ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43915

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 37, 48, 48, 10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.068, 0.144, 0.220, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.144 std_dev=0.076
C4 A 0, 0.100, 0.204, 0.307, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.204 std_dev=0.104
N1 A 0, 0.102, 0.212, 0.322, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.212 std_dev=0.110
C2 B 0, 0.095, 0.217, 0.338, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.217 std_dev=0.122
N3 A 0, 0.200, 0.326, 0.453, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.326 std_dev=0.126
C1' A 0, 0.225, 0.359, 0.492, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.359 std_dev=0.134
C6 B 0, 0.092, 0.230, 0.368, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.230 std_dev=0.138
C2' A 0, 0.370, 0.512, 0.653, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.512 std_dev=0.141
C4 B 0, 0.267, 0.426, 0.585, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.426 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.188, 0.358, 0.529, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.358 std_dev=0.170
O4' A 0, 0.252, 0.425, 0.598, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.425 std_dev=0.173
N3 B 0, 0.119, 0.294, 0.469, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.294 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.217, 0.400, 0.583, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.400 std_dev=0.183
C6 A 0, 0.172, 0.362, 0.553, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.362 std_dev=0.191
C2 A 0, 0.180, 0.372, 0.563, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.372 std_dev=0.192
N6 A 0, 0.254, 0.461, 0.667, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.461 std_dev=0.207
O2 B 0, 0.188, 0.400, 0.611, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.400 std_dev=0.211
O2' A 0, 0.296, 0.527, 0.759, 2.341 max_d=2.341 avg_d=0.527 std_dev=0.232
N9 A 0, 0.129, 0.363, 0.596, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.363 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.344, 0.614, 0.883, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.614 std_dev=0.269
C3' A 0, 0.428, 0.705, 0.983, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.705 std_dev=0.278
C5 A 0, 0.089, 0.393, 0.696, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.393 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.839, 1.144, 1.450, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.144 std_dev=0.305
C5' A 0, 0.463, 0.844, 1.225, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.844 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.932, 1.333, 1.734, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.333 std_dev=0.401
O4' B 0, 0.454, 0.875, 1.295, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.875 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.355, 0.786, 1.218, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.786 std_dev=0.431
O4 B 0, -0.020, 0.482, 0.983, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.482 std_dev=0.502
O3' A 0, 0.598, 1.102, 1.605, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.102 std_dev=0.503
O3' B 0, 1.164, 1.678, 2.192, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.678 std_dev=0.514
C8 A 0, 0.116, 0.646, 1.177, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.646 std_dev=0.531
P B 0, 0.938, 1.474, 2.010, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.474 std_dev=0.536
N7 A 0, 0.168, 0.722, 1.276, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.722 std_dev=0.554
C5' B 0, 1.349, 1.941, 2.533, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.941 std_dev=0.592
O5' B 0, 0.832, 1.528, 2.224, 3.705 max_d=3.705 avg_d=1.528 std_dev=0.696
OP1 B 0, 1.642, 2.387, 3.131, 4.807 max_d=4.807 avg_d=2.387 std_dev=0.744
