ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

49, 9, 4, 12, 0, 3, 5, 15, 7, 5, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, 0.010, 0.216, 0.421, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.216 std_dev=0.206
C2 B 0, -0.024, 0.211, 0.447, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.211 std_dev=0.235
N1 B 0, -0.006, 0.230, 0.467, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.230 std_dev=0.237
C4 B 0, -0.025, 0.216, 0.457, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.216 std_dev=0.241
C6 A 0, -0.029, 0.213, 0.456, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.213 std_dev=0.243
N3 A 0, 0.019, 0.271, 0.523, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.271 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.009, 0.261, 0.513, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.261 std_dev=0.252
C5 B 0, 0.001, 0.268, 0.536, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C4 A 0, -0.007, 0.300, 0.608, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.300 std_dev=0.307
N1 A 0, -0.038, 0.295, 0.629, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.295 std_dev=0.333
O6 B 0, -0.017, 0.339, 0.694, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.339 std_dev=0.356
N2 B 0, -0.042, 0.316, 0.673, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.316 std_dev=0.358
N9 B 0, -0.069, 0.304, 0.677, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.304 std_dev=0.373
N7 B 0, -0.022, 0.390, 0.803, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.390 std_dev=0.413
C5 A 0, -0.037, 0.393, 0.824, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.393 std_dev=0.430
C1' B 0, -0.050, 0.388, 0.825, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.388 std_dev=0.438
C2 A 0, -0.029, 0.418, 0.866, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.418 std_dev=0.448
C8 B 0, -0.050, 0.407, 0.865, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.407 std_dev=0.458
C3' A 0, -0.007, 0.471, 0.949, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.471 std_dev=0.478
N4 A 0, -0.079, 0.430, 0.940, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.430 std_dev=0.510
O3' A 0, -0.012, 0.617, 1.247, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.617 std_dev=0.629
O4' B 0, -0.009, 0.626, 1.261, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.626 std_dev=0.635
C4' A 0, -0.080, 0.561, 1.201, 3.422 max_d=3.422 avg_d=0.561 std_dev=0.641
C1' A 0, -0.071, 0.580, 1.231, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.580 std_dev=0.651
C2' B 0, -0.098, 0.560, 1.217, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.560 std_dev=0.657
O4' A 0, 0.047, 0.728, 1.409, 2.569 max_d=2.569 avg_d=0.728 std_dev=0.681
O2 A 0, -0.064, 0.736, 1.537, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.736 std_dev=0.801
C3' B 0, -0.138, 0.794, 1.726, 3.507 max_d=3.507 avg_d=0.794 std_dev=0.932
O2' B 0, -0.131, 0.807, 1.745, 3.422 max_d=3.422 avg_d=0.807 std_dev=0.938
