ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43903

back

Distances from reference structure (by RMSD)

51, 22, 9, 33, 0, 1, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.031, 0.090, 0.150, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.090 std_dev=0.060
C8 B 0, 0.039, 0.145, 0.251, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.145 std_dev=0.106
N7 B 0, 0.028, 0.149, 0.270, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.149 std_dev=0.121
N6 B 0, 0.011, 0.166, 0.321, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.166 std_dev=0.155
O4 A 0, 0.029, 0.210, 0.391, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.210 std_dev=0.181
O2 A 0, -0.021, 0.176, 0.373, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.176 std_dev=0.197
N3 A 0, -0.258, 1.853, 3.964, 4.602 max_d=4.602 avg_d=1.853 std_dev=2.111
N3 B 0, -0.288, 1.871, 4.030, 4.813 max_d=4.813 avg_d=1.871 std_dev=2.159
C2 B 0, -0.290, 2.019, 4.329, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.019 std_dev=2.309
C2 A 0, -0.315, 1.999, 4.313, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.999 std_dev=2.314
C4 A 0, -0.410, 2.566, 5.541, 6.302 max_d=6.302 avg_d=2.566 std_dev=2.976
C4 B 0, -0.526, 2.613, 5.752, 6.835 max_d=6.835 avg_d=2.613 std_dev=3.139
N1 B 0, -0.492, 2.865, 6.221, 7.183 max_d=7.183 avg_d=2.865 std_dev=3.356
N1 A 0, -0.568, 2.821, 6.210, 7.272 max_d=7.272 avg_d=2.821 std_dev=3.389
O2' B 0, -0.567, 3.482, 7.532, 9.948 max_d=9.948 avg_d=3.482 std_dev=4.049
C5 A 0, -0.616, 3.450, 7.517, 8.571 max_d=8.571 avg_d=3.450 std_dev=4.066
O2' A 0, -0.524, 3.627, 7.778, 10.432 max_d=10.432 avg_d=3.627 std_dev=4.151
C1' B 0, -0.649, 3.574, 7.797, 9.152 max_d=9.152 avg_d=3.574 std_dev=4.223
C5 B 0, -0.692, 3.546, 7.785, 9.051 max_d=9.051 avg_d=3.546 std_dev=4.238
C6 A 0, -0.687, 3.579, 7.846, 9.047 max_d=9.047 avg_d=3.579 std_dev=4.267
C6 B 0, -0.683, 3.642, 7.967, 9.123 max_d=9.123 avg_d=3.642 std_dev=4.325
C2' B 0, -0.672, 3.653, 7.978, 9.493 max_d=9.493 avg_d=3.653 std_dev=4.325
C1' A 0, -0.711, 3.660, 8.031, 9.764 max_d=9.764 avg_d=3.660 std_dev=4.371
C2' A 0, -0.647, 3.734, 8.115, 11.160 max_d=11.160 avg_d=3.734 std_dev=4.381
O4' B 0, -0.818, 4.538, 9.893, 11.381 max_d=11.381 avg_d=4.538 std_dev=5.355
O4' A 0, -0.871, 4.643, 10.157, 11.854 max_d=11.854 avg_d=4.643 std_dev=5.514
C3' B 0, -0.914, 4.733, 10.380, 12.158 max_d=12.158 avg_d=4.733 std_dev=5.647
C3' A 0, -0.883, 4.831, 10.545, 13.831 max_d=13.831 avg_d=4.831 std_dev=5.714
O3' B 0, -0.944, 5.045, 11.034, 13.352 max_d=13.352 avg_d=5.045 std_dev=5.989
O3' A 0, -0.887, 5.153, 11.194, 14.053 max_d=14.053 avg_d=5.153 std_dev=6.041
