ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43855

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 37, 7, 61, 21, 9, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.063, 0.159, 0.254, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.159 std_dev=0.095
C4 A 0, 0.041, 0.171, 0.300, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.171 std_dev=0.130
C6 A 0, 0.097, 0.248, 0.399, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.248 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.039, 0.198, 0.356, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.198 std_dev=0.159
N3 A 0, 0.041, 0.203, 0.366, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.203 std_dev=0.163
N1 A 0, 0.117, 0.296, 0.476, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.296 std_dev=0.180
C5 A 0, 0.103, 0.309, 0.515, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.309 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.024, 0.232, 0.440, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.232 std_dev=0.208
C1' A 0, 0.097, 0.310, 0.523, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.310 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.125, 0.356, 0.587, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.356 std_dev=0.231
N6 A 0, 0.110, 0.345, 0.580, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.345 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.100, 0.337, 0.573, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.337 std_dev=0.236
C2 A 0, 0.087, 0.325, 0.562, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.325 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.132, 0.370, 0.608, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.370 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.044, 0.293, 0.543, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.293 std_dev=0.250
N9 A 0, 0.088, 0.337, 0.587, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.337 std_dev=0.250
O2 B 0, 0.128, 0.388, 0.649, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.388 std_dev=0.261
C2' A 0, 0.050, 0.352, 0.654, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.352 std_dev=0.302
C3' A 0, 0.116, 0.426, 0.737, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.426 std_dev=0.310
O4' A 0, 0.178, 0.526, 0.874, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.526 std_dev=0.348
O4' B 0, 0.161, 0.523, 0.885, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.523 std_dev=0.362
N7 A 0, 0.158, 0.579, 1.001, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.579 std_dev=0.421
O4 B 0, -0.069, 0.355, 0.779, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.355 std_dev=0.424
C2' B 0, 0.248, 0.675, 1.103, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.675 std_dev=0.428
O3' A 0, 0.090, 0.534, 0.978, 2.681 max_d=2.681 avg_d=0.534 std_dev=0.444
C8 A 0, 0.138, 0.584, 1.029, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.584 std_dev=0.446
C4' A 0, 0.200, 0.665, 1.129, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.665 std_dev=0.464
O2' A 0, 0.103, 0.577, 1.050, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.577 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.122, 0.642, 1.161, 2.675 max_d=2.675 avg_d=0.642 std_dev=0.520
P B 0, 0.136, 0.667, 1.198, 3.547 max_d=3.547 avg_d=0.667 std_dev=0.531
C4' B 0, 0.132, 0.705, 1.278, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.705 std_dev=0.573
C5' B 0, 0.117, 0.737, 1.358, 2.881 max_d=2.881 avg_d=0.737 std_dev=0.621
OP2 B 0, 0.127, 0.783, 1.440, 4.710 max_d=4.710 avg_d=0.783 std_dev=0.657
C3' B 0, 0.184, 0.858, 1.532, 2.951 max_d=2.951 avg_d=0.858 std_dev=0.674
O5' A 0, 0.270, 1.029, 1.789, 3.611 max_d=3.611 avg_d=1.029 std_dev=0.760
OP1 B 0, 0.179, 0.940, 1.702, 3.919 max_d=3.919 avg_d=0.940 std_dev=0.762