C5' A 0, 0.028, 0.976, 1.923, 4.951 max_d=4.951 avg_d=0.976 std_dev=0.947
C4' B 0, -0.102, 0.850, 1.802, 3.567 max_d=3.567 avg_d=0.850 std_dev=0.952
C2' A 0, -0.126, 0.887, 1.901, 2.926 max_d=2.926 avg_d=0.887 std_dev=1.013
O3' B 0, -0.162, 1.014, 2.190, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.014 std_dev=1.176
O5' A 0, 0.201, 1.470, 2.738, 5.181 max_d=5.181 avg_d=1.470 std_dev=1.269
C5' B 0, -0.117, 1.171, 2.460, 4.661 max_d=4.661 avg_d=1.171 std_dev=1.289
P A 0, 0.123, 1.558, 2.993, 5.220 max_d=5.220 avg_d=1.558 std_dev=1.435
OP1 A 0, 0.341, 1.802, 3.262, 5.362 max_d=5.362 avg_d=1.802 std_dev=1.460
OP2 A 0, 0.204, 1.685, 3.166, 5.313 max_d=5.313 avg_d=1.685 std_dev=1.481
O5' B 0, -0.046, 1.528, 3.101, 4.734 max_d=4.734 avg_d=1.528 std_dev=1.574
P B 0, -0.040, 1.875, 3.790, 5.985 max_d=5.985 avg_d=1.875 std_dev=1.915
OP2 B 0, -0.020, 1.915, 3.849, 5.703 max_d=5.703 avg_d=1.915 std_dev=1.935
O2' A 0, -0.212, 1.765, 3.742, 5.111 max_d=5.111 avg_d=1.765 std_dev=1.977
OP1 B 0, -0.060, 2.239, 4.537, 7.556 max_d=7.556 avg_d=2.239 std_dev=2.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.16 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.37 0.01 0.31 0.27 0.53 0.21
C2 0.04 0.00 0.24 0.30 0.05 0.07 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.24 0.14 0.63 0.50 0.31 0.43
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.07 0.02 0.18 0.30 0.23 0.03 0.18 0.08 0.42 0.00 0.04 0.02 0.25 0.72 0.99 0.57
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.37 0.01 0.34 0.03 0.27 0.22 0.37 0.39 0.28 0.02 0.01 0.02 0.16 0.55 0.53 0.32
C4 0.04 0.05 0.07 0.37 0.00 0.12 0.01 0.24 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.38 0.18 0.05 0.88 0.81 0.48 0.72
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.09 0.14 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.19 0.44 0.10
C5 0.02 0.02 0.18 0.34 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.44 0.18 0.11 0.90 0.80 0.47 0.72
C5' 0.16 0.18 0.30 0.03 0.24 0.01 0.26 0.00 0.25 0.19 0.19 0.21 0.20 0.24 0.29 0.03 0.01 0.33 0.45 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.27 0.02 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.40 0.13 0.16 0.77 0.58 0.36 0.53
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.04 0.07 0.02 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.21 0.17 0.02 0.59 0.42 0.35 0.37
N3 0.03 0.01 0.18 0.37 0.02 0.09 0.02 0.19 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.26 0.20 0.11 0.78 0.68 0.38 0.61
N4 0.03 0.02 0.08 0.39 0.01 0.14 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.38 0.22 0.04 0.94 0.92 0.61 0.80
O2 0.07 0.01 0.42 0.28 0.04 0.10 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.30 0.39 0.25 0.49 0.43 0.33 0.33
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.38 0.31 0.44 0.24 0.40 0.21 0.26 0.38 0.30 0.00 0.06 0.22 0.44 0.85 1.10 0.68
O3' 0.37 0.24 0.04 0.01 0.18 0.03 0.18 0.29 0.13 0.17 0.20 0.22 0.39 0.06 0.00 0.29 0.24 0.57 0.33 0.27
