ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43893

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 16, 112, 218, 116, 30, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.093, 0.180, 0.266, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.180 std_dev=0.087
C4 B 0, 0.076, 0.167, 0.258, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.167 std_dev=0.091
C4 A 0, 0.207, 0.343, 0.479, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.343 std_dev=0.136
N1 B 0, 0.167, 0.304, 0.440, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.304 std_dev=0.137
N9 B 0, 0.189, 0.327, 0.465, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.327 std_dev=0.138
N3 B 0, 0.103, 0.245, 0.386, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.245 std_dev=0.142
C1' A 0, 0.175, 0.324, 0.473, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.324 std_dev=0.149
C1' B 0, 0.223, 0.382, 0.542, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.382 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.125, 0.286, 0.447, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.286 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.114, 0.276, 0.438, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.276 std_dev=0.162
C2 A 0, 0.208, 0.390, 0.572, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.390 std_dev=0.182
C6 A 0, 0.206, 0.398, 0.591, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.398 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.154, 0.347, 0.540, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.347 std_dev=0.193
C5 A 0, 0.177, 0.380, 0.583, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.380 std_dev=0.203
N3 A 0, 0.277, 0.485, 0.692, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.485 std_dev=0.208
O4 A 0, 0.308, 0.527, 0.746, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.527 std_dev=0.219
O6 B 0, 0.171, 0.435, 0.700, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.435 std_dev=0.264
C8 B 0, 0.246, 0.518, 0.790, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.518 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.223, 0.513, 0.802, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.513 std_dev=0.289
N2 B 0, 0.281, 0.577, 0.874, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.577 std_dev=0.296
C4' A 0, 0.604, 0.905, 1.207, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.905 std_dev=0.301
O4' A 0, 0.333, 0.636, 0.940, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.636 std_dev=0.304
C2' A 0, 0.332, 0.661, 0.989, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.661 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.246, 0.575, 0.905, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.575 std_dev=0.329
O2 A 0, 0.284, 0.641, 0.998, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.641 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.306, 0.668, 1.030, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.668 std_dev=0.362
O3' A 0, 0.384, 0.750, 1.116, 3.528 max_d=3.528 avg_d=0.750 std_dev=0.366
C3' A 0, 0.338, 0.730, 1.122, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.730 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.358, 0.799, 1.239, 2.739 max_d=2.739 avg_d=0.799 std_dev=0.441
C3' B 0, 0.366, 0.844, 1.323, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.844 std_dev=0.479
C5' A 0, 1.062, 1.541, 2.020, 3.511 max_d=3.511 avg_d=1.541 std_dev=0.479
O5' A 0, 1.276, 1.783, 2.291, 4.829 max_d=4.829 avg_d=1.783 std_dev=0.507
O2' A 0, 0.472, 0.984, 1.496, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.984 std_dev=0.512
O5' B 0, 0.431, 0.959, 1.488, 4.971 max_d=4.971 avg_d=0.959 std_dev=0.528
P B 0, 0.249, 0.844, 1.440, 5.980 max_d=5.980 avg_d=0.844 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.421, 1.049, 1.677, 4.697 max_d=4.697 avg_d=1.049 std_dev=0.628
OP2 B 0, 0.163, 0.904, 1.645, 7.363 max_d=7.363 avg_d=0.904 std_dev=0.741
O3' B 0, 0.533, 1.326, 2.120, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.326 std_dev=0.793
