ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43924

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 35, 12, 115, 50, 4, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.106, 0.167, 0.228, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.167 std_dev=0.061
N1 B 0, 0.059, 0.125, 0.190, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.125 std_dev=0.065
C5 A 0, 0.173, 0.271, 0.369, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.271 std_dev=0.098
N1 A 0, 0.202, 0.310, 0.419, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.310 std_dev=0.108
C6 A 0, 0.172, 0.293, 0.414, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.293 std_dev=0.121
N3 A 0, 0.082, 0.205, 0.328, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.205 std_dev=0.123
N9 A 0, 0.211, 0.338, 0.465, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.338 std_dev=0.127
C2 A 0, 0.147, 0.283, 0.419, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.283 std_dev=0.136
C1' B 0, 0.148, 0.293, 0.439, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.293 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.251, 0.409, 0.566, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.409 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.152, 0.331, 0.509, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.331 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.284, 0.470, 0.655, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.470 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.113, 0.305, 0.496, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.305 std_dev=0.192
C1' A 0, 0.208, 0.422, 0.636, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.422 std_dev=0.214
N6 A 0, 0.233, 0.448, 0.663, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.448 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.160, 0.375, 0.591, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.375 std_dev=0.215
C8 A 0, 0.273, 0.491, 0.709, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.491 std_dev=0.218
N7 A 0, 0.241, 0.471, 0.700, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.471 std_dev=0.229
N4 B 0, 0.162, 0.464, 0.766, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.464 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.167, 0.471, 0.775, 2.652 max_d=2.652 avg_d=0.471 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.308, 0.627, 0.945, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.627 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.221, 0.575, 0.929, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.575 std_dev=0.354
O4' A 0, 0.487, 0.902, 1.317, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.902 std_dev=0.415
C4' A 0, 0.685, 1.242, 1.798, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.242 std_dev=0.556
C4' B 0, 0.667, 1.299, 1.932, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.299 std_dev=0.632
O2' B 0, 0.649, 1.290, 1.931, 3.849 max_d=3.849 avg_d=1.290 std_dev=0.641
C2' A 0, 0.446, 1.117, 1.789, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.117 std_dev=0.672
C3' A 0, 0.681, 1.367, 2.053, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.367 std_dev=0.686
C5' B 0, 0.756, 1.472, 2.188, 3.782 max_d=3.782 avg_d=1.472 std_dev=0.716
O5' B 0, 0.805, 1.592, 2.378, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.592 std_dev=0.786
C3' B 0, 0.875, 1.736, 2.597, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.736 std_dev=0.861
O2' A 0, 0.469, 1.517, 2.565, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.517 std_dev=1.048
C5' A 0, 1.046, 2.128, 3.211, 4.333 max_d=4.333 avg_d=2.128 std_dev=1.082
O3' A 0, 0.670, 1.802, 2.933, 4.021 max_d=4.021 avg_d=1.802 std_dev=1.131
O5' A 0, 1.048, 2.316, 3.585, 5.074 max_d=5.074 avg_d=2.316 std_dev=1.269
P B 0, 1.419, 2.771, 4.123, 5.484 max_d=5.484 avg_d=2.771 std_dev=1.352