C4' B 0, -0.976, 5.210, 11.396, 13.045 max_d=13.045 avg_d=5.210 std_dev=6.186
C4' A 0, -0.996, 5.287, 11.570, 14.208 max_d=14.208 avg_d=5.287 std_dev=6.283
O5' A 0, -1.039, 5.920, 12.878, 15.569 max_d=15.569 avg_d=5.920 std_dev=6.958
C5' B 0, -1.105, 6.130, 13.365, 15.284 max_d=15.284 avg_d=6.130 std_dev=7.235
C5' A 0, -1.126, 6.127, 13.379, 16.340 max_d=16.340 avg_d=6.127 std_dev=7.253
O5' B 0, -1.116, 6.319, 13.755, 16.062 max_d=16.062 avg_d=6.319 std_dev=7.435
OP1 A 0, -0.979, 6.588, 14.154, 17.957 max_d=17.957 avg_d=6.588 std_dev=7.566
P A 0, -1.226, 6.732, 14.691, 17.399 max_d=17.399 avg_d=6.732 std_dev=7.959
OP2 A 0, -1.084, 7.337, 15.759, 18.560 max_d=18.560 avg_d=7.337 std_dev=8.422
P B 0, -1.324, 7.353, 16.030, 19.046 max_d=19.046 avg_d=7.353 std_dev=8.677
OP1 B 0, -1.265, 7.503, 16.271, 19.465 max_d=19.465 avg_d=7.503 std_dev=8.768
OP2 B 0, -1.383, 7.642, 16.667, 19.870 max_d=19.870 avg_d=7.642 std_dev=9.025

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.93 0.01 0.02 0.84 0.01 0.06 0.07 1.17 1.76 0.31 0.04 0.02 0.39 0.02 0.01 0.19 0.43 0.14 0.19
C2 0.93 0.00 0.63 0.62 0.12 0.89 0.05 0.94 0.02 0.01 0.03 0.01 0.86 0.97 0.02 1.05 0.96 1.48 0.49 0.92
C2' 0.01 0.63 0.00 0.00 0.93 0.01 0.09 0.22 1.11 1.47 0.60 0.11 0.00 0.03 0.05 0.02 0.48 0.66 0.33 0.53
C3' 0.02 0.62 0.00 0.00 1.10 0.01 0.37 0.02 0.95 1.40 0.61 0.08 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.33 0.20 0.12
C4 0.84 0.12 0.93 1.10 0.00 0.79 0.03 0.58 0.01 0.10 0.02 0.01 0.59 0.80 0.01 0.63 0.44 0.64 0.78 0.32
C4' 0.01 0.89 0.01 0.01 0.79 0.00 0.08 0.01 1.35 1.75 0.31 0.05 0.35 0.03 0.05 0.01 0.02 0.27 0.25 0.04
C5 0.06 0.05 0.09 0.37 0.03 0.08 0.00 0.26 0.04 0.03 0.04 0.01 0.22 0.18 0.01 0.17 0.37 1.31 0.44 0.47
C5' 0.07 0.94 0.22 0.02 0.58 0.01 0.26 0.00 1.51 1.79 0.18 0.06 0.12 0.24 0.11 0.02 0.01 0.42 0.46 0.02
C6 1.17 0.02 1.11 0.95 0.01 1.35 0.04 1.51 0.00 0.01 0.11 0.01 1.23 1.08 0.01 1.45 1.53 2.19 0.85 1.47
N1 1.76 0.01 1.47 1.40 0.10 1.75 0.03 1.79 0.01 0.00 0.03 0.01 1.59 1.64 0.02 1.89 1.73 2.16 1.03 1.60
N3 0.31 0.03 0.60 0.61 0.02 0.31 0.04 0.18 0.11 0.03 0.00 0.01 0.35 0.30 0.01 0.16 0.18 0.83 0.43 0.24
O2 0.04 0.01 0.11 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.18 0.02 0.06 0.09 0.29 0.17 0.11
O2' 0.02 0.86 0.00 0.02 0.59 0.35 0.22 0.12 1.23 1.59 0.35 0.19 0.00 0.05 0.11 0.24 0.33 0.58 0.30 0.44
O3' 0.39 0.97 0.03 0.01 0.80 0.03 0.18 0.24 1.08 1.64 0.30 0.18 0.05 0.00 0.06 0.27 0.32 0.80 0.40 0.39
O4 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.06 0.00 0.02 0.16 0.42 0.50 0.23
O4' 0.01 1.05 0.02 0.02 0.63 0.01 0.17 0.02 1.45 1.89 0.16 0.06 0.24 0.27 0.02 0.00 0.08 0.16 0.18 0.11
