ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43900

back

Distances from reference structure (by RMSD)

49, 6, 5, 5, 20, 44, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.048, 0.169, 0.289, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.169 std_dev=0.120
N1 A 0, 0.047, 0.171, 0.295, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.171 std_dev=0.124
C2 A 0, 0.040, 0.194, 0.348, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.194 std_dev=0.154
C4 A 0, 0.064, 0.221, 0.378, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.221 std_dev=0.157
N3 A 0, 0.102, 0.296, 0.490, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.296 std_dev=0.194
N6 B 0, -0.013, 0.193, 0.399, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.193 std_dev=0.206
C6 A 0, 0.054, 0.261, 0.469, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.261 std_dev=0.207
C5 A 0, -0.017, 0.193, 0.403, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.193 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.093, 0.333, 0.573, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.333 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.073, 0.321, 0.569, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.321 std_dev=0.248
N4 A 0, 0.114, 0.368, 0.623, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.368 std_dev=0.254
C1' A 0, 0.079, 0.341, 0.603, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.341 std_dev=0.262
O2 A 0, 0.051, 0.323, 0.594, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.323 std_dev=0.272
C1' B 0, 0.084, 0.365, 0.645, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.365 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.105, 0.401, 0.697, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.401 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.092, 0.392, 0.693, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.392 std_dev=0.301
C2 B 0, 0.111, 0.444, 0.778, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.444 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.113, 0.456, 0.800, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.456 std_dev=0.343
O4' B 0, 0.127, 0.727, 1.328, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.727 std_dev=0.601
C8 B 0, 0.167, 0.788, 1.408, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.788 std_dev=0.620
N7 B 0, 0.189, 0.849, 1.509, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.849 std_dev=0.660
C2' B 0, 0.034, 0.876, 1.717, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.876 std_dev=0.841
O4' A 0, 0.224, 1.204, 2.184, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.204 std_dev=0.980
O2' B 0, 0.028, 1.079, 2.131, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.079 std_dev=1.051
C4' B 0, 0.084, 1.152, 2.220, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.152 std_dev=1.068
O5' B 0, 0.370, 1.466, 2.562, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.466 std_dev=1.096
C3' B 0, 0.052, 1.281, 2.509, 2.891 max_d=2.891 avg_d=1.281 std_dev=1.229
C4' A 0, 0.317, 1.697, 3.076, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.697 std_dev=1.380
C2' A 0, 0.326, 1.760, 3.193, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.760 std_dev=1.433
P B 0, 0.360, 1.797, 3.233, 4.579 max_d=4.579 avg_d=1.797 std_dev=1.437
C5' B 0, 0.151, 1.722, 3.293, 3.696 max_d=3.696 avg_d=1.722 std_dev=1.571
O3' B 0, 0.084, 1.766, 3.448, 3.943 max_d=3.943 avg_d=1.766 std_dev=1.682
C3' A 0, 0.314, 2.077, 3.840, 4.058 max_d=4.058 avg_d=2.077 std_dev=1.763
O3' A 0, 0.179, 2.332, 4.485, 4.988 max_d=4.988 avg_d=2.332 std_dev=2.153
O2' A 0, 0.520, 2.679, 4.837, 4.946 max_d=4.946 avg_d=2.679 std_dev=2.158
OP2 B 0, 0.529, 2.744, 4.959, 6.595 max_d=6.595 avg_d=2.744 std_dev=2.215
OP1 B 0, 0.569, 2.858, 5.147, 5.923 max_d=5.923 avg_d=2.858 std_dev=2.289
