ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43883

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 19, 12, 4, 10, 1, 61, 23, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.043, 0.131, 0.218, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.131 std_dev=0.087
C4 A 0, 0.067, 0.177, 0.288, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.177 std_dev=0.110
N3 B 0, 0.114, 0.226, 0.338, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.226 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.130, 0.328, 0.525, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.328 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.112, 0.312, 0.512, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.312 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.093, 0.322, 0.550, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.322 std_dev=0.229
N3 A 0, 0.089, 0.331, 0.573, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.331 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.124, 0.385, 0.646, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.385 std_dev=0.261
C5 A 0, 0.106, 0.368, 0.629, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.368 std_dev=0.261
C6 A 0, 0.149, 0.451, 0.752, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.451 std_dev=0.302
N1 A 0, 0.137, 0.480, 0.822, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.480 std_dev=0.342
C2 A 0, 0.110, 0.464, 0.817, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.464 std_dev=0.353
C5 B 0, 0.148, 0.505, 0.863, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.505 std_dev=0.358
N9 A 0, 0.134, 0.491, 0.849, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.491 std_dev=0.358
O4 B 0, 0.026, 0.417, 0.808, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.417 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.093, 0.524, 0.955, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.524 std_dev=0.431
O2 B 0, 0.209, 0.663, 1.117, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.663 std_dev=0.454
C3' B 0, 0.113, 0.569, 1.025, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.569 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.046, 0.513, 0.981, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.513 std_dev=0.467
C2' A 0, 0.252, 0.721, 1.191, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.721 std_dev=0.470
C1' A 0, 0.188, 0.709, 1.229, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.709 std_dev=0.520
C4' B 0, 0.113, 0.637, 1.160, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.637 std_dev=0.523
N6 A 0, 0.138, 0.670, 1.203, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.670 std_dev=0.532
N7 A 0, 0.185, 0.719, 1.252, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.719 std_dev=0.533
C8 A 0, 0.188, 0.740, 1.291, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.740 std_dev=0.552
O3' B 0, 0.223, 0.847, 1.471, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.847 std_dev=0.624
O2' A 0, 0.161, 0.809, 1.457, 3.236 max_d=3.236 avg_d=0.809 std_dev=0.648
C3' A 0, 0.158, 0.937, 1.716, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.937 std_dev=0.779
O2' B 0, 0.072, 0.920, 1.768, 3.644 max_d=3.644 avg_d=0.920 std_dev=0.848
O3' A 0, 0.074, 0.949, 1.824, 2.942 max_d=2.942 avg_d=0.949 std_dev=0.875
C5' B 0, -0.144, 0.787, 1.718, 4.522 max_d=4.522 avg_d=0.787 std_dev=0.931
O4' A 0, 0.143, 1.235, 2.327, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.235 std_dev=1.092
O5' B 0, -0.143, 1.119, 2.382, 5.885 max_d=5.885 avg_d=1.119 std_dev=1.263
C4' A 0, 0.201, 1.508, 2.815, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.508 std_dev=1.307
P B 0, -0.272, 1.590, 3.452, 8.651 max_d=8.651 avg_d=1.590 std_dev=1.862
C5' A 0, 0.337, 2.394, 4.452, 5.299 max_d=5.299 avg_d=2.394 std_dev=2.057
OP2 B 0, 0.160, 2.247, 4.333, 8.766 max_d=8.766 avg_d=2.247 std_dev=2.086
