ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43928

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 8, 12, 3, 1, 1, 0, 3, 14, 29, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.031, 0.159, 0.287, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.159 std_dev=0.128
N9 A 0, 0.037, 0.183, 0.330, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.183 std_dev=0.146
C4 A 0, 0.020, 0.193, 0.366, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.193 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.035, 0.224, 0.413, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.224 std_dev=0.189
N3 A 0, 0.029, 0.230, 0.432, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.230 std_dev=0.201
N2 A 0, 0.060, 0.285, 0.509, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.285 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.037, 0.309, 0.581, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.309 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.001, 0.289, 0.576, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.289 std_dev=0.287
O4' A 0, 0.038, 0.355, 0.672, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.355 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.058, 0.393, 0.729, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.393 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.077, 0.422, 0.767, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.422 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.055, 0.411, 0.766, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.411 std_dev=0.355
O2 B 0, 0.062, 0.420, 0.779, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.420 std_dev=0.358
C1' A 0, 0.025, 0.390, 0.756, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.390 std_dev=0.365
C5' A 0, 0.060, 0.455, 0.850, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.455 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.050, 0.455, 0.861, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.455 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.036, 0.473, 0.910, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.473 std_dev=0.437
C8 A 0, 0.008, 0.447, 0.886, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.447 std_dev=0.439
N1 A 0, 0.032, 0.502, 0.973, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.502 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.038, 0.546, 1.054, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.546 std_dev=0.508
C4' A 0, 0.011, 0.543, 1.076, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.543 std_dev=0.533
C1' B 0, 0.003, 0.543, 1.083, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.543 std_dev=0.540
O4 B 0, 0.079, 0.629, 1.179, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.629 std_dev=0.550
C5 A 0, -0.009, 0.568, 1.146, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.568 std_dev=0.577
C3' B 0, 0.021, 0.690, 1.358, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.690 std_dev=0.669
O3' B 0, 0.053, 0.723, 1.394, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.723 std_dev=0.671
C2' A 0, -0.003, 0.703, 1.409, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.703 std_dev=0.706
C3' A 0, -0.011, 0.718, 1.447, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.718 std_dev=0.729
N7 A 0, -0.019, 0.734, 1.488, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.734 std_dev=0.754
C6 A 0, -0.001, 0.772, 1.545, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.772 std_dev=0.773
C2' B 0, 0.027, 0.809, 1.591, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.809 std_dev=0.782
O5' A 0, 0.003, 0.840, 1.677, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.840 std_dev=0.837
O2' B 0, 0.131, 1.019, 1.907, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.019 std_dev=0.888
O5' B 0, 0.000, 0.902, 1.803, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.902 std_dev=0.901
O2' A 0, 0.006, 0.961, 1.915, 2.847 max_d=2.847 avg_d=0.961 std_dev=0.955
