ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

19, 38, 11, 21, 58, 8, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.073, 0.161, 0.248, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.161 std_dev=0.088
C4 A 0, 0.084, 0.175, 0.267, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.175 std_dev=0.092
C2 B 0, 0.167, 0.311, 0.454, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.311 std_dev=0.144
C1' B 0, 0.075, 0.222, 0.368, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.222 std_dev=0.147
C5 A 0, 0.045, 0.206, 0.367, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.206 std_dev=0.161
N9 A 0, 0.096, 0.262, 0.428, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.262 std_dev=0.166
N3 A 0, 0.084, 0.262, 0.440, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.262 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.176, 0.367, 0.558, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.367 std_dev=0.191
C6 A 0, 0.086, 0.283, 0.480, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.283 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.188, 0.401, 0.614, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.401 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.197, 0.411, 0.625, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.411 std_dev=0.214
C4 B 0, 0.140, 0.357, 0.575, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.357 std_dev=0.217
C1' A 0, 0.107, 0.325, 0.542, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.325 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.119, 0.337, 0.555, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.337 std_dev=0.218
N1 A 0, 0.121, 0.355, 0.589, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.355 std_dev=0.234
C2 A 0, 0.112, 0.348, 0.583, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.348 std_dev=0.236
O2 B 0, 0.254, 0.499, 0.745, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.499 std_dev=0.246
O4' A 0, 0.088, 0.348, 0.608, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.348 std_dev=0.260
C8 A 0, 0.063, 0.354, 0.645, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.354 std_dev=0.291
O4 B 0, 0.169, 0.465, 0.760, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.465 std_dev=0.295
C5' B 0, 0.231, 0.528, 0.826, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.528 std_dev=0.297
N2 A 0, -0.046, 0.257, 0.561, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.257 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.068, 0.371, 0.675, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.371 std_dev=0.304
N7 A 0, 0.010, 0.315, 0.620, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.315 std_dev=0.305
C4' B 0, 0.136, 0.448, 0.760, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.448 std_dev=0.312
O6 A 0, -0.072, 0.270, 0.611, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.270 std_dev=0.341
C4' A 0, 0.021, 0.363, 0.706, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.363 std_dev=0.343
C3' A 0, -0.010, 0.403, 0.817, 3.050 max_d=3.050 avg_d=0.403 std_dev=0.414
C3' B 0, 0.111, 0.532, 0.953, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.532 std_dev=0.421
C2' A 0, -0.023, 0.414, 0.850, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.414 std_dev=0.436
O5' B 0, 0.132, 0.574, 1.016, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.574 std_dev=0.442
C5' A 0, -0.083, 0.460, 1.003, 3.442 max_d=3.442 avg_d=0.460 std_dev=0.543
O3' A 0, -0.063, 0.487, 1.037, 4.314 max_d=4.314 avg_d=0.487 std_dev=0.550
O2' B 0, 0.024, 0.607, 1.190, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.607 std_dev=0.583
O2' A 0, -0.126, 0.582, 1.289, 4.282 max_d=4.282 avg_d=0.582 std_dev=0.707
O5' A 0, -0.112, 0.626, 1.363, 4.274 max_d=4.274 avg_d=0.626 std_dev=0.738
P B 0, -0.060, 0.684, 1.429, 3.550 max_d=3.550 avg_d=0.684 std_dev=0.745
O3' B 0, 0.027, 0.794, 1.561, 3.141 max_d=3.141 avg_d=0.794 std_dev=0.767
