ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43917

back

Distances from reference structure (by RMSD)

34, 33, 13, 11, 9, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.026, 0.107, 0.187, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.107 std_dev=0.080
N1 A 0, 0.040, 0.128, 0.215, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.128 std_dev=0.087
C2 A 0, 0.001, 0.113, 0.225, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.113 std_dev=0.112
N1 B 0, 0.023, 0.147, 0.271, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.147 std_dev=0.124
C6 B 0, 0.030, 0.167, 0.303, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.167 std_dev=0.136
N3 B 0, 0.021, 0.158, 0.296, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.158 std_dev=0.137
N3 A 0, 0.024, 0.170, 0.317, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.170 std_dev=0.146
N9 B 0, 0.022, 0.169, 0.316, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.169 std_dev=0.147
C5 B 0, 0.005, 0.168, 0.331, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.168 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.042, 0.207, 0.371, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.207 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.010, 0.182, 0.354, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.182 std_dev=0.172
C1' A 0, 0.066, 0.245, 0.425, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.245 std_dev=0.180
C6 A 0, 0.046, 0.228, 0.410, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.228 std_dev=0.182
N6 B 0, 0.059, 0.244, 0.428, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.244 std_dev=0.184
C4 A 0, 0.045, 0.241, 0.438, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.241 std_dev=0.196
N4 A 0, 0.046, 0.262, 0.479, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.262 std_dev=0.217
O4' A 0, 0.073, 0.313, 0.554, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.313 std_dev=0.240
C5 A 0, 0.040, 0.284, 0.529, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.284 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.066, 0.315, 0.564, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.315 std_dev=0.249
O2 A 0, -0.008, 0.247, 0.501, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.247 std_dev=0.255
C2' A 0, 0.036, 0.294, 0.552, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.294 std_dev=0.258
C8 B 0, -0.028, 0.259, 0.545, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.259 std_dev=0.286
C3' A 0, 0.001, 0.305, 0.609, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.305 std_dev=0.304
N7 B 0, -0.036, 0.275, 0.585, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.275 std_dev=0.310
C4' A 0, 0.008, 0.326, 0.644, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.326 std_dev=0.318
O2' A 0, 0.070, 0.433, 0.796, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.433 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.063, 0.445, 0.826, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.445 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.001, 0.400, 0.798, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.400 std_dev=0.399
O3' A 0, -0.029, 0.378, 0.784, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.378 std_dev=0.406
C2' B 0, -0.070, 0.339, 0.748, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.339 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.015, 0.425, 0.834, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.425 std_dev=0.409
P B 0, 0.042, 0.466, 0.890, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.466 std_dev=0.424
OP2 B 0, 0.127, 0.606, 1.086, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.606 std_dev=0.479
C3' B 0, -0.053, 0.430, 0.913, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.430 std_dev=0.483