O2' B 0, 0.631, 1.727, 2.822, 3.386 max_d=3.386 avg_d=1.727 std_dev=1.096
OP2 B 0, 0.885, 2.037, 3.190, 6.594 max_d=6.594 avg_d=2.037 std_dev=1.153
O5' A 0, 0.432, 1.768, 3.103, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.768 std_dev=1.336
P A 0, 0.710, 2.433, 4.156, 4.922 max_d=4.922 avg_d=2.433 std_dev=1.723
OP2 A 0, 1.276, 3.100, 4.925, 5.925 max_d=5.925 avg_d=3.100 std_dev=1.825
OP1 A 0, 1.035, 2.888, 4.742, 6.101 max_d=6.101 avg_d=2.888 std_dev=1.854

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.19 0.25 0.38 0.27
C2 0.02 0.00 0.30 0.29 0.01 0.07 0.03 0.11 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.23 0.38 0.18 0.23 0.50 0.64 0.41
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.17 0.02 0.13 0.07 0.18 0.08 0.28 0.28 0.07 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.32 0.14 0.45 0.31
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.24 0.00 0.30 0.02 0.33 0.25 0.35 0.24 0.23 0.30 0.18 0.03 0.01 0.02 0.40 0.13 0.42 0.31
C4 0.01 0.01 0.17 0.24 0.00 0.05 0.00 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.26 0.10 0.41 0.58 0.83 0.63
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.11 0.25 0.06 0.08 0.16 0.24 0.10 0.15 0.02 0.00 0.01 0.18 0.08 0.04
C5 0.01 0.03 0.13 0.30 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.31 0.04 0.71 0.92 1.26 1.02
C5' 0.04 0.11 0.07 0.02 0.14 0.01 0.28 0.00 0.25 0.42 0.15 0.11 0.38 0.43 0.19 0.11 0.08 0.02 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.02 0.07 0.18 0.33 0.02 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.17 0.37 0.08 0.64 0.92 1.26 0.98
C8 0.02 0.02 0.08 0.25 0.01 0.25 0.00 0.42 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.23 0.14 1.02 1.07 1.43 1.28
N1 0.04 0.02 0.28 0.35 0.03 0.06 0.02 0.15 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.22 0.42 0.12 0.40 0.68 0.95 0.67
N3 0.02 0.01 0.28 0.24 0.01 0.08 0.01 0.11 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.32 0.18 0.19 0.43 0.53 0.33
N6 0.02 0.01 0.07 0.23 0.01 0.16 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.22 0.04 0.86 1.36 1.51 1.36
N7 0.02 0.03 0.04 0.30 0.01 0.24 0.00 0.43 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.30 0.09 1.05 1.24 1.66 1.41
N9 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.16 0.02 0.54 0.59 0.85 0.71
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.14 0.15 0.15 0.11 0.17 0.13 0.22 0.20 0.16 0.14 0.09 0.00 0.05 0.12 0.19 0.21 0.30 0.15
O3' 0.11 0.38 0.02 0.01 0.26 0.02 0.31 0.08 0.37 0.23 0.42 0.32 0.22 0.30 0.16 0.05 0.00 0.07 0.32 0.30 0.35 0.18
O4' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.10 0.00 0.04 0.02 0.08 0.14 0.12 0.18 0.04 0.09 0.02 0.12 0.07 0.00 0.07 0.26 0.17 0.13
O5' 0.19 0.23 0.32 0.40 0.41 0.01 0.71 0.01 0.64 1.02 0.40 0.19 0.86 1.05 0.54 0.19 0.32 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.50 0.14 0.13 0.58 0.18 0.92 0.08 0.92 1.07 0.68 0.43 1.36 1.24 0.59 0.21 0.30 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.64 0.45 0.42 0.83 0.08 1.26 0.21 1.26 1.43 0.95 0.53 1.51 1.66 0.85 0.30 0.35 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.41 0.31 0.31 0.63 0.04 1.02 0.02 0.98 1.28 0.67 0.33 1.36 1.41 0.71 0.15 0.18 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.32 0.31 0.38 0.55 0.46 0.57 0.45 0.41 0.29 0.43 0.35 0.28 0.48 0.73 0.54 0.54 0.27 0.33 0.15
C2 0.26 0.26 0.62 0.45 0.49 0.43 0.53 0.49 0.38 0.24 0.36 0.30 0.80 0.44 0.50 0.45 0.54 0.66 1.27 0.66
C2' 0.29 0.34 0.33 0.36 0.63 0.48 0.67 0.48 0.49 0.31 0.48 0.35 0.30 0.46 0.71 0.54 0.60 0.23 0.43 0.24
C3' 0.29 0.42 0.50 0.30 0.74 0.32 0.81 0.36 0.66 0.44 0.57 0.33 0.40 0.36 0.72 0.40 0.53 0.44 0.21 0.38
C4 0.33 0.29 0.36 0.46 0.40 0.55 0.39 0.54 0.27 0.23 0.33 0.37 0.44 0.54 0.69 0.65 0.51 0.60 0.92 0.45
C4' 0.32 0.49 0.59 0.34 0.77 0.22 0.81 0.33 0.67 0.49 0.63 0.39 0.48 0.22 0.66 0.28 0.35 0.52 0.32 0.33
C5 0.49 0.46 0.35 0.59 0.45 0.69 0.43 0.67 0.39 0.43 0.46 0.52 0.40 0.70 0.76 0.83 0.54 0.81 0.98 0.53
