ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43909

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 41, 107, 44, 18, 22, 28, 11, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.094, 0.167, 0.240, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.167 std_dev=0.073
N1 A 0, 0.045, 0.157, 0.268, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.157 std_dev=0.111
C6 B 0, 0.123, 0.247, 0.370, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.247 std_dev=0.124
C6 A 0, 0.086, 0.214, 0.343, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.214 std_dev=0.128
O6 B 0, 0.260, 0.393, 0.526, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.393 std_dev=0.133
C5 B 0, 0.183, 0.322, 0.462, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.322 std_dev=0.139
C2 A 0, 0.128, 0.304, 0.479, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.304 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.181, 0.357, 0.533, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.357 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.084, 0.266, 0.448, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.266 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.246, 0.439, 0.631, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.439 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.207, 0.402, 0.597, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.402 std_dev=0.195
C5 A 0, 0.105, 0.331, 0.558, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.331 std_dev=0.226
N3 A 0, 0.102, 0.338, 0.574, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.338 std_dev=0.236
O4' B 0, 0.301, 0.551, 0.801, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.551 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.176, 0.434, 0.692, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.434 std_dev=0.258
N4 A 0, 0.051, 0.326, 0.600, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.326 std_dev=0.275
C4 A 0, 0.022, 0.319, 0.617, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.319 std_dev=0.297
C1' A 0, 0.033, 0.341, 0.650, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.341 std_dev=0.309
N7 B 0, 0.346, 0.658, 0.970, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.658 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.371, 0.686, 1.001, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.686 std_dev=0.315
O2 A 0, 0.238, 0.559, 0.879, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.559 std_dev=0.320
C8 B 0, 0.344, 0.685, 1.026, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.685 std_dev=0.341
C4' B 0, 0.440, 0.843, 1.246, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.843 std_dev=0.403
C5' B 0, 0.425, 0.909, 1.394, 3.184 max_d=3.184 avg_d=0.909 std_dev=0.484
N2 B 0, 0.040, 0.534, 1.028, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.534 std_dev=0.494
C3' B 0, 0.468, 1.000, 1.532, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.000 std_dev=0.532
