0.33 0.00 0.29 0.16 0.22 0.27 0.18 0.16 0.22 0.02 0.01 0.37 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.36 0.01 0.21 0.00 0.29 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.39 0.27 0.13 0.61 0.72 0.61 0.63
N1 0.01 0.01 0.04 0.25 0.03 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.11 0.03 0.51 0.58 0.50 0.52
N3 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.09 0.02 0.22 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.14 0.09 0.57 0.74 0.63 0.63
N4 0.02 0.01 0.07 0.43 0.00 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.30 0.03 0.63 0.78 0.64 0.70
O2 0.05 0.01 0.34 0.21 0.03 0.09 0.02 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.31 0.28 0.21 0.47 0.61 0.47 0.51
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.37 0.33 0.43 0.16 0.39 0.21 0.27 0.39 0.31 0.00 0.10 0.23 0.34 0.70 0.49 0.57
O3' 0.29 0.13 0.03 0.01 0.25 0.03 0.34 0.22 0.27 0.11 0.14 0.30 0.28 0.10 0.00 0.20 0.17 0.32 0.44 0.25
O4' 0.01 0.12 0.02 0.03 0.05 0.01 0.10 0.02 0.13 0.03 0.09 0.03 0.21 0.23 0.20 0.00 0.15 0.35 0.22 0.17
O5' 0.36 0.52 0.70 0.40 0.61 0.02 0.64 0.01 0.61 0.51 0.57 0.63 0.47 0.34 0.17 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.42 0.64 0.84 0.37 0.81 0.27 0.83 0.37 0.72 0.58 0.74 0.78 0.61 0.70 0.32 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.53 0.79 0.68 0.68 0.27 0.69 0.42 0.61 0.50 0.63 0.64 0.47 0.49 0.44 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.55 0.85 0.54 0.67 0.07 0.70 0.01 0.63 0.52 0.63 0.70 0.51 0.57 0.25 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00