O2' B 0, 0.358, 1.200, 2.042, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.200 std_dev=0.842
OP2 A 0, 1.193, 2.095, 2.997, 8.220 max_d=8.220 avg_d=2.095 std_dev=0.902
P A 0, 1.215, 2.144, 3.072, 6.725 max_d=6.725 avg_d=2.144 std_dev=0.928
OP1 B 0, 0.245, 1.177, 2.109, 8.073 max_d=8.073 avg_d=1.177 std_dev=0.932
OP1 A 0, 2.418, 3.964, 5.510, 6.919 max_d=6.919 avg_d=3.964 std_dev=1.546

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.16 0.02 0.01 0.21 0.39 0.46 0.22
C2 0.03 0.00 0.11 0.07 0.06 0.05 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.02 0.09 0.27 0.60 0.69 0.31
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.10 0.11 0.12 0.03 0.09 0.19 0.01 0.04 0.06 0.02 0.33 0.48 0.44 0.33
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.07 0.11 0.02 0.01 0.11 0.01 0.20 0.33 0.30 0.20
C4 0.04 0.06 0.06 0.10 0.00 0.08 0.01 0.21 0.02 0.04 0.02 0.04 0.15 0.12 0.01 0.05 0.35 0.83 0.90 0.43
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.05 0.10 0.08 0.03 0.07 0.01 0.02 0.27 0.28 0.07
C5 0.02 0.02 0.10 0.12 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.10 0.01 0.09 0.39 0.87 0.92 0.48
C5' 0.06 0.13 0.11 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.22 0.14 0.16 0.12 0.07 0.08 0.20 0.02 0.01 0.32 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.12 0.02 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.04 0.02 0.19 0.09 0.01 0.11 0.37 0.74 0.79 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.14 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.12 0.02 0.02 0.29 0.57 0.65 0.32
N3 0.03 0.01 0.09 0.07 0.02 0.05 0.02 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01 0.17 0.16 0.01 0.07 0.31 0.72 0.81 0.37
O2 0.04 0.01 0.19 0.11 0.04 0.10 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.34 0.27 0.02 0.16 0.23 0.52 0.62 0.27
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.15 0.08 0.19 0.07 0.19 0.08 0.17 0.34 0.00 0.08 0.18 0.05 0.34 0.55 0.51 0.38
O3' 0.16 0.19 0.04 0.01 0.12 0.03 0.10 0.08 0.09 0.12 0.16 0.27 0.08 0.00 0.12 0.12 0.16 0.33 0.37 0.21
O4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.12 0.00 0.05 0.35 0.92 1.00 0.45
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.16 0.05 0.12 0.05 0.00 0.15 0.35 0.46 0.22
O5' 0.21 0.27 0.33 0.20 0.35 0.02 0.39 0.01 0.37 0.29 0.31 0.23 0.34 0.16 0.35 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.60 0.48 0.33 0.83 0.27 0.87 0.32 0.74 0.57 0.72 0.52 0.55 0.33 0.92 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.69 0.44 0.30 0.90 0.28 0.92 0.33 0.79 0.65 0.81 0.62 0.51 0.37 1.00 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.31 0.33 0.20 0.43 0.07 0.48 0.02 0.43 0.32 0.37 0.27 0.38 0.21 0.45 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.30 0.37 0.21 0.28 0.25 0.32 0.25 0.33 0.36 0.31 0.34 0.28 0.39 0.28 0.25 0.31 0.40 0.15 0.42 0.30 0.19 0.09
C2 0.45 0.42 0.37 0.33 0.37 0.43 0.37 0.37 0.38 0.42 0.39 0.44 0.41 0.42 0.39 0.38 0.45 0.58 0.22 0.46 0.35 0.24 0.15
C2' 0.38 0.39 0.33 0.27 0.38 0.31 0.43 0.32 0.44 0.47 0.41 0.38 0.37 0.51 0.38 0.32 0.34 0.46 0.19 0.46 0.35 0.16 0.11
C3' 0.32 0.29 0.49 0.28 0.29 0.31 0.31 0.35 0.31 0.34 0.29 0.32 0.29 0.36 0.30 0.40 0.30 0.38 0.26 0.38 0.17 0.20 0.02
C4 0.47 0.45 0.31 0.31 0.38 0.38 0.39 0.32 0.41 0.45 0.43 0.50 0.42 0.45 0.40 0.42 0.40 0.55 0.20 0.52 0.36 0.23 0.14
C4' 0.54 0.61 0.72 0.39 0.59 0.38 0.60 0.34 0.61 0.58 0.62 0.51 0.60 0.60 0.57 0.68 0.34 0.49 0.34 0.51 0.27 0.33 0.15
C5 0.44 0.42 0.32 0.29 0.36 0.33 0.38 0.30 0.41 0.44 0.42 0.51 0.39 0.45 0.38 0.39 0.34 0.48 0.20 0.55 0.35 0.24 0.14
C5' 0.85 0.95 0.91 0.61 0.92 0.65 0.91 0.56 0.91 0.86 0.94 0.72 0.95 0.87 0.88 0.92 0.53 0.79 0.50 0.66 0.27 0.41 0.19
C6 0.39 0.38 0.34 0.27 0.33 0.31 0.36 0.29 0.38 0.42 0.38 0.46 0.36 0.43 0.35 0.34 0.32 0.45 0.19 0.51 0.33 0.23 0.12
N1 0.35 0.35 0.33 0.24 0.31 0.30 0.33 0.28 0.35 0.39 0.34 0.39 0.32 0.40 0.32 0.28 0.34 0.46 0.16 0.46 0.32 0.20 0.10
