ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43851

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 13, 1, 5, 17, 15, 14, 7, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.050, 0.185, 0.320, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.185 std_dev=0.135
C1' B 0, 0.024, 0.183, 0.342, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.183 std_dev=0.159
C4 A 0, 0.073, 0.249, 0.425, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.249 std_dev=0.176
C6 B 0, 0.115, 0.332, 0.549, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.332 std_dev=0.217
N9 A 0, 0.127, 0.363, 0.600, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.363 std_dev=0.236
C2 A 0, 0.056, 0.301, 0.545, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.301 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.104, 0.363, 0.623, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.363 std_dev=0.260
C5 B 0, 0.113, 0.395, 0.677, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.395 std_dev=0.282
N3 A 0, -0.063, 0.219, 0.501, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.219 std_dev=0.282
N1 A 0, 0.087, 0.405, 0.724, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.405 std_dev=0.319
C4 B 0, 0.125, 0.450, 0.774, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.450 std_dev=0.325
O4' B 0, 0.027, 0.357, 0.687, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.357 std_dev=0.330
N3 B 0, 0.166, 0.509, 0.851, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.509 std_dev=0.342
C5 A 0, 0.083, 0.436, 0.790, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.436 std_dev=0.354
O2 B 0, 0.147, 0.514, 0.881, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.514 std_dev=0.367
N4 B 0, 0.161, 0.547, 0.933, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.547 std_dev=0.386
C8 A 0, 0.125, 0.522, 0.919, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.522 std_dev=0.397
C1' A 0, 0.135, 0.534, 0.933, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.534 std_dev=0.399
C6 A 0, 0.078, 0.518, 0.958, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.518 std_dev=0.440
C2' B 0, -0.176, 0.329, 0.834, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.329 std_dev=0.505
N7 A 0, 0.079, 0.604, 1.129, 2.006 max_d=2.006 avg_d=0.604 std_dev=0.525
C3' B 0, -0.104, 0.433, 0.970, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.433 std_dev=0.537
C4' B 0, -0.183, 0.355, 0.893, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.355 std_dev=0.538
N6 A 0, 0.056, 0.642, 1.228, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.642 std_dev=0.586
O3' A 0, 0.008, 0.613, 1.219, 2.902 max_d=2.902 avg_d=0.613 std_dev=0.606
O3' B 0, -0.004, 0.619, 1.242, 2.779 max_d=2.779 avg_d=0.619 std_dev=0.623
O2' B 0, -0.216, 0.457, 1.129, 2.955 max_d=2.955 avg_d=0.457 std_dev=0.672
C5' B 0, -0.308, 0.525, 1.358, 3.800 max_d=3.800 avg_d=0.525 std_dev=0.833
O5' B 0, -0.172, 0.698, 1.569, 3.848 max_d=3.848 avg_d=0.698 std_dev=0.871
P B 0, -0.224, 0.858, 1.939, 4.580 max_d=4.580 avg_d=0.858 std_dev=1.081
C2' A 0, 0.178, 1.266, 2.354, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.266 std_dev=1.088
C3' A 0, 0.193, 1.379, 2.565, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.379 std_dev=1.186
OP1 B 0, -0.290, 1.157, 2.605, 6.021 max_d=6.021 avg_d=1.157 std_dev=1.448
OP2 B 0, -0.441, 1.037, 2.515, 6.152 max_d=6.152 avg_d=1.037 std_dev=1.478
O4' A 0, 0.158, 1.674, 3.189, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.674 std_dev=1.516
O2' A 0, 0.177, 1.861, 3.545, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.861 std_dev=1.684
C4' A 0, 0.191, 2.109, 4.026, 4.750 max_d=4.750 avg_d=2.109 std_dev=1.918
C5' A 0, 0.155, 3.307, 6.459, 7.334 max_d=7.334 avg_d=3.307 std_dev=3.152
O5' A 0, 0.316, 3.531, 6.746, 7.383 max_d=7.383 avg_d=3.531 std_dev=3.215
