ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

43, 19, 8, 3, 0, 1, 1, 48, 8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, 0.077, 0.201, 0.325, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.201 std_dev=0.124
C6 A 0, 0.090, 0.253, 0.416, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.253 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.045, 0.213, 0.380, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.213 std_dev=0.168
N3 B 0, 0.074, 0.250, 0.427, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.250 std_dev=0.176
C5 A 0, 0.104, 0.327, 0.550, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.327 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.056, 0.307, 0.558, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.307 std_dev=0.251
C1' B 0, 0.067, 0.325, 0.582, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.325 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.047, 0.310, 0.573, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.310 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.064, 0.331, 0.597, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.331 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.068, 0.341, 0.613, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.341 std_dev=0.272
C4 A 0, 0.069, 0.363, 0.657, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.363 std_dev=0.294
N1 A 0, 0.041, 0.345, 0.649, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.345 std_dev=0.304
O6 B 0, 0.131, 0.442, 0.754, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.442 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.048, 0.375, 0.702, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.375 std_dev=0.327
N3 A 0, 0.095, 0.432, 0.770, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.432 std_dev=0.338
N1 B 0, 0.029, 0.373, 0.718, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.373 std_dev=0.344
N7 B 0, 0.093, 0.474, 0.855, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.474 std_dev=0.381
C2 A 0, 0.086, 0.481, 0.876, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.481 std_dev=0.395
C8 B 0, 0.075, 0.487, 0.899, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.487 std_dev=0.412
C2' B 0, 0.092, 0.519, 0.945, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.519 std_dev=0.427
C4' B 0, 0.074, 0.544, 1.014, 2.867 max_d=2.867 avg_d=0.544 std_dev=0.470
N2 B 0, 0.077, 0.571, 1.064, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.571 std_dev=0.493
C1' A 0, 0.079, 0.677, 1.276, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.677 std_dev=0.598
C5' B 0, 0.008, 0.615, 1.222, 5.359 max_d=5.359 avg_d=0.615 std_dev=0.607
C2' A 0, 0.131, 0.753, 1.376, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.753 std_dev=0.623
O2 A 0, 0.175, 0.799, 1.422, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.799 std_dev=0.623
C3' B 0, 0.066, 0.731, 1.395, 3.039 max_d=3.039 avg_d=0.731 std_dev=0.665
O4' A 0, 0.126, 0.843, 1.561, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.843 std_dev=0.718
O2' B 0, 0.185, 1.056, 1.926, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.056 std_dev=0.871
O5' B 0, 0.058, 1.018, 1.979, 7.310 max_d=7.310 avg_d=1.018 std_dev=0.960
OP2 B 0, 0.151, 1.188, 2.225, 8.300 max_d=8.300 avg_d=1.188 std_dev=1.037
C4' A 0, 0.126, 1.192, 2.259, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.192 std_dev=1.067
O3' B 0, 0.080, 1.177, 2.273, 4.439 max_d=4.439 avg_d=1.177 std_dev=1.096
C5' A 0, 0.252, 1.445, 2.638, 3.001 max_d=3.001 avg_d=1.445 std_dev=1.193
C3' A 0, 0.061, 1.311, 2.561, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.311 std_dev=1.250
P B 0, -0.037, 1.251, 2.538, 9.370 max_d=9.370 avg_d=1.251 std_dev=1.287
O2' A 0, 0.156, 1.646, 3.135, 4.519 max_d=4.519 avg_d=1.646 std_dev=1.489
O3' A 0, -0.035, 2.018, 4.072, 4.553 max_d=4.553 avg_d=2.018 std_dev=2.053
