ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43916

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 57, 24, 30, 7, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.069, 0.138, 0.207, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.138 std_dev=0.069
C4 B 0, 0.067, 0.143, 0.219, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.143 std_dev=0.076
C4 A 0, 0.191, 0.284, 0.377, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.284 std_dev=0.093
C1' A 0, 0.096, 0.203, 0.310, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.203 std_dev=0.107
N3 B 0, 0.156, 0.278, 0.401, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.278 std_dev=0.123
N9 B 0, 0.142, 0.271, 0.400, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.271 std_dev=0.129
N6 B 0, 0.372, 0.516, 0.660, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.516 std_dev=0.144
N3 A 0, 0.195, 0.341, 0.487, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.341 std_dev=0.146
O4' B 0, 0.449, 0.597, 0.744, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.597 std_dev=0.148
C2 B 0, 0.092, 0.255, 0.418, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.255 std_dev=0.163
C2' A 0, 0.177, 0.347, 0.517, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.347 std_dev=0.170
C1' B 0, 0.335, 0.507, 0.679, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.507 std_dev=0.172
O4 A 0, 0.237, 0.409, 0.581, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.409 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.180, 0.353, 0.526, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.353 std_dev=0.173
C6 A 0, 0.101, 0.278, 0.455, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.278 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.113, 0.299, 0.484, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.299 std_dev=0.185
C4' A 0, 0.163, 0.350, 0.536, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.350 std_dev=0.187
O4' A 0, 0.094, 0.281, 0.468, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.281 std_dev=0.187
C3' B 0, 0.428, 0.615, 0.802, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.615 std_dev=0.187
O5' A 0, 0.241, 0.436, 0.631, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.436 std_dev=0.195
C4' B 0, 0.350, 0.548, 0.747, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.548 std_dev=0.198
C3' A 0, 0.177, 0.379, 0.581, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.379 std_dev=0.202
C8 B 0, 0.148, 0.362, 0.576, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.362 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.229, 0.446, 0.664, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.446 std_dev=0.218
C2 A 0, 0.120, 0.345, 0.570, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.345 std_dev=0.225
C5 A 0, 0.121, 0.356, 0.591, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.356 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.254, 0.516, 0.777, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.516 std_dev=0.261
O3' A 0, 0.140, 0.413, 0.686, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.413 std_dev=0.273
O3' B 0, 0.624, 0.912, 1.199, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.912 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.158, 0.446, 0.734, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.446 std_dev=0.288
C5' B 0, 0.335, 0.637, 0.940, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.637 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.170, 0.503, 0.836, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.503 std_dev=0.333
P B 0, 0.189, 0.535, 0.881, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.535 std_dev=0.346
P A 0, 0.330, 0.714, 1.097, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.714 std_dev=0.384
