ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43920

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 60, 26, 30, 11, 38, 43, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.085, 0.188, 0.290, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.188 std_dev=0.102
N1 B 0, 0.083, 0.186, 0.289, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.186 std_dev=0.103
C1' B 0, 0.122, 0.241, 0.360, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.241 std_dev=0.119
N9 A 0, 0.055, 0.220, 0.385, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.220 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.169, 0.335, 0.501, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.335 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.155, 0.328, 0.501, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.328 std_dev=0.173
C4 B 0, 0.118, 0.298, 0.478, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.298 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.148, 0.330, 0.512, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.330 std_dev=0.182
N3 A 0, 0.139, 0.331, 0.522, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.331 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.181, 0.393, 0.604, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.393 std_dev=0.211
C2 A 0, 0.140, 0.352, 0.565, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.352 std_dev=0.212
O4 B 0, 0.123, 0.362, 0.600, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.362 std_dev=0.238
C1' A 0, 0.088, 0.364, 0.639, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.364 std_dev=0.275
N1 A 0, 0.120, 0.415, 0.711, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.415 std_dev=0.296
O2 B 0, 0.248, 0.556, 0.864, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.556 std_dev=0.308
O4' A 0, 0.095, 0.465, 0.835, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.465 std_dev=0.370
C5 A 0, 0.112, 0.498, 0.884, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.498 std_dev=0.386
N2 A 0, 0.160, 0.563, 0.966, 2.842 max_d=2.842 avg_d=0.563 std_dev=0.403
C4' A 0, 0.060, 0.505, 0.951, 4.033 max_d=4.033 avg_d=0.505 std_dev=0.445
C8 A 0, 0.071, 0.520, 0.970, 2.661 max_d=2.661 avg_d=0.520 std_dev=0.449
C2' A 0, 0.129, 0.584, 1.040, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.584 std_dev=0.455
C6 A 0, 0.167, 0.626, 1.086, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.626 std_dev=0.459
C3' A 0, 0.089, 0.580, 1.071, 3.343 max_d=3.343 avg_d=0.580 std_dev=0.491
O4' B 0, 0.096, 0.587, 1.078, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.587 std_dev=0.491
C5' A 0, 0.017, 0.516, 1.015, 6.104 max_d=6.104 avg_d=0.516 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.146, 0.683, 1.220, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.683 std_dev=0.537
N7 A 0, 0.124, 0.726, 1.328, 3.019 max_d=3.019 avg_d=0.726 std_dev=0.602
O5' A 0, -0.069, 0.547, 1.164, 7.610 max_d=7.610 avg_d=0.547 std_dev=0.616
O6 A 0, 0.242, 0.928, 1.613, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.928 std_dev=0.685
O2' A 0, 0.163, 0.872, 1.582, 2.569 max_d=2.569 avg_d=0.872 std_dev=0.710
O3' A 0, 0.150, 0.885, 1.621, 4.162 max_d=4.162 avg_d=0.885 std_dev=0.735
C3' B 0, 0.148, 0.900, 1.651, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.900 std_dev=0.751
C4' B 0, 0.090, 0.892, 1.694, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.892 std_dev=0.802
P A 0, 0.006, 0.864, 1.722, 10.359 max_d=10.359 avg_d=0.864 std_dev=0.858
O2' B 0, 0.192, 1.071, 1.949, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.071 std_dev=0.879
O5' B 0, 0.145, 1.073, 2.000, 3.840 max_d=3.840 avg_d=1.073 std_dev=0.927
P B 0, 0.114, 1.098, 2.083, 4.952 max_d=4.952 avg_d=1.098 std_dev=0.984
OP1 A 0, -0.047, 0.950, 1.947, 12.416 max_d=12.416 avg_d=0.950 std_dev=0.997
C5' B 0, 0.155, 1.215, 2.275, 2.891 max_d=2.891 avg_d=1.215 std_dev=1.060