C2' A 0, -0.074, 0.490, 1.054, 3.083 max_d=3.083 avg_d=0.490 std_dev=0.564
O4' A 0, 0.036, 0.651, 1.266, 2.991 max_d=2.991 avg_d=0.651 std_dev=0.615
O2' B 0, 0.392, 1.024, 1.657, 2.340 max_d=2.340 avg_d=1.024 std_dev=0.632
O5' B 0, 0.073, 0.764, 1.455, 3.361 max_d=3.361 avg_d=0.764 std_dev=0.691
C3' A 0, -0.038, 0.656, 1.349, 3.191 max_d=3.191 avg_d=0.656 std_dev=0.693
O3' A 0, -0.052, 0.684, 1.421, 3.872 max_d=3.872 avg_d=0.684 std_dev=0.736
C4' A 0, 0.006, 0.810, 1.613, 3.635 max_d=3.635 avg_d=0.810 std_dev=0.803
O2' A 0, -0.172, 0.657, 1.487, 4.953 max_d=4.953 avg_d=0.657 std_dev=0.830
P B 0, 0.495, 1.517, 2.539, 4.892 max_d=4.892 avg_d=1.517 std_dev=1.022
O3' B 0, 0.539, 1.593, 2.647, 3.834 max_d=3.834 avg_d=1.593 std_dev=1.054
O5' A 0, 0.313, 1.491, 2.670, 8.260 max_d=8.260 avg_d=1.491 std_dev=1.179
OP1 B 0, 1.634, 2.838, 4.041, 5.929 max_d=5.929 avg_d=2.838 std_dev=1.204
C5' A 0, -0.178, 1.057, 2.292, 6.300 max_d=6.300 avg_d=1.057 std_dev=1.235
OP2 B 0, 1.571, 2.940, 4.309, 6.315 max_d=6.315 avg_d=2.940 std_dev=1.369
P A 0, -0.009, 1.701, 3.411, 10.488 max_d=10.488 avg_d=1.701 std_dev=1.710
OP2 A 0, 0.695, 2.477, 4.258, 12.423 max_d=12.423 avg_d=2.477 std_dev=1.782
OP1 A 0, -0.126, 1.906, 3.937, 11.799 max_d=11.799 avg_d=1.906 std_dev=2.031

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.19 0.01 0.19 0.48 0.32 0.18
C2 0.03 0.00 0.13 0.12 0.07 0.14 0.03 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.12 0.21 0.80 0.51 0.33
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.13 0.09 0.15 0.03 0.10 0.05 0.23 0.01 0.06 0.02 0.29 0.42 0.47 0.28
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.16 0.06 0.10 0.09 0.19 0.02 0.01 0.01 0.17 0.39 0.28 0.23
C4 0.05 0.07 0.07 0.11 0.00 0.09 0.01 0.20 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.15 0.15 0.05 0.38 0.94 0.86 0.49
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.15 0.04 0.11 0.08 0.25 0.07 0.04 0.01 0.02 0.22 0.15 0.07
C5 0.02 0.03 0.13 0.15 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.11 0.10 0.56 0.99 1.04 0.66
C5' 0.05 0.28 0.09 0.03 0.20 0.01 0.27 0.00 0.28 0.12 0.26 0.20 0.47 0.07 0.09 0.02 0.01 0.20 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.16 0.02 0.15 0.00 0.28 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.19 0.10 0.13 0.56 0.88 0.91 0.61
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.28 0.68 0.55 0.31
N3 0.03 0.01 0.10 0.10 0.02 0.11 0.02 0.26 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.17 0.22 0.08 0.24 0.91 0.64 0.37
N4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.17 0.03 0.27 0.46 0.60 0.40
O2 0.05 0.01 0.23 0.19 0.05 0.25 0.02 0.47 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.34 0.34 0.22 0.35 0.90 0.53 0.52
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.15 0.07 0.20 0.07 0.19 0.08 0.17 0.16 0.34 0.00 0.09 0.06 0.28 0.47 0.60 0.33
O3' 0.19 0.25 0.06 0.01 0.15 0.04 0.11 0.09 0.10 0.16 0.22 0.17 0.34 0.09 0.00 0.13 0.15 0.46 0.25 0.24