C5' A 0, 0.281, 1.092, 1.903, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.092 std_dev=0.811
O2' B 0, 0.541, 1.439, 2.336, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.439 std_dev=0.898
O3' B 0, 0.490, 1.582, 2.673, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.582 std_dev=1.091
P A 0, -0.002, 1.220, 2.442, 5.185 max_d=5.185 avg_d=1.220 std_dev=1.222
OP2 A 0, 0.460, 2.114, 3.768, 6.251 max_d=6.251 avg_d=2.114 std_dev=1.654
OP1 A 0, 0.572, 2.383, 4.193, 5.586 max_d=5.586 avg_d=2.383 std_dev=1.811

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.47 0.38 0.54 0.47
C2 0.04 0.00 0.31 0.18 0.01 0.14 0.02 0.15 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.50 0.29 0.23 0.58 0.45 0.86 0.66
C2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.16 0.02 0.09 0.12 0.15 0.16 0.25 0.30 0.12 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.46 0.65 0.86 0.62
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.10 0.15 0.14 0.17 0.10 0.13 0.05 0.02 0.01 0.01 0.18 0.74 0.53 0.42
C4 0.02 0.01 0.16 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.12 0.65 0.45 0.89 0.69
C4' 0.02 0.14 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.11 0.11 0.14 0.07 0.09 0.04 0.10 0.03 0.01 0.02 0.37 0.30 0.11
C5 0.02 0.02 0.09 0.08 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.07 0.77 0.60 1.08 0.83
C5' 0.06 0.15 0.12 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.25 0.15 0.14 0.20 0.25 0.14 0.07 0.10 0.02 0.01 0.26 0.31 0.02
C6 0.03 0.05 0.15 0.10 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.17 0.13 0.75 0.63 1.11 0.84
C8 0.01 0.02 0.16 0.15 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.23 0.10 0.13 0.85 0.62 1.08 0.85
N1 0.04 0.01 0.25 0.14 0.02 0.11 0.01 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.24 0.19 0.67 0.54 1.01 0.77
N3 0.04 0.01 0.30 0.17 0.00 0.14 0.01 0.14 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.29 0.22 0.54 0.41 0.77 0.61
N6 0.02 0.01 0.12 0.10 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.11 0.11 0.76 0.73 0.99 0.82
N7 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.09 0.06 0.86 0.73 1.20 0.92
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.02 0.67 0.43 0.83 0.67
O2' 0.02 0.50 0.01 0.02 0.24 0.10 0.17 0.07 0.26 0.23 0.40 0.48 0.19 0.18 0.09 0.00 0.09 0.06 0.41 0.77 1.03 0.68
O3' 0.17 0.29 0.04 0.01 0.19 0.03 0.13 0.10 0.17 0.10 0.24 0.29 0.11 0.09 0.13 0.09 0.00 0.14 0.17 0.78 0.55 0.36
O4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.12 0.01 0.07 0.02 0.13 0.13 0.19 0.22 0.11 0.06 0.02 0.06 0.14 0.00 0.40 0.28 0.34 0.33
O5' 0.47 0.58 0.46 0.18 0.65 0.02 0.77 0.01 0.75 0.85 0.67 0.54 0.76 0.86 0.67 0.41 0.17 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.45 0.65 0.74 0.45 0.37 0.60 0.26 0.63 0.62 0.54 0.41 0.73 0.73 0.43 0.77 0.78 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.86 0.86 0.53 0.89 0.30 1.08 0.31 1.11 1.08 1.01 0.77 0.99 1.20 0.83 1.03 0.55 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.47 0.66 0.62 0.42 0.69 0.11 0.83 0.02 0.84 0.85 0.77 0.61 0.82 0.92 0.67 0.68 0.36 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.28 0.41 0.25 0.42 0.27 0.45 0.34 0.37 0.28 0.37 0.27 0.30 0.33 0.29 0.31 0.29 0.35 0.28 0.24
C2 0.58 0.43 0.51 0.53 0.42 0.58 0.38 0.60 0.37 0.40 0.44 0.56 0.85 0.61 0.60 0.56 0.45 0.54 0.31 0.35
C2' 0.34 0.29 0.42 0.30 0.43 0.32 0.47 0.34 0.40 0.31 0.36 0.28 0.37 0.35 0.31 0.40 0.31 0.34 0.31 0.23
C3' 0.33 0.32 0.46 0.32 0.36 0.28 0.40 0.28 0.39 0.34 0.33 0.31 0.43 0.42 0.26 0.41 0.34 0.29 0.39 0.30
C4 0.37 0.26 0.36 0.36 0.43 0.41 0.44 0.47 0.35 0.26 0.36 0.31 0.46 0.44 0.44 0.40 0.35 0.42 0.26 0.26
C4' 0.33 0.43 0.41 0.28 0.54 0.22 0.56 0.18 0.48 0.41 0.48 0.40 0.38 0.44 0.47 0.40 0.24 0.38 0.44 0.29
C5 0.40 0.32 0.38 0.36 0.51 0.42 0.50 0.45 0.40 0.31 0.43 0.35 0.48 0.45 0.45 0.42 0.33 0.39 0.26 0.22
