ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43862

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 16, 7, 6, 8, 6, 11, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.029, 0.122, 0.215, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.122 std_dev=0.093
C4 A 0, 0.019, 0.150, 0.280, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.150 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.034, 0.197, 0.360, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.197 std_dev=0.163
C6 B 0, 0.037, 0.225, 0.413, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.225 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.020, 0.215, 0.411, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.215 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.048, 0.248, 0.448, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.248 std_dev=0.200
C4 B 0, 0.018, 0.259, 0.501, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.259 std_dev=0.242
C6 A 0, 0.033, 0.286, 0.538, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.286 std_dev=0.253
C5 B 0, 0.024, 0.281, 0.538, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.281 std_dev=0.257
N3 A 0, -0.010, 0.273, 0.555, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.273 std_dev=0.283
N1 A 0, 0.001, 0.285, 0.570, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O2 B 0, 0.021, 0.327, 0.632, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.327 std_dev=0.305
C5 A 0, -0.035, 0.299, 0.633, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.299 std_dev=0.334
O4 B 0, -0.023, 0.318, 0.659, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.318 std_dev=0.341
N9 A 0, -0.035, 0.326, 0.688, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.326 std_dev=0.362
C1' A 0, -0.017, 0.364, 0.744, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.364 std_dev=0.380
C2' B 0, -0.039, 0.363, 0.766, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.363 std_dev=0.402
C2 A 0, -0.051, 0.352, 0.754, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.352 std_dev=0.403
O4' B 0, -0.007, 0.442, 0.891, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.442 std_dev=0.449
N6 A 0, -0.024, 0.449, 0.922, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.449 std_dev=0.473
O3' A 0, 0.032, 0.590, 1.147, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.590 std_dev=0.558
C3' A 0, -0.037, 0.533, 1.103, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.533 std_dev=0.570
O2' B 0, -0.088, 0.484, 1.056, 3.409 max_d=3.409 avg_d=0.484 std_dev=0.572
C2' A 0, -0.091, 0.522, 1.135, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.522 std_dev=0.613
O4' A 0, -0.049, 0.590, 1.228, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.590 std_dev=0.639
O5' B 0, 0.033, 0.688, 1.343, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.688 std_dev=0.655
C4' B 0, -0.048, 0.620, 1.288, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.620 std_dev=0.668
C8 A 0, -0.131, 0.551, 1.233, 2.647 max_d=2.647 avg_d=0.551 std_dev=0.682
P B 0, 0.001, 0.689, 1.376, 3.086 max_d=3.086 avg_d=0.689 std_dev=0.688
C3' B 0, -0.099, 0.594, 1.286, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.594 std_dev=0.692
N7 A 0, -0.131, 0.562, 1.255, 2.696 max_d=2.696 avg_d=0.562 std_dev=0.693
C4' A 0, -0.073, 0.673, 1.420, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.673 std_dev=0.746
O2' A 0, -0.102, 0.732, 1.565, 3.853 max_d=3.853 avg_d=0.732 std_dev=0.834
C5' B 0, -0.083, 0.859, 1.801, 3.857 max_d=3.857 avg_d=0.859 std_dev=0.942
O3' B 0, -0.212, 0.792, 1.796, 3.777 max_d=3.777 avg_d=0.792 std_dev=1.004
OP1 B 0, -0.030, 0.974, 1.979, 4.151 max_d=4.151 avg_d=0.974 std_dev=1.005
OP2 B 0, 0.045, 1.051, 2.057, 4.334 max_d=4.334 avg_d=1.051 std_dev=1.006