O5' A 0, 0.181, 2.314, 4.447, 5.010 max_d=5.010 avg_d=2.314 std_dev=2.133
OP1 B 0, 0.076, 2.528, 4.979, 11.201 max_d=11.201 avg_d=2.528 std_dev=2.452
P A 0, 0.051, 2.763, 5.475, 6.110 max_d=6.110 avg_d=2.763 std_dev=2.712
OP2 A 0, 0.197, 3.059, 5.921, 6.610 max_d=6.610 avg_d=3.059 std_dev=2.862
OP1 A 0, 0.154, 3.200, 6.246, 6.923 max_d=6.923 avg_d=3.200 std_dev=3.046

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.39 0.01 0.33 0.41 0.29 0.26
C2 0.02 0.00 0.09 0.20 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.26 0.03 0.69 0.70 0.55 0.61
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.27 0.09 0.03 0.09 0.04 0.14 0.00 0.03 0.02 0.13 0.22 0.61 0.26
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.40 0.00 0.51 0.02 0.46 0.26 0.32 0.04 0.11 0.02 0.01 0.02 0.16 0.23 0.31 0.14
C4 0.05 0.07 0.04 0.40 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.39 0.13 0.07 1.06 1.13 1.15 1.07
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.16 0.08 0.11 0.06 0.06 0.33 0.03 0.00 0.02 0.24 0.33 0.09
C5 0.02 0.03 0.08 0.51 0.01 0.17 0.00 0.18 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.28 0.30 0.05 1.18 1.23 1.25 1.17
C5' 0.12 0.09 0.27 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.10 0.18 0.14 0.09 0.25 0.02 0.01 0.38 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.46 0.02 0.16 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.20 0.23 0.05 1.03 1.02 0.89 0.93
N1 0.00 0.01 0.03 0.26 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.13 0.01 0.71 0.72 0.52 0.61
N3 0.02 0.01 0.09 0.32 0.02 0.11 0.02 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.38 0.12 0.03 0.91 0.93 0.87 0.87
N4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.04 0.16 0.18 0.39 0.20
O2 0.04 0.01 0.14 0.11 0.05 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.43 0.55 0.07 0.45 0.49 0.34 0.40
O2' 0.01 0.35 0.00 0.02 0.39 0.33 0.28 0.09 0.20 0.22 0.38 0.08 0.43 0.00 0.06 0.22 0.14 0.26 0.68 0.24
O3' 0.39 0.26 0.03 0.01 0.13 0.03 0.30 0.25 0.23 0.13 0.12 0.10 0.55 0.06 0.00 0.29 0.22 0.52 0.23 0.28
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.07 0.22 0.29 0.00 0.35 0.49 0.28 0.33
O5' 0.33 0.69 0.13 0.16 1.06 0.02 1.18 0.01 1.03 0.71 0.91 0.16 0.45 0.14 0.22 0.35 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.70 0.22 0.23 1.13 0.24 1.23 0.38 1.02 0.72 0.93 0.18 0.49 0.26 0.52 0.49 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.55 0.61 0.31 1.15 0.33 1.25 0.41 0.89 0.52 0.87 0.39 0.34 0.68 0.23 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.61 0.26 0.14 1.07 0.09 1.17 0.02 0.93 0.61 0.87 0.20 0.40 0.24 0.28 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.80 0.34 0.46 0.62 0.40 0.75 0.60 0.92 0.40 0.91 0.82 0.65 0.65 0.40 0.36 0.63 0.19 0.53 1.02 0.63 0.70 0.62
C2 0.46 0.75 0.72 0.23 0.67 0.20 0.74 0.35 0.82 0.59 0.81 0.76 0.68 0.70 0.57 0.81 0.43 0.22 0.63 0.87 1.34 1.08 0.82
C2' 0.34 0.92 0.47 0.29 0.73 0.27 0.83 0.46 0.97 0.51 1.00 0.95 0.78 0.71 0.53 0.37 0.44 0.20 0.60 1.03 0.75 0.79 0.79
C3' 0.70 0.38 0.62 1.22 0.16 1.20 0.28 1.39 0.55 0.41 0.56 0.43 0.18 0.20 0.39 0.80 1.33 0.95 1.62 0.73 1.79 0.90 1.81
C4 0.13 0.20 0.30 0.49 0.14 0.39 0.17 0.48 0.24 0.12 0.24 0.22 0.16 0.14 0.11 0.44 0.70 0.29 0.50 0.29 1.10 1.00 0.68
C4' 0.77 0.38 0.69 1.28 0.18 1.23 0.24 1.39 0.53 0.58 0.56 0.44 0.18 0.24 0.49 0.74 1.25 1.02 1.44 0.72 1.28 0.66 1.45
C5 0.33 0.15 0.15 0.70 0.18 0.59 0.17 0.64 0.18 0.30 0.18 0.16 0.16 0.23 0.26 0.20 0.83 0.50 0.51 0.21 0.77 0.87 0.57
C5' 1.08 0.34 0.95 1.44 0.43 1.42 0.33 1.51 0.44 0.91 0.49 0.36 0.34 0.53 0.81 1.00 1.32 1.30 1.64 0.60 1.61 0.73 1.63
C6 0.31 0.24 0.15 0.72 0.15 0.62 0.17 0.70 0.29 0.26 0.31 0.27 0.16 0.17 0.22 0.18 0.83 0.51 0.56 0.38 0.64 0.77 0.59
N1 0.16 0.57 0.35 0.44 0.43 0.37 0.52 0.52 0.66 0.27 0.66 0.60 0.46 0.44 0.28 0.42 0.63 0.21 0.49 0.75 0.83 0.86 0.59