P A 0, 0.004, 1.062, 2.120, 6.452 max_d=6.452 avg_d=1.062 std_dev=1.058
OP1 B 0, -0.163, 0.942, 2.047, 5.604 max_d=5.604 avg_d=0.942 std_dev=1.105
OP2 B 0, -0.204, 0.955, 2.113, 5.556 max_d=5.556 avg_d=0.955 std_dev=1.158
OP2 A 0, -0.054, 1.138, 2.329, 7.728 max_d=7.728 avg_d=1.138 std_dev=1.191
OP1 A 0, 0.097, 1.376, 2.655, 7.882 max_d=7.882 avg_d=1.376 std_dev=1.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.09 0.02 0.18 0.32 0.16
C2 0.04 0.00 0.18 0.16 0.01 0.08 0.03 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.18 0.12 0.21 0.01 0.27 0.52 0.34
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.08 0.09 0.10 0.16 0.13 0.18 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.12 0.05 0.36 0.34 0.21
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.02 0.19 0.18 0.20 0.13 0.14 0.20 0.11 0.02 0.01 0.02 0.12 0.09 0.35 0.18 0.15
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.04 0.00 0.10 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.23 0.01 0.27 0.50 0.34
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.08 0.07 0.08 0.13 0.06 0.13 0.03 0.01 0.02 0.06 0.13 0.18 0.05
C5 0.01 0.03 0.07 0.18 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.15 0.03 0.32 0.02 0.37 0.61 0.45
C5' 0.03 0.11 0.08 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.21 0.14 0.08 0.10 0.22 0.10 0.07 0.09 0.02 0.01 0.14 0.12 0.12 0.02
C6 0.03 0.07 0.09 0.19 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.12 0.16 0.06 0.32 0.01 0.40 0.65 0.48
C8 0.02 0.03 0.10 0.18 0.01 0.14 0.01 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.15 0.08 0.36 0.02 0.35 0.54 0.43
N1 0.04 0.02 0.16 0.20 0.04 0.08 0.02 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.18 0.09 0.28 0.01 0.34 0.61 0.44
N2 0.05 0.00 0.13 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.15 0.08 0.14 0.02 0.18 0.30 0.18
N3 0.04 0.01 0.18 0.14 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.17 0.11 0.18 0.01 0.23 0.48 0.29
N7 0.01 0.03 0.07 0.20 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.17 0.18 0.05 0.39 0.02 0.44 0.65 0.52
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.22 0.02 0.24 0.44 0.29
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.09 0.13 0.11 0.07 0.12 0.18 0.12 0.13 0.16 0.17 0.09 0.00 0.05 0.10 0.08 0.05 0.33 0.34 0.17
O3' 0.12 0.18 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.09 0.16 0.15 0.18 0.15 0.17 0.18 0.09 0.05 0.00 0.08 0.16 0.11 0.44 0.16 0.21
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.09 0.08 0.11 0.05 0.01 0.10 0.08 0.00 0.10 0.03 0.13 0.29 0.17
O5' 0.09 0.21 0.12 0.12 0.23 0.02 0.32 0.01 0.32 0.36 0.28 0.14 0.18 0.39 0.22 0.08 0.16 0.10 0.00 0.23 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.03 0.23 0.00 0.26 0.27 0.26
OP1 0.18 0.27 0.36 0.35 0.27 0.13 0.37 0.12 0.40 0.35 0.34 0.18 0.23 0.44 0.24 0.33 0.44 0.13 0.02 0.26 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.52 0.34 0.18 0.50 0.18 0.61 0.12 0.65 0.54 0.61 0.30 0.48 0.65 0.44 0.34 0.16 0.29 0.02 0.27 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.34 0.21 0.15 0.34 0.05 0.45 0.02 0.48 0.43 0.44 0.18 0.29 0.52 0.29 0.17 0.21 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.31 0.28 0.26 0.46 0.20 0.43 0.19 0.32 0.26 0.40 0.28 0.24 0.48 0.49 0.26 0.23 0.16 0.22 0.16
C2 0.34 0.50 0.35 0.37 0.69 0.28 0.64 0.27 0.51 0.45 0.61 0.47 0.36 0.65 0.75 0.36 0.31 0.49 0.51 0.32
C2' 0.23 0.34 0.33 0.27 0.47 0.21 0.45 0.21 0.35 0.30 0.41 0.31 0.29 0.49 0.48 0.26 0.21 0.28 0.26 0.17
C3' 0.24 0.28 0.40 0.31 0.37 0.25 0.36 0.26 0.30 0.26 0.32 0.26 0.33 0.42 0.33 0.28 0.29 0.18 0.20 0.21
C4 0.22 0.34 0.30 0.30 0.51 0.23 0.48 0.23 0.37 0.30 0.43 0.30 0.30 0.60 0.55 0.29 0.26 0.34 0.42 0.25
C4' 0.23 0.27 0.41 0.34 0.36 0.25 0.35 0.26 0.28 0.25 0.32 0.26 0.29 0.33 0.37 0.25 0.23 0.25 0.20 0.18
C5 0.25 0.31 0.35 0.34 0.48 0.28 0.48 0.28 0.38 0.30 0.39 0.27 0.36 0.66 0.53 0.32 0.30 0.40 0.52 0.32
C5' 0.36 0.32 0.56 0.55 0.32 0.42 0.32 0.42 0.30 0.32 0.31 0.34 0.48 0.52 0.31 0.35 0.36 0.54 0.27 0.27