O5' 0.19 0.96 0.48 0.14 0.44 0.02 0.37 0.01 1.53 1.73 0.18 0.09 0.33 0.32 0.16 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 1.48 0.66 0.33 0.64 0.27 1.31 0.42 2.19 2.16 0.83 0.29 0.58 0.80 0.42 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.49 0.33 0.20 0.78 0.25 0.44 0.46 0.85 1.03 0.43 0.17 0.30 0.40 0.50 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.92 0.53 0.12 0.32 0.04 0.47 0.02 1.47 1.60 0.24 0.11 0.44 0.39 0.23 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.60 0.54 1.00 0.26 0.81 0.18 0.35 0.11 0.24 0.59 0.18 0.11 0.12 0.78 0.67 0.25 0.45 0.96 0.80 0.71
C2 0.30 0.17 0.39 0.38 0.26 0.32 0.26 0.29 0.24 0.10 0.22 0.19 0.20 0.10 0.11 0.52 0.66 0.33 0.26 0.68 0.38 0.40
C2' 0.68 0.46 0.42 0.35 1.59 0.48 1.34 0.74 0.74 0.11 0.37 1.10 0.20 0.11 0.11 0.68 0.56 0.82 0.88 1.47 1.12 1.14
C3' 0.72 0.42 0.44 0.37 1.72 0.53 1.49 0.85 0.79 0.11 0.34 1.12 0.17 0.10 0.12 0.72 0.55 0.85 1.01 1.68 1.32 1.33
C4 1.14 0.35 1.81 1.81 0.39 1.64 0.34 1.45 0.28 0.17 0.32 0.41 0.22 0.16 0.17 1.95 1.90 1.17 1.30 1.31 1.28 1.25
C4' 0.39 0.33 0.41 0.37 1.55 0.18 1.35 0.46 0.72 0.11 0.25 0.98 0.20 0.11 0.11 0.69 0.61 0.53 0.73 1.33 1.16 1.07
C5 0.92 0.38 1.54 1.59 0.41 1.43 0.34 1.27 0.28 0.17 0.35 0.43 0.19 0.16 0.17 1.60 1.72 0.97 1.15 1.24 1.23 1.14
C5' 0.25 0.21 0.71 0.73 1.32 0.38 1.14 0.22 0.54 0.12 0.23 0.75 0.17 0.10 0.13 0.96 1.01 0.27 0.50 1.07 0.95 0.83
C6 0.42 0.34 0.86 0.85 0.36 0.75 0.27 0.61 0.21 0.13 0.29 0.40 0.16 0.11 0.13 0.86 0.98 0.46 0.54 0.74 0.73 0.57
N1 0.37 0.20 0.33 0.40 0.28 0.36 0.24 0.34 0.20 0.09 0.20 0.26 0.16 0.08 0.10 0.48 0.71 0.40 0.29 0.68 0.39 0.42
N3 0.63 0.22 1.16 1.08 0.27 0.94 0.24 0.74 0.21 0.11 0.22 0.23 0.22 0.12 0.11 1.28 1.09 0.60 0.63 0.73 0.69 0.62
O2 0.18 0.19 0.15 0.16 0.15 0.16 0.17 0.17 0.22 0.16 0.24 0.15 0.25 0.16 0.16 0.14 0.17 0.19 0.22 0.38 0.18 0.24
O2' 0.63 0.37 0.39 0.31 1.56 0.51 1.21 0.80 0.52 0.12 0.39 1.04 0.17 0.11 0.14 0.63 0.48 0.85 0.92 1.51 1.18 1.18
O3' 0.74 0.36 0.50 0.43 1.81 0.63 1.61 1.05 0.81 0.13 0.32 1.08 0.14 0.11 0.16 0.76 0.52 0.91 1.22 2.02 1.61 1.60
O4 0.24 0.31 0.20 0.18 0.24 0.21 0.24 0.20 0.26 0.23 0.30 0.29 0.26 0.23 0.23 0.23 0.16 0.24 0.20 0.26 0.24 0.18
O4' 0.20 0.18 0.75 0.71 1.08 0.41 0.91 0.21 0.43 0.11 0.23 0.62 0.20 0.11 0.11 0.96 0.86 0.20 0.45 0.93 0.86 0.73
O5' 0.47 0.36 1.11 1.19 0.82 0.85 0.66 0.54 0.22 0.18 0.47 0.33 0.13 0.15 0.18 1.26 1.47 0.37 0.61 0.93 0.91 0.74
OP1 1.38 1.00 2.12 2.33 0.50 1.93 0.51 1.64 0.72 0.61 1.09 0.55 0.49 0.59 0.57 2.23 2.74 1.32 1.59 1.61 1.70 1.55
OP2 0.44 0.23 0.95 1.09 0.94 0.83 0.82 0.58 0.37 0.26 0.25 0.51 0.19 0.18 0.27 1.12 1.44 0.42 0.57 0.92 0.85 0.71
