ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43875

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 25, 1, 2, 15, 10, 0, 2, 53, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.058, 0.121, 0.185, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.121 std_dev=0.064
N1 A 0, 0.079, 0.166, 0.253, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.166 std_dev=0.087
C2 A 0, 0.079, 0.184, 0.289, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.184 std_dev=0.105
C6 A 0, 0.076, 0.227, 0.378, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.227 std_dev=0.151
O2 A 0, 0.060, 0.288, 0.516, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.288 std_dev=0.228
C5 A 0, 0.083, 0.316, 0.549, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.316 std_dev=0.233
N3 A 0, 0.114, 0.352, 0.590, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.352 std_dev=0.238
O4' A 0, 0.147, 0.387, 0.627, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.387 std_dev=0.240
C1' A 0, 0.153, 0.393, 0.633, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.393 std_dev=0.240
C4 A 0, 0.134, 0.415, 0.695, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.415 std_dev=0.281
C4' A 0, 0.108, 0.401, 0.693, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.401 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.104, 0.397, 0.691, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.397 std_dev=0.293
C2' A 0, 0.207, 0.561, 0.915, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.561 std_dev=0.354
N9 B 0, 0.115, 0.516, 0.918, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.516 std_dev=0.402
N1 B 0, 0.146, 0.548, 0.950, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.548 std_dev=0.402
C5' A 0, 0.204, 0.613, 1.023, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.613 std_dev=0.409
O4 A 0, -0.020, 0.421, 0.863, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.421 std_dev=0.442
C3' A 0, 0.174, 0.623, 1.072, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.623 std_dev=0.449
C6 B 0, 0.095, 0.580, 1.066, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.580 std_dev=0.485
O4' B 0, 0.126, 0.630, 1.134, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.630 std_dev=0.504
C5 B 0, 0.127, 0.716, 1.304, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.716 std_dev=0.588
N3 B 0, 0.133, 0.730, 1.328, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.730 std_dev=0.597
C2 B 0, 0.188, 0.919, 1.649, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.919 std_dev=0.730
C4' B 0, 0.257, 1.113, 1.969, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.113 std_dev=0.856
OP1 A 0, 0.294, 1.159, 2.025, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.159 std_dev=0.866
O5' A 0, 0.256, 1.189, 2.123, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.189 std_dev=0.934
N6 B 0, 0.228, 1.214, 2.199, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.214 std_dev=0.985
C2' B 0, 0.086, 1.097, 2.107, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.097 std_dev=1.011
O2' A 0, 0.322, 1.355, 2.388, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.355 std_dev=1.033
O3' A 0, 0.239, 1.286, 2.332, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.286 std_dev=1.047
C8 B 0, 0.230, 1.295, 2.361, 2.780 max_d=2.780 avg_d=1.295 std_dev=1.066
N7 B 0, 0.241, 1.450, 2.659, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.450 std_dev=1.209
P A 0, 0.394, 1.728, 3.063, 3.281 max_d=3.281 avg_d=1.728 std_dev=1.334
O2' B 0, 0.046, 1.467, 2.888, 4.001 max_d=4.001 avg_d=1.467 std_dev=1.421
C5' B 0, 0.385, 1.928, 3.470, 6.014 max_d=6.014 avg_d=1.928 std_dev=1.542
C3' B 0, 0.203, 1.855, 3.506, 3.878 max_d=3.878 avg_d=1.855 std_dev=1.652
OP2 A 0, 0.446, 2.579, 4.713, 5.275 max_d=5.275 avg_d=2.579 std_dev=2.133