N3 0.49 0.47 0.36 0.35 0.40 0.44 0.39 0.37 0.41 0.45 0.43 0.50 0.45 0.44 0.42 0.44 0.46 0.60 0.22 0.51 0.36 0.24 0.15
O2 0.52 0.46 0.45 0.42 0.42 0.54 0.39 0.48 0.39 0.44 0.41 0.46 0.47 0.43 0.44 0.46 0.56 0.67 0.29 0.44 0.39 0.29 0.21
O2' 0.66 0.75 0.45 0.42 0.73 0.49 0.77 0.43 0.78 0.77 0.76 0.56 0.71 0.81 0.71 0.55 0.49 0.72 0.31 0.59 0.51 0.24 0.23
O3' 0.31 0.37 0.50 0.20 0.36 0.19 0.40 0.16 0.41 0.40 0.39 0.37 0.35 0.44 0.35 0.38 0.29 0.36 0.03 0.40 0.03 0.02 0.01
O4 0.54 0.46 0.29 0.33 0.39 0.41 0.36 0.32 0.38 0.47 0.43 0.48 0.44 0.42 0.44 0.48 0.45 0.62 0.22 0.42 0.40 0.26 0.16
O4' 0.37 0.50 0.57 0.25 0.47 0.23 0.52 0.21 0.56 0.48 0.54 0.46 0.47 0.54 0.43 0.49 0.26 0.36 0.22 0.54 0.30 0.31 0.12
O5' 0.87 0.91 0.86 0.65 0.87 0.73 0.80 0.65 0.79 0.78 0.85 0.77 0.92 0.74 0.85 0.87 0.59 0.86 0.53 0.63 0.31 0.39 0.21
OP1 0.96 1.04 0.97 0.70 0.95 0.84 0.91 0.76 0.94 0.85 1.00 0.98 1.03 0.88 0.91 1.05 0.70 0.96 0.57 0.87 0.51 0.74 0.45
OP2 0.90 1.17 0.94 0.70 1.05 0.72 1.05 0.66 1.13 0.86 1.19 1.21 1.12 0.93 0.93 1.00 0.72 0.83 0.60 1.09 0.59 0.70 0.49
P 0.81 0.94 0.79 0.57 0.83 0.70 0.74 0.65 0.78 0.64 0.89 0.98 0.93 0.61 0.76 0.83 0.56 0.81 0.50 0.77 0.38 0.49 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.24 0.03 0.40 0.36 0.27
C2 0.04 0.00 0.37 0.32 0.01 0.09 0.03 0.20 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.23 0.33 0.25 0.24 0.02 0.32 0.37 0.25
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.18 0.02 0.08 0.23 0.16 0.23 0.27 0.44 0.37 0.15 0.03 0.00 0.04 0.02 0.50 0.10 0.76 0.78 0.66
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.02 0.38 0.32 0.35 0.29 0.28 0.36 0.23 0.02 0.01 0.02 0.14 0.38 0.44 0.25 0.22
C4 0.02 0.01 0.18 0.29 0.00 0.06 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.13 0.24 0.02 0.30 0.35 0.24
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.21 0.07 0.14 0.10 0.19 0.09 0.33 0.03 0.00 0.02 0.10 0.25 0.17 0.11
C5 0.01 0.03 0.08 0.35 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.16 0.06 0.28 0.01 0.33 0.45 0.30
C5' 0.10 0.20 0.23 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.20 0.24 0.20 0.24 0.19 0.25 0.15 0.10 0.24 0.02 0.01 0.21 0.14 0.15 0.02
C6 0.03 0.07 0.16 0.38 0.02 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.28 0.21 0.10 0.28 0.01 0.35 0.50 0.33
C8 0.02 0.03 0.23 0.32 0.01 0.21 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.18 0.16 0.29 0.02 0.32 0.41 0.28
N1 0.04 0.02 0.27 0.35 0.03 0.07 0.02 0.20 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.21 0.25 0.20 0.27 0.02 0.34 0.45 0.29
N2 0.05 0.01 0.44 0.29 0.02 0.14 0.02 0.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.37 0.29 0.24 0.03 0.31 0.34 0.23
N3 0.04 0.01 0.37 0.28 0.01 0.10 0.01 0.19 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.34 0.25 0.23 0.02 0.32 0.32 0.23
N7 0.02 0.03 0.15 0.36 0.01 0.19 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.21 0.09 0.32 0.02 0.35 0.49 0.34
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.01 0.23 0.02 0.31 0.34 0.23
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.18 0.33 0.32 0.10 0.28 0.44 0.21 0.37 0.23 0.46 0.23 0.00 0.06 0.24 0.36 0.36 0.71 0.91 0.61
O3' 0.32 0.33 0.04 0.01 0.19 0.03 0.16 0.24 0.21 0.18 0.25 0.37 0.34 0.21 0.12 0.06 0.00 0.23 0.29 0.22 0.46 0.36 0.31
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.00 0.06 0.02 0.10 0.16 0.20 0.29 0.25 0.09 0.01 0.24 0.23 0.00 0.13 0.07 0.28 0.19 0.17
O5' 0.24 0.24 0.50 0.14 0.24 0.02 0.28 0.01 0.28 0.29 0.27 0.24 0.23 0.32 0.23 0.36 0.29 0.13 0.00 0.25 0.04 0.03 0.02
O6 0.03 0.02 0.10 0.38 0.02 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.36 0.22 0.07 0.25 0.00 0.32 0.55 0.32
OP1 0.40 0.32 0.76 0.44 0.30 0.25 0.33 0.14 0.35 0.32 0.34 0.31 0.32 0.35 0.31 0.71 0.46 0.28 0.04 0.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.37 0.78 0.25 0.35 0.17 0.45 0.15 0.50 0.41 0.45 0.34 0.32 0.49 0.34 0.91 0.36 0.19 0.03 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.25 0.66 0.22 0.24 0.11 0.30 0.02 0.33 0.28 0.29 0.23 0.23 0.34 0.23 0.61 0.31 0.17 0.02 0.32 0.01 0.01 0.00