O4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.08 0.03 0.22 0.06 0.13 0.00 0.13 0.46 0.26 0.22
O5' 0.19 0.21 0.29 0.17 0.38 0.02 0.56 0.01 0.56 0.28 0.24 0.27 0.35 0.28 0.15 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 0.80 0.42 0.39 0.94 0.22 0.99 0.20 0.88 0.68 0.91 0.46 0.90 0.47 0.46 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.51 0.47 0.28 0.86 0.15 1.04 0.28 0.91 0.55 0.64 0.60 0.53 0.60 0.25 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.28 0.23 0.49 0.07 0.66 0.02 0.61 0.31 0.37 0.40 0.52 0.33 0.24 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.24 0.49 0.41 0.21 0.26 0.27 0.25 0.28 0.26 0.24 0.25 0.23 0.32 0.20 0.39 0.51 0.23 0.20 0.32 0.20 0.35 0.13
C2 0.34 0.37 0.55 0.59 0.34 0.43 0.37 0.40 0.39 0.38 0.37 0.49 0.36 0.42 0.32 0.51 0.63 0.35 0.25 0.43 0.29 0.41 0.17
C2' 0.30 0.29 0.51 0.35 0.27 0.31 0.31 0.29 0.34 0.30 0.30 0.32 0.28 0.35 0.26 0.37 0.49 0.32 0.22 0.31 0.26 0.35 0.17
C3' 0.35 0.32 0.52 0.30 0.31 0.37 0.32 0.38 0.34 0.32 0.32 0.37 0.32 0.35 0.32 0.39 0.55 0.44 0.34 0.44 0.35 0.31 0.29
C4 0.33 0.30 0.54 0.54 0.28 0.40 0.33 0.36 0.34 0.34 0.30 0.42 0.30 0.40 0.28 0.55 0.63 0.33 0.23 0.35 0.24 0.41 0.15
C4' 0.42 0.46 0.52 0.40 0.43 0.48 0.44 0.51 0.46 0.41 0.45 0.53 0.45 0.44 0.41 0.47 0.74 0.53 0.43 0.62 0.38 0.39 0.23
C5 0.25 0.23 0.51 0.43 0.20 0.30 0.26 0.25 0.27 0.26 0.22 0.26 0.23 0.33 0.20 0.51 0.62 0.25 0.22 0.32 0.25 0.42 0.17
C5' 0.64 0.72 0.64 0.59 0.66 0.68 0.66 0.67 0.69 0.60 0.71 0.91 0.70 0.62 0.63 0.64 1.04 0.73 0.54 0.87 0.51 0.46 0.26
C6 0.24 0.23 0.50 0.40 0.21 0.28 0.25 0.23 0.27 0.25 0.23 0.24 0.23 0.31 0.20 0.47 0.61 0.25 0.23 0.32 0.23 0.42 0.17
N1 0.24 0.25 0.50 0.45 0.23 0.30 0.28 0.27 0.30 0.28 0.25 0.30 0.24 0.34 0.22 0.44 0.55 0.25 0.20 0.33 0.21 0.37 0.13
N3 0.37 0.39 0.56 0.61 0.35 0.46 0.38 0.41 0.40 0.39 0.38 0.53 0.38 0.43 0.34 0.55 0.66 0.38 0.25 0.43 0.29 0.40 0.16
N4 0.20 0.19 0.50 0.52 0.19 0.31 0.27 0.22 0.28 0.29 0.21 0.22 0.20 0.36 0.19 0.21 0.39 0.22 0.21 0.30 0.25 0.43 0.12
O2 0.47 0.51 0.65 0.76 0.46 0.59 0.49 0.55 0.51 0.49 0.51 0.67 0.50 0.52 0.45 0.61 0.79 0.46 0.35 0.55 0.39 0.49 0.26
O2' 0.42 0.47 0.64 0.54 0.44 0.49 0.49 0.52 0.53 0.45 0.50 0.45 0.45 0.52 0.41 0.48 0.56 0.40 0.33 0.30 0.39 0.49 0.23
O3' 0.33 0.31 0.58 0.44 0.31 0.43 0.34 0.48 0.35 0.34 0.32 0.11 0.31 0.38 0.32 0.41 0.53 0.41 0.39 0.27 0.31 0.23 0.39
O4' 0.33 0.38 0.52 0.43 0.34 0.36 0.37 0.37 0.39 0.34 0.37 0.38 0.37 0.39 0.32 0.47 0.66 0.38 0.34 0.52 0.28 0.40 0.18
O5' 0.71 0.81 0.70 0.59 0.75 0.63 0.75 0.57 0.78 0.69 0.81 1.09 0.79 0.73 0.71 0.71 1.01 0.74 0.54 1.11 0.51 0.53 0.32
OP1 1.12 1.17 1.15 0.95 1.13 0.94 1.11 0.83 1.12 1.11 1.14 1.65 1.17 1.11 1.12 1.18 1.33 1.07 0.90 1.43 1.04 0.71 0.69
OP2 0.96 1.25 0.93 0.85 1.12 0.79 1.14 0.65 1.22 1.00 1.26 1.64 1.19 1.08 1.02 0.95 1.31 0.91 0.63 1.67 0.73 0.69 0.47
P 0.94 1.08 0.88 0.75 1.01 0.77 1.00 0.66 1.04 0.93 1.07 1.56 1.05 0.97 0.95 0.90 1.18 0.92 0.67 1.50 0.67 0.60 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.21 0.02 0.42 0.56 0.30