O3' A 0, -0.015, 0.994, 2.003, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.994 std_dev=1.009
O6 A 0, -0.015, 1.139, 2.293, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.139 std_dev=1.154
P B 0, -0.037, 1.164, 2.366, 3.846 max_d=3.846 avg_d=1.164 std_dev=1.202
P A 0, -0.043, 1.178, 2.398, 3.929 max_d=3.929 avg_d=1.178 std_dev=1.220
OP1 A 0, -0.028, 1.261, 2.551, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.261 std_dev=1.289
OP2 B 0, -0.045, 1.326, 2.696, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.326 std_dev=1.370
OP1 B 0, -0.070, 1.634, 3.338, 5.514 max_d=5.514 avg_d=1.634 std_dev=1.704
OP2 A 0, -0.221, 2.285, 4.792, 6.590 max_d=6.590 avg_d=2.285 std_dev=2.507

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.03 0.37 0.18 0.12
C2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.10 0.04 0.44 0.02 0.42 0.67 0.37
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.30 0.08 0.18 0.41 0.24
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.11 0.13 0.09 0.09 0.07 0.14 0.07 0.02 0.01 0.01 0.43 0.14 0.21 0.58 0.36
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.48 0.02 0.43 0.68 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.14 0.08 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.63 0.02 0.44 0.98 0.55
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.06 0.05 0.12 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.09 0.05 0.02
C6 0.02 0.03 0.07 0.11 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.15 0.03 0.65 0.01 0.44 1.07 0.59
C8 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.03 0.64 0.03 0.45 0.88 0.52
N1 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04 0.56 0.02 0.43 0.90 0.49
N2 0.05 0.01 0.10 0.09 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.13 0.06 0.38 0.03 0.42 0.59 0.33
N3 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.09 0.04 0.37 0.03 0.42 0.53 0.30
N7 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.18 0.03 0.72 0.03 0.46 1.14 0.64
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.44 0.03 0.42 0.56 0.33
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.16 0.13 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.08 0.17 0.16 0.10
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.14 0.04 0.15 0.16 0.12 0.13 0.09 0.18 0.07 0.04 0.00 0.02 0.37 0.19 0.44 0.62 0.38
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.03 0.42 0.20 0.14
O5' 0.18 0.44 0.30 0.43 0.48 0.02 0.63 0.01 0.65 0.64 0.56 0.38 0.37 0.72 0.44 0.09 0.37 0.09 0.00 0.74 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.14 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.19 0.03 0.74 0.00 0.43 1.27 0.69
OP1 0.37 0.42 0.18 0.21 0.43 0.14 0.44 0.09 0.44 0.45 0.43 0.42 0.42 0.46 0.42 0.17 0.44 0.42 0.03 0.43 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.67 0.41 0.58 0.68 0.08 0.98 0.05 1.07 0.88 0.90 0.59 0.53 1.14 0.56 0.16 0.62 0.20 0.02 1.27 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.37 0.24 0.36 0.39 0.04 0.55 0.02 0.59 0.52 0.49 0.33 0.30 0.64 0.33 0.10 0.38 0.14 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.18 0.19 0.18 0.39 0.16 0.47 0.23 0.34 0.17 0.25 0.22 0.17 0.22 0.50 0.17 0.28 0.06 0.22 0.06
C2 0.44 0.28 0.55 0.43 0.19 0.36 0.18 0.19 0.31 0.34 0.20 0.30 0.51 0.39 0.32 0.50 0.44 0.16 0.51 0.13
C2' 0.15 0.20 0.23 0.29 0.47 0.26 0.62 0.39 0.53 0.26 0.28 0.19 0.32 0.36 0.56 0.13 0.22 0.07 0.32 0.09
C3' 0.13 0.15 0.18 0.16 0.40 0.11 0.54 0.16 0.40 0.15 0.20 0.26 0.17 0.23 0.51 0.18 0.23 0.09 0.10 0.04
C4 0.57 0.34 0.72 0.63 0.22 0.52 0.19 0.34 0.29 0.41 0.21 0.42 0.62 0.58 0.35 0.64 0.53 0.10 0.34 0.10
C4' 0.10 0.16 0.16 0.16 0.41 0.13 0.52 0.18 0.41 0.19 0.24 0.20 0.23 0.22 0.52 0.10 0.16 0.17 0.16 0.07
C5 1.01 0.64 1.24 1.14 0.28 0.95 0.38 0.72 0.69 0.79 0.40 0.71 1.17 1.08 0.23 1.05 0.73 0.15 0.24 0.19
C5' 0.22 0.16 0.30 0.30 0.35 0.21 0.44 0.24 0.28 0.13 0.18 0.29 0.16 0.29 0.49 0.25 0.23 0.28 0.40 0.13
