ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43911

back

Distances from reference structure (by RMSD)

52, 9, 19, 17, 19, 22, 23, 15, 0, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.054, 0.211, 0.368, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.211 std_dev=0.157
C4 A 0, 0.045, 0.229, 0.413, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.229 std_dev=0.184
N3 A 0, 0.068, 0.259, 0.451, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.259 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.082, 0.291, 0.499, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.291 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.066, 0.320, 0.575, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.320 std_dev=0.255
C6 A 0, 0.068, 0.333, 0.598, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.333 std_dev=0.265
N1 A 0, 0.052, 0.332, 0.612, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.332 std_dev=0.280
C5 A 0, 0.040, 0.324, 0.608, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.324 std_dev=0.284
C1' A 0, 0.005, 0.291, 0.578, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.291 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.101, 0.392, 0.683, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.392 std_dev=0.291
N9 A 0, 0.004, 0.302, 0.599, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.302 std_dev=0.298
C2' A 0, 0.018, 0.317, 0.615, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.317 std_dev=0.299
C2 A 0, 0.030, 0.331, 0.632, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.331 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.117, 0.420, 0.723, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.420 std_dev=0.303
O2 B 0, 0.098, 0.422, 0.746, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.422 std_dev=0.324
O4' B 0, 0.098, 0.426, 0.754, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.426 std_dev=0.328
N6 A 0, 0.099, 0.442, 0.784, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.442 std_dev=0.342
C3' A 0, 0.030, 0.374, 0.717, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.374 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.047, 0.396, 0.745, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.396 std_dev=0.349
O4' A 0, 0.000, 0.366, 0.732, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C4' B 0, 0.052, 0.424, 0.796, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.424 std_dev=0.372
C4' A 0, 0.015, 0.410, 0.804, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.410 std_dev=0.395
C3' B 0, 0.125, 0.526, 0.926, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.526 std_dev=0.400
C4 B 0, 0.136, 0.545, 0.955, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.545 std_dev=0.410
C5 B 0, 0.092, 0.506, 0.919, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.506 std_dev=0.414
O3' A 0, 0.037, 0.455, 0.872, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.455 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.125, 0.551, 0.977, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.551 std_dev=0.426
O4 B 0, -0.029, 0.407, 0.843, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.407 std_dev=0.436
P B 0, 0.004, 0.458, 0.912, 4.080 max_d=4.080 avg_d=0.458 std_dev=0.454
N7 A 0, -0.022, 0.463, 0.947, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.463 std_dev=0.485
OP2 B 0, 0.069, 0.556, 1.043, 4.242 max_d=4.242 avg_d=0.556 std_dev=0.487
C5' B 0, 0.059, 0.548, 1.036, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.548 std_dev=0.489
C8 A 0, -0.059, 0.438, 0.936, 2.622 max_d=2.622 avg_d=0.438 std_dev=0.497
O5' B 0, 0.061, 0.577, 1.092, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.577 std_dev=0.515
OP1 B 0, 0.007, 0.580, 1.153, 4.834 max_d=4.834 avg_d=0.580 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.195, 0.800, 1.406, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.800 std_dev=0.605