N3 0.36 0.55 0.65 0.26 0.49 0.20 0.54 0.35 0.60 0.43 0.59 0.56 0.50 0.51 0.42 0.78 0.48 0.16 0.64 0.64 1.41 1.12 0.86
N4 0.12 0.12 0.13 0.15 0.11 0.12 0.13 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.18 0.14 0.20 0.19 0.13 0.21 0.09
O2 0.79 1.04 1.07 0.37 0.99 0.35 1.07 0.41 1.12 0.96 1.10 1.04 0.98 1.06 0.91 1.13 0.34 0.49 0.86 1.15 1.68 1.16 1.04
O2' 1.30 1.83 1.37 0.76 1.67 0.82 1.70 0.69 1.79 1.43 1.85 1.86 1.73 1.55 1.49 1.19 0.53 1.08 0.68 1.75 0.59 0.99 0.60
O3' 0.98 0.28 1.08 1.68 0.28 1.56 0.21 1.86 0.38 0.71 0.42 0.35 0.21 0.34 0.65 1.30 1.82 1.17 2.14 0.54 2.25 1.48 2.46
O4' 0.38 0.53 0.28 0.96 0.26 0.88 0.43 1.05 0.69 0.24 0.69 0.57 0.32 0.26 0.19 0.23 1.00 0.64 0.87 0.86 0.57 0.53 0.87
O5' 1.86 0.69 1.63 2.05 1.07 2.10 0.76 2.01 0.44 1.39 0.45 0.61 1.01 0.91 1.47 1.77 1.97 2.08 2.19 0.29 2.08 0.92 1.99
OP1 2.26 0.91 2.08 2.33 1.33 2.38 0.92 2.19 0.52 1.57 0.56 0.84 1.32 1.05 1.76 2.39 2.21 2.39 2.53 0.19 2.68 1.18 2.32
OP2 1.93 0.83 1.66 2.06 1.18 2.14 0.87 2.05 0.53 1.43 0.55 0.75 1.15 1.00 1.54 1.83 2.01 2.15 2.28 0.17 2.40 1.11 2.16
P 2.03 0.83 1.79 2.14 1.22 2.20 0.87 2.07 0.49 1.49 0.51 0.76 1.18 1.02 1.62 1.97 2.03 2.22 2.29 0.16 2.30 1.01 2.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.43 0.03 0.61 0.48 0.43
C2 0.03 0.00 0.36 0.29 0.01 0.16 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.34 0.25 0.56 0.01 0.97 0.86 0.63
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.18 0.01 0.06 0.25 0.13 0.21 0.26 0.44 0.36 0.13 0.02 0.00 0.04 0.02 0.86 0.08 1.20 0.61 0.88
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.27 0.01 0.32 0.02 0.34 0.28 0.32 0.21 0.27 0.33 0.22 0.02 0.01 0.02 0.42 0.35 0.58 0.10 0.36
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.13 0.57 0.02 1.01 0.84 0.64
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.19 0.10 0.13 0.15 0.16 0.07 0.33 0.02 0.01 0.02 0.08 0.09 0.11 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.08 0.06 0.62 0.01 1.23 1.00 0.74
C5' 0.10 0.25 0.25 0.02 0.12 0.01 0.08 0.00 0.11 0.17 0.18 0.18 0.24 0.14 0.07 0.08 0.27 0.01 0.01 0.09 0.12 0.11 0.01
C6 0.02 0.02 0.13 0.34 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.12 0.10 0.62 0.01 1.25 1.05 0.75
C8 0.01 0.01 0.21 0.28 0.01 0.19 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.10 0.15 0.67 0.02 1.25 0.92 0.77
N1 0.03 0.01 0.26 0.32 0.02 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.19 0.59 0.01 1.12 0.98 0.70
N2 0.04 0.01 0.44 0.21 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.39 0.29 0.52 0.02 0.87 0.81 0.58
N3 0.03 0.01 0.36 0.27 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.36 0.25 0.54 0.01 0.88 0.77 0.59
N7 0.01 0.01 0.13 0.33 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.47 0.09 0.09 0.67 0.02 1.38 1.05 0.82
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.15 0.01 0.57 0.02 0.96 0.75 0.62
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.15 0.33 0.32 0.08 0.29 0.45 0.14 0.24 0.15 0.47 0.23 0.00 0.05 0.23 0.47 0.36 0.92 0.25 0.57
O3' 0.37 0.34 0.04 0.01 0.20 0.02 0.08 0.27 0.12 0.10 0.23 0.39 0.36 0.09 0.15 0.05 0.00 0.26 0.14 0.06 0.23 0.56 0.14
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.15 0.19 0.29 0.25 0.09 0.01 0.23 0.26 0.00 0.10 0.07 0.06 0.26 0.06
O5' 0.43 0.56 0.86 0.42 0.57 0.02 0.62 0.01 0.62 0.67 0.59 0.52 0.54 0.67 0.57 0.47 0.14 0.10 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.35 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.06 0.07 0.63 0.00 1.36 1.13 0.79
OP1 0.61 0.97 1.20 0.58 1.01 0.09 1.23 0.12 1.25 1.25 1.12 0.87 0.88 1.38 0.96 0.92 0.23 0.06 0.02 1.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.86 0.61 0.10 0.84 0.11 1.00 0.11 1.05 0.92 0.98 0.81 0.77 1.05 0.75 0.25 0.56 0.26 0.02 1.13 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.63 0.88 0.36 0.64 0.03 0.74 0.01 0.75 0.77 0.70 0.58 0.59 0.82 0.62 0.57 0.14 0.06 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00