ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

39, 17, 9, 9, 5, 5, 4, 5, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.026, 0.136, 0.245, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.136 std_dev=0.109
N3 B 0, 0.009, 0.137, 0.265, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.137 std_dev=0.128
N3 A 0, 0.028, 0.190, 0.353, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.190 std_dev=0.162
C5 B 0, 0.042, 0.216, 0.389, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.216 std_dev=0.173
N1 A 0, -0.012, 0.171, 0.354, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.171 std_dev=0.183
C6 B 0, 0.048, 0.244, 0.441, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.244 std_dev=0.196
N6 B 0, 0.012, 0.211, 0.410, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.211 std_dev=0.199
C6 A 0, -0.014, 0.205, 0.423, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.205 std_dev=0.219
C2 B 0, 0.018, 0.237, 0.455, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.237 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.050, 0.270, 0.490, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.270 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.028, 0.255, 0.482, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.255 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.042, 0.276, 0.511, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.276 std_dev=0.235
C2 A 0, -0.010, 0.230, 0.471, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.230 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.034, 0.368, 0.702, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.368 std_dev=0.334
N4 A 0, -0.108, 0.257, 0.623, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.257 std_dev=0.366
C8 B 0, 0.024, 0.392, 0.760, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.392 std_dev=0.368
C4 A 0, -0.082, 0.317, 0.716, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.317 std_dev=0.399
O4' B 0, -0.071, 0.349, 0.769, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.349 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.040, 0.468, 0.895, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.468 std_dev=0.427
C5 A 0, -0.109, 0.356, 0.822, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.356 std_dev=0.465
C3' B 0, -0.032, 0.457, 0.947, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.457 std_dev=0.490
C1' A 0, -0.107, 0.400, 0.907, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.400 std_dev=0.507
O3' A 0, -0.052, 0.462, 0.977, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.462 std_dev=0.515
O5' B 0, -0.055, 0.471, 0.997, 2.758 max_d=2.758 avg_d=0.471 std_dev=0.526
O2 A 0, -0.082, 0.448, 0.978, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.448 std_dev=0.530
C4' B 0, -0.104, 0.450, 1.005, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.450 std_dev=0.554
C2' A 0, -0.148, 0.494, 1.136, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.494 std_dev=0.642
C3' A 0, -0.175, 0.485, 1.146, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.485 std_dev=0.661
P B 0, -0.142, 0.584, 1.310, 3.677 max_d=3.677 avg_d=0.584 std_dev=0.726
O2' B 0, -0.001, 0.770, 1.542, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.770 std_dev=0.771
C5' B 0, -0.157, 0.625, 1.408, 3.578 max_d=3.578 avg_d=0.625 std_dev=0.782
O3' B 0, -0.026, 0.759, 1.544, 2.699 max_d=2.699 avg_d=0.759 std_dev=0.785
O4' A 0, -0.411, 0.616, 1.643, 3.808 max_d=3.808 avg_d=0.616 std_dev=1.027
OP1 B 0, -0.239, 0.866, 1.972, 5.029 max_d=5.029 avg_d=0.866 std_dev=1.106
C4' A 0, -0.493, 0.637, 1.766, 4.303 max_d=4.303 avg_d=0.637 std_dev=1.130
O2' A 0, -0.390, 0.785, 1.960, 4.535 max_d=4.535 avg_d=0.785 std_dev=1.175
OP2 B 0, -0.363, 0.865, 2.093, 5.685 max_d=5.685 avg_d=0.865 std_dev=1.228
C5' A 0, -0.832, 0.988, 2.809, 6.716 max_d=6.716 avg_d=0.988 std_dev=1.821