C5' A 0, -0.176, 0.992, 2.159, 5.555 max_d=5.555 avg_d=0.992 std_dev=1.167
O5' A 0, -0.236, 1.079, 2.394, 6.415 max_d=6.415 avg_d=1.079 std_dev=1.315
OP2 A 0, -0.372, 1.563, 3.498, 10.363 max_d=10.363 avg_d=1.563 std_dev=1.935
P A 0, -0.517, 1.450, 3.417, 8.903 max_d=8.903 avg_d=1.450 std_dev=1.967
OP1 A 0, -0.582, 1.967, 4.516, 10.348 max_d=10.348 avg_d=1.967 std_dev=2.549

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.21 0.66 0.29 0.23
C2 0.04 0.00 0.20 0.17 0.02 0.19 0.03 0.30 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.27 0.23 0.36 0.87 0.80 0.42
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.11 0.10 0.13 0.16 0.20 0.08 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.34 0.49 0.32 0.31
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.15 0.14 0.17 0.07 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.20 0.35 0.27 0.22
C4 0.02 0.02 0.10 0.09 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.16 0.11 0.29 0.93 0.60 0.33
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.15 0.19 0.07 0.11 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.35 0.17 0.10
C5 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.11 0.05 0.35 1.13 0.67 0.43
C5' 0.05 0.30 0.11 0.02 0.15 0.01 0.15 0.00 0.17 0.27 0.25 0.27 0.18 0.24 0.12 0.07 0.09 0.02 0.01 0.25 0.27 0.02
C6 0.03 0.04 0.10 0.11 0.02 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.09 0.35 1.12 0.76 0.42
C8 0.02 0.02 0.13 0.15 0.01 0.13 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.21 0.11 0.14 0.48 1.26 0.56 0.60
N1 0.03 0.01 0.16 0.14 0.02 0.15 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.32 0.22 0.18 0.35 0.98 0.82 0.41
N3 0.03 0.01 0.20 0.17 0.01 0.19 0.01 0.27 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.27 0.23 0.33 0.80 0.70 0.36
N6 0.03 0.01 0.08 0.07 0.02 0.07 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.12 0.06 0.37 1.15 0.57 0.49
N7 0.02 0.02 0.09 0.14 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.17 0.10 0.09 0.46 1.33 0.67 0.59
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.10 0.02 0.31 0.94 0.46 0.35
O2' 0.02 0.40 0.01 0.02 0.21 0.09 0.15 0.07 0.22 0.21 0.32 0.38 0.15 0.17 0.08 0.00 0.06 0.06 0.34 0.50 0.39 0.34
O3' 0.15 0.27 0.03 0.01 0.16 0.03 0.11 0.09 0.15 0.11 0.22 0.27 0.12 0.10 0.10 0.06 0.00 0.11 0.19 0.49 0.31 0.28
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.18 0.23 0.06 0.09 0.02 0.06 0.11 0.00 0.17 0.68 0.25 0.25
O5' 0.21 0.36 0.34 0.20 0.29 0.02 0.35 0.01 0.35 0.48 0.35 0.33 0.37 0.46 0.31 0.34 0.19 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.66 0.87 0.49 0.35 0.93 0.35 1.13 0.25 1.12 1.26 0.98 0.80 1.15 1.33 0.94 0.50 0.49 0.68 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.80 0.32 0.27 0.60 0.17 0.67 0.27 0.76 0.56 0.82 0.70 0.57 0.67 0.46 0.39 0.31 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.42 0.31 0.22 0.33 0.10 0.43 0.02 0.42 0.60 0.41 0.36 0.49 0.59 0.35 0.34 0.28 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.34 0.59 0.62 0.42 0.32 0.42 0.33 0.36 0.32 0.39 0.33 0.50 0.71 0.36 0.18 0.17 0.22 0.21 0.10
C2 0.41 0.34 0.50 0.53 0.34 0.42 0.35 0.36 0.33 0.34 0.33 0.37 0.46 0.54 0.34 0.46 0.57 0.42 0.50 0.33
C2' 0.40 0.41 0.65 0.73 0.44 0.51 0.43 0.59 0.40 0.40 0.42 0.41 0.58 0.81 0.30 0.38 0.24 0.30 0.34 0.13
C3' 0.38 0.42 0.66 0.67 0.45 0.41 0.45 0.45 0.42 0.41 0.44 0.42 0.58 0.73 0.34 0.30 0.24 0.26 0.22 0.02
C4 0.23 0.27 0.50 0.54 0.37 0.29 0.38 0.31 0.31 0.26 0.32 0.25 0.38 0.61 0.34 0.23 0.31 0.29 0.32 0.17
C4' 0.55 0.55 0.87 0.83 0.56 0.49 0.56 0.41 0.55 0.55 0.55 0.55 0.84 0.93 0.50 0.37 0.27 0.36 0.40 0.15
C5 0.28 0.33 0.54 0.59 0.44 0.34 0.44 0.37 0.37 0.32 0.38 0.30 0.43 0.65 0.38 0.27 0.24 0.29 0.30 0.13
C5' 0.77 0.75 1.09 1.03 0.71 0.68 0.71 0.57 0.73 0.75 0.73 0.77 1.10 1.15 0.63 0.60 0.46 0.51 0.52 0.21