C5' A 0, 0.622, 3.364, 6.107, 6.291 max_d=6.291 avg_d=3.364 std_dev=2.743
O5' A 0, 0.804, 4.348, 7.892, 7.658 max_d=7.658 avg_d=4.348 std_dev=3.544
P A 0, 1.088, 6.003, 10.918, 10.552 max_d=10.552 avg_d=6.003 std_dev=4.915
OP1 A 0, 1.151, 6.140, 11.130, 11.700 max_d=11.700 avg_d=6.140 std_dev=4.989
OP2 A 0, 1.250, 6.926, 12.603, 12.379 max_d=12.379 avg_d=6.926 std_dev=5.676

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.39 0.01 0.38 0.46 0.75 0.46
C2 0.02 0.00 0.16 0.19 0.04 0.33 0.02 0.70 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.17 0.34 0.24 0.71 0.81 0.35
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.02 0.16 0.24 0.19 0.04 0.11 0.08 0.31 0.00 0.04 0.02 0.28 0.59 0.43 0.40
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.47 0.01 0.65 0.02 0.63 0.28 0.26 0.52 0.41 0.02 0.01 0.03 0.13 0.25 0.16 0.14
C4 0.03 0.04 0.08 0.47 0.00 0.17 0.01 0.15 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.38 0.25 0.04 1.10 1.12 2.16 1.34
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.17 0.00 0.49 0.01 0.55 0.10 0.21 0.17 0.75 0.36 0.03 0.01 0.02 0.28 0.26 0.08
C5 0.02 0.02 0.16 0.65 0.01 0.49 0.00 0.70 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.48 0.29 0.25 1.76 1.75 2.87 2.09
C5' 0.09 0.70 0.24 0.02 0.15 0.01 0.70 0.00 0.78 0.07 0.53 0.16 1.40 0.12 0.25 0.02 0.01 0.27 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.63 0.01 0.55 0.00 0.78 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.44 0.19 0.35 1.70 1.58 2.49 1.92
N1 0.01 0.01 0.04 0.28 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.24 0.14 0.02 0.76 0.72 1.36 0.86
N3 0.02 0.01 0.11 0.26 0.01 0.21 0.02 0.53 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.14 0.25 0.43 0.73 1.25 0.56
N4 0.02 0.01 0.08 0.52 0.00 0.17 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.28 0.04 1.21 0.98 2.49 1.48
O2 0.04 0.01 0.31 0.41 0.03 0.75 0.02 1.40 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.27 0.33 0.60 0.86 1.34 0.56 0.96
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.38 0.36 0.48 0.12 0.44 0.24 0.26 0.41 0.27 0.00 0.07 0.24 0.20 0.59 0.38 0.35
O3' 0.39 0.17 0.04 0.01 0.25 0.03 0.29 0.25 0.19 0.14 0.14 0.28 0.33 0.07 0.00 0.27 0.22 0.43 0.21 0.24
O4' 0.01 0.34 0.02 0.03 0.04 0.01 0.25 0.02 0.35 0.02 0.25 0.04 0.60 0.24 0.27 0.00 0.41 0.26 0.74 0.41
O5' 0.38 0.24 0.28 0.13 1.10 0.02 1.76 0.01 1.70 0.76 0.43 1.21 0.86 0.20 0.22 0.41 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.46 0.71 0.59 0.25 1.12 0.28 1.75 0.27 1.58 0.72 0.73 0.98 1.34 0.59 0.43 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.75 0.81 0.43 0.16 2.16 0.26 2.87 0.28 2.49 1.36 1.25 2.49 0.56 0.38 0.21 0.74 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.46 0.35 0.40 0.14 1.34 0.08 2.09 0.02 1.92 0.86 0.56 1.48 0.96 0.35 0.24 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.29 0.82 1.30 0.22 1.09 0.32 1.43 0.43 0.18 0.40 0.24 0.22 0.31 0.19 0.85 1.74 0.44 1.13 0.45 0.47 0.73
C2 0.46 0.25 0.91 1.42 0.26 1.21 0.22 1.60 0.24 0.33 0.27 0.26 0.20 0.23 0.34 0.86 1.82 0.60 1.22 0.64 0.61 0.82
C2' 0.38 0.64 0.80 1.23 0.53 1.15 0.76 1.47 0.94 0.50 0.86 0.50 0.56 0.78 0.38 0.90 1.66 0.52 1.28 0.84 0.66 0.99
C3' 0.93 0.43 1.37 1.71 0.45 1.67 0.39 1.88 0.48 0.43 0.40 0.53 0.28 0.44 0.59 1.54 2.09 1.08 1.67 1.05 0.80 1.32
C4 0.40 0.25 0.90 1.38 0.22 1.11 0.20 1.41 0.27 0.24 0.28 0.25 0.28 0.19 0.28 0.88 1.83 0.50 1.09 0.41 0.70 0.72
C4' 0.74 0.64 1.13 1.43 0.65 1.24 0.68 1.44 0.69 0.71 0.63 0.64 0.44 0.74 0.68 1.16 1.72 0.77 1.01 0.20 0.21 0.39
C5 0.37 0.31 0.88 1.32 0.26 1.01 0.31 1.25 0.40 0.23 0.38 0.29 0.38 0.30 0.25 0.90 1.80 0.42 0.99 0.36 0.72 0.65
C5' 1.04 1.21 1.22 1.36 1.20 1.16 1.31 1.24 1.33 1.29 1.26 1.15 0.84 1.39 1.16 1.18 1.50 0.99 0.65 0.46 0.48 0.15