OP1 B 0, 0.050, 2.567, 5.084, 10.674 max_d=10.674 avg_d=2.567 std_dev=2.517
O5' A 0, 0.914, 3.960, 7.005, 7.516 max_d=7.516 avg_d=3.960 std_dev=3.046
OP2 A 0, 1.042, 4.894, 8.747, 10.038 max_d=10.038 avg_d=4.894 std_dev=3.852
P A 0, 1.048, 5.030, 9.011, 9.890 max_d=9.890 avg_d=5.030 std_dev=3.981
OP1 A 0, 1.379, 6.367, 11.355, 11.963 max_d=11.963 avg_d=6.367 std_dev=4.988

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.41 0.48 0.14 0.17
C2 0.03 0.00 0.17 0.15 0.01 0.08 0.03 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.38 0.57 0.14 0.34 0.68 0.47 0.28
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.23 0.08 0.09 0.15 0.16 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.72 0.95 0.37 0.63
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.16 0.01 0.27 0.02 0.24 0.38 0.20 0.14 0.20 0.38 0.19 0.02 0.01 0.03 0.38 0.51 0.13 0.27
C4 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.34 0.07 0.55 0.78 0.42 0.22
C4' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.15 0.07 0.08 0.05 0.14 0.07 0.30 0.03 0.01 0.02 0.19 0.26 0.14
C5 0.01 0.03 0.06 0.27 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.19 0.03 0.78 1.08 0.64 0.43
C5' 0.10 0.08 0.23 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.15 0.30 0.10 0.08 0.18 0.29 0.15 0.08 0.25 0.02 0.01 0.38 0.39 0.02
C6 0.02 0.06 0.08 0.24 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.37 0.27 0.06 0.71 1.03 0.68 0.37
C8 0.01 0.03 0.09 0.38 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.18 0.11 1.04 1.33 0.70 0.73
N1 0.03 0.02 0.15 0.20 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.43 0.09 0.52 0.81 0.58 0.24
N3 0.03 0.01 0.16 0.14 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.34 0.58 0.14 0.31 0.61 0.40 0.27
N6 0.02 0.02 0.05 0.20 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.37 0.19 0.03 0.82 1.36 0.40 0.46
N7 0.01 0.03 0.06 0.38 0.01 0.14 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.27 0.18 0.07 1.04 1.43 0.85 0.76
N9 0.00 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.18 0.02 0.67 0.83 0.35 0.31
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.30 0.30 0.32 0.08 0.37 0.21 0.38 0.34 0.37 0.27 0.19 0.00 0.05 0.18 0.41 0.74 0.26 0.46
O3' 0.35 0.57 0.03 0.01 0.34 0.03 0.19 0.25 0.27 0.18 0.43 0.58 0.19 0.18 0.18 0.05 0.00 0.25 0.23 0.51 0.27 0.22
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.11 0.09 0.14 0.03 0.07 0.02 0.18 0.25 0.00 0.11 0.19 0.33 0.32
O5' 0.41 0.34 0.72 0.38 0.55 0.02 0.78 0.01 0.71 1.04 0.52 0.31 0.82 1.04 0.67 0.41 0.23 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 0.68 0.95 0.51 0.78 0.19 1.08 0.38 1.03 1.33 0.81 0.61 1.36 1.43 0.83 0.74 0.51 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.47 0.37 0.13 0.42 0.26 0.64 0.39 0.68 0.70 0.58 0.40 0.40 0.85 0.35 0.26 0.27 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.28 0.63 0.27 0.22 0.14 0.43 0.02 0.37 0.73 0.24 0.27 0.46 0.76 0.31 0.46 0.22 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.24 0.27 0.20 0.34 0.64 0.35 1.04 0.30 0.24 0.25 0.23 0.62 0.31 0.32 0.58 1.14 1.77 1.47 1.57
C2 0.36 0.28 0.43 0.51 0.27 0.76 0.27 0.99 0.25 0.28 0.22 0.35 0.71 0.64 0.36 0.63 1.20 1.76 1.28 1.42
C2' 0.20 0.26 0.32 0.19 0.42 0.62 0.44 1.01 0.36 0.26 0.31 0.23 0.64 0.27 0.52 0.58 1.10 1.76 1.47 1.58
C3' 0.26 0.30 0.53 0.38 0.39 0.58 0.41 1.00 0.38 0.31 0.31 0.28 0.84 0.39 0.34 0.53 1.19 1.90 1.46 1.71
C4 0.17 0.14 0.32 0.24 0.24 0.61 0.25 0.95 0.18 0.14 0.16 0.17 0.70 0.39 0.34 0.52 1.09 1.76 1.42 1.48
C4' 0.21 0.36 0.32 0.25 0.62 0.51 0.64 0.94 0.51 0.35 0.46 0.29 0.75 0.50 0.51 0.53 1.01 1.62 1.56 1.48
C5 0.16 0.19 0.40 0.15 0.37 0.51 0.38 0.86 0.27 0.19 0.29 0.16 0.81 0.36 0.48 0.43 1.00 1.80 1.48 1.48
C5' 0.25 0.43 0.53 0.53 0.79 0.38 0.82 0.81 0.60 0.39 0.58 0.35 1.03 0.79 0.71 0.45 0.93 1.63 1.59 1.37
C6 0.16 0.20 0.39 0.22 0.41 0.54 0.42 0.85 0.29 0.19 0.31 0.17 0.79 0.41 0.55 0.44 1.01 1.76 1.44 1.43