C6 1.19 0.80 1.46 1.29 0.42 1.07 0.64 0.77 0.96 0.99 0.55 0.83 1.42 1.23 0.20 1.19 0.76 0.20 0.29 0.20
C8 0.83 0.51 1.04 1.01 0.23 0.85 0.23 0.72 0.41 0.59 0.29 0.62 0.93 0.97 0.32 0.89 0.69 0.13 0.17 0.22
N1 0.90 0.61 1.09 0.91 0.35 0.76 0.55 0.47 0.79 0.77 0.43 0.62 1.07 0.86 0.20 0.91 0.62 0.19 0.42 0.15
N2 0.21 0.20 0.24 0.21 0.26 0.21 0.19 0.27 0.18 0.18 0.24 0.21 0.22 0.19 0.37 0.28 0.32 0.16 0.60 0.17
N3 0.24 0.18 0.33 0.27 0.29 0.22 0.26 0.20 0.14 0.16 0.20 0.22 0.26 0.26 0.42 0.33 0.37 0.12 0.49 0.12
N7 1.13 0.71 1.41 1.35 0.29 1.13 0.38 0.94 0.71 0.86 0.44 0.81 1.33 1.31 0.24 1.17 0.81 0.17 0.19 0.27
N9 0.48 0.29 0.61 0.56 0.26 0.46 0.25 0.34 0.18 0.31 0.19 0.39 0.49 0.52 0.40 0.55 0.51 0.07 0.22 0.10
O2' 0.66 0.49 0.73 0.78 0.65 0.80 0.85 0.88 0.88 0.66 0.51 0.38 0.89 0.82 0.67 0.67 0.21 0.13 0.31 0.13
O3' 0.14 0.17 0.31 0.37 0.46 0.25 0.64 0.32 0.56 0.27 0.25 0.23 0.41 0.47 0.54 0.10 0.04 0.04 0.05 0.04
O4' 0.12 0.17 0.20 0.20 0.38 0.13 0.44 0.18 0.31 0.16 0.24 0.21 0.15 0.23 0.49 0.15 0.25 0.13 0.10 0.05
O5' 0.93 0.76 1.13 1.18 0.45 0.96 0.41 0.98 0.56 0.75 0.60 0.90 0.93 1.17 0.31 0.91 0.88 0.31 1.18 0.68
O6 1.47 1.01 1.82 1.62 0.59 1.33 0.86 0.99 1.22 1.24 0.72 1.04 1.82 1.58 0.26 1.42 0.87 0.25 0.22 0.27
OP1 0.85 0.53 1.08 1.15 0.37 1.00 0.38 0.99 0.31 0.53 0.32 0.75 1.02 1.27 0.56 0.86 0.86 0.52 1.19 0.75
OP2 1.75 1.46 2.16 2.28 1.03 1.84 1.04 1.80 1.29 1.50 1.23 1.61 2.00 2.40 0.80 1.64 1.48 0.73 1.88 1.19
P 1.11 0.88 1.38 1.45 0.50 1.17 0.48 1.18 0.67 0.89 0.67 1.03 1.22 1.50 0.33 1.07 0.95 0.35 1.32 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.19 0.32 0.13 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.23 0.05 0.05 0.02 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01 0.06 0.20 0.34 0.39 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.07 0.12 0.03 0.09 0.21 0.00 0.02 0.04 0.01 0.18 0.14 0.23 0.19
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.32 0.00 0.30 0.02 0.25 0.20 0.29 0.20 0.03 0.01 0.36 0.03 0.33 0.24 0.21 0.27
C4 0.04 0.05 0.07 0.32 0.00 0.22 0.01 0.48 0.02 0.04 0.01 0.04 0.24 0.29 0.00 0.05 0.22 0.28 0.94 0.47
C4' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.22 0.00 0.29 0.01 0.28 0.11 0.11 0.10 0.16 0.03 0.25 0.01 0.02 0.15 0.14 0.04
C5 0.02 0.02 0.10 0.30 0.01 0.29 0.00 0.58 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.30 0.01 0.09 0.35 0.47 1.07 0.65
C5' 0.06 0.19 0.07 0.02 0.48 0.01 0.58 0.00 0.52 0.27 0.32 0.07 0.12 0.08 0.55 0.03 0.01 0.09 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.02 0.28 0.01 0.52 0.00 0.01 0.03 0.02 0.19 0.24 0.01 0.11 0.30 0.36 0.82 0.52
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.04 0.11 0.02 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.14 0.01 0.02 0.13 0.19 0.44 0.18
N3 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.11 0.02 0.32 0.03 0.02 0.00 0.02 0.21 0.24 0.01 0.04 0.14 0.21 0.65 0.21
O2 0.05 0.01 0.21 0.20 0.04 0.10 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.17 0.02 0.13 0.37 0.61 0.17 0.28
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.24 0.16 0.23 0.12 0.19 0.13 0.21 0.14 0.00 0.07 0.28 0.16 0.28 0.23 0.20 0.23
O3' 0.10 0.18 0.02 0.01 0.29 0.03 0.30 0.08 0.24 0.14 0.24 0.17 0.07 0.00 0.34 0.08 0.54 0.44 0.26 0.40
O4 0.01 0.01 0.04 0.36 0.00 0.25 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.34 0.00 0.05 0.25 0.34 1.14 0.58
O4' 0.01 0.06 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.03 0.11 0.02 0.04 0.13 0.16 0.08 0.05 0.00 0.32 0.39 0.17 0.22
O5' 0.19 0.20 0.18 0.33 0.22 0.02 0.35 0.01 0.30 0.13 0.14 0.37 0.28 0.54 0.25 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.34 0.14 0.24 0.28 0.15 0.47 0.09 0.36 0.19 0.21 0.61 0.23 0.44 0.34 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.39 0.23 0.21 0.94 0.14 1.07 0.19 0.82 0.44 0.65 0.17 0.20 0.26 1.14 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.11 0.19 0.27 0.47 0.04 0.65 0.02 0.52 0.18 0.21 0.28 0.23 0.40 0.58 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00