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.05 0.01 0.11 0.03 0.16 0.02 0.11 0.04 0.25 0.22 0.29 0.00 0.38 0.35 0.41 0.33
O5' 0.31 0.63 0.25 0.16 0.88 0.02 0.90 0.01 0.77 0.59 0.78 0.94 0.49 0.44 0.24 0.38 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.27 0.50 0.72 0.55 0.81 0.19 0.80 0.33 0.58 0.42 0.68 0.92 0.43 0.85 0.57 0.35 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.31 0.99 0.53 0.48 0.44 0.47 0.45 0.36 0.35 0.38 0.61 0.33 1.10 0.33 0.41 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.43 0.57 0.32 0.72 0.10 0.72 0.02 0.53 0.37 0.61 0.80 0.33 0.68 0.27 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.11 0.76 1.11 1.17 0.93 1.14 0.90 1.25 0.75 1.13 0.70 0.73 0.86 1.05 1.06 1.10 1.11 1.05 0.99 0.68 1.17 1.24 0.98
C2 0.84 0.58 0.88 0.90 0.70 0.92 0.69 1.08 0.59 0.85 0.55 0.58 0.65 0.80 0.80 0.90 0.88 0.78 0.74 0.59 1.18 1.21 0.99
C2' 0.89 0.86 0.89 0.94 0.94 0.83 1.05 0.94 1.03 1.10 0.92 0.81 0.86 1.17 0.97 0.86 0.86 0.75 0.73 1.08 1.09 0.99 0.81
C3' 0.51 0.56 0.51 0.63 0.50 0.57 0.54 0.74 0.58 0.62 0.60 0.61 0.51 0.63 0.52 0.46 0.57 0.48 0.60 0.62 1.13 0.88 0.78
C4 0.41 0.35 0.40 0.49 0.28 0.72 0.31 0.93 0.35 0.41 0.35 0.49 0.32 0.42 0.35 0.45 0.57 0.61 0.67 0.47 1.30 1.22 1.10
C4' 0.56 0.61 0.59 0.70 0.49 0.71 0.49 0.89 0.58 0.55 0.65 0.68 0.53 0.52 0.51 0.54 0.67 0.59 0.73 0.65 1.25 1.06 0.92
C5 0.47 0.55 0.44 0.52 0.41 0.72 0.38 0.89 0.43 0.42 0.51 0.69 0.51 0.41 0.41 0.47 0.57 0.63 0.63 0.49 1.28 1.15 1.03
C5' 0.45 0.86 0.51 0.54 0.64 0.54 0.70 0.71 0.88 0.50 0.95 0.94 0.72 0.61 0.51 0.47 0.54 0.43 0.59 1.00 1.27 0.96 0.88
C6 0.51 0.48 0.51 0.61 0.41 0.71 0.38 0.90 0.36 0.50 0.43 0.59 0.46 0.47 0.46 0.48 0.60 0.60 0.63 0.40 1.22 1.09 0.94
N1 0.77 0.53 0.78 0.85 0.62 0.87 0.61 1.04 0.51 0.78 0.48 0.55 0.59 0.73 0.72 0.76 0.81 0.75 0.74 0.50 1.18 1.16 0.94
N3 0.55 0.35 0.60 0.64 0.41 0.76 0.45 0.97 0.42 0.59 0.37 0.42 0.37 0.57 0.51 0.64 0.67 0.61 0.68 0.50 1.25 1.23 1.07
N4 0.38 0.56 0.32 0.43 0.39 0.81 0.40 1.02 0.51 0.29 0.57 0.67 0.49 0.36 0.33 0.46 0.64 0.72 0.77 0.60 1.45 1.38 1.27
O2 1.23 0.88 1.26 1.24 1.05 1.20 1.00 1.29 0.85 1.19 0.81 0.83 0.99 1.10 1.17 1.32 1.20 1.09 0.90 0.79 1.13 1.27 1.01
O2' 1.91 1.90 1.88 1.84 2.06 1.59 2.18 1.49 2.09 2.18 1.95 1.78 1.94 2.29 2.06 1.86 1.73 1.63 1.36 2.05 1.03 1.28 1.00
O3' 0.73 0.64 0.60 0.70 0.67 0.65 0.71 0.69 0.71 0.82 0.69 0.64 0.63 0.79 0.73 0.64 0.67 0.69 0.57 0.76 1.04 0.75 0.64
O4' 0.86 0.58 0.86 0.97 0.63 1.00 0.56 1.16 0.49 0.80 0.55 0.63 0.62 0.67 0.76 0.84 0.93 0.89 0.94 0.50 1.27 1.24 1.03
O5' 0.80 1.40 0.85 0.71 1.10 0.66 1.15 0.67 1.37 0.82 1.48 1.51 1.22 0.98 0.89 0.88 0.72 0.68 0.53 1.46 1.09 0.80 0.75
OP1 1.25 1.58 1.27 1.08 1.43 0.98 1.50 0.89 1.60 1.37 1.64 1.65 1.47 1.47 1.33 1.38 1.07 1.08 0.86 1.67 1.13 0.91 0.92
OP2 1.04 1.49 1.08 0.89 1.27 0.78 1.33 0.66 1.51 1.09 1.56 1.56 1.35 1.22 1.12 1.22 0.90 0.86 0.51 1.62 1.01 0.77 0.72