C5' 0.56 0.77 0.52 0.46 0.91 0.36 0.89 0.24 0.75 0.70 0.85 0.73 0.55 0.56 0.85 0.57 0.30 0.48 0.48 0.31
C6 0.47 0.32 0.41 0.42 0.47 0.48 0.45 0.51 0.37 0.31 0.40 0.40 0.64 0.52 0.53 0.47 0.36 0.44 0.26 0.24
C8 0.44 0.49 0.52 0.33 0.69 0.36 0.68 0.38 0.56 0.47 0.61 0.47 0.45 0.39 0.36 0.41 0.32 0.35 0.32 0.22
N1 0.54 0.39 0.48 0.50 0.43 0.55 0.38 0.57 0.34 0.36 0.42 0.51 0.82 0.59 0.61 0.53 0.41 0.50 0.28 0.30
N3 0.48 0.36 0.43 0.46 0.39 0.51 0.38 0.55 0.35 0.34 0.39 0.45 0.67 0.54 0.53 0.50 0.43 0.51 0.31 0.34
N6 0.46 0.35 0.37 0.33 0.42 0.36 0.37 0.36 0.28 0.33 0.38 0.43 0.63 0.41 0.35 0.40 0.30 0.41 0.23 0.23
N7 0.44 0.47 0.47 0.35 0.68 0.39 0.65 0.41 0.52 0.44 0.59 0.47 0.45 0.42 0.41 0.43 0.32 0.36 0.31 0.21
N9 0.33 0.31 0.40 0.29 0.50 0.33 0.52 0.39 0.42 0.31 0.42 0.31 0.34 0.36 0.34 0.35 0.31 0.36 0.27 0.22
O2' 0.46 0.53 0.52 0.39 0.70 0.44 0.72 0.45 0.60 0.50 0.65 0.50 0.45 0.43 0.56 0.48 0.37 0.39 0.32 0.21
O3' 0.28 0.36 0.45 0.24 0.44 0.19 0.45 0.23 0.40 0.35 0.42 0.34 0.34 0.40 0.43 0.32 0.27 0.22 0.31 0.29
O4' 0.26 0.30 0.37 0.21 0.44 0.18 0.46 0.22 0.38 0.30 0.37 0.28 0.28 0.34 0.39 0.31 0.24 0.37 0.39 0.28
O5' 0.62 0.80 0.67 0.66 0.93 0.47 0.90 0.39 0.77 0.73 0.87 0.77 0.73 0.74 0.98 0.56 0.52 0.58 0.80 0.52
OP1 1.18 1.26 1.62 1.11 1.29 0.95 1.20 0.95 1.16 1.20 1.30 1.28 1.86 1.09 1.61 0.90 1.04 1.03 1.23 1.01
OP2 1.31 1.49 1.56 1.22 1.61 1.04 1.47 0.91 1.36 1.39 1.59 1.50 1.78 1.32 1.77 1.05 0.80 0.89 0.97 0.77
P 0.83 0.97 1.11 0.85 1.06 0.65 0.98 0.60 0.90 0.90 1.03 0.96 1.29 0.91 1.45 0.64 0.58 0.62 0.80 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.36 0.03 0.01 0.27 0.26 0.37 0.23
C2 0.02 0.00 0.17 0.23 0.07 0.05 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.26 0.02 0.10 0.30 0.26 0.37 0.24
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.25 0.18 0.02 0.12 0.34 0.01 0.03 0.08 0.02 0.53 0.59 0.76 0.59
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.37 0.00 0.35 0.02 0.30 0.21 0.29 0.23 0.02 0.01 0.32 0.02 0.09 0.24 0.41 0.21
C4 0.04 0.07 0.06 0.37 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.04 0.02 0.05 0.32 0.14 0.01 0.03 0.39 0.34 0.45 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.06 0.30 0.03 0.11 0.01 0.02 0.13 0.28 0.09
C5 0.02 0.03 0.14 0.35 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.19 0.01 0.07 0.42 0.35 0.45 0.33
C5' 0.09 0.09 0.25 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.08 0.09 0.22 0.17 0.01 0.01 0.21 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.30 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.31 0.16 0.01 0.10 0.38 0.29 0.37 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.21 0.16 0.02 0.02 0.31 0.25 0.35 0.23
N3 0.03 0.01 0.12 0.29 0.02 0.06 0.02 0.11 0.04 0.03 0.00 0.01 0.32 0.18 0.02 0.10 0.35 0.30 0.40 0.29
O2 0.03 0.01 0.34 0.23 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.41 0.02 0.15 0.25 0.24 0.38 0.23
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.32 0.30 0.36 0.09 0.31 0.21 0.32 0.25 0.00 0.05 0.30 0.21 0.41 0.50 0.90 0.56
O3' 0.36 0.26 0.03 0.01 0.14 0.03 0.19 0.22 0.16 0.16 0.18 0.41 0.05 0.00 0.19 0.27 0.34 0.43 0.60 0.45
O4 0.03 0.02 0.08 0.32 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.19 0.00 0.05 0.28 0.38 0.55 0.35
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.10 0.15 0.21 0.27 0.05 0.00 0.18 0.23 0.28 0.19
O5' 0.27 0.30 0.53 0.09 0.39 0.02 0.42 0.01 0.38 0.31 0.35 0.25 0.41 0.34 0.28 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.26 0.59 0.24 0.34 0.13 0.35 0.21 0.29 0.25 0.30 0.24 0.50 0.43 0.38 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.37 0.76 0.41 0.45 0.28 0.45 0.17 0.37 0.35 0.40 0.38 0.90 0.60 0.55 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.24 0.59 0.21 0.32 0.09 0.33 0.02 0.27 0.23 0.29 0.23 0.56 0.45 0.35 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00