OP2 B 0, 0.080, 1.146, 2.213, 7.654 max_d=7.654 avg_d=1.146 std_dev=1.066
OP2 A 0, 0.093, 1.182, 2.272, 11.052 max_d=11.052 avg_d=1.182 std_dev=1.089
O3' B 0, 0.224, 1.346, 2.468, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.346 std_dev=1.122
OP1 B 0, 0.147, 1.455, 2.764, 6.698 max_d=6.698 avg_d=1.455 std_dev=1.308

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.02 0.10 0.26 0.15
C2 0.03 0.00 0.18 0.15 0.01 0.13 0.02 0.21 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.20 0.16 0.30 0.01 0.37 0.44 0.36
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.04 0.10 0.09 0.15 0.20 0.17 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.13 0.15 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.14 0.15 0.15 0.17 0.14 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.13 0.13 0.19 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.11 0.08 0.24 0.01 0.25 0.41 0.29
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.14 0.10 0.18 0.12 0.12 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.07 0.11 0.15 0.05
C5 0.01 0.02 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.04 0.31 0.01 0.35 0.53 0.39
C5' 0.03 0.21 0.04 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.22 0.18 0.28 0.19 0.22 0.10 0.06 0.05 0.02 0.01 0.17 0.13 0.12 0.02
C6 0.02 0.04 0.10 0.14 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.07 0.32 0.00 0.38 0.55 0.40
C8 0.01 0.02 0.09 0.15 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.15 0.09 0.39 0.02 0.40 0.55 0.45
N1 0.04 0.01 0.15 0.15 0.02 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.19 0.12 0.31 0.01 0.37 0.49 0.37
N2 0.04 0.00 0.20 0.17 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.20 0.36 0.02 0.48 0.43 0.43
N3 0.03 0.01 0.17 0.14 0.00 0.12 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.16 0.26 0.01 0.30 0.39 0.30
N7 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.06 0.40 0.02 0.46 0.64 0.50
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.23 0.01 0.22 0.38 0.27
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.10 0.08 0.09 0.06 0.12 0.12 0.17 0.25 0.19 0.10 0.05 0.00 0.05 0.07 0.08 0.11 0.15 0.15 0.07
O3' 0.05 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.05 0.15 0.15 0.19 0.24 0.18 0.15 0.07 0.05 0.00 0.04 0.16 0.15 0.30 0.21 0.17
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.20 0.16 0.06 0.01 0.07 0.04 0.00 0.09 0.06 0.12 0.27 0.17
O5' 0.10 0.30 0.09 0.13 0.24 0.02 0.31 0.01 0.32 0.39 0.31 0.36 0.26 0.40 0.23 0.08 0.16 0.09 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.15 0.06 0.32 0.00 0.39 0.53 0.40
OP1 0.10 0.37 0.13 0.19 0.25 0.11 0.35 0.13 0.38 0.40 0.37 0.48 0.30 0.46 0.22 0.15 0.30 0.12 0.02 0.39 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.44 0.15 0.14 0.41 0.15 0.53 0.12 0.55 0.55 0.49 0.43 0.39 0.64 0.38 0.15 0.21 0.27 0.02 0.53 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.36 0.06 0.09 0.29 0.05 0.39 0.02 0.40 0.45 0.37 0.43 0.30 0.50 0.27 0.07 0.17 0.17 0.01 0.40 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.48 0.26 0.30 0.46 0.28 0.36 0.32 0.32 0.38 0.51 0.53 0.26 0.31 0.47 0.40 0.35 0.31 0.44 0.37
C2 0.43 0.33 0.50 0.34 0.30 0.50 0.44 0.62 0.47 0.39 0.32 0.35 0.64 0.44 0.29 0.51 0.59 0.43 0.73 0.52
C2' 0.32 0.46 0.28 0.26 0.49 0.24 0.42 0.32 0.36 0.38 0.50 0.47 0.27 0.28 0.52 0.37 0.37 0.30 0.45 0.37
C3' 0.28 0.38 0.46 0.21 0.44 0.27 0.39 0.31 0.33 0.33 0.42 0.38 0.42 0.32 0.48 0.38 0.34 0.42 0.43 0.44
C4 0.31 0.33 0.54 0.25 0.38 0.29 0.37 0.42 0.35 0.31 0.38 0.35 0.65 0.28 0.40 0.27 0.44 0.32 0.57 0.40
C4' 0.41 0.48 0.33 0.28 0.47 0.40 0.40 0.38 0.37 0.42 0.49 0.51 0.32 0.41 0.47 0.56 0.35 0.49 0.45 0.47
C5 0.57 0.61 0.84 0.42 0.67 0.40 0.67 0.42 0.63 0.60 0.64 0.60 1.05 0.46 0.64 0.42 0.43 0.30 0.54 0.36
C5' 0.33 0.41 0.46 0.24 0.45 0.37 0.39 0.38 0.34 0.35 0.45 0.43 0.41 0.40 0.46 0.51 0.34 0.57 0.53 0.50
C6 0.72 0.77 0.93 0.47 0.83 0.51 0.81 0.51 0.76 0.75 0.80 0.76 1.21 0.56 0.83 0.58 0.49 0.33 0.59 0.40