O5' B 0, 0.448, 2.684, 4.920, 7.432 max_d=7.432 avg_d=2.684 std_dev=2.236
O3' B 0, 0.246, 2.684, 5.123, 5.577 max_d=5.577 avg_d=2.684 std_dev=2.438
P B 0, 0.647, 4.066, 7.485, 9.783 max_d=9.783 avg_d=4.066 std_dev=3.419
OP2 B 0, 0.745, 4.409, 8.072, 10.458 max_d=10.458 avg_d=4.409 std_dev=3.663
OP1 B 0, 0.764, 4.580, 8.396, 10.480 max_d=10.480 avg_d=4.580 std_dev=3.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.36 0.02 0.01 0.18 0.15 0.33 0.20
C2 0.03 0.00 0.16 0.24 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.27 0.01 0.08 0.37 0.22 0.71 0.48
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.22 0.14 0.02 0.14 0.25 0.00 0.03 0.05 0.02 0.21 0.21 0.39 0.15
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.41 0.00 0.50 0.01 0.45 0.26 0.34 0.16 0.03 0.01 0.18 0.02 0.45 0.26 0.63 0.36
C4 0.04 0.07 0.04 0.41 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.04 0.02 0.05 0.47 0.14 0.00 0.04 0.69 0.40 1.32 0.91
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.10 0.11 0.35 0.03 0.08 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.10 0.50 0.01 0.25 0.00 0.24 0.00 0.02 0.02 0.02 0.46 0.33 0.01 0.07 0.86 0.46 1.49 1.05
C5' 0.07 0.05 0.22 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.20 0.06 0.11 0.10 0.12 0.23 0.12 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.45 0.02 0.24 0.00 0.20 0.00 0.01 0.04 0.01 0.38 0.27 0.01 0.10 0.77 0.35 1.18 0.86
N1 0.01 0.01 0.02 0.26 0.04 0.10 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.25 0.09 0.02 0.01 0.45 0.21 0.74 0.52
N3 0.03 0.01 0.14 0.34 0.02 0.10 0.02 0.11 0.04 0.03 0.00 0.01 0.34 0.13 0.01 0.05 0.54 0.32 1.01 0.70
O2 0.04 0.01 0.25 0.16 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.57 0.02 0.16 0.17 0.20 0.44 0.27
O2' 0.02 0.25 0.00 0.03 0.47 0.35 0.46 0.12 0.38 0.25 0.34 0.21 0.00 0.05 0.21 0.24 0.38 0.16 0.48 0.30
O3' 0.36 0.27 0.03 0.01 0.14 0.03 0.33 0.23 0.27 0.09 0.13 0.57 0.05 0.00 0.10 0.25 0.51 0.70 0.71 0.52
O4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.10 0.00 0.03 0.32 0.40 0.64 0.44
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.05 0.16 0.24 0.25 0.03 0.00 0.04 0.14 0.06 0.06
O5' 0.18 0.37 0.21 0.45 0.69 0.01 0.86 0.01 0.77 0.45 0.54 0.17 0.38 0.51 0.32 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.22 0.21 0.26 0.40 0.07 0.46 0.08 0.35 0.21 0.32 0.20 0.16 0.70 0.40 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.71 0.39 0.63 1.32 0.05 1.49 0.07 1.18 0.74 1.01 0.44 0.48 0.71 0.64 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.48 0.15 0.36 0.91 0.02 1.05 0.01 0.86 0.52 0.70 0.27 0.30 0.52 0.44 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.91 0.52 0.74 0.24 0.48 0.18 0.90 0.27 0.47 0.69 0.67 0.15 0.44 0.20 0.77 0.90 0.22 1.35 2.60 1.34 1.85
C2 0.29 0.81 0.75 1.09 0.12 0.71 0.20 1.22 0.19 0.65 0.62 0.54 0.14 0.57 0.33 0.97 1.20 0.35 1.73 2.93 1.76 2.29
C2' 0.15 0.76 0.52 0.72 0.16 0.46 0.14 0.84 0.25 0.41 0.61 0.51 0.16 0.37 0.18 0.89 0.95 0.20 1.21 2.43 1.12 1.64
C3' 0.19 0.97 0.27 0.40 0.33 0.28 0.17 0.64 0.34 0.26 0.77 0.74 0.22 0.25 0.14 0.66 0.61 0.28 0.99 2.28 0.96 1.43
C4 0.52 0.69 1.00 1.44 0.22 0.93 0.23 1.35 0.24 0.68 0.59 0.42 0.18 0.54 0.46 1.25 1.68 0.56 1.81 2.81 1.80 2.29
C4' 0.14 1.01 0.31 0.44 0.29 0.31 0.14 0.70 0.30 0.35 0.76 0.77 0.16 0.35 0.10 0.64 0.59 0.21 1.10 2.40 1.06 1.56
C5 0.47 0.72 0.91 1.32 0.24 0.81 0.22 1.17 0.32 0.56 0.64 0.46 0.29 0.42 0.40 1.23 1.63 0.50 1.60 2.55 1.51 2.00
C5' 0.27 0.92 0.25 0.32 0.30 0.23 0.15 0.56 0.27 0.31 0.67 0.71 0.16 0.29 0.21 0.72 0.54 0.31 0.93 2.12 0.85 1.31
C6 0.31 0.79 0.73 1.06 0.20 0.61 0.17 1.00 0.31 0.47 0.67 0.52 0.25 0.37 0.28 1.08 1.33 0.33 1.44 2.49 1.35 1.87
N1 0.22 0.83 0.66 0.95 0.15 0.58 0.14 1.04 0.24 0.52 0.65 0.57 0.15 0.45 0.24 0.95 1.12 0.26 1.51 2.69 1.49 2.01