C5' B 0, 0.048, 0.539, 1.030, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.539 std_dev=0.491
OP1 B 0, 0.107, 0.641, 1.175, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.641 std_dev=0.534
O2' B 0, -0.090, 0.587, 1.263, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.587 std_dev=0.676
O5' A 0, -0.155, 0.559, 1.273, 3.722 max_d=3.722 avg_d=0.559 std_dev=0.714
O3' B 0, -0.130, 0.670, 1.470, 2.772 max_d=2.772 avg_d=0.670 std_dev=0.800
OP1 A 0, -0.209, 0.854, 1.918, 5.538 max_d=5.538 avg_d=0.854 std_dev=1.064
P A 0, -0.279, 0.792, 1.862, 5.400 max_d=5.400 avg_d=0.792 std_dev=1.071
OP2 A 0, -0.469, 1.038, 2.544, 7.693 max_d=7.693 avg_d=1.038 std_dev=1.506

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.14 0.14 0.25 0.14
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.05 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.05 0.22 0.19 0.36 0.24
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.08 0.04 0.17 0.01 0.02 0.01 0.15 0.17 0.31 0.13
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.10 0.08 0.14 0.02 0.01 0.02 0.21 0.24 0.32 0.18
C4 0.04 0.05 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.10 0.04 0.35 0.34 0.69 0.47
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.26 0.10
C5 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.15 0.04 0.39 0.38 0.78 0.54
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.12 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.20 0.12 0.02
C6 0.02 0.02 0.09 0.12 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.14 0.05 0.36 0.30 0.62 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.25 0.20 0.38 0.27
N3 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.06 0.03 0.11 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.11 0.05 0.27 0.25 0.50 0.34
N4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.03 0.27 0.23 0.58 0.37
O2 0.05 0.01 0.17 0.14 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.17 0.07 0.18 0.15 0.27 0.16
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.03 0.09 0.06 0.19 0.00 0.05 0.05 0.08 0.16 0.39 0.16
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.15 0.03 0.14 0.05 0.11 0.09 0.17 0.05 0.00 0.02 0.24 0.32 0.37 0.25
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.17 0.21 0.25 0.19
O5' 0.14 0.22 0.15 0.21 0.35 0.02 0.39 0.01 0.36 0.25 0.27 0.27 0.18 0.08 0.24 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.19 0.17 0.24 0.34 0.14 0.38 0.20 0.30 0.20 0.25 0.23 0.15 0.16 0.32 0.21 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.36 0.31 0.32 0.69 0.26 0.78 0.12 0.62 0.38 0.50 0.58 0.27 0.39 0.37 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.13 0.18 0.47 0.10 0.54 0.02 0.44 0.27 0.34 0.37 0.16 0.16 0.25 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.36 0.17 0.21 0.18 0.25 0.21 0.26 0.27 0.24 0.21 0.28 0.29 0.22 0.27 0.24 0.24 0.06 0.14 0.21 0.06
C2 0.23 0.16 0.42 0.20 0.16 0.24 0.17 0.24 0.19 0.19 0.17 0.16 0.19 0.20 0.18 0.38 0.30 0.26 0.14 0.27 0.26 0.11
C2' 0.20 0.19 0.36 0.15 0.18 0.14 0.21 0.16 0.23 0.23 0.21 0.18 0.24 0.25 0.19 0.29 0.28 0.22 0.07 0.21 0.23 0.10
C3' 0.25 0.25 0.39 0.18 0.25 0.18 0.28 0.20 0.28 0.29 0.27 0.24 0.30 0.31 0.25 0.29 0.23 0.25 0.08 0.06 0.11 0.02
C4 0.39 0.26 0.61 0.41 0.27 0.41 0.24 0.38 0.24 0.27 0.24 0.29 0.22 0.24 0.30 0.58 0.41 0.37 0.23 0.30 0.26 0.14
C4' 0.29 0.29 0.37 0.23 0.30 0.23 0.34 0.28 0.34 0.36 0.32 0.28 0.36 0.39 0.30 0.27 0.23 0.27 0.12 0.15 0.08 0.06
C5 0.48 0.38 0.69 0.52 0.39 0.50 0.36 0.46 0.35 0.38 0.36 0.40 0.33 0.36 0.41 0.64 0.46 0.45 0.30 0.31 0.25 0.19
C5' 0.41 0.41 0.46 0.39 0.42 0.37 0.44 0.40 0.44 0.46 0.43 0.41 0.41 0.47 0.42 0.39 0.36 0.39 0.21 0.31 0.09 0.14
C6 0.42 0.35 0.61 0.44 0.35 0.43 0.34 0.41 0.34 0.37 0.34 0.36 0.33 0.35 0.37 0.54 0.40 0.40 0.25 0.26 0.24 0.17
N1 0.28 0.22 0.46 0.25 0.22 0.27 0.23 0.27 0.24 0.25 0.22 0.22 0.24 0.25 0.24 0.39 0.29 0.28 0.13 0.21 0.22 0.07