C6 0.28 0.36 0.37 0.38 0.54 0.30 0.53 0.29 0.42 0.34 0.44 0.31 0.39 0.70 0.59 0.34 0.32 0.46 0.58 0.35
C8 0.23 0.25 0.39 0.35 0.38 0.29 0.39 0.29 0.31 0.25 0.30 0.23 0.38 0.62 0.41 0.30 0.28 0.40 0.46 0.31
N1 0.34 0.47 0.37 0.38 0.65 0.29 0.62 0.28 0.50 0.43 0.57 0.42 0.40 0.68 0.72 0.37 0.33 0.49 0.58 0.36
N2 0.21 0.26 0.32 0.21 0.33 0.18 0.31 0.21 0.25 0.24 0.30 0.25 0.36 0.26 0.28 0.25 0.20 0.32 0.47 0.30
N3 0.29 0.45 0.31 0.33 0.62 0.26 0.58 0.25 0.45 0.39 0.55 0.42 0.31 0.60 0.67 0.33 0.29 0.44 0.43 0.28
N7 0.27 0.27 0.41 0.38 0.40 0.32 0.42 0.32 0.34 0.28 0.32 0.24 0.41 0.68 0.44 0.33 0.32 0.46 0.55 0.37
N9 0.18 0.27 0.30 0.28 0.44 0.22 0.42 0.22 0.31 0.25 0.36 0.24 0.28 0.56 0.47 0.27 0.24 0.24 0.35 0.21
O2' 0.35 0.51 0.40 0.35 0.62 0.30 0.57 0.29 0.47 0.44 0.58 0.49 0.37 0.55 0.61 0.34 0.17 0.42 0.26 0.17
O3' 0.31 0.36 0.50 0.33 0.42 0.26 0.42 0.29 0.38 0.35 0.39 0.34 0.39 0.27 0.31 0.29 0.25 0.11 0.10 0.21
O4' 0.17 0.27 0.32 0.28 0.42 0.20 0.39 0.19 0.29 0.23 0.35 0.24 0.25 0.40 0.43 0.24 0.23 0.16 0.18 0.16
O5' 0.50 0.43 0.68 0.69 0.37 0.55 0.36 0.54 0.38 0.43 0.39 0.48 0.69 0.78 0.35 0.49 0.48 0.64 0.32 0.36
O6 0.22 0.19 0.51 0.35 0.24 0.20 0.23 0.21 0.20 0.20 0.21 0.19 0.56 0.33 0.27 0.17 0.31 0.30 0.47 0.38
OP1 1.05 1.05 1.28 1.22 0.88 0.97 0.81 0.86 0.86 0.99 0.99 1.13 1.39 1.23 0.84 0.91 0.84 1.21 0.88 0.82
OP2 0.70 0.65 0.86 0.88 0.47 0.73 0.41 0.64 0.46 0.60 0.57 0.76 1.03 1.14 0.46 0.66 0.53 0.73 0.49 0.40
P 0.76 0.70 0.97 0.97 0.53 0.75 0.48 0.66 0.54 0.66 0.63 0.79 1.08 1.07 0.51 0.67 0.60 0.88 0.54 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.24 0.02 0.00 0.20 0.28 0.27 0.16
C2 0.03 0.00 0.14 0.15 0.03 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.02 0.09 0.24 0.35 0.36 0.21
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.17 0.16 0.02 0.09 0.26 0.01 0.02 0.04 0.02 0.43 0.57 0.38 0.44
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.21 0.01 0.22 0.02 0.19 0.13 0.18 0.16 0.02 0.01 0.23 0.02 0.17 0.42 0.20 0.19
C4 0.03 0.03 0.04 0.21 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.03 0.01 0.03 0.26 0.10 0.00 0.05 0.29 0.49 0.52 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.08 0.21 0.02 0.10 0.01 0.01 0.22 0.28 0.07
C5 0.03 0.02 0.13 0.22 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.12 0.01 0.09 0.31 0.51 0.55 0.34
C5' 0.07 0.11 0.17 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.15 0.10 0.07 0.17 0.19 0.02 0.01 0.21 0.22 0.01
C6 0.03 0.01 0.16 0.19 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.03 0.02 0.27 0.10 0.01 0.11 0.29 0.40 0.46 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.12 0.02 0.02 0.25 0.32 0.35 0.21
N3 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.06 0.02 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01 0.22 0.14 0.01 0.08 0.28 0.42 0.44 0.26
O2 0.05 0.01 0.26 0.16 0.03 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.32 0.30 0.02 0.15 0.22 0.36 0.32 0.18
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.26 0.21 0.29 0.07 0.27 0.15 0.22 0.32 0.00 0.05 0.27 0.14 0.31 0.61 0.43 0.41
O3' 0.24 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.17 0.10 0.12 0.14 0.30 0.05 0.00 0.11 0.17 0.22 0.40 0.34 0.23
O4 0.02 0.02 0.04 0.23 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.11 0.00 0.05 0.26 0.53 0.51 0.29
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.08 0.15 0.14 0.17 0.05 0.00 0.14 0.24 0.44 0.22
O5' 0.20 0.24 0.43 0.17 0.29 0.01 0.31 0.01 0.29 0.25 0.28 0.22 0.31 0.22 0.26 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.35 0.57 0.42 0.49 0.22 0.51 0.21 0.40 0.32 0.42 0.36 0.61 0.40 0.53 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.36 0.38 0.20 0.52 0.28 0.55 0.22 0.46 0.35 0.44 0.32 0.43 0.34 0.51 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.21 0.44 0.19 0.31 0.07 0.34 0.01 0.28 0.21 0.26 0.18 0.41 0.23 0.29 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00