ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 55, 31, 37, 9, 5, 2, 3, 13, 18, 36, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.176, 0.375, 0.574, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.375 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.080, 0.284, 0.488, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.284 std_dev=0.204
C6 A 0, 0.082, 0.310, 0.538, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.310 std_dev=0.228
C4 A 0, 0.055, 0.311, 0.567, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.311 std_dev=0.256
N4 B 0, 0.147, 0.410, 0.672, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.410 std_dev=0.262
C5 A 0, 0.119, 0.412, 0.705, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.412 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.077, 0.380, 0.684, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.380 std_dev=0.304
N3 A 0, 0.137, 0.447, 0.757, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.447 std_dev=0.310
N6 A 0, -0.072, 0.273, 0.619, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.273 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.140, 0.508, 0.876, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.508 std_dev=0.368
C6 B 0, 0.071, 0.439, 0.808, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.439 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.053, 0.437, 0.820, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.437 std_dev=0.384
O4' B 0, 0.231, 0.628, 1.025, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.628 std_dev=0.397
N1 A 0, 0.134, 0.570, 1.006, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.570 std_dev=0.436
N9 A 0, 0.148, 0.609, 1.070, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.609 std_dev=0.461
C2 A 0, 0.208, 0.679, 1.150, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.679 std_dev=0.471
C4' B 0, 0.218, 0.697, 1.176, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.697 std_dev=0.479
C2 B 0, 0.052, 0.558, 1.064, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.558 std_dev=0.506
N3 B 0, 0.073, 0.613, 1.153, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.613 std_dev=0.540
C3' B 0, 0.157, 0.703, 1.248, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.703 std_dev=0.546
C1' A 0, 0.119, 0.670, 1.222, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.670 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.216, 0.770, 1.325, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.770 std_dev=0.554
N7 A 0, 0.267, 0.825, 1.383, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.825 std_dev=0.558
C8 A 0, 0.281, 0.937, 1.593, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.937 std_dev=0.656
O5' B 0, 0.588, 1.370, 2.151, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.370 std_dev=0.782
O2 B 0, 0.065, 0.885, 1.704, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.885 std_dev=0.819
O3' B 0, 0.190, 1.076, 1.961, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.076 std_dev=0.885
C2' A 0, -0.011, 0.903, 1.818, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.903 std_dev=0.914
C5' B 0, 0.264, 1.184, 2.104, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.184 std_dev=0.920
O4' A 0, 0.140, 1.101, 2.063, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.101 std_dev=0.961
O3' A 0, 0.170, 1.136, 2.103, 5.670 max_d=5.670 avg_d=1.136 std_dev=0.966
O2' A 0, 0.136, 1.148, 2.160, 4.491 max_d=4.491 avg_d=1.148 std_dev=1.012
C3' A 0, -0.067, 1.061, 2.188, 4.002 max_d=4.002 avg_d=1.061 std_dev=1.128
P B 0, 0.248, 1.419, 2.591, 4.456 max_d=4.456 avg_d=1.419 std_dev=1.172
C4' A 0, 0.087, 1.294, 2.500, 3.975 max_d=3.975 avg_d=1.294 std_dev=1.206
OP1 B 0, 0.291, 1.738, 3.185, 6.437 max_d=6.437 avg_d=1.738 std_dev=1.447
O5' A 0, 0.652, 2.230, 3.808, 6.663 max_d=6.663 avg_d=2.230 std_dev=1.578
C5' A 0, 0.074, 1.870, 3.666, 4.995 max_d=4.995 avg_d=1.870 std_dev=1.796