C5' A 0, 0.046, 0.654, 1.263, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.654 std_dev=0.609
O2' B 0, 0.199, 0.844, 1.489, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.844 std_dev=0.645
O5' A 0, 0.094, 0.850, 1.607, 3.400 max_d=3.400 avg_d=0.850 std_dev=0.757
P A 0, 0.170, 1.100, 2.031, 3.896 max_d=3.896 avg_d=1.100 std_dev=0.930
OP2 A 0, -0.015, 1.226, 2.467, 5.727 max_d=5.727 avg_d=1.226 std_dev=1.241
OP1 A 0, 0.026, 1.396, 2.767, 6.052 max_d=6.052 avg_d=1.396 std_dev=1.370

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.17 0.36 0.20
C2 0.03 0.00 0.25 0.29 0.01 0.11 0.02 0.19 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.37 0.11 0.31 0.47 0.66 0.43
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.02 0.10 0.13 0.20 0.26 0.08 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.19 0.27 0.26 0.15
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.15 0.01 0.11 0.02 0.15 0.18 0.24 0.27 0.11 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.25 0.37 0.23 0.19
C4 0.02 0.01 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.06 0.32 0.38 0.62 0.40
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.16 0.28 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.04 0.41 0.47 0.75 0.49
C5' 0.04 0.19 0.02 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.23 0.22 0.16 0.26 0.26 0.13 0.07 0.05 0.02 0.01 0.21 0.30 0.02
C6 0.03 0.05 0.10 0.15 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.06 0.42 0.54 0.81 0.54
C8 0.01 0.02 0.13 0.18 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.21 0.08 0.45 0.37 0.66 0.45
N1 0.03 0.01 0.20 0.24 0.02 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.21 0.30 0.09 0.37 0.53 0.76 0.50
N3 0.03 0.01 0.26 0.27 0.00 0.10 0.01 0.16 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.33 0.11 0.27 0.39 0.59 0.37
N6 0.02 0.02 0.08 0.11 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.13 0.13 0.06 0.44 0.61 0.92 0.60
N7 0.01 0.02 0.09 0.14 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.17 0.06 0.48 0.47 0.81 0.53
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.31 0.28 0.52 0.33
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.12 0.07 0.09 0.07 0.14 0.10 0.21 0.24 0.13 0.08 0.04 0.00 0.04 0.06 0.10 0.23 0.29 0.11
O3' 0.02 0.37 0.02 0.01 0.17 0.02 0.12 0.05 0.18 0.21 0.30 0.33 0.13 0.17 0.06 0.04 0.00 0.02 0.25 0.50 0.36 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.13 0.15 0.35 0.21
O5' 0.17 0.31 0.19 0.25 0.32 0.02 0.41 0.01 0.42 0.45 0.37 0.27 0.44 0.48 0.31 0.10 0.25 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.47 0.27 0.37 0.38 0.16 0.47 0.21 0.54 0.37 0.53 0.39 0.61 0.47 0.28 0.23 0.50 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.66 0.26 0.23 0.62 0.28 0.75 0.30 0.81 0.66 0.76 0.59 0.92 0.81 0.52 0.29 0.36 0.35 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.43 0.15 0.19 0.40 0.07 0.49 0.02 0.54 0.45 0.50 0.37 0.60 0.53 0.33 0.11 0.26 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.36 0.35 0.22 0.59 0.24 0.65 0.32 0.53 0.36 0.48 0.36 0.55 0.23 0.49 0.30 0.33 0.36 0.28 0.28
C2 0.40 0.52 0.53 0.58 0.72 0.63 0.69 0.74 0.57 0.46 0.66 0.50 0.72 0.69 0.58 0.52 0.60 0.58 0.43 0.48
C2' 0.35 0.37 0.31 0.25 0.53 0.26 0.59 0.38 0.51 0.38 0.45 0.34 0.45 0.22 0.40 0.33 0.40 0.41 0.32 0.35
C3' 0.32 0.31 0.27 0.25 0.49 0.22 0.57 0.29 0.47 0.32 0.40 0.28 0.37 0.22 0.32 0.32 0.22 0.30 0.32 0.29
C4 0.29 0.42 0.38 0.28 0.67 0.31 0.68 0.43 0.53 0.36 0.58 0.39 0.63 0.36 0.56 0.25 0.38 0.35 0.32 0.29
C4' 0.35 0.35 0.28 0.23 0.57 0.21 0.63 0.27 0.50 0.35 0.45 0.35 0.41 0.20 0.36 0.33 0.19 0.30 0.40 0.28
C5 0.36 0.48 0.46 0.32 0.76 0.30 0.74 0.34 0.58 0.43 0.66 0.44 0.70 0.40 0.59 0.28 0.34 0.29 0.35 0.25