C8 0.47 0.54 0.80 0.48 0.60 0.34 0.58 0.32 0.53 0.51 0.58 0.53 0.89 0.50 0.54 0.34 0.37 0.31 0.46 0.34
N1 0.62 0.61 0.73 0.39 0.66 0.54 0.70 0.59 0.67 0.63 0.62 0.60 0.99 0.52 0.66 0.60 0.56 0.39 0.69 0.47
N2 0.48 0.40 0.47 0.40 0.34 0.58 0.44 0.68 0.48 0.44 0.39 0.44 0.57 0.55 0.33 0.61 0.62 0.44 0.76 0.51
N3 0.29 0.27 0.38 0.30 0.23 0.39 0.25 0.55 0.30 0.24 0.31 0.33 0.46 0.32 0.33 0.36 0.54 0.41 0.68 0.49
N7 0.64 0.70 0.99 0.57 0.75 0.43 0.73 0.38 0.69 0.68 0.73 0.69 1.17 0.59 0.69 0.43 0.41 0.31 0.48 0.34
N9 0.26 0.37 0.50 0.27 0.43 0.21 0.36 0.31 0.30 0.29 0.43 0.39 0.55 0.28 0.43 0.23 0.35 0.29 0.47 0.35
O2' 0.70 0.76 0.41 0.52 0.67 0.46 0.63 0.41 0.69 0.73 0.74 0.79 0.57 0.48 0.65 0.68 0.43 0.32 0.45 0.37
O3' 0.36 0.43 0.48 0.31 0.49 0.38 0.48 0.39 0.43 0.40 0.46 0.41 0.41 0.45 0.54 0.47 0.38 0.52 0.43 0.52
O4' 0.43 0.52 0.29 0.30 0.48 0.36 0.39 0.34 0.36 0.43 0.53 0.57 0.30 0.36 0.45 0.53 0.33 0.39 0.42 0.41
O5' 0.32 0.40 0.70 0.22 0.48 0.25 0.43 0.29 0.36 0.35 0.46 0.40 0.73 0.27 0.46 0.36 0.31 0.47 0.51 0.42
O6 0.90 0.98 1.13 0.60 1.02 0.61 0.97 0.54 0.92 0.94 1.00 0.98 1.49 0.70 1.03 0.70 0.51 0.32 0.55 0.35
OP1 0.47 0.51 0.92 0.44 0.54 0.37 0.48 0.40 0.44 0.47 0.54 0.52 0.98 0.40 0.46 0.44 0.42 0.63 0.67 0.53
OP2 0.53 0.56 1.06 0.52 0.58 0.33 0.53 0.32 0.51 0.53 0.58 0.57 1.23 0.49 0.58 0.32 0.43 0.49 0.64 0.45
P 0.36 0.44 0.84 0.33 0.51 0.24 0.45 0.28 0.38 0.39 0.49 0.44 0.91 0.32 0.50 0.33 0.33 0.50 0.58 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.38 0.02 0.01 0.25 0.32 0.37 0.24
C2 0.02 0.00 0.19 0.26 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.27 0.01 0.09 0.25 0.20 0.40 0.26
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.09 0.01 0.10 0.23 0.14 0.04 0.16 0.31 0.00 0.04 0.10 0.02 0.50 0.74 0.85 0.66
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.45 0.01 0.46 0.02 0.40 0.26 0.36 0.19 0.02 0.01 0.50 0.02 0.11 0.42 0.28 0.20
C4 0.03 0.05 0.09 0.45 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.03 0.02 0.03 0.35 0.19 0.01 0.04 0.39 0.42 0.69 0.50
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.11 0.06 0.31 0.03 0.19 0.00 0.02 0.20 0.14 0.04
C5 0.02 0.02 0.10 0.46 0.01 0.23 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.01 0.38 0.28 0.01 0.08 0.42 0.45 0.70 0.53
C5' 0.09 0.10 0.23 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.22 0.11 0.15 0.09 0.10 0.24 0.25 0.02 0.01 0.16 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.40 0.02 0.22 0.00 0.22 0.00 0.01 0.03 0.01 0.33 0.21 0.01 0.11 0.34 0.30 0.49 0.38
N1 0.01 0.01 0.04 0.26 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.22 0.15 0.02 0.02 0.25 0.20 0.37 0.25
N3 0.02 0.01 0.16 0.36 0.02 0.11 0.02 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.17 0.01 0.08 0.32 0.29 0.54 0.37
O2 0.03 0.01 0.31 0.19 0.03 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.48 0.02 0.14 0.22 0.23 0.35 0.21
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.35 0.31 0.38 0.10 0.33 0.22 0.30 0.21 0.00 0.07 0.39 0.21 0.36 0.65 0.97 0.60
O3' 0.38 0.27 0.04 0.01 0.19 0.03 0.28 0.24 0.21 0.15 0.17 0.48 0.07 0.00 0.24 0.26 0.32 0.40 0.33 0.30
O4 0.02 0.01 0.10 0.50 0.01 0.19 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.24 0.00 0.04 0.43 0.55 0.84 0.61
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.02 0.11 0.02 0.08 0.14 0.21 0.26 0.04 0.00 0.14 0.16 0.17 0.15
O5' 0.25 0.25 0.50 0.11 0.39 0.02 0.42 0.01 0.34 0.25 0.32 0.22 0.36 0.32 0.43 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.20 0.74 0.42 0.42 0.20 0.45 0.16 0.30 0.20 0.29 0.23 0.65 0.40 0.55 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.40 0.85 0.28 0.69 0.14 0.70 0.13 0.49 0.37 0.54 0.35 0.97 0.33 0.84 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.26 0.66 0.20 0.50 0.04 0.53 0.02 0.38 0.25 0.37 0.21 0.60 0.30 0.61 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00