C2 0.05 0.00 0.40 0.41 0.01 0.10 0.03 0.15 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.20 0.22 0.22 0.23 0.01 0.46 0.70 0.33
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.21 0.02 0.10 0.22 0.18 0.21 0.31 0.47 0.40 0.13 0.03 0.01 0.03 0.02 0.59 0.13 0.79 0.73 0.66
C3' 0.02 0.41 0.00 0.00 0.37 0.01 0.44 0.02 0.48 0.33 0.46 0.39 0.35 0.41 0.27 0.02 0.01 0.02 0.27 0.44 0.53 0.38 0.32
C4 0.03 0.01 0.21 0.37 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.13 0.12 0.23 0.01 0.45 0.67 0.32
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.23 0.11 0.10 0.10 0.24 0.12 0.33 0.02 0.00 0.02 0.11 0.30 0.34 0.07
C5 0.02 0.03 0.10 0.44 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.19 0.06 0.32 0.01 0.52 0.71 0.36
C5' 0.08 0.15 0.22 0.02 0.16 0.01 0.24 0.00 0.24 0.28 0.19 0.10 0.13 0.31 0.14 0.11 0.23 0.02 0.01 0.15 0.30 0.31 0.02
C6 0.03 0.07 0.18 0.48 0.02 0.15 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.31 0.24 0.10 0.33 0.01 0.54 0.74 0.38
C8 0.02 0.02 0.21 0.33 0.01 0.23 0.01 0.28 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.41 0.17 0.15 0.32 0.03 0.52 0.65 0.33
N1 0.04 0.02 0.31 0.46 0.04 0.11 0.02 0.19 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.24 0.21 0.18 0.29 0.01 0.50 0.72 0.35
N2 0.06 0.01 0.47 0.39 0.02 0.10 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.24 0.20 0.20 0.18 0.03 0.25 0.45 0.19
N3 0.05 0.01 0.40 0.35 0.01 0.10 0.01 0.13 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.23 0.22 0.20 0.01 0.43 0.67 0.31
N7 0.02 0.03 0.13 0.41 0.01 0.24 0.01 0.31 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.25 0.09 0.37 0.03 0.57 0.72 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.12 0.01 0.14 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.24 0.08 0.02 0.22 0.02 0.44 0.63 0.31
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.21 0.33 0.33 0.11 0.31 0.41 0.24 0.24 0.19 0.44 0.24 0.00 0.06 0.25 0.40 0.30 0.82 0.61 0.53
O3' 0.32 0.22 0.03 0.01 0.13 0.02 0.19 0.23 0.24 0.17 0.21 0.20 0.23 0.25 0.08 0.06 0.00 0.23 0.26 0.31 0.77 0.33 0.39
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.15 0.18 0.20 0.22 0.09 0.02 0.25 0.23 0.00 0.12 0.09 0.30 0.55 0.22
O5' 0.21 0.23 0.59 0.27 0.23 0.02 0.32 0.01 0.33 0.32 0.29 0.18 0.20 0.37 0.22 0.40 0.26 0.12 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.13 0.44 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.30 0.31 0.09 0.30 0.00 0.56 0.54 0.37
OP1 0.42 0.46 0.79 0.53 0.45 0.30 0.52 0.30 0.54 0.52 0.50 0.25 0.43 0.57 0.44 0.82 0.77 0.30 0.02 0.56 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.70 0.73 0.38 0.67 0.34 0.71 0.31 0.74 0.65 0.72 0.45 0.67 0.72 0.63 0.61 0.33 0.55 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.33 0.66 0.32 0.32 0.07 0.36 0.02 0.38 0.33 0.35 0.19 0.31 0.38 0.31 0.53 0.39 0.22 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00