P 0.70 0.49 1.39 1.54 0.60 1.18 0.46 0.91 0.23 0.23 0.61 0.18 0.15 0.19 0.22 1.50 1.88 0.63 0.90 1.06 1.11 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.91 0.00 0.01 0.82 0.01 0.05 0.08 1.17 0.02 1.79 0.33 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.20 0.29 0.29 0.21
C2 0.91 0.00 0.58 0.62 0.09 0.92 0.07 1.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.73 0.89 1.07 0.88 1.22 0.70 0.89
C2' 0.00 0.58 0.00 0.01 0.89 0.02 0.07 0.22 1.14 0.06 1.50 0.61 0.06 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.35 0.41 0.36 0.33
C3' 0.01 0.62 0.01 0.00 1.02 0.01 0.29 0.02 1.05 0.12 1.48 0.59 0.06 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.36 0.35 0.50 0.32
C4 0.82 0.09 0.89 1.02 0.00 0.72 0.02 0.46 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.66 0.79 0.59 0.67 0.61 0.83 0.63
C4' 0.01 0.92 0.02 0.01 0.72 0.00 0.16 0.01 1.41 0.09 1.82 0.28 0.05 0.08 0.03 0.33 0.03 0.01 0.02 0.20 0.18 0.03
C5 0.05 0.07 0.07 0.29 0.02 0.16 0.00 0.39 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.29 0.17 0.18 0.50 1.04 0.76 0.65
C5' 0.08 1.02 0.22 0.02 0.46 0.01 0.39 0.00 1.63 0.12 1.91 0.09 0.11 0.13 0.05 0.12 0.23 0.01 0.01 0.30 0.30 0.02
C6 1.17 0.04 1.14 1.05 0.01 1.41 0.03 1.63 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 1.24 1.12 1.45 1.40 1.89 1.07 1.41
C8 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.04 0.30 0.34 0.22 0.24
N1 1.79 0.03 1.50 1.48 0.05 1.82 0.01 1.91 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 1.56 1.64 1.93 1.63 1.95 1.20 1.57
N3 0.33 0.02 0.61 0.59 0.01 0.28 0.03 0.09 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.36 0.10 0.33 0.63 0.53 0.41
N6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03 0.32 0.48 0.32 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04 0.34 0.42 0.29 0.30
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.26 0.15 0.16
O2' 0.02 0.73 0.00 0.02 0.66 0.33 0.29 0.12 1.24 0.04 1.56 0.48 0.08 0.03 0.02 0.00 0.06 0.22 0.37 0.35 0.41 0.35
O3' 0.35 0.89 0.04 0.01 0.79 0.03 0.17 0.23 1.12 0.13 1.64 0.36 0.08 0.12 0.04 0.06 0.00 0.24 0.41 0.81 0.61 0.51
O4' 0.01 1.07 0.02 0.02 0.59 0.01 0.18 0.01 1.45 0.04 1.93 0.10 0.03 0.04 0.01 0.22 0.24 0.00 0.11 0.14 0.23 0.11
O5' 0.20 0.88 0.35 0.36 0.67 0.02 0.50 0.01 1.40 0.30 1.63 0.33 0.32 0.34 0.21 0.37 0.41 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.29 1.22 0.41 0.35 0.61 0.20 1.04 0.30 1.89 0.34 1.95 0.63 0.48 0.42 0.26 0.35 0.81 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.70 0.36 0.50 0.83 0.18 0.76 0.30 1.07 0.22 1.20 0.53 0.32 0.29 0.15 0.41 0.61 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.89 0.33 0.32 0.63 0.03 0.65 0.02 1.41 0.24 1.57 0.41 0.31 0.30 0.16 0.35 0.51 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00