N3 0.29 0.17 0.51 0.29 0.18 0.32 0.17 0.31 0.18 0.20 0.17 0.19 0.17 0.18 0.21 0.49 0.34 0.31 0.19 0.32 0.26 0.14
N4 0.29 0.26 0.43 0.34 0.25 0.30 0.23 0.28 0.23 0.24 0.24 0.27 0.21 0.23 0.26 0.41 0.37 0.26 0.19 0.27 0.13 0.14
O2 0.20 0.23 0.32 0.18 0.21 0.19 0.24 0.19 0.27 0.24 0.25 0.21 0.25 0.27 0.21 0.29 0.34 0.26 0.19 0.30 0.33 0.18
O2' 0.24 0.26 0.35 0.23 0.25 0.17 0.28 0.19 0.29 0.30 0.27 0.25 0.28 0.33 0.26 0.29 0.32 0.25 0.14 0.26 0.33 0.18
O3' 0.22 0.25 0.36 0.14 0.24 0.13 0.29 0.15 0.30 0.29 0.28 0.23 0.33 0.32 0.23 0.26 0.25 0.22 0.02 0.03 0.02 0.01
O4' 0.28 0.27 0.37 0.23 0.27 0.24 0.31 0.27 0.32 0.34 0.30 0.27 0.35 0.37 0.28 0.28 0.25 0.27 0.10 0.11 0.14 0.03
O5' 0.61 0.61 0.73 0.68 0.60 0.62 0.60 0.65 0.60 0.59 0.62 0.61 0.56 0.60 0.59 0.58 0.61 0.56 0.40 0.55 0.28 0.35
OP1 0.89 0.92 0.99 1.05 0.88 0.92 0.86 0.85 0.88 0.83 0.92 0.91 0.71 0.83 0.86 0.84 1.03 0.81 0.61 0.66 0.39 0.46
OP2 0.90 1.02 0.98 0.93 0.96 0.82 0.96 0.74 1.00 0.88 1.04 0.99 0.68 0.92 0.91 0.89 0.89 0.80 0.56 0.68 0.40 0.46
P 0.83 0.90 0.90 0.87 0.86 0.78 0.85 0.70 0.87 0.80 0.90 0.88 0.66 0.82 0.83 0.78 0.81 0.74 0.48 0.55 0.27 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.24 0.01 0.23 0.24 0.36 0.24
C2 0.05 0.00 0.24 0.23 0.01 0.06 0.02 0.15 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.28 0.13 0.30 0.31 0.48 0.32
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.19 0.10 0.13 0.19 0.24 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.43 0.49 0.55 0.47
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.03 0.27 0.26 0.27 0.20 0.28 0.29 0.18 0.02 0.01 0.02 0.16 0.25 0.11 0.13
C4 0.02 0.01 0.13 0.21 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.15 0.08 0.28 0.29 0.43 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.07 0.06 0.08 0.11 0.06 0.25 0.02 0.01 0.02 0.12 0.16 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.26 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.13 0.05 0.31 0.34 0.47 0.34
C5' 0.09 0.15 0.19 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.18 0.15 0.17 0.13 0.20 0.18 0.11 0.08 0.19 0.02 0.01 0.17 0.18 0.02
C6 0.03 0.04 0.10 0.27 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.16 0.08 0.33 0.37 0.51 0.37
C8 0.02 0.02 0.13 0.26 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.29 0.16 0.08 0.29 0.30 0.40 0.30
N1 0.04 0.01 0.19 0.27 0.02 0.07 0.02 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.23 0.11 0.32 0.36 0.51 0.36
N3 0.05 0.01 0.24 0.20 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.29 0.13 0.27 0.28 0.44 0.29
N6 0.03 0.02 0.07 0.28 0.02 0.08 0.02 0.20 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.28 0.14 0.07 0.31 0.40 0.50 0.38
N7 0.02 0.02 0.08 0.29 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.31 0.18 0.05 0.31 0.35 0.45 0.34
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.08 0.02 0.26 0.27 0.39 0.27
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.15 0.25 0.23 0.08 0.23 0.29 0.18 0.16 0.28 0.31 0.16 0.00 0.05 0.18 0.31 0.39 0.61 0.40
O3' 0.24 0.28 0.02 0.01 0.15 0.02 0.13 0.19 0.16 0.16 0.23 0.29 0.14 0.18 0.08 0.05 0.00 0.18 0.27 0.40 0.33 0.30
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.08 0.11 0.13 0.07 0.05 0.02 0.18 0.18 0.00 0.12 0.14 0.27 0.16
O5' 0.23 0.30 0.43 0.16 0.28 0.02 0.31 0.01 0.33 0.29 0.32 0.27 0.31 0.31 0.26 0.31 0.27 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.31 0.49 0.25 0.29 0.12 0.34 0.17 0.37 0.30 0.36 0.28 0.40 0.35 0.27 0.39 0.40 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.48 0.55 0.11 0.43 0.16 0.47 0.18 0.51 0.40 0.51 0.44 0.50 0.45 0.39 0.61 0.33 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.32 0.47 0.13 0.30 0.04 0.34 0.02 0.37 0.30 0.36 0.29 0.38 0.34 0.27 0.40 0.30 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00