P A 0, 0.290, 4.689, 9.088, 9.893 max_d=9.893 avg_d=4.689 std_dev=4.399
OP1 A 0, 0.379, 5.019, 9.659, 10.545 max_d=10.545 avg_d=5.019 std_dev=4.640
OP2 A 0, 0.261, 5.213, 10.164, 11.687 max_d=11.687 avg_d=5.213 std_dev=4.952

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.27 0.60 0.42 0.35
C2 0.03 0.00 0.46 0.58 0.01 0.67 0.02 1.33 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.26 0.41 1.30 1.20 1.41 1.38
C2' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.23 0.01 0.10 0.13 0.19 0.22 0.35 0.46 0.13 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.66 0.82 0.85 0.74
C3' 0.02 0.58 0.00 0.00 0.29 0.00 0.18 0.02 0.28 0.22 0.47 0.55 0.15 0.14 0.07 0.01 0.00 0.01 0.45 0.57 0.68 0.49
C4 0.02 0.01 0.23 0.29 0.00 0.31 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.22 0.52 0.71 0.51 0.47
C4' 0.01 0.67 0.01 0.00 0.31 0.00 0.14 0.00 0.29 0.31 0.52 0.65 0.20 0.18 0.02 0.14 0.02 0.00 0.01 0.23 0.25 0.11
C5 0.01 0.02 0.10 0.18 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.05 0.10 0.37 0.94 0.44 0.50
C5' 0.05 1.33 0.13 0.02 0.57 0.00 0.27 0.00 0.58 0.60 1.04 1.22 0.40 0.37 0.07 0.04 0.12 0.01 0.01 0.34 0.25 0.01
C6 0.03 0.04 0.19 0.28 0.01 0.29 0.01 0.58 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.19 0.60 0.92 0.58 0.64
C8 0.02 0.02 0.22 0.22 0.01 0.31 0.00 0.60 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.22 0.21 0.92 1.60 1.15 1.25
N1 0.02 0.01 0.35 0.47 0.01 0.52 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.32 1.04 1.06 1.10 1.10
N3 0.03 0.00 0.46 0.55 0.00 0.65 0.01 1.22 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.42 1.13 0.97 1.18 1.12
N6 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.20 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.12 0.30 0.79 0.13 0.20
N7 0.01 0.02 0.12 0.14 0.00 0.18 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.11 0.69 1.50 0.96 1.06
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.36 0.88 0.51 0.52
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.10 0.14 0.14 0.04 0.15 0.18 0.12 0.13 0.07 0.18 0.10 0.00 0.04 0.08 0.65 0.90 0.95 0.83
O3' 0.21 0.26 0.03 0.00 0.07 0.02 0.05 0.12 0.08 0.22 0.21 0.21 0.06 0.15 0.13 0.04 0.00 0.15 0.24 0.59 0.57 0.41
O4' 0.00 0.41 0.01 0.01 0.22 0.00 0.10 0.01 0.19 0.21 0.32 0.42 0.12 0.11 0.01 0.08 0.15 0.00 0.15 0.39 0.14 0.11
O5' 0.27 1.30 0.66 0.45 0.52 0.01 0.37 0.01 0.60 0.92 1.04 1.13 0.30 0.69 0.36 0.65 0.24 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.60 1.20 0.82 0.57 0.71 0.23 0.94 0.34 0.92 1.60 1.06 0.97 0.79 1.50 0.88 0.90 0.59 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 1.41 0.85 0.68 0.51 0.25 0.44 0.25 0.58 1.15 1.10 1.18 0.13 0.96 0.51 0.95 0.57 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.35 1.38 0.74 0.49 0.47 0.11 0.50 0.01 0.64 1.25 1.10 1.12 0.20 1.06 0.52 0.83 0.41 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.39 0.49 0.28 0.65 0.18 0.57 0.17 0.36 0.30 0.56 0.56 0.34 0.60 0.24 0.30 0.21 0.13 0.22 0.08
C2 0.26 0.57 0.34 0.18 0.80 0.32 0.67 0.49 0.47 0.43 0.74 0.78 0.53 0.54 0.29 0.40 0.40 0.87 0.89 0.65
C2' 0.57 0.63 0.67 0.56 0.80 0.46 0.77 0.32 0.63 0.59 0.73 0.55 0.60 0.75 0.56 0.55 0.31 0.36 0.43 0.15
C3' 0.27 0.57 0.36 0.17 0.84 0.14 0.81 0.15 0.60 0.48 0.75 0.84 0.50 0.37 0.15 0.28 0.12 0.44 0.42 0.01
C4 0.34 0.54 0.51 0.20 0.73 0.20 0.62 0.24 0.46 0.44 0.67 0.78 0.52 0.67 0.15 0.40 0.14 0.39 0.60 0.31
C4' 1.16 1.54 1.09 0.77 1.77 0.71 1.72 0.49 1.53 1.43 1.70 1.85 1.46 1.15 0.76 0.95 0.50 0.31 0.55 0.12
C5 0.50 0.69 0.65 0.29 0.83 0.29 0.71 0.24 0.58 0.59 0.80 0.97 0.68 0.81 0.23 0.51 0.15 0.35 0.59 0.27
C5' 1.57 2.24 1.25 0.83 2.65 0.93 2.52 0.65 2.16 2.02 2.53 2.92 2.12 1.28 0.83 1.38 0.54 0.57 0.80 0.09
C6 0.48 0.73 0.62 0.24 0.87 0.26 0.73 0.29 0.58 0.60 0.85 1.03 0.72 0.81 0.17 0.49 0.19 0.53 0.70 0.39