C5' 0.40 0.51 0.66 0.40 0.78 0.29 0.84 0.34 0.73 0.54 0.64 0.40 0.56 0.23 0.71 0.34 0.27 0.66 0.68 0.35
C6 0.43 0.43 0.39 0.56 0.40 0.65 0.34 0.64 0.31 0.37 0.43 0.50 0.54 0.64 0.69 0.78 0.54 0.91 1.20 0.66
C8 0.71 0.63 0.44 0.76 0.63 0.86 0.66 0.81 0.66 0.65 0.61 0.66 0.37 0.92 0.87 1.01 0.68 0.66 0.52 0.28
N1 0.28 0.25 0.53 0.47 0.31 0.50 0.29 0.53 0.19 0.19 0.28 0.34 0.74 0.50 0.56 0.58 0.56 0.85 1.35 0.74
N3 0.22 0.25 0.56 0.41 0.53 0.41 0.56 0.47 0.38 0.22 0.38 0.28 0.67 0.41 0.55 0.43 0.50 0.53 1.08 0.54
N6 0.38 0.40 0.45 0.61 0.40 0.56 0.32 0.60 0.26 0.33 0.41 0.47 0.53 0.69 0.74 0.59 0.71 0.40 0.49 0.28
N7 0.72 0.67 0.45 0.78 0.67 0.88 0.68 0.84 0.68 0.68 0.66 0.70 0.38 0.94 0.87 1.04 0.64 0.85 0.75 0.44
N9 0.44 0.39 0.30 0.52 0.47 0.62 0.48 0.59 0.40 0.37 0.41 0.44 0.30 0.64 0.77 0.74 0.56 0.48 0.58 0.25
O2' 0.24 0.32 0.39 0.31 0.65 0.33 0.69 0.41 0.51 0.29 0.48 0.32 0.35 0.31 0.62 0.36 0.54 0.42 0.42 0.29
O3' 0.53 0.62 0.85 0.64 0.92 0.50 1.03 0.65 0.93 0.70 0.74 0.48 0.66 0.51 0.67 0.48 0.71 0.72 0.42 0.71
O4' 0.22 0.36 0.38 0.25 0.63 0.25 0.64 0.27 0.48 0.32 0.51 0.32 0.33 0.33 0.71 0.35 0.40 0.42 0.19 0.17
O5' 0.76 0.75 1.10 0.84 1.04 0.69 1.18 0.71 1.10 0.87 0.85 0.58 1.04 0.65 0.93 0.66 0.61 0.97 0.83 0.64
OP1 0.58 0.51 0.98 0.84 0.80 0.60 0.96 0.61 0.89 0.65 0.60 0.41 0.93 0.70 0.94 0.48 0.33 0.73 0.71 0.25
OP2 0.98 0.95 1.31 1.05 1.25 0.92 1.41 0.94 1.33 1.09 1.05 0.76 1.25 0.83 1.15 0.90 0.87 1.18 1.05 0.80
P 0.73 0.70 1.10 0.85 1.02 0.68 1.18 0.70 1.10 0.84 0.80 0.50 1.03 0.64 0.94 0.64 0.57 0.91 0.84 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.32 0.03 0.01 0.35 0.60 0.46 0.31
C2 0.02 0.00 0.13 0.11 0.05 0.10 0.02 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.35 0.01 0.18 0.44 0.60 0.76 0.41
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.23 0.14 0.03 0.11 0.21 0.00 0.04 0.08 0.02 0.75 0.77 0.83 0.71
C3' 0.03 0.11 0.01 0.00 0.20 0.00 0.26 0.02 0.23 0.13 0.15 0.11 0.02 0.01 0.31 0.04 0.44 0.64 0.28 0.38
C4 0.03 0.05 0.05 0.20 0.00 0.10 0.00 0.29 0.01 0.03 0.02 0.03 0.26 0.21 0.01 0.04 0.59 0.57 1.30 0.76
C4' 0.03 0.10 0.02 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.21 0.06 0.09 0.22 0.23 0.03 0.14 0.01 0.02 0.49 0.34 0.20
C5 0.02 0.02 0.10 0.26 0.00 0.19 0.00 0.34 0.00 0.01 0.02 0.02 0.43 0.17 0.01 0.15 0.68 0.73 1.46 0.92
C5' 0.09 0.25 0.23 0.02 0.29 0.01 0.34 0.00 0.32 0.19 0.27 0.32 0.08 0.20 0.19 0.02 0.01 0.29 0.44 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.23 0.01 0.21 0.00 0.32 0.00 0.00 0.03 0.01 0.44 0.15 0.01 0.19 0.65 0.70 1.26 0.82
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.03 0.06 0.01 0.19 0.00 0.00 0.02 0.01 0.15 0.24 0.02 0.02 0.49 0.56 0.85 0.51
N3 0.02 0.01 0.11 0.15 0.02 0.09 0.02 0.27 0.03 0.02 0.00 0.01 0.14 0.31 0.01 0.13 0.50 0.56 0.99 0.54
O2 0.03 0.01 0.21 0.11 0.03 0.22 0.02 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.49 0.01 0.34 0.41 0.79 0.51 0.33
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.26 0.23 0.43 0.08 0.44 0.15 0.14 0.37 0.00 0.10 0.40 0.13 0.63 0.87 0.79 0.64
O3' 0.32 0.35 0.04 0.01 0.21 0.03 0.17 0.20 0.15 0.24 0.31 0.49 0.10 0.00 0.20 0.23 0.23 0.59 0.47 0.29
O4 0.03 0.01 0.08 0.31 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.20 0.00 0.06 0.72 1.10 1.15 0.87
O4' 0.01 0.18 0.02 0.04 0.04 0.01 0.15 0.02 0.19 0.02 0.13 0.34 0.13 0.23 0.06 0.00 0.23 0.62 0.28 0.28
O5' 0.35 0.44 0.75 0.44 0.59 0.02 0.68 0.01 0.65 0.49 0.50 0.41 0.63 0.23 0.72 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.60 0.60 0.77 0.64 0.57 0.49 0.73 0.29 0.70 0.56 0.56 0.79 0.87 0.59 1.10 0.62 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.76 0.83 0.28 1.30 0.34 1.46 0.44 1.26 0.85 0.99 0.51 0.79 0.47 1.15 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.41 0.71 0.38 0.76 0.20 0.92 0.01 0.82 0.51 0.54 0.33 0.64 0.29 0.87 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00