C6 0.26 0.27 0.48 0.54 0.38 0.32 0.39 0.33 0.31 0.27 0.32 0.26 0.38 0.59 0.34 0.29 0.33 0.31 0.36 0.17
C8 0.47 0.52 0.72 0.74 0.60 0.51 0.59 0.54 0.54 0.51 0.56 0.51 0.64 0.79 0.48 0.42 0.23 0.32 0.30 0.17
N1 0.33 0.29 0.47 0.53 0.34 0.36 0.35 0.33 0.30 0.29 0.31 0.31 0.41 0.55 0.33 0.38 0.47 0.38 0.45 0.27
N3 0.33 0.29 0.47 0.50 0.33 0.35 0.34 0.32 0.30 0.29 0.31 0.30 0.40 0.54 0.33 0.39 0.51 0.38 0.46 0.30
N6 0.26 0.30 0.47 0.53 0.41 0.31 0.41 0.35 0.35 0.30 0.35 0.28 0.40 0.58 0.33 0.28 0.28 0.16 0.35 0.14
N7 0.43 0.49 0.67 0.70 0.58 0.47 0.57 0.51 0.51 0.47 0.53 0.47 0.58 0.75 0.46 0.40 0.21 0.32 0.30 0.15
N9 0.30 0.36 0.59 0.63 0.45 0.35 0.45 0.38 0.39 0.35 0.41 0.34 0.49 0.70 0.38 0.24 0.18 0.25 0.25 0.10
O2' 0.49 0.41 0.68 0.82 0.41 0.67 0.41 0.73 0.40 0.42 0.40 0.44 0.68 0.97 0.24 0.52 0.39 0.40 0.57 0.24
O3' 0.22 0.30 0.49 0.48 0.38 0.20 0.36 0.23 0.30 0.27 0.35 0.29 0.37 0.51 0.29 0.15 0.03 0.03 0.03 0.01
O4' 0.45 0.47 0.79 0.75 0.53 0.40 0.53 0.33 0.49 0.46 0.50 0.46 0.74 0.86 0.49 0.25 0.14 0.29 0.30 0.12
O5' 0.81 0.81 1.09 1.05 0.79 0.77 0.77 0.73 0.77 0.80 0.81 0.83 1.07 1.15 0.69 0.72 0.51 0.55 0.52 0.28
OP1 1.56 1.67 1.76 1.60 1.70 1.34 1.64 1.17 1.59 1.61 1.70 1.69 1.73 1.58 1.73 1.38 0.96 1.07 0.85 0.75
OP2 0.97 1.00 1.19 1.08 0.99 0.85 0.97 0.76 0.95 0.97 0.99 1.01 1.24 1.16 0.93 0.86 0.64 0.68 0.70 0.42
P 1.19 1.23 1.42 1.32 1.19 1.06 1.16 0.96 1.16 1.20 1.22 1.25 1.41 1.37 1.03 1.07 0.75 0.69 0.65 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.16 0.02 0.01 0.20 0.32 0.31 0.14
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.06 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.02 0.10 0.40 0.36 0.41 0.26
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.12 0.19 0.03 0.13 0.34 0.01 0.03 0.06 0.01 0.34 0.52 0.37 0.39
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.26 0.01 0.21 0.05 0.18 0.16 0.29 0.33 0.02 0.02 0.29 0.02 0.34 0.51 0.37 0.38
C4 0.04 0.06 0.07 0.26 0.00 0.11 0.01 0.18 0.02 0.04 0.02 0.04 0.24 0.20 0.01 0.04 0.54 0.49 0.63 0.38
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.10 0.11 0.22 0.04 0.12 0.00 0.03 0.28 0.21 0.06
C5 0.02 0.02 0.16 0.21 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.02 0.02 0.02 0.28 0.18 0.01 0.10 0.55 0.53 0.65 0.37
C5' 0.06 0.13 0.12 0.05 0.18 0.01 0.19 0.00 0.17 0.10 0.16 0.14 0.10 0.20 0.19 0.02 0.01 0.32 0.21 0.04
C6 0.02 0.01 0.19 0.18 0.02 0.12 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.26 0.15 0.01 0.12 0.49 0.45 0.52 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.04 0.06 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.08 0.02 0.02 0.38 0.35 0.38 0.21
N3 0.02 0.01 0.13 0.29 0.02 0.10 0.02 0.16 0.04 0.02 0.00 0.01 0.19 0.21 0.01 0.08 0.48 0.43 0.53 0.34
O2 0.05 0.01 0.34 0.33 0.04 0.11 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.28 0.02 0.17 0.34 0.33 0.35 0.23
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.24 0.22 0.28 0.10 0.26 0.14 0.19 0.24 0.00 0.06 0.29 0.16 0.19 0.53 0.35 0.30
O3' 0.16 0.19 0.03 0.02 0.20 0.04 0.18 0.20 0.15 0.08 0.21 0.28 0.06 0.00 0.24 0.12 0.29 0.68 0.39 0.43
O4 0.02 0.02 0.06 0.29 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.24 0.00 0.04 0.45 0.47 0.49 0.32
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.17 0.16 0.12 0.04 0.00 0.16 0.38 0.42 0.23
O5' 0.20 0.40 0.34 0.34 0.54 0.03 0.55 0.01 0.49 0.38 0.48 0.34 0.19 0.29 0.45 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.32 0.36 0.52 0.51 0.49 0.28 0.53 0.32 0.45 0.35 0.43 0.33 0.53 0.68 0.47 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.41 0.37 0.37 0.63 0.21 0.65 0.21 0.52 0.38 0.53 0.35 0.35 0.39 0.49 0.42 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.39 0.38 0.38 0.06 0.37 0.04 0.28 0.21 0.34 0.23 0.30 0.43 0.32 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00