C6 0.34 0.32 0.85 1.28 0.27 1.00 0.35 1.23 0.44 0.24 0.41 0.29 0.36 0.35 0.24 0.89 1.77 0.40 0.98 0.32 0.66 0.62
N1 0.37 0.26 0.86 1.34 0.21 1.10 0.25 1.42 0.34 0.18 0.34 0.24 0.25 0.22 0.22 0.87 1.78 0.47 1.11 0.40 0.58 0.72
N3 0.47 0.25 0.93 1.43 0.27 1.21 0.22 1.58 0.23 0.35 0.25 0.27 0.22 0.26 0.36 0.87 1.84 0.60 1.20 0.58 0.68 0.81
N4 0.35 0.21 0.92 1.42 0.18 1.10 0.16 1.40 0.22 0.21 0.25 0.20 0.23 0.15 0.24 0.89 1.89 0.42 1.10 0.38 0.63 0.72
O2 0.52 0.28 0.92 1.45 0.33 1.29 0.30 1.75 0.28 0.48 0.29 0.30 0.25 0.38 0.43 0.84 1.79 0.70 1.30 0.91 0.59 0.89
O2' 0.90 1.61 0.66 0.83 1.49 0.75 1.77 1.04 1.96 1.46 1.87 1.42 1.09 1.79 1.27 0.55 1.17 0.72 0.90 0.60 0.47 0.65
O3' 1.00 0.50 1.48 1.82 0.48 1.84 0.62 2.00 0.81 0.44 0.66 0.55 0.64 0.71 0.56 1.74 2.26 1.19 2.06 1.18 1.06 1.73
O4' 0.45 0.42 0.92 1.32 0.42 1.02 0.47 1.29 0.49 0.48 0.44 0.40 0.41 0.53 0.43 0.89 1.68 0.46 0.88 0.22 0.16 0.31
O5' 2.11 2.17 2.15 2.18 2.17 2.09 2.16 2.10 2.12 2.20 2.12 2.16 1.10 2.18 2.17 2.11 2.18 2.09 1.38 0.68 0.45 0.75
OP1 2.82 3.43 2.70 2.51 3.36 2.26 3.56 2.04 3.61 3.39 3.53 3.28 1.97 3.62 3.19 2.51 2.26 2.56 1.22 0.73 0.45 0.49
OP2 3.69 4.04 3.49 3.23 3.96 3.15 3.91 2.85 3.89 3.79 3.96 4.00 2.00 3.79 3.86 3.42 2.99 3.52 1.91 1.23 0.84 1.20
P 2.77 3.20 2.65 2.49 3.14 2.35 3.23 2.19 3.25 3.13 3.22 3.10 1.73 3.24 3.03 2.52 2.30 2.62 1.33 0.63 0.41 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.32 0.42 1.17 0.48
C2 0.02 0.00 0.21 0.25 0.01 0.10 0.04 0.14 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.30 0.06 0.46 0.58 1.67 0.79
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.02 0.07 0.11 0.17 0.22 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.19 0.61 0.60 0.22
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.11 0.03 0.13 0.17 0.22 0.24 0.14 0.15 0.06 0.02 0.01 0.01 0.31 0.62 0.36 0.29
C4 0.01 0.01 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.03 0.48 0.56 1.77 0.84
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.11 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.50 0.43 0.08
C5 0.01 0.04 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.56 0.74 2.12 1.05
C5' 0.03 0.14 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.16 0.17 0.13 0.13 0.17 0.09 0.06 0.07 0.02 0.01 0.26 0.41 0.01
C6 0.02 0.07 0.07 0.13 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.07 0.16 0.03 0.56 0.80 2.15 1.08
C8 0.01 0.03 0.11 0.17 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.19 0.05 0.58 0.69 2.14 1.06
N1 0.03 0.02 0.17 0.22 0.03 0.11 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.16 0.26 0.05 0.54 0.70 1.96 0.97
N3 0.02 0.00 0.22 0.24 0.01 0.10 0.01 0.13 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.28 0.06 0.43 0.52 1.54 0.71
N6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.19 0.04 0.61 0.51 1.33 0.77
N7 0.01 0.03 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.18 0.04 0.61 0.86 2.33 1.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.47 0.48 1.70 0.79
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.16 0.19 0.05 0.05 0.02 0.00 0.06 0.05 0.16 0.79 0.34 0.20
O3' 0.02 0.30 0.03 0.01 0.14 0.03 0.13 0.07 0.16 0.19 0.26 0.28 0.19 0.18 0.06 0.06 0.00 0.03 0.53 0.85 0.45 0.58
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.40 0.43 1.13 0.50
O5' 0.32 0.46 0.19 0.31 0.48 0.02 0.56 0.01 0.56 0.58 0.54 0.43 0.61 0.61 0.47 0.16 0.53 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.58 0.61 0.62 0.56 0.50 0.74 0.26 0.80 0.69 0.70 0.52 0.51 0.86 0.48 0.79 0.85 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 1.17 1.67 0.60 0.36 1.77 0.43 2.12 0.41 2.15 2.14 1.96 1.54 1.33 2.33 1.70 0.34 0.45 1.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.48 0.79 0.22 0.29 0.84 0.08 1.05 0.01 1.08 1.06 0.97 0.71 0.77 1.18 0.79 0.20 0.58 0.50 0.01 0.01 0.01 0.00