OP2 B 0, 0.143, 1.972, 3.801, 6.632 max_d=6.632 avg_d=1.972 std_dev=1.829
P A 0, 0.750, 2.871, 4.991, 9.549 max_d=9.549 avg_d=2.871 std_dev=2.121
OP1 A 0, 1.182, 3.601, 6.020, 10.867 max_d=10.867 avg_d=3.601 std_dev=2.419
OP2 A 0, 1.221, 4.005, 6.788, 10.637 max_d=10.637 avg_d=4.005 std_dev=2.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.47 0.44 0.62 0.30
C2 0.05 0.00 0.26 0.17 0.02 0.34 0.04 0.56 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.51 0.38 0.42 0.81 1.24 1.07 0.95
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.03 0.09 0.14 0.15 0.14 0.21 0.24 0.08 0.08 0.03 0.00 0.06 0.03 0.51 0.58 0.53 0.42
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.14 0.01 0.18 0.06 0.19 0.18 0.18 0.15 0.29 0.19 0.11 0.03 0.01 0.01 0.31 0.37 0.44 0.42
C4 0.02 0.02 0.14 0.14 0.00 0.17 0.01 0.28 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.24 0.22 0.72 0.89 1.04 0.68
C4' 0.02 0.34 0.03 0.01 0.17 0.00 0.13 0.01 0.18 0.21 0.28 0.32 0.15 0.17 0.06 0.15 0.05 0.01 0.03 0.25 0.21 0.09
C5 0.02 0.04 0.09 0.18 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.20 0.11 0.87 1.07 1.35 0.85
C5' 0.05 0.56 0.14 0.06 0.28 0.01 0.25 0.00 0.33 0.36 0.47 0.51 0.24 0.32 0.13 0.09 0.11 0.02 0.02 0.39 0.37 0.03
C6 0.02 0.07 0.15 0.19 0.02 0.18 0.01 0.33 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.35 0.24 0.19 0.87 1.16 1.38 0.91
C8 0.02 0.04 0.14 0.18 0.01 0.21 0.02 0.36 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.28 0.17 0.21 1.06 1.14 1.50 0.98
N1 0.06 0.02 0.21 0.18 0.03 0.28 0.02 0.47 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.45 0.32 0.33 0.81 1.20 1.20 0.91
N3 0.05 0.01 0.24 0.15 0.01 0.32 0.01 0.51 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.46 0.36 0.42 0.74 1.06 0.93 0.82
N6 0.03 0.02 0.08 0.29 0.01 0.15 0.02 0.24 0.00 0.06 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03 0.27 0.20 0.10 0.34 0.53 0.78 0.38
N7 0.02 0.04 0.08 0.19 0.01 0.17 0.01 0.32 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.25 0.18 0.12 1.06 1.25 1.63 1.05
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.12 0.18 0.03 0.73 0.76 1.03 0.60
O2' 0.02 0.51 0.00 0.03 0.29 0.15 0.26 0.09 0.35 0.28 0.45 0.46 0.27 0.25 0.12 0.00 0.08 0.11 0.48 0.65 0.54 0.46
O3' 0.24 0.38 0.06 0.01 0.24 0.05 0.20 0.11 0.24 0.17 0.32 0.36 0.20 0.18 0.18 0.08 0.00 0.16 0.29 0.46 0.62 0.49
O4' 0.01 0.42 0.03 0.01 0.22 0.01 0.11 0.02 0.19 0.21 0.33 0.42 0.10 0.12 0.03 0.11 0.16 0.00 0.38 0.25 0.64 0.30
O5' 0.47 0.81 0.51 0.31 0.72 0.03 0.87 0.02 0.87 1.06 0.81 0.74 0.34 1.06 0.73 0.48 0.29 0.38 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 1.24 0.58 0.37 0.89 0.25 1.07 0.39 1.16 1.14 1.20 1.06 0.53 1.25 0.76 0.65 0.46 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 1.07 0.53 0.44 1.04 0.21 1.35 0.37 1.38 1.50 1.20 0.93 0.78 1.63 1.03 0.54 0.62 0.64 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.95 0.42 0.42 0.68 0.09 0.85 0.03 0.91 0.98 0.91 0.82 0.38 1.05 0.60 0.46 0.49 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.68 0.72 0.49 0.34 0.55 0.25 0.42 0.45 0.40 0.59 0.69 0.46 0.87 0.63 0.39 0.63 0.23 0.57 0.28 0.19
C2 0.66 0.79 0.51 0.51 0.76 0.37 0.60 0.51 0.53 0.65 0.83 0.77 0.87 0.57 0.70 0.65 0.32 0.57 0.52 0.31
C2' 0.50 0.55 0.34 0.38 0.58 0.36 0.61 0.69 0.50 0.46 0.58 0.53 0.65 0.48 0.43 0.53 0.39 0.56 0.39 0.24
C3' 0.65 0.62 0.50 0.29 0.64 0.39 0.65 0.41 0.52 0.53 0.63 0.59 0.72 0.71 0.31 0.70 0.41 0.46 0.60 0.37
C4 0.65 0.78 0.46 0.41 0.66 0.27 0.49 0.53 0.45 0.61 0.79 0.62 0.92 0.56 0.53 0.58 0.25 0.56 0.35 0.21
C4' 1.25 1.09 1.04 0.63 0.73 0.81 0.58 0.36 0.68 1.00 0.94 0.57 1.29 1.31 0.52 1.24 0.49 0.41 0.63 0.20
C5 0.64 0.81 0.45 0.41 0.65 0.27 0.46 0.59 0.42 0.61 0.81 0.61 0.97 0.57 0.51 0.53 0.29 0.57 0.42 0.24
C5' 1.67 1.40 1.52 1.04 0.85 1.18 0.69 0.57 0.85 1.29 1.16 0.66 1.71 1.91 1.01 1.58 0.67 0.58 0.78 0.23