C8 0.28 0.28 0.53 0.26 0.37 0.46 0.38 0.86 0.32 0.29 0.33 0.26 0.94 0.41 0.43 0.43 1.01 1.97 1.58 1.60
N1 0.24 0.16 0.38 0.39 0.29 0.66 0.30 0.90 0.19 0.16 0.19 0.23 0.73 0.56 0.44 0.53 1.09 1.71 1.32 1.38
N3 0.36 0.30 0.40 0.46 0.29 0.75 0.29 1.02 0.28 0.30 0.25 0.36 0.67 0.56 0.32 0.64 1.22 1.79 1.32 1.47
N6 0.19 0.27 0.28 0.17 0.50 0.24 0.49 0.18 0.36 0.26 0.41 0.20 0.29 0.34 0.30 0.20 0.26 0.50 0.82 0.31
N7 0.31 0.36 0.56 0.23 0.50 0.44 0.50 0.81 0.42 0.36 0.44 0.32 0.97 0.40 0.57 0.40 0.98 1.96 1.58 1.56
N9 0.13 0.11 0.33 0.14 0.22 0.56 0.23 0.94 0.17 0.12 0.15 0.12 0.74 0.33 0.31 0.49 1.06 1.80 1.48 1.54
O2' 0.33 0.32 0.30 0.33 0.44 0.73 0.46 1.07 0.38 0.32 0.37 0.30 0.54 0.41 0.59 0.68 1.04 1.50 1.43 1.37
O3' 0.31 0.35 0.59 0.43 0.39 0.49 0.40 0.89 0.37 0.34 0.40 0.31 0.87 0.40 0.35 0.54 1.14 1.88 1.34 1.77
O4' 0.24 0.32 0.26 0.16 0.50 0.58 0.52 1.00 0.43 0.32 0.38 0.28 0.67 0.42 0.42 0.56 1.08 1.71 1.57 1.55
O5' 0.31 0.53 0.73 0.72 0.95 0.36 0.96 0.79 0.70 0.48 0.71 0.44 1.27 0.92 0.94 0.43 0.89 1.55 1.50 1.30
OP1 1.00 1.40 0.96 0.92 1.93 0.57 1.88 0.70 1.54 1.31 1.68 1.26 1.53 1.27 2.45 1.01 0.74 1.22 1.46 0.96
OP2 0.70 1.04 0.95 0.80 1.48 0.46 1.45 0.76 1.14 0.95 1.25 0.93 1.46 0.96 1.09 0.65 0.82 1.65 1.47 1.24
P 0.68 1.10 0.69 0.63 1.59 0.48 1.56 0.84 1.24 1.01 1.35 0.97 1.24 0.90 1.51 0.80 0.81 1.42 1.54 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.19 0.03 0.01 0.47 0.39 0.56 0.29
C2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.07 0.10 0.03 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.02 0.14 0.62 0.78 0.63 0.42
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.14 0.12 0.03 0.09 0.19 0.00 0.03 0.07 0.02 0.37 0.49 0.81 0.38
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.17 0.00 0.18 0.02 0.15 0.09 0.13 0.09 0.02 0.01 0.18 0.01 0.11 0.57 0.62 0.34
C4 0.05 0.07 0.07 0.17 0.00 0.11 0.01 0.24 0.02 0.05 0.02 0.05 0.17 0.13 0.01 0.05 0.82 1.33 0.95 0.77
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.16 0.06 0.08 0.19 0.11 0.04 0.09 0.01 0.02 0.29 0.28 0.10
C5 0.03 0.03 0.10 0.18 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.02 0.03 0.03 0.24 0.13 0.02 0.12 0.91 1.47 1.07 0.91
C5' 0.09 0.17 0.14 0.02 0.24 0.01 0.30 0.00 0.30 0.17 0.17 0.25 0.08 0.11 0.13 0.03 0.01 0.20 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.15 0.02 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.04 0.02 0.25 0.11 0.02 0.15 0.87 1.20 0.97 0.79
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.02 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.12 0.02 0.02 0.67 0.79 0.71 0.50
N3 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.08 0.03 0.17 0.04 0.02 0.00 0.01 0.18 0.13 0.02 0.10 0.73 1.07 0.74 0.60
O2 0.06 0.01 0.19 0.09 0.05 0.19 0.03 0.25 0.02 0.02 0.01 0.00 0.34 0.24 0.03 0.26 0.47 0.56 0.49 0.25
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.17 0.11 0.24 0.08 0.25 0.09 0.18 0.34 0.00 0.05 0.18 0.09 0.31 0.63 0.93 0.43
O3' 0.19 0.16 0.03 0.01 0.13 0.04 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.24 0.05 0.00 0.13 0.15 0.22 0.71 0.57 0.39
O4 0.03 0.02 0.07 0.18 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.03 0.18 0.13 0.00 0.05 0.64 1.08 1.17 0.84
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.05 0.01 0.12 0.03 0.15 0.02 0.10 0.26 0.09 0.15 0.05 0.00 0.41 0.32 0.41 0.27
O5' 0.47 0.62 0.37 0.11 0.82 0.02 0.91 0.01 0.87 0.67 0.73 0.47 0.31 0.22 0.64 0.41 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.39 0.78 0.49 0.57 1.33 0.29 1.47 0.20 1.20 0.79 1.07 0.56 0.63 0.71 1.08 0.32 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.63 0.81 0.62 0.95 0.28 1.07 0.25 0.97 0.71 0.74 0.49 0.93 0.57 1.17 0.41 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.42 0.38 0.34 0.77 0.10 0.91 0.02 0.79 0.50 0.60 0.25 0.43 0.39 0.84 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00