O3' B 0, 1.504, 2.952, 4.400, 4.576 max_d=4.576 avg_d=2.952 std_dev=1.448
P A 0, 1.325, 3.147, 4.970, 6.753 max_d=6.753 avg_d=3.147 std_dev=1.823
OP1 B 0, 2.113, 4.116, 6.120, 7.278 max_d=7.278 avg_d=4.116 std_dev=2.004
OP2 B 0, 2.106, 4.113, 6.121, 7.723 max_d=7.723 avg_d=4.113 std_dev=2.008
OP2 A 0, 2.326, 4.449, 6.572, 8.880 max_d=8.880 avg_d=4.449 std_dev=2.123
OP1 A 0, 1.837, 4.001, 6.166, 8.595 max_d=8.595 avg_d=4.001 std_dev=2.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.11 0.23 0.26 0.12
C2 0.03 0.00 0.29 0.17 0.01 0.20 0.01 0.41 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.35 0.30 0.57 0.51 1.09 0.74
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.14 0.02 0.07 0.09 0.13 0.19 0.22 0.28 0.10 0.12 0.03 0.00 0.07 0.04 0.23 0.24 0.26 0.26
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.20 0.00 0.29 0.02 0.28 0.36 0.22 0.14 0.33 0.37 0.21 0.02 0.01 0.02 0.11 0.24 0.23 0.10
C4 0.02 0.01 0.14 0.20 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.17 0.16 0.46 0.38 0.98 0.55
C4' 0.02 0.20 0.02 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.16 0.21 0.17 0.19 0.17 0.20 0.09 0.24 0.05 0.01 0.01 0.20 0.25 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.18 0.07 0.56 0.47 1.33 0.69
C5' 0.03 0.41 0.09 0.02 0.27 0.01 0.31 0.00 0.36 0.33 0.40 0.36 0.37 0.34 0.17 0.15 0.16 0.02 0.01 0.34 0.43 0.01
C6 0.02 0.02 0.13 0.28 0.01 0.16 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.19 0.14 0.63 0.54 1.48 0.80
C8 0.01 0.01 0.19 0.36 0.01 0.21 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.35 0.18 0.50 0.49 1.14 0.56
N1 0.03 0.01 0.22 0.22 0.01 0.17 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.25 0.23 0.62 0.55 1.35 0.82
N3 0.03 0.01 0.28 0.14 0.00 0.19 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.38 0.35 0.30 0.48 0.43 0.86 0.60
N6 0.02 0.01 0.10 0.33 0.01 0.17 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.24 0.10 0.67 0.59 1.69 0.87
N7 0.01 0.01 0.12 0.37 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.35 0.10 0.58 0.55 1.45 0.69
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.10 0.01 0.34 0.32 0.77 0.37
O2' 0.02 0.41 0.00 0.02 0.27 0.24 0.32 0.15 0.36 0.36 0.38 0.38 0.39 0.38 0.20 0.00 0.18 0.17 0.14 0.17 0.20 0.19
O3' 0.21 0.35 0.07 0.01 0.17 0.05 0.18 0.16 0.19 0.35 0.25 0.35 0.24 0.35 0.10 0.18 0.00 0.12 0.29 0.71 0.34 0.33
O4' 0.01 0.30 0.04 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.14 0.18 0.23 0.30 0.10 0.10 0.01 0.17 0.12 0.00 0.12 0.25 0.25 0.12
O5' 0.11 0.57 0.23 0.11 0.46 0.01 0.56 0.01 0.63 0.50 0.62 0.48 0.67 0.58 0.34 0.14 0.29 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.51 0.24 0.24 0.38 0.20 0.47 0.34 0.54 0.49 0.55 0.43 0.59 0.55 0.32 0.17 0.71 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 1.09 0.26 0.23 0.98 0.25 1.33 0.43 1.48 1.14 1.35 0.86 1.69 1.45 0.77 0.20 0.34 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.74 0.26 0.10 0.55 0.02 0.69 0.01 0.80 0.56 0.82 0.60 0.87 0.69 0.37 0.19 0.33 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.20 0.46 0.61 0.34 0.45 0.39 0.41 0.30 0.21 0.26 0.48 0.20 0.57 1.12 0.34 0.23 0.72 0.42 0.23
C2 0.24 0.25 0.43 0.46 0.39 0.30 0.44 0.32 0.36 0.27 0.32 0.50 0.22 0.50 0.92 0.29 0.36 0.91 0.36 0.37
C2' 0.50 0.37 0.53 0.73 0.35 0.71 0.40 0.67 0.41 0.41 0.35 0.37 0.39 0.65 1.19 0.63 0.39 0.79 0.43 0.35
C3' 0.36 0.45 0.45 0.31 0.57 0.29 0.60 0.33 0.54 0.45 0.52 0.65 0.39 0.31 0.57 0.41 0.37 0.44 0.61 0.36
C4 0.16 0.20 0.37 0.42 0.37 0.24 0.41 0.25 0.32 0.21 0.27 0.51 0.15 0.45 0.86 0.23 0.27 0.87 0.42 0.28
C4' 0.45 0.55 0.62 0.36 0.67 0.24 0.69 0.25 0.61 0.54 0.61 0.83 0.52 0.49 0.65 0.40 0.32 0.62 0.50 0.23
C5 0.17 0.25 0.34 0.37 0.42 0.18 0.45 0.26 0.36 0.25 0.32 0.54 0.21 0.40 0.69 0.21 0.34 0.99 0.53 0.36
C5' 0.98 1.05 1.00 0.60 1.12 0.73 1.14 0.67 1.10 1.04 1.09 1.31 1.02 0.85 0.54 0.95 0.65 0.54 0.68 0.22
