ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43936

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 58, 71, 25, 29, 14, 38, 9, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.101, 0.192, 0.283, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.192 std_dev=0.091
C4 B 0, 0.093, 0.198, 0.304, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.198 std_dev=0.106
C6 A 0, 0.082, 0.235, 0.388, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.235 std_dev=0.153
C1' A 0, 0.141, 0.339, 0.537, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.339 std_dev=0.198
C4 A 0, 0.097, 0.301, 0.506, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.301 std_dev=0.205
C2 A 0, 0.107, 0.312, 0.517, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.312 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.264, 0.472, 0.681, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.472 std_dev=0.209
C5 A 0, 0.089, 0.307, 0.526, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.307 std_dev=0.218
N3 A 0, 0.120, 0.342, 0.563, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.342 std_dev=0.222
C1' B 0, 0.253, 0.486, 0.719, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.486 std_dev=0.233
C4' B 0, 0.345, 0.582, 0.819, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.582 std_dev=0.237
C6 B 0, 0.052, 0.292, 0.533, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.292 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.068, 0.326, 0.585, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.326 std_dev=0.259
N9 B 0, 0.161, 0.436, 0.711, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.436 std_dev=0.275
C3' A 0, 0.152, 0.437, 0.721, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.437 std_dev=0.284
N3 B 0, 0.009, 0.303, 0.597, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.303 std_dev=0.294
C2' A 0, 0.119, 0.425, 0.732, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.425 std_dev=0.306
C4' A 0, 0.142, 0.460, 0.778, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.460 std_dev=0.318
P B 0, 0.235, 0.562, 0.890, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.562 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.024, 0.357, 0.689, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.357 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.063, 0.399, 0.736, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.399 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.279, 0.618, 0.956, 2.330 max_d=2.330 avg_d=0.618 std_dev=0.338
C5' B 0, 0.332, 0.672, 1.013, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.672 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.595, 0.943, 1.290, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.943 std_dev=0.348
N4 A 0, 0.181, 0.533, 0.885, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.533 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.420, 0.774, 1.129, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.774 std_dev=0.355
O2 A 0, 0.154, 0.510, 0.867, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.510 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.126, 0.526, 0.926, 3.029 max_d=3.029 avg_d=0.526 std_dev=0.400
O5' A 0, 0.429, 0.843, 1.257, 3.304 max_d=3.304 avg_d=0.843 std_dev=0.414
C5' A 0, 0.234, 0.653, 1.071, 2.906 max_d=2.906 avg_d=0.653 std_dev=0.419
C2 B 0, -0.014, 0.408, 0.830, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.408 std_dev=0.422
N6 B 0, -0.035, 0.396, 0.826, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.396 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.254, 0.710, 1.165, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.710 std_dev=0.456
O2' A 0, 0.137, 0.612, 1.086, 3.793 max_d=3.793 avg_d=0.612 std_dev=0.475
OP2 B 0, 0.212, 0.705, 1.198, 3.350 max_d=3.350 avg_d=0.705 std_dev=0.493
P A 0, 0.441, 1.033, 1.626, 4.611 max_d=4.611 avg_d=1.033 std_dev=0.592