C5' 0.48 0.53 0.40 0.35 0.70 0.31 0.72 0.29 0.59 0.50 0.60 0.53 0.47 0.31 0.34 0.43 0.26 0.30 0.55 0.31
C6 0.33 0.53 0.46 0.38 0.79 0.39 0.73 0.45 0.57 0.44 0.72 0.48 0.70 0.48 0.61 0.36 0.40 0.35 0.37 0.29
C8 0.60 0.54 0.61 0.46 0.78 0.42 0.85 0.30 0.73 0.57 0.65 0.53 0.76 0.46 0.56 0.48 0.39 0.34 0.44 0.34
N1 0.40 0.55 0.52 0.53 0.76 0.57 0.71 0.65 0.58 0.47 0.71 0.52 0.73 0.64 0.60 0.50 0.54 0.50 0.41 0.41
N3 0.30 0.44 0.42 0.44 0.66 0.50 0.66 0.65 0.52 0.38 0.59 0.42 0.64 0.54 0.56 0.38 0.54 0.52 0.39 0.43
N6 0.37 0.58 0.51 0.42 0.87 0.36 0.78 0.33 0.60 0.47 0.79 0.48 0.73 0.52 0.62 0.34 0.34 0.28 0.40 0.25
N7 0.56 0.57 0.61 0.45 0.84 0.37 0.85 0.28 0.71 0.57 0.72 0.54 0.78 0.48 0.60 0.40 0.35 0.30 0.43 0.29
N9 0.40 0.41 0.42 0.26 0.66 0.26 0.71 0.29 0.57 0.40 0.55 0.39 0.63 0.30 0.54 0.30 0.32 0.30 0.31 0.25
O2' 0.40 0.39 0.36 0.33 0.50 0.35 0.55 0.48 0.49 0.40 0.44 0.38 0.48 0.31 0.38 0.39 0.52 0.54 0.35 0.43
O3' 0.26 0.28 0.24 0.31 0.44 0.23 0.49 0.35 0.40 0.28 0.36 0.24 0.27 0.31 0.24 0.28 0.24 0.38 0.35 0.37
O4' 0.37 0.35 0.32 0.21 0.61 0.21 0.68 0.27 0.52 0.35 0.48 0.37 0.51 0.18 0.48 0.30 0.22 0.29 0.34 0.25
O5' 0.78 0.71 0.71 0.63 0.78 0.58 0.89 0.48 0.83 0.75 0.70 0.72 0.77 0.59 0.31 0.71 0.47 0.36 0.65 0.43
OP1 0.83 0.84 0.81 0.83 0.95 0.74 1.03 0.73 0.96 0.86 0.87 0.82 0.80 0.84 0.27 0.79 0.77 0.80 1.06 0.79
OP2 0.97 1.20 0.89 0.71 1.28 0.60 1.17 0.45 1.01 1.06 1.28 1.24 0.92 0.65 0.52 0.76 0.46 0.42 0.59 0.37
P 0.77 0.81 0.69 0.60 0.86 0.54 0.90 0.45 0.81 0.78 0.82 0.84 0.74 0.57 0.29 0.67 0.48 0.40 0.70 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.18 0.14 0.35 0.15
C2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.06 0.07 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.02 0.06 0.37 0.25 0.33 0.24
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02 0.12 0.03 0.11 0.24 0.01 0.02 0.05 0.01 0.24 0.26 0.27 0.15
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.15 0.06 0.15 0.25 0.02 0.01 0.10 0.01 0.33 0.36 0.27 0.23
C4 0.04 0.06 0.07 0.11 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.13 0.01 0.04 0.50 0.36 0.39 0.36
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.07 0.10 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.13 0.34 0.07
C5 0.02 0.02 0.10 0.13 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.05 0.53 0.37 0.39 0.38
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.18 0.01 0.17 0.00 0.14 0.10 0.16 0.13 0.06 0.05 0.16 0.02 0.01 0.17 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.15 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.17 0.02 0.06 0.48 0.30 0.34 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.36 0.23 0.33 0.21
N3 0.04 0.01 0.11 0.15 0.02 0.07 0.03 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01 0.11 0.18 0.02 0.06 0.45 0.31 0.36 0.31
O2 0.04 0.01 0.24 0.25 0.04 0.10 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.30 0.03 0.09 0.30 0.22 0.33 0.20
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.04 0.11 0.20 0.00 0.04 0.06 0.05 0.09 0.18 0.30 0.10
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.05 0.17 0.06 0.18 0.30 0.04 0.00 0.12 0.02 0.30 0.45 0.32 0.28
O4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.12 0.00 0.04 0.34 0.25 0.29 0.24
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.09 0.05 0.02 0.04 0.00 0.14 0.15 0.44 0.22
O5' 0.18 0.37 0.24 0.33 0.50 0.02 0.53 0.01 0.48 0.36 0.45 0.30 0.09 0.30 0.34 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.25 0.26 0.36 0.36 0.13 0.37 0.17 0.30 0.23 0.31 0.22 0.18 0.45 0.25 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.33 0.27 0.27 0.39 0.34 0.39 0.35 0.34 0.33 0.36 0.33 0.30 0.32 0.29 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.15 0.23 0.36 0.07 0.38 0.02 0.30 0.21 0.31 0.20 0.10 0.28 0.24 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00