C6 0.17 0.25 0.34 0.36 0.42 0.17 0.44 0.27 0.36 0.26 0.32 0.54 0.20 0.38 0.66 0.21 0.35 1.04 0.50 0.38
C8 0.21 0.30 0.37 0.43 0.47 0.27 0.49 0.33 0.39 0.29 0.37 0.56 0.27 0.44 0.73 0.24 0.39 0.95 0.70 0.42
N1 0.19 0.23 0.38 0.40 0.39 0.21 0.43 0.27 0.35 0.24 0.30 0.52 0.18 0.43 0.77 0.23 0.35 0.99 0.41 0.37
N3 0.25 0.25 0.44 0.50 0.38 0.34 0.44 0.34 0.36 0.26 0.31 0.49 0.22 0.52 0.99 0.31 0.34 0.84 0.35 0.33
N6 0.23 0.32 0.31 0.34 0.47 0.20 0.48 0.33 0.41 0.32 0.38 0.57 0.28 0.33 0.53 0.26 0.40 1.13 0.58 0.43
N7 0.26 0.35 0.36 0.40 0.51 0.26 0.52 0.36 0.43 0.34 0.41 0.58 0.33 0.41 0.62 0.28 0.43 1.04 0.71 0.45
N9 0.15 0.18 0.37 0.46 0.37 0.28 0.41 0.27 0.31 0.19 0.26 0.51 0.14 0.47 0.90 0.22 0.25 0.82 0.49 0.26
O2' 0.91 0.68 0.96 1.25 0.43 1.22 0.42 1.12 0.56 0.71 0.56 0.39 0.78 1.12 1.81 1.02 0.65 1.01 0.29 0.45
O3' 0.34 0.43 0.56 0.33 0.52 0.31 0.54 0.39 0.48 0.41 0.47 0.63 0.41 0.45 0.50 0.33 0.41 0.26 0.50 0.47
O4' 0.35 0.45 0.52 0.44 0.63 0.24 0.66 0.25 0.56 0.44 0.54 0.82 0.40 0.44 0.86 0.36 0.25 0.71 0.48 0.19
O5' 1.11 1.16 1.07 0.75 1.19 0.93 1.19 0.87 1.17 1.15 1.19 1.35 1.14 0.89 0.59 1.12 0.78 0.54 0.92 0.33
OP1 1.88 1.85 1.85 1.58 1.69 1.73 1.69 1.51 1.80 1.86 1.77 1.75 1.88 1.69 1.58 1.90 1.31 0.93 0.87 0.70
OP2 1.64 1.72 1.54 1.34 1.83 1.52 1.76 1.35 1.67 1.67 1.81 1.73 1.71 1.38 1.29 1.64 1.02 0.64 1.25 0.52
P 1.54 1.58 1.41 1.11 1.56 1.34 1.53 1.17 1.53 1.56 1.60 1.76 1.59 1.28 1.01 1.56 0.91 0.62 1.05 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.30 0.00 0.14 0.28 0.53 0.24
C2 0.02 0.00 0.10 0.20 0.06 0.08 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.17 0.06 0.15 0.62 0.46 0.31
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.16 0.09 0.02 0.08 0.06 0.16 0.00 0.03 0.01 0.35 0.51 0.89 0.56
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.35 0.01 0.39 0.03 0.34 0.21 0.28 0.44 0.13 0.02 0.01 0.02 0.14 0.44 0.46 0.22
C4 0.04 0.06 0.07 0.35 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.31 0.14 0.04 0.27 1.18 0.58 0.57
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.11 0.16 0.07 0.28 0.02 0.00 0.02 0.35 0.38 0.08
C5 0.01 0.02 0.08 0.39 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.22 0.05 0.33 1.28 0.76 0.68
C5' 0.05 0.09 0.16 0.03 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.07 0.13 0.19 0.10 0.12 0.22 0.01 0.01 0.39 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.34 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.19 0.17 0.07 0.27 0.95 0.66 0.55
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.18 0.10 0.01 0.15 0.58 0.48 0.32
N3 0.02 0.01 0.08 0.28 0.02 0.11 0.02 0.13 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.33 0.09 0.05 0.20 0.90 0.45 0.42
N4 0.02 0.01 0.06 0.44 0.00 0.16 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.20 0.03 0.31 1.52 0.60 0.70
O2 0.03 0.01 0.16 0.13 0.04 0.07 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.37 0.36 0.10 0.15 0.42 0.55 0.28
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.31 0.28 0.25 0.12 0.19 0.18 0.33 0.35 0.37 0.00 0.06 0.20 0.23 0.56 1.01 0.54
O3' 0.30 0.17 0.03 0.01 0.14 0.02 0.22 0.22 0.17 0.10 0.09 0.20 0.36 0.06 0.00 0.20 0.32 0.64 0.30 0.26
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.10 0.20 0.20 0.00 0.10 0.23 0.62 0.24
O5' 0.14 0.15 0.35 0.14 0.27 0.02 0.33 0.01 0.27 0.15 0.20 0.31 0.15 0.23 0.32 0.10 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.28 0.62 0.51 0.44 1.18 0.35 1.28 0.39 0.95 0.58 0.90 1.52 0.42 0.56 0.64 0.23 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.46 0.89 0.46 0.58 0.38 0.76 0.33 0.66 0.48 0.45 0.60 0.55 1.01 0.30 0.62 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.31 0.56 0.22 0.57 0.08 0.68 0.01 0.55 0.32 0.42 0.70 0.28 0.54 0.26 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00