C6 0.62 0.80 0.45 0.45 0.68 0.30 0.49 0.59 0.44 0.61 0.83 0.67 0.95 0.53 0.58 0.53 0.27 0.55 0.43 0.23
C8 0.68 0.81 0.52 0.39 0.57 0.31 0.42 0.66 0.40 0.60 0.77 0.50 1.03 0.72 0.43 0.53 0.35 0.62 0.57 0.31
N1 0.64 0.80 0.47 0.48 0.74 0.32 0.57 0.53 0.50 0.63 0.85 0.76 0.91 0.53 0.66 0.59 0.30 0.56 0.47 0.27
N3 0.67 0.77 0.50 0.47 0.72 0.35 0.57 0.49 0.51 0.64 0.80 0.71 0.87 0.57 0.64 0.65 0.30 0.58 0.44 0.28
N6 0.35 0.49 0.51 0.52 0.58 0.32 0.51 0.33 0.41 0.40 0.58 0.53 0.52 0.41 0.46 0.32 0.36 0.45 0.71 0.36
N7 0.66 0.83 0.49 0.40 0.60 0.31 0.43 0.67 0.41 0.60 0.80 0.54 1.03 0.68 0.46 0.51 0.35 0.62 0.56 0.31
N9 0.67 0.78 0.48 0.36 0.59 0.24 0.44 0.54 0.41 0.60 0.76 0.53 0.94 0.62 0.43 0.57 0.26 0.57 0.37 0.21
O2' 0.57 0.66 0.61 0.86 0.81 0.79 0.86 1.09 0.78 0.65 0.73 0.75 0.62 0.49 0.95 0.65 0.70 0.65 0.43 0.30
O3' 0.59 0.74 0.49 0.42 0.82 0.30 0.79 0.39 0.67 0.66 0.82 0.53 0.74 0.40 0.46 0.64 0.36 0.25 0.59 0.51
O4' 1.17 1.16 0.92 0.51 0.84 0.60 0.65 0.28 0.72 1.02 1.06 0.75 1.34 1.14 0.38 1.10 0.31 0.55 0.43 0.18
O5' 1.56 1.49 1.34 0.86 1.10 0.93 0.98 0.58 0.99 1.32 1.33 0.93 1.77 1.70 0.84 1.39 0.58 0.48 1.21 0.49
OP1 2.36 2.41 2.26 1.64 1.76 1.51 1.44 0.89 1.51 2.09 2.17 1.46 2.84 2.67 1.65 1.90 0.79 0.82 1.04 0.53
OP2 1.79 1.94 1.79 1.43 1.96 1.33 1.95 1.19 1.65 1.71 1.94 2.11 2.22 2.20 1.45 1.51 0.80 0.96 1.71 0.92
P 1.72 1.78 1.60 1.13 1.43 1.10 1.34 0.90 1.25 1.53 1.64 1.24 2.13 2.00 1.15 1.42 0.66 0.66 1.45 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.35 0.45 0.45 0.27
C2 0.03 0.00 0.16 0.19 0.05 0.06 0.02 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.15 0.12 0.47 0.57 0.86 0.48
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.11 0.16 0.03 0.12 0.06 0.31 0.00 0.03 0.02 0.35 0.42 0.57 0.32
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.25 0.01 0.22 0.02 0.19 0.14 0.22 0.13 0.22 0.02 0.01 0.02 0.35 0.45 0.57 0.36
C4 0.04 0.05 0.07 0.25 0.00 0.16 0.01 0.32 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.18 0.19 0.05 0.53 0.81 1.20 0.70
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.20 0.09 0.08 0.14 0.08 0.17 0.03 0.01 0.02 0.41 0.33 0.11
C5 0.02 0.02 0.12 0.22 0.01 0.20 0.00 0.38 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.19 0.10 0.53 0.81 1.19 0.71
C5' 0.07 0.19 0.11 0.02 0.32 0.01 0.38 0.00 0.35 0.20 0.24 0.35 0.15 0.08 0.13 0.03 0.01 0.32 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.19 0.02 0.20 0.01 0.35 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.25 0.16 0.13 0.49 0.61 0.96 0.55
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.04 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.08 0.02 0.45 0.50 0.77 0.42
N3 0.03 0.01 0.12 0.22 0.02 0.08 0.02 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.10 0.52 0.71 1.06 0.62
N4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.14 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.14 0.04 0.52 0.74 1.39 0.76
O2 0.05 0.01 0.31 0.22 0.04 0.08 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.26 0.24 0.18 0.43 0.54 0.74 0.41
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.18 0.17 0.26 0.08 0.25 0.11 0.14 0.09 0.26 0.00 0.06 0.14 0.17 0.54 0.40 0.22
O3' 0.15 0.15 0.03 0.01 0.19 0.03 0.19 0.13 0.16 0.08 0.16 0.14 0.24 0.06 0.00 0.11 0.49 0.74 0.58 0.52
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.03 0.13 0.02 0.10 0.04 0.18 0.14 0.11 0.00 0.38 0.58 0.26 0.34
O5' 0.35 0.47 0.35 0.35 0.53 0.02 0.53 0.01 0.49 0.45 0.52 0.52 0.43 0.17 0.49 0.38 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.57 0.42 0.45 0.81 0.41 0.81 0.32 0.61 0.50 0.71 0.74 0.54 0.54 0.74 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.86 0.57 0.57 1.20 0.33 1.19 0.41 0.96 0.77 1.06 1.39 0.74 0.40 0.58 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.48 0.32 0.36 0.70 0.11 0.71 0.02 0.55 0.42 0.62 0.76 0.41 0.22 0.52 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00