P 0.96 1.48 1.00 0.77 1.23 0.67 1.30 0.56 1.49 1.04 1.56 1.57 1.32 1.19 1.06 1.12 0.77 0.77 0.41 1.60 0.95 0.62 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.25 0.01 0.19 0.02 0.33 0.68 0.30
C2 0.05 0.00 0.44 0.44 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.34 0.25 0.41 0.02 0.57 0.60 0.39
C2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.23 0.02 0.11 0.18 0.20 0.22 0.34 0.53 0.43 0.12 0.03 0.00 0.03 0.01 0.40 0.15 0.53 0.63 0.39
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.35 0.00 0.38 0.02 0.44 0.24 0.47 0.46 0.39 0.32 0.23 0.03 0.01 0.02 0.36 0.46 0.45 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.23 0.35 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.14 0.45 0.02 0.55 0.58 0.34
C4' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.20 0.11 0.13 0.09 0.20 0.10 0.27 0.03 0.01 0.02 0.17 0.18 0.50 0.13
C5 0.01 0.01 0.11 0.38 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.25 0.07 0.60 0.02 0.67 0.54 0.41
C5' 0.07 0.19 0.18 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.25 0.24 0.22 0.20 0.16 0.28 0.14 0.10 0.19 0.02 0.01 0.29 0.26 0.41 0.02
C6 0.02 0.02 0.20 0.44 0.01 0.14 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.32 0.12 0.62 0.01 0.72 0.57 0.45
C8 0.02 0.02 0.22 0.24 0.01 0.20 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.16 0.16 0.62 0.02 0.61 0.52 0.33
N1 0.04 0.01 0.34 0.47 0.02 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.35 0.20 0.52 0.01 0.66 0.58 0.42
N2 0.07 0.01 0.53 0.46 0.02 0.13 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.41 0.39 0.30 0.36 0.03 0.54 0.62 0.40
N3 0.05 0.01 0.43 0.39 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.29 0.25 0.35 0.02 0.50 0.62 0.36
N7 0.02 0.02 0.12 0.32 0.01 0.20 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.23 0.09 0.70 0.02 0.71 0.52 0.43
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.10 0.01 0.42 0.02 0.48 0.60 0.29
O2' 0.03 0.28 0.00 0.03 0.13 0.27 0.22 0.10 0.20 0.38 0.20 0.41 0.28 0.37 0.17 0.00 0.07 0.21 0.32 0.25 0.50 0.62 0.31
O3' 0.25 0.34 0.03 0.01 0.21 0.03 0.25 0.19 0.32 0.16 0.35 0.39 0.29 0.23 0.10 0.07 0.00 0.18 0.35 0.36 0.75 0.24 0.36
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.20 0.30 0.25 0.09 0.01 0.21 0.18 0.00 0.13 0.09 0.21 0.75 0.37
O5' 0.19 0.41 0.40 0.36 0.45 0.02 0.60 0.01 0.62 0.62 0.52 0.36 0.35 0.70 0.42 0.32 0.35 0.13 0.00 0.69 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.15 0.46 0.02 0.17 0.02 0.29 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.25 0.36 0.09 0.69 0.00 0.78 0.60 0.51
OP1 0.33 0.57 0.53 0.45 0.55 0.18 0.67 0.26 0.72 0.61 0.66 0.54 0.50 0.71 0.48 0.50 0.75 0.21 0.03 0.78 0.00 0.01 0.01
OP2 0.68 0.60 0.63 0.27 0.58 0.50 0.54 0.41 0.57 0.52 0.58 0.62 0.62 0.52 0.60 0.62 0.24 0.75 0.02 0.60 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.39 0.39 0.22 0.34 0.13 0.41 0.02 0.45 0.33 0.42 0.40 0.36 0.43 0.29 0.31 0.36 0.37 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00