O2 A 0, 0.217, 0.637, 1.058, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.637 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.283, 0.717, 1.152, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.717 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.322, 0.793, 1.263, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.793 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.268, 0.771, 1.274, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.771 std_dev=0.503
OP1 A 0, 0.423, 1.041, 1.659, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.041 std_dev=0.618
OP2 A 0, 0.532, 1.182, 1.833, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.182 std_dev=0.651
OP1 B 0, -0.039, 0.869, 1.777, 3.395 max_d=3.395 avg_d=0.869 std_dev=0.908
O2' B 0, 0.140, 1.135, 2.130, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.135 std_dev=0.995

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.11 0.43 0.16 0.13
C2 0.02 0.00 0.10 0.05 0.07 0.05 0.03 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.07 0.01 0.09 0.17 0.63 0.21 0.21
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.06 0.11 0.02 0.07 0.21 0.00 0.02 0.06 0.01 0.29 0.35 0.38 0.21
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.03 0.09 0.02 0.04 0.14 0.02 0.01 0.05 0.01 0.20 0.21 0.38 0.15
C4 0.05 0.07 0.06 0.05 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.05 0.02 0.05 0.12 0.07 0.01 0.04 0.22 0.76 0.31 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.02 0.18 0.13 0.03
C5 0.02 0.03 0.09 0.08 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.06 0.01 0.06 0.25 0.77 0.32 0.26
C5' 0.04 0.12 0.06 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.11 0.17 0.08 0.05 0.04 0.23 0.02 0.01 0.23 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.09 0.02 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.07 0.01 0.09 0.22 0.69 0.26 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.16 0.59 0.20 0.19
N3 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.08 0.02 0.17 0.04 0.02 0.00 0.01 0.17 0.07 0.01 0.08 0.21 0.69 0.26 0.23
O2 0.04 0.01 0.21 0.14 0.05 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.37 0.14 0.02 0.11 0.15 0.58 0.19 0.21
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.12 0.02 0.12 0.05 0.13 0.06 0.17 0.37 0.00 0.07 0.12 0.02 0.31 0.38 0.50 0.27
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.14 0.07 0.00 0.06 0.07 0.14 0.20 0.37 0.12
O4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.00 0.04 0.22 0.86 0.26 0.36
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.11 0.02 0.07 0.04 0.00 0.14 0.36 0.14 0.18
O5' 0.11 0.17 0.29 0.20 0.22 0.02 0.25 0.01 0.22 0.16 0.21 0.15 0.31 0.14 0.22 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.63 0.35 0.21 0.76 0.18 0.77 0.23 0.69 0.59 0.69 0.58 0.38 0.20 0.86 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.21 0.38 0.38 0.31 0.13 0.32 0.17 0.26 0.20 0.26 0.19 0.50 0.37 0.26 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.21 0.21 0.15 0.26 0.03 0.26 0.02 0.22 0.19 0.23 0.21 0.27 0.12 0.36 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.27 0.35 0.23 0.21 0.25 0.25 0.31 0.27 0.25 0.29 0.24 0.13 0.28 0.18 0.63 0.31 0.27 0.27 0.60 0.29 0.15
C2 0.15 0.38 0.23 0.15 0.28 0.24 0.33 0.31 0.36 0.29 0.41 0.33 0.10 0.35 0.22 0.45 0.30 0.24 0.22 0.70 0.29 0.17
C2' 0.16 0.22 0.38 0.17 0.20 0.17 0.23 0.26 0.24 0.25 0.24 0.22 0.13 0.27 0.19 0.63 0.26 0.35 0.13 0.32 0.41 0.10
C3' 0.16 0.20 0.43 0.20 0.21 0.16 0.25 0.23 0.25 0.27 0.23 0.20 0.13 0.29 0.20 0.67 0.25 0.38 0.19 0.16 0.34 0.02
C4 0.31 0.39 0.40 0.40 0.28 0.41 0.34 0.37 0.38 0.32 0.41 0.35 0.14 0.38 0.25 0.72 0.51 0.30 0.35 0.63 0.35 0.17
C4' 0.25 0.20 0.57 0.43 0.20 0.33 0.24 0.39 0.25 0.28 0.23 0.20 0.13 0.30 0.21 0.90 0.47 0.33 0.51 0.37 0.38 0.23
C5 0.39 0.42 0.54 0.51 0.33 0.45 0.36 0.38 0.40 0.35 0.42 0.40 0.16 0.41 0.31 0.95 0.65 0.34 0.37 0.56 0.43 0.18
C5' 0.37 0.30 0.71 0.55 0.29 0.38 0.31 0.41 0.32 0.34 0.30 0.31 0.16 0.37 0.30 1.14 0.62 0.35 0.55 0.39 0.42 0.22
C6 0.35 0.38 0.54 0.49 0.30 0.41 0.33 0.37 0.36 0.32 0.38 0.36 0.16 0.37 0.28 0.95 0.60 0.31 0.36 0.54 0.42 0.17