N3 0.41 0.77 0.88 1.29 0.15 0.84 0.20 1.33 0.20 0.68 0.62 0.49 0.13 0.57 0.40 1.10 1.43 0.47 1.84 2.96 1.88 2.38
O2 0.29 0.82 0.72 1.03 0.16 0.72 0.28 1.26 0.19 0.73 0.59 0.56 0.23 0.68 0.36 0.88 1.08 0.38 1.79 3.09 1.89 2.41
O2' 0.51 1.23 0.59 0.73 0.70 0.62 0.61 0.71 0.78 0.41 1.12 1.00 0.62 0.43 0.51 0.58 0.92 0.53 0.87 1.98 1.00 1.23
O3' 0.44 1.44 0.22 0.35 0.70 0.38 0.54 0.59 0.81 0.18 1.29 1.13 0.71 0.21 0.41 0.47 0.48 0.49 0.84 2.18 0.90 1.28
O4 0.41 0.37 0.27 0.45 0.32 0.43 0.28 0.74 0.27 0.38 0.33 0.37 0.17 0.32 0.36 0.31 0.51 0.55 1.01 1.46 1.30 1.35
O4' 0.15 0.97 0.45 0.64 0.26 0.42 0.19 0.86 0.27 0.48 0.71 0.74 0.16 0.47 0.18 0.70 0.76 0.20 1.33 2.59 1.32 1.83
O5' 0.88 0.35 1.20 1.26 0.66 1.02 0.80 1.39 0.52 1.20 0.19 0.35 0.57 1.14 0.94 1.59 1.44 0.88 1.85 3.02 1.59 2.20
OP1 1.13 0.54 1.25 1.27 0.92 1.14 0.83 1.27 0.61 1.08 0.46 0.81 0.19 0.95 1.07 1.77 1.67 1.12 1.48 2.28 1.20 1.63
OP2 2.32 0.96 2.77 2.77 2.03 2.46 2.07 2.77 1.60 2.60 1.05 1.47 1.48 2.43 2.40 3.01 2.92 2.25 3.23 4.17 2.87 3.44
P 1.30 0.47 1.55 1.56 1.18 1.36 1.29 1.63 1.02 1.59 0.60 0.79 0.97 1.54 1.39 1.90 1.78 1.26 2.03 3.04 1.72 2.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.38 0.00 0.23 0.53 0.16 0.22
C2 0.03 0.00 0.20 0.21 0.01 0.15 0.03 0.29 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.31 0.35 0.11 0.26 0.94 0.75 0.43
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.25 0.11 0.07 0.18 0.20 0.07 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.52 0.83 0.34 0.62
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.25 0.00 0.37 0.01 0.36 0.41 0.30 0.16 0.42 0.45 0.25 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.10 0.10
C4 0.01 0.01 0.11 0.25 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.19 0.06 0.15 0.81 0.58 0.26
C4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.19 0.14 0.14 0.14 0.18 0.09 0.33 0.03 0.00 0.01 0.20 0.22 0.02
C5 0.01 0.03 0.08 0.37 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.06 0.04 0.19 0.87 0.80 0.29
C5' 0.09 0.29 0.25 0.01 0.14 0.01 0.12 0.00 0.16 0.17 0.23 0.27 0.13 0.16 0.07 0.08 0.23 0.01 0.01 0.39 0.43 0.01
C6 0.01 0.05 0.11 0.36 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.38 0.08 0.06 0.18 0.92 0.89 0.32
C8 0.01 0.02 0.07 0.41 0.01 0.19 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.17 0.07 0.32 0.77 0.68 0.34
N1 0.04 0.01 0.18 0.30 0.03 0.14 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.35 0.21 0.09 0.19 0.94 0.84 0.37
N3 0.03 0.00 0.20 0.16 0.00 0.14 0.01 0.27 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.40 0.11 0.25 0.86 0.60 0.38
N6 0.01 0.01 0.07 0.42 0.01 0.14 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.08 0.03 0.20 0.81 1.12 0.31
N7 0.01 0.03 0.04 0.45 0.01 0.18 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.20 0.04 0.31 0.86 0.90 0.38
N9 0.00 0.01 0.02 0.25 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.01 0.18 0.70 0.42 0.21
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.29 0.33 0.34 0.08 0.38 0.26 0.35 0.26 0.42 0.33 0.21 0.00 0.05 0.23 0.38 0.76 0.30 0.54
O3' 0.38 0.35 0.03 0.01 0.19 0.03 0.06 0.23 0.08 0.17 0.21 0.40 0.08 0.20 0.12 0.05 0.00 0.28 0.27 0.62 0.31 0.30
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.11 0.03 0.04 0.01 0.23 0.28 0.00 0.09 0.13 0.14 0.12
O5' 0.23 0.26 0.52 0.07 0.15 0.01 0.19 0.01 0.18 0.32 0.19 0.25 0.20 0.31 0.18 0.38 0.27 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.53 0.94 0.83 0.19 0.81 0.20 0.87 0.39 0.92 0.77 0.94 0.86 0.81 0.86 0.70 0.76 0.62 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.75 0.34 0.10 0.58 0.22 0.80 0.43 0.89 0.68 0.84 0.60 1.12 0.90 0.42 0.30 0.31 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.43 0.62 0.10 0.26 0.02 0.29 0.01 0.32 0.34 0.37 0.38 0.31 0.38 0.21 0.54 0.30 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00