OP2 A 0, 0.481, 1.100, 1.718, 4.857 max_d=4.857 avg_d=1.100 std_dev=0.619
C8 B 0, 0.061, 0.697, 1.333, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.697 std_dev=0.636
N7 B 0, -0.009, 0.675, 1.359, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.675 std_dev=0.684
O2' B 0, 0.959, 1.680, 2.401, 4.055 max_d=4.055 avg_d=1.680 std_dev=0.721
O3' B 0, 1.080, 1.852, 2.624, 4.121 max_d=4.121 avg_d=1.852 std_dev=0.772
OP1 A 0, 0.546, 1.722, 2.898, 5.535 max_d=5.535 avg_d=1.722 std_dev=1.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.13 0.31 0.40 0.17
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.10 0.05 0.26 0.51 0.34 0.25
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.10 0.07 0.11 0.04 0.08 0.08 0.16 0.01 0.02 0.01 0.15 0.43 0.27 0.20
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.16 0.01 0.22 0.02 0.21 0.10 0.14 0.18 0.14 0.02 0.01 0.02 0.11 0.47 0.17 0.19
C4 0.04 0.06 0.06 0.16 0.00 0.10 0.01 0.23 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.16 0.15 0.04 0.39 0.64 0.46 0.35
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.09 0.12 0.06 0.09 0.02 0.01 0.02 0.24 0.35 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.22 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.23 0.04 0.44 0.61 0.45 0.35
C5' 0.05 0.13 0.07 0.02 0.23 0.01 0.27 0.00 0.23 0.14 0.19 0.25 0.09 0.13 0.08 0.02 0.01 0.30 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.21 0.02 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.14 0.20 0.05 0.38 0.50 0.34 0.26
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.08 0.08 0.02 0.25 0.45 0.33 0.21
N3 0.03 0.01 0.08 0.14 0.02 0.09 0.03 0.19 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.05 0.34 0.61 0.41 0.32
N4 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.12 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.18 0.04 0.39 0.73 0.47 0.34
O2 0.03 0.01 0.16 0.14 0.04 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.18 0.07 0.20 0.48 0.34 0.22
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.16 0.09 0.15 0.13 0.14 0.08 0.14 0.19 0.20 0.00 0.05 0.08 0.24 0.43 0.38 0.28
O3' 0.06 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.23 0.08 0.20 0.08 0.13 0.18 0.18 0.05 0.00 0.04 0.15 0.62 0.19 0.25
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.00 0.09 0.19 0.55 0.20
O5' 0.13 0.26 0.15 0.11 0.39 0.02 0.44 0.01 0.38 0.25 0.34 0.39 0.20 0.24 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.51 0.43 0.47 0.64 0.24 0.61 0.30 0.50 0.45 0.61 0.73 0.48 0.43 0.62 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.34 0.27 0.17 0.46 0.35 0.45 0.30 0.34 0.33 0.41 0.47 0.34 0.38 0.19 0.55 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.25 0.20 0.19 0.35 0.06 0.35 0.02 0.26 0.21 0.32 0.34 0.22 0.28 0.25 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.42 0.41 0.45 0.39 0.45 0.59 0.59 0.51 0.94 0.39 0.36 0.58 0.97 0.55 0.58 0.47 0.47 0.31 0.11 0.24 0.11
C2 0.57 0.58 0.52 0.46 0.41 0.48 0.57 0.61 0.48 0.96 0.49 0.49 0.44 0.96 0.59 0.74 0.40 0.51 0.34 0.23 0.37 0.16
C2' 0.53 0.43 0.47 0.57 0.43 0.56 0.58 0.69 0.51 0.92 0.41 0.40 0.49 0.91 0.57 0.62 0.61 0.55 0.45 0.20 0.15 0.22
C3' 0.45 0.36 0.42 0.55 0.38 0.49 0.52 0.59 0.46 0.80 0.36 0.34 0.49 0.81 0.49 0.46 0.62 0.49 0.51 0.25 0.21 0.36
C4 0.53 0.50 0.49 0.39 0.33 0.38 0.49 0.48 0.39 0.86 0.40 0.41 0.43 0.88 0.53 0.68 0.35 0.43 0.38 0.23 0.40 0.24
C4' 0.39 0.34 0.37 0.48 0.36 0.42 0.54 0.53 0.49 0.78 0.37 0.30 0.60 0.84 0.46 0.41 0.58 0.42 0.44 0.29 0.26 0.35
C5 0.55 0.40 0.50 0.42 0.38 0.41 0.53 0.49 0.40 0.87 0.30 0.38 0.55 0.92 0.56 0.62 0.38 0.47 0.46 0.30 0.46 0.35
C5' 0.43 0.37 0.47 0.53 0.40 0.44 0.53 0.51 0.50 0.71 0.41 0.35 0.63 0.77 0.47 0.46 0.61 0.46 0.54 0.44 0.47 0.50
C6 0.51 0.36 0.45 0.40 0.35 0.41 0.54 0.50 0.42 0.89 0.29 0.33 0.60 0.94 0.54 0.56 0.37 0.47 0.43 0.26 0.40 0.32