N1 0.19 0.31 0.34 0.29 0.22 0.30 0.28 0.33 0.31 0.27 0.33 0.27 0.12 0.32 0.19 0.66 0.38 0.26 0.29 0.62 0.33 0.16
N3 0.16 0.38 0.23 0.21 0.27 0.29 0.34 0.32 0.38 0.31 0.42 0.32 0.11 0.37 0.21 0.47 0.32 0.24 0.24 0.70 0.32 0.17
O2 0.28 0.50 0.35 0.25 0.39 0.20 0.39 0.31 0.42 0.32 0.50 0.46 0.12 0.36 0.32 0.47 0.46 0.27 0.18 0.74 0.27 0.16
O2' 0.31 0.33 0.40 0.30 0.29 0.32 0.27 0.39 0.27 0.28 0.31 0.34 0.13 0.29 0.28 0.54 0.40 0.45 0.26 0.34 0.53 0.25
O3' 0.30 0.29 0.40 0.24 0.29 0.22 0.30 0.21 0.30 0.30 0.30 0.30 0.12 0.31 0.29 0.50 0.30 0.47 0.04 0.21 0.19 0.01
O4 0.26 0.31 0.30 0.27 0.34 0.27 0.47 0.40 0.49 0.50 0.41 0.27 0.23 0.58 0.35 0.58 0.43 0.33 0.25 0.98 0.48 0.27
O4' 0.28 0.23 0.49 0.50 0.21 0.44 0.27 0.44 0.28 0.30 0.27 0.21 0.12 0.33 0.23 0.82 0.58 0.36 0.50 0.63 0.35 0.29
O5' 0.31 0.37 0.66 0.46 0.30 0.31 0.33 0.35 0.37 0.30 0.38 0.35 0.17 0.36 0.27 1.13 0.52 0.30 0.44 0.31 0.43 0.13
OP1 0.47 0.35 0.80 0.78 0.34 0.57 0.49 0.51 0.55 0.48 0.44 0.35 0.18 0.62 0.35 1.35 0.98 0.44 0.51 0.27 0.54 0.21
OP2 0.41 0.48 0.85 0.57 0.39 0.32 0.39 0.35 0.43 0.36 0.45 0.46 0.16 0.42 0.36 1.44 0.68 0.35 0.37 0.39 0.88 0.36
P 0.36 0.35 0.75 0.56 0.29 0.34 0.33 0.34 0.37 0.31 0.36 0.34 0.15 0.39 0.27 1.29 0.68 0.31 0.39 0.25 0.57 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.11 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.27 0.01 0.26 0.53 0.29 0.27
C2 0.05 0.00 0.24 0.14 0.01 0.06 0.04 0.22 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.41 0.37 0.17 0.35 0.44 0.54 0.31
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.23 0.09 0.16 0.19 0.23 0.06 0.11 0.04 0.00 0.05 0.02 0.63 0.48 0.44 0.37
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.06 0.11 0.12 0.13 0.05 0.09 0.04 0.02 0.01 0.04 0.29 0.73 0.28 0.31
C4 0.02 0.01 0.11 0.06 0.00 0.05 0.01 0.27 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.27 0.10 0.41 0.44 0.53 0.30
C4' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.10 0.05 0.06 0.04 0.11 0.05 0.16 0.02 0.01 0.02 0.62 0.12 0.23
C5 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.08 0.00 0.37 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.22 0.06 0.51 0.45 0.66 0.36
C5' 0.11 0.22 0.23 0.03 0.27 0.01 0.37 0.00 0.38 0.40 0.28 0.18 0.09 0.43 0.27 0.08 0.21 0.02 0.01 0.36 0.31 0.02
C6 0.02 0.07 0.09 0.06 0.02 0.09 0.01 0.38 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.18 0.26 0.11 0.51 0.46 0.71 0.38
C8 0.01 0.03 0.16 0.11 0.01 0.10 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.16 0.09 0.58 0.44 0.59 0.34
N1 0.05 0.02 0.19 0.12 0.03 0.05 0.02 0.28 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.32 0.32 0.13 0.41 0.44 0.62 0.33
N3 0.05 0.01 0.23 0.13 0.00 0.06 0.01 0.18 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.36 0.16 0.31 0.46 0.46 0.29
N6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.11 0.04 0.11 0.15 0.20 0.14
N7 0.01 0.03 0.11 0.09 0.01 0.11 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.16 0.05 0.60 0.48 0.71 0.40
N9 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.27 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.22 0.02 0.43 0.45 0.47 0.29
O2' 0.04 0.41 0.00 0.02 0.18 0.16 0.15 0.08 0.18 0.25 0.32 0.39 0.09 0.22 0.09 0.00 0.06 0.08 0.56 0.52 0.43 0.41
O3' 0.27 0.37 0.05 0.01 0.27 0.02 0.22 0.21 0.26 0.16 0.32 0.36 0.11 0.16 0.22 0.06 0.00 0.20 0.14 0.87 0.25 0.37
O4' 0.01 0.17 0.02 0.04 0.10 0.01 0.06 0.02 0.11 0.09 0.13 0.16 0.04 0.05 0.02 0.08 0.20 0.00 0.13 0.79 0.26 0.48
O5' 0.26 0.35 0.63 0.29 0.41 0.02 0.51 0.01 0.51 0.58 0.41 0.31 0.11 0.60 0.43 0.56 0.14 0.13 0.00 0.06 0.05 0.01
OP1 0.53 0.44 0.48 0.73 0.44 0.62 0.45 0.36 0.46 0.44 0.44 0.46 0.15 0.48 0.45 0.52 0.87 0.79 0.06 0.00 0.03 0.01
OP2 0.29 0.54 0.44 0.28 0.53 0.12 0.66 0.31 0.71 0.59 0.62 0.46 0.20 0.71 0.47 0.43 0.25 0.26 0.05 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.31 0.37 0.31 0.30 0.23 0.36 0.02 0.38 0.34 0.33 0.29 0.14 0.40 0.29 0.41 0.37 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00