O5' A 0, -0.779, 1.364, 3.508, 7.630 max_d=7.630 avg_d=1.364 std_dev=2.144
P A 0, -1.059, 1.916, 4.890, 9.903 max_d=9.903 avg_d=1.916 std_dev=2.974
OP1 A 0, -0.980, 2.113, 5.206, 9.964 max_d=9.964 avg_d=2.113 std_dev=3.093
OP2 A 0, -1.137, 2.248, 5.633, 10.738 max_d=10.738 avg_d=2.248 std_dev=3.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.24 0.01 0.27 0.56 0.55 0.29
C2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.05 0.19 0.02 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.17 0.38 1.08 0.54 0.49
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.18 0.16 0.03 0.11 0.06 0.28 0.00 0.04 0.02 0.30 0.85 0.36 0.46
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.28 0.01 0.38 0.02 0.37 0.16 0.16 0.19 0.28 0.02 0.01 0.02 0.25 0.58 0.24 0.29
C4 0.04 0.05 0.06 0.28 0.00 0.13 0.01 0.24 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.25 0.14 0.05 0.71 0.73 0.85 0.52
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.30 0.07 0.14 0.10 0.36 0.25 0.03 0.01 0.02 0.27 0.39 0.16
C5 0.02 0.02 0.14 0.38 0.01 0.27 0.00 0.42 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.18 0.15 1.00 0.64 1.25 0.87
C5' 0.08 0.42 0.18 0.02 0.24 0.01 0.42 0.00 0.45 0.15 0.35 0.20 0.72 0.09 0.18 0.02 0.01 0.28 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.37 0.01 0.30 0.00 0.45 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.28 0.14 0.19 0.97 0.53 1.13 0.79
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.04 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.12 0.02 0.49 0.62 0.63 0.33
N3 0.02 0.01 0.11 0.16 0.02 0.14 0.02 0.35 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.23 0.14 0.13 0.45 1.02 0.53 0.41
N4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.14 0.04 0.52 0.70 0.39 0.35
O2 0.05 0.01 0.28 0.28 0.04 0.36 0.02 0.72 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.25 0.28 0.28 0.59 1.53 0.88 0.95
O2' 0.03 0.19 0.00 0.02 0.25 0.25 0.31 0.09 0.28 0.16 0.23 0.18 0.25 0.00 0.07 0.18 0.16 0.84 0.46 0.47
O3' 0.24 0.18 0.04 0.01 0.14 0.03 0.18 0.18 0.14 0.12 0.14 0.14 0.28 0.07 0.00 0.17 0.28 0.65 0.35 0.33
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.05 0.01 0.15 0.02 0.19 0.02 0.13 0.04 0.28 0.18 0.17 0.00 0.29 0.37 0.70 0.40
O5' 0.27 0.38 0.30 0.25 0.71 0.02 1.00 0.01 0.97 0.49 0.45 0.52 0.59 0.16 0.28 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 1.08 0.85 0.58 0.73 0.27 0.64 0.28 0.53 0.62 1.02 0.70 1.53 0.84 0.65 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.54 0.36 0.24 0.85 0.39 1.25 0.32 1.13 0.63 0.53 0.39 0.88 0.46 0.35 0.70 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.49 0.46 0.29 0.52 0.16 0.87 0.02 0.79 0.33 0.41 0.35 0.95 0.47 0.33 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.41 0.56 0.40 0.39 0.19 0.47 0.31 0.52 0.46 0.48 0.37 0.31 0.53 0.36 0.54 0.43 0.21 0.34 0.31 0.44 0.29
C2 0.24 0.34 0.53 0.38 0.30 0.19 0.38 0.30 0.42 0.37 0.40 0.29 0.27 0.43 0.28 0.49 0.45 0.20 0.24 0.32 0.40 0.20
C2' 0.17 0.25 0.44 0.34 0.23 0.21 0.33 0.33 0.37 0.33 0.33 0.20 0.27 0.39 0.22 0.36 0.42 0.23 0.11 0.22 0.26 0.12
C3' 0.17 0.31 0.44 0.35 0.29 0.20 0.41 0.26 0.47 0.37 0.42 0.25 0.26 0.47 0.24 0.35 0.52 0.18 0.17 0.19 0.17 0.02
C4 0.19 0.24 0.54 0.41 0.23 0.22 0.33 0.28 0.37 0.34 0.31 0.21 0.34 0.42 0.23 0.49 0.55 0.19 0.22 0.45 0.53 0.29
C4' 0.22 0.42 0.38 0.39 0.38 0.36 0.55 0.40 0.63 0.47 0.54 0.34 0.31 0.62 0.31 0.28 0.63 0.32 0.27 0.37 0.46 0.18
C5 0.22 0.25 0.56 0.42 0.26 0.25 0.36 0.27 0.39 0.36 0.32 0.23 0.36 0.44 0.25 0.52 0.59 0.21 0.27 0.57 0.59 0.36
C5' 0.44 0.43 0.56 0.76 0.39 0.68 0.55 0.62 0.65 0.45 0.55 0.38 0.33 0.63 0.34 0.54 1.06 0.56 0.49 0.75 0.35 0.31
C6 0.21 0.25 0.54 0.40 0.24 0.22 0.33 0.25 0.36 0.34 0.31 0.23 0.27 0.41 0.23 0.51 0.55 0.19 0.24 0.47 0.48 0.28
N1 0.21 0.30 0.53 0.38 0.27 0.18 0.35 0.27 0.39 0.35 0.36 0.26 0.23 0.41 0.25 0.49 0.47 0.17 0.21 0.24 0.36 0.12