N1 0.49 0.43 0.42 0.40 0.34 0.41 0.55 0.54 0.45 0.93 0.36 0.36 0.53 0.96 0.53 0.59 0.36 0.45 0.33 0.12 0.28 0.14
N3 0.56 0.62 0.52 0.43 0.38 0.44 0.52 0.57 0.45 0.90 0.51 0.50 0.39 0.90 0.55 0.75 0.37 0.47 0.36 0.25 0.39 0.20
N4 0.56 0.65 0.55 0.43 0.38 0.42 0.49 0.44 0.44 0.81 0.53 0.54 0.49 0.85 0.52 0.77 0.39 0.45 0.38 0.28 0.43 0.26
O2 0.69 0.70 0.67 0.61 0.55 0.63 0.65 0.75 0.58 1.03 0.60 0.63 0.43 1.00 0.70 0.92 0.56 0.66 0.42 0.37 0.50 0.30
O2' 0.62 0.55 0.60 0.69 0.54 0.69 0.66 0.81 0.61 0.93 0.53 0.52 0.49 0.92 0.65 0.78 0.80 0.64 0.48 0.35 0.26 0.29
O3' 0.47 0.39 0.50 0.66 0.40 0.57 0.48 0.64 0.44 0.68 0.37 0.39 0.40 0.68 0.48 0.53 0.79 0.52 0.58 0.44 0.29 0.51
O4' 0.43 0.37 0.37 0.41 0.42 0.37 0.65 0.51 0.59 0.92 0.42 0.32 0.72 1.00 0.54 0.45 0.45 0.41 0.33 0.14 0.20 0.20
O5' 0.55 0.43 0.59 0.60 0.51 0.47 0.64 0.51 0.58 0.83 0.46 0.43 0.70 0.89 0.60 0.57 0.63 0.53 0.59 0.43 0.51 0.52
OP1 0.96 1.14 1.04 1.14 1.09 0.94 1.19 0.97 1.26 1.08 1.22 1.07 1.41 1.20 1.03 1.00 1.20 0.90 1.11 1.01 1.16 1.05
OP2 0.64 0.64 0.65 0.64 0.58 0.61 0.55 0.64 0.53 0.66 0.59 0.64 0.38 0.65 0.61 0.69 0.64 0.66 0.71 0.53 0.76 0.62
P 0.58 0.57 0.65 0.73 0.59 0.58 0.68 0.64 0.67 0.75 0.61 0.56 0.75 0.82 0.62 0.64 0.76 0.58 0.75 0.58 0.73 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.20 0.31 0.35 0.20
C2 0.04 0.00 0.33 0.22 0.02 0.19 0.03 0.31 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.33 0.45 0.33 0.39 0.42 0.43 0.32
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.17 0.16 0.18 0.27 0.32 0.13 0.11 0.04 0.00 0.06 0.02 0.30 0.47 0.43 0.33
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.19 0.00 0.24 0.02 0.25 0.30 0.23 0.20 0.21 0.30 0.17 0.02 0.01 0.01 0.27 0.52 0.47 0.37
C4 0.02 0.02 0.18 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.25 0.18 0.36 0.42 0.40 0.30
C4' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.12 0.20 0.15 0.18 0.10 0.17 0.08 0.22 0.03 0.00 0.02 0.24 0.29 0.08
C5 0.02 0.03 0.11 0.24 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.17 0.09 0.46 0.52 0.46 0.41
C5' 0.07 0.31 0.17 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.22 0.28 0.27 0.27 0.18 0.25 0.11 0.08 0.18 0.02 0.01 0.19 0.26 0.02
C6 0.03 0.06 0.16 0.25 0.02 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.24 0.23 0.17 0.47 0.54 0.49 0.42
C8 0.02 0.03 0.18 0.30 0.01 0.20 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.20 0.17 0.55 0.55 0.46 0.49
N1 0.04 0.02 0.27 0.23 0.03 0.15 0.02 0.27 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.28 0.37 0.27 0.42 0.47 0.46 0.36
N3 0.04 0.01 0.32 0.20 0.01 0.18 0.01 0.27 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.44 0.32 0.33 0.38 0.40 0.27
N6 0.03 0.01 0.13 0.21 0.02 0.10 0.02 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.19 0.12 0.25 0.39 0.49 0.37
N7 0.01 0.03 0.11 0.30 0.01 0.17 0.00 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.19 0.08 0.56 0.62 0.53 0.53
N9 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.12 0.01 0.35 0.40 0.37 0.30
O2' 0.03 0.33 0.00 0.02 0.19 0.22 0.24 0.08 0.24 0.34 0.28 0.31 0.21 0.34 0.16 0.00 0.10 0.17 0.27 0.51 0.46 0.34
O3' 0.25 0.45 0.06 0.01 0.25 0.03 0.17 0.18 0.23 0.20 0.37 0.44 0.19 0.19 0.12 0.10 0.00 0.18 0.31 0.81 0.62 0.54
O4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.18 0.00 0.09 0.02 0.17 0.17 0.27 0.32 0.12 0.08 0.01 0.17 0.18 0.00 0.14 0.23 0.41 0.21
O5' 0.20 0.39 0.30 0.27 0.36 0.02 0.46 0.01 0.47 0.55 0.42 0.33 0.25 0.56 0.35 0.27 0.31 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.42 0.47 0.52 0.42 0.24 0.52 0.19 0.54 0.55 0.47 0.38 0.39 0.62 0.40 0.51 0.81 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.43 0.43 0.47 0.40 0.29 0.46 0.26 0.49 0.46 0.46 0.40 0.49 0.53 0.37 0.46 0.62 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.33 0.37 0.30 0.08 0.41 0.02 0.42 0.49 0.36 0.27 0.37 0.53 0.30 0.34 0.54 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00