C8 0.60 0.68 0.76 0.46 0.78 0.45 0.72 0.31 0.65 0.64 0.75 0.89 0.67 0.87 0.43 0.63 0.31 0.14 0.31 0.09
N1 0.34 0.64 0.45 0.13 0.83 0.27 0.69 0.42 0.50 0.49 0.80 0.93 0.63 0.66 0.19 0.43 0.33 0.78 0.85 0.58
N3 0.23 0.52 0.36 0.17 0.77 0.25 0.66 0.40 0.46 0.40 0.69 0.69 0.48 0.54 0.25 0.37 0.30 0.69 0.77 0.53
N6 0.54 0.87 0.35 0.22 1.02 0.33 0.84 0.23 0.68 0.70 1.01 1.16 0.87 0.35 0.19 0.59 0.16 0.10 0.11 0.06
N7 0.66 0.80 0.79 0.45 0.90 0.44 0.81 0.29 0.72 0.73 0.88 1.05 0.80 0.93 0.41 0.65 0.25 0.12 0.43 0.11
N9 0.38 0.50 0.58 0.30 0.67 0.26 0.58 0.19 0.45 0.43 0.61 0.72 0.47 0.71 0.24 0.43 0.17 0.10 0.38 0.09
O2' 1.51 1.69 1.51 1.23 1.79 1.08 1.75 0.70 1.67 1.64 1.77 1.51 1.65 1.61 1.23 1.33 0.71 0.30 0.46 0.18
O3' 0.27 0.47 0.24 0.12 0.65 0.19 0.66 0.20 0.54 0.43 0.58 0.49 0.40 0.27 0.17 0.33 0.01 0.03 0.02 0.01
O4' 0.88 1.10 1.06 0.79 1.26 0.56 1.22 0.38 1.09 1.03 1.21 1.30 1.05 1.21 0.79 0.62 0.43 0.18 0.31 0.13
O5' 1.51 2.14 1.17 0.84 2.51 0.98 2.32 0.74 1.98 1.90 2.41 2.78 2.05 1.21 0.85 1.38 0.63 0.75 0.53 0.29
OP1 2.20 2.94 1.77 1.43 3.42 1.60 3.10 1.29 2.64 2.60 3.31 3.89 2.86 1.95 1.51 2.01 0.96 0.86 0.66 0.54
OP2 1.86 2.87 1.29 0.81 3.46 1.04 3.06 0.74 2.51 2.44 3.33 3.99 2.76 1.35 0.80 1.67 0.68 1.14 1.27 0.73
P 1.89 2.66 1.37 1.03 3.13 1.25 2.84 0.95 2.39 2.33 3.02 3.53 2.57 1.47 1.05 1.75 0.70 0.87 0.71 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.19 0.00 0.13 0.26 0.18 0.16
C2 0.01 0.00 0.18 0.19 0.04 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.14 0.33 0.47 0.57 0.40
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.10 0.16 0.02 0.14 0.03 0.29 0.00 0.02 0.03 0.22 0.26 0.22 0.22
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.22 0.00 0.21 0.02 0.17 0.13 0.24 0.03 0.17 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.17 0.10
C4 0.02 0.04 0.03 0.22 0.00 0.13 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.23 0.08 0.03 0.46 0.58 0.92 0.61
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.11 0.05 0.11 0.15 0.03 0.00 0.01 0.15 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.18 0.00 0.33 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.10 0.11 0.45 0.53 0.89 0.60
C5' 0.05 0.20 0.10 0.02 0.29 0.01 0.33 0.00 0.28 0.17 0.26 0.21 0.19 0.10 0.10 0.02 0.01 0.18 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.17 0.01 0.17 0.00 0.28 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.29 0.07 0.16 0.36 0.42 0.64 0.46
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.07 0.01 0.17 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.08 0.01 0.27 0.37 0.46 0.34
N3 0.02 0.00 0.14 0.24 0.01 0.11 0.02 0.26 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.21 0.11 0.10 0.42 0.56 0.79 0.53
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.36 0.66 0.44 0.48
O2 0.02 0.01 0.29 0.17 0.03 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.37 0.23 0.24 0.27 0.45 0.46 0.34
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.23 0.15 0.29 0.10 0.29 0.13 0.21 0.06 0.37 0.00 0.03 0.11 0.18 0.21 0.24 0.20
O3' 0.19 0.13 0.02 0.00 0.08 0.03 0.10 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06 0.23 0.03 0.00 0.12 0.17 0.26 0.20 0.17
O4' 0.00 0.14 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.16 0.01 0.10 0.03 0.24 0.11 0.12 0.00 0.10 0.26 0.14 0.14
O5' 0.13 0.33 0.22 0.11 0.46 0.01 0.45 0.01 0.36 0.27 0.42 0.36 0.27 0.18 0.17 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.47 0.26 0.14 0.58 0.15 0.53 0.18 0.42 0.37 0.56 0.66 0.45 0.21 0.26 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.57 0.22 0.17 0.92 0.16 0.89 0.22 0.64 0.46 0.79 0.44 0.46 0.24 0.20 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.40 0.22 0.10 0.61 0.03 0.60 0.01 0.46 0.34 0.53 0.48 0.34 0.20 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00