N3 0.20 0.28 0.53 0.39 0.25 0.20 0.33 0.28 0.37 0.33 0.34 0.24 0.27 0.39 0.23 0.48 0.49 0.19 0.21 0.33 0.41 0.18
N4 0.16 0.20 0.40 0.22 0.19 0.22 0.29 0.18 0.35 0.26 0.29 0.16 0.22 0.35 0.17 0.36 0.56 0.18 0.26 0.50 0.30 0.26
O2 0.30 0.43 0.54 0.40 0.39 0.23 0.48 0.37 0.54 0.46 0.51 0.38 0.36 0.53 0.37 0.50 0.41 0.26 0.33 0.49 0.53 0.37
O2' 0.29 0.38 0.44 0.38 0.34 0.36 0.41 0.49 0.45 0.40 0.43 0.35 0.43 0.46 0.32 0.39 0.37 0.40 0.18 0.43 0.38 0.25
O3' 0.17 0.25 0.47 0.32 0.25 0.20 0.34 0.30 0.37 0.34 0.33 0.21 0.27 0.40 0.23 0.35 0.41 0.16 0.02 0.03 0.02 0.01
O4' 0.28 0.49 0.47 0.32 0.46 0.21 0.60 0.31 0.66 0.55 0.60 0.42 0.35 0.67 0.40 0.44 0.48 0.27 0.32 0.37 0.55 0.29
O5' 0.38 0.69 0.43 0.63 0.62 0.53 0.86 0.43 0.99 0.72 0.88 0.56 0.52 0.94 0.51 0.43 1.08 0.48 0.37 0.93 0.65 0.48
OP1 1.08 1.04 1.33 1.34 1.13 0.98 1.29 0.91 1.34 1.32 1.19 1.00 0.88 1.42 1.15 1.41 1.55 0.93 0.96 1.78 1.16 1.13
OP2 0.50 0.76 0.75 0.87 0.75 0.58 1.04 0.52 1.18 0.94 1.02 0.61 0.86 1.17 0.67 0.78 1.22 0.46 0.50 1.17 0.86 0.67
P 0.53 0.75 0.73 0.83 0.74 0.54 1.00 0.50 1.12 0.92 0.97 0.63 0.71 1.12 0.68 0.78 1.17 0.51 0.47 1.27 0.82 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.27 0.46 0.35 0.29
C2 0.03 0.00 0.21 0.13 0.01 0.13 0.03 0.24 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.34 0.40 0.20 0.33 0.64 0.64 0.44
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.08 0.18 0.12 0.15 0.15 0.20 0.05 0.11 0.04 0.00 0.07 0.03 0.51 0.71 0.55 0.56
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.15 0.00 0.22 0.02 0.21 0.28 0.17 0.11 0.20 0.28 0.16 0.02 0.01 0.02 0.26 0.49 0.22 0.28
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.08 0.01 0.20 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.26 0.11 0.36 0.65 0.58 0.43
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.18 0.13 0.12 0.09 0.17 0.07 0.24 0.06 0.01 0.01 0.25 0.25 0.05
C5 0.01 0.03 0.08 0.22 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.19 0.07 0.42 0.79 0.68 0.52
C5' 0.08 0.24 0.18 0.02 0.20 0.01 0.25 0.00 0.27 0.26 0.28 0.21 0.15 0.29 0.17 0.08 0.17 0.02 0.01 0.23 0.34 0.02
C6 0.03 0.06 0.12 0.21 0.02 0.10 0.01 0.27 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.41 0.24 0.11 0.43 0.82 0.74 0.56
C8 0.01 0.03 0.15 0.28 0.01 0.18 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.35 0.18 0.11 0.45 0.75 0.57 0.48
N1 0.03 0.02 0.15 0.17 0.03 0.13 0.02 0.28 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.36 0.31 0.18 0.38 0.75 0.72 0.52
N3 0.03 0.01 0.20 0.11 0.01 0.12 0.01 0.21 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.41 0.20 0.31 0.58 0.57 0.40
N6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.35 0.11 0.03 0.33 0.56 0.57 0.41
N7 0.01 0.03 0.11 0.28 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.19 0.07 0.47 0.86 0.69 0.56
N9 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.17 0.01 0.35 0.60 0.49 0.39
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.27 0.24 0.36 0.08 0.41 0.35 0.36 0.29 0.35 0.39 0.21 0.00 0.09 0.16 0.39 0.70 0.54 0.49
O3' 0.30 0.40 0.07 0.01 0.26 0.06 0.19 0.17 0.24 0.18 0.31 0.41 0.11 0.19 0.17 0.09 0.00 0.21 0.26 0.56 0.31 0.33
O4' 0.01 0.20 0.03 0.02 0.11 0.01 0.07 0.02 0.11 0.11 0.18 0.20 0.03 0.07 0.01 0.16 0.21 0.00 0.21 0.33 0.32 0.19
O5' 0.27 0.33 0.51 0.26 0.36 0.01 0.42 0.01 0.43 0.45 0.38 0.31 0.33 0.47 0.35 0.39 0.26 0.21 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.46 0.64 0.71 0.49 0.65 0.25 0.79 0.23 0.82 0.75 0.75 0.58 0.56 0.86 0.60 0.70 0.56 0.33 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.64 0.55 0.22 0.58 0.25 0.68 0.34 0.74 0.57 0.72 0.57 0.57 0.69 0.49 0.54 0.31 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.44 0.56 0.28 0.43 0.05 0.52 0.02 0.56 0.48 0.52 0.40 0.41 0.56 0.39 0.49 0.33 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00