ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43939

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 20, 95, 99, 54, 48, 31, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.091, 0.208, 0.326, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.208 std_dev=0.118
N1 A 0, 0.081, 0.218, 0.355, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.218 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.089, 0.229, 0.368, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.229 std_dev=0.140
C4 A 0, 0.211, 0.378, 0.545, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.378 std_dev=0.167
C6 A 0, 0.121, 0.298, 0.476, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.298 std_dev=0.177
C5 A 0, 0.185, 0.371, 0.557, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.371 std_dev=0.186
C2 B 0, 0.178, 0.367, 0.557, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.367 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.125, 0.323, 0.521, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.323 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.142, 0.342, 0.542, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.342 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.206, 0.407, 0.607, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.407 std_dev=0.201
N3 A 0, 0.169, 0.381, 0.593, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.381 std_dev=0.212
C1' A 0, 0.175, 0.392, 0.609, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.392 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.172, 0.389, 0.606, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.389 std_dev=0.217
C2 A 0, 0.104, 0.321, 0.538, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.321 std_dev=0.217
N2 B 0, 0.242, 0.461, 0.681, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.461 std_dev=0.219
O4 A 0, 0.305, 0.552, 0.799, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.552 std_dev=0.247
O4' B 0, 0.321, 0.571, 0.822, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.571 std_dev=0.251
O4' A 0, 0.224, 0.477, 0.730, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.477 std_dev=0.253
C1' B 0, 0.163, 0.428, 0.692, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.428 std_dev=0.264
C3' A 0, 0.271, 0.558, 0.846, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.558 std_dev=0.287
C2' A 0, 0.228, 0.517, 0.806, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.517 std_dev=0.289
C4' B 0, 0.375, 0.666, 0.957, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.666 std_dev=0.291
C8 B 0, 0.192, 0.496, 0.800, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.496 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.183, 0.492, 0.801, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.492 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.363, 0.675, 0.987, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.675 std_dev=0.312
C4' A 0, 0.269, 0.587, 0.904, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.587 std_dev=0.317
O3' A 0, 0.385, 0.747, 1.110, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.747 std_dev=0.363
O2 A 0, 0.151, 0.516, 0.881, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.516 std_dev=0.365
O6 B 0, 0.194, 0.580, 0.966, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.580 std_dev=0.386
C3' B 0, 0.514, 0.905, 1.295, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.905 std_dev=0.390
O2' A 0, 0.372, 0.778, 1.184, 3.309 max_d=3.309 avg_d=0.778 std_dev=0.406
C5' A 0, 0.416, 0.824, 1.232, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.824 std_dev=0.408
O5' B 0, 0.433, 0.865, 1.297, 4.074 max_d=4.074 avg_d=0.865 std_dev=0.432
O5' A 0, 0.534, 1.001, 1.467, 3.044 max_d=3.044 avg_d=1.001 std_dev=0.467
P B 0, 0.374, 0.872, 1.370, 6.273 max_d=6.273 avg_d=0.872 std_dev=0.498
C5' B 0, 0.467, 0.999, 1.530, 2.986 max_d=2.986 avg_d=0.999 std_dev=0.531
O2' B 0, 0.691, 1.284, 1.878, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.284 std_dev=0.593
OP2 B 0, 0.401, 1.038, 1.674, 8.477 max_d=8.477 avg_d=1.038 std_dev=0.636
OP1 B 0, 0.430, 1.109, 1.787, 7.441 max_d=7.441 avg_d=1.109 std_dev=0.679
P A 0, 0.689, 1.480, 2.270, 4.487 max_d=4.487 avg_d=1.480 std_dev=0.791
O3' B 0, 0.706, 1.551, 2.397, 3.794 max_d=3.794 avg_d=1.551 std_dev=0.845
OP1 A 0, 0.845, 1.835, 2.825, 5.143 max_d=5.143 avg_d=1.835 std_dev=0.990
OP2 A 0, 0.613, 1.859, 3.105, 6.040 max_d=6.040 avg_d=1.859 std_dev=1.246

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.18 0.35 0.41 0.22
C2 0.04 0.00 0.11 0.12 0.07 0.06 0.03 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.06 0.36 0.50 0.72 0.45
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.09 0.03 0.09 0.18 0.01 0.03 0.08 0.01 0.25 0.28 0.32 0.19
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.15 0.08 0.13 0.16 0.02 0.01 0.16 0.02 0.34 0.27 0.26 0.23
C4 0.05 0.07 0.08 0.14 0.00 0.11 0.01 0.23 0.02 0.05 0.02 0.05 0.12 0.15 0.01 0.05 0.55 0.83 1.12 0.77
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.08 0.09 0.03 0.12 0.00 0.02 0.30 0.33 0.12
C5 0.03 0.03 0.08 0.16 0.01 0.14 0.00 0.26 0.01 0.02 0.03 0.02 0.12 0.17 0.01 0.07 0.58 0.89 1.13 0.82
C5' 0.04 0.13 0.04 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.22 0.13 0.18 0.11 0.07 0.07 0.25 0.02 0.01 0.24 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.02 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.16 0.02 0.08 0.51 0.70 0.87 0.66
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.36 0.48 0.66 0.44
N3 0.04 0.01 0.09 0.13 0.02 0.08 0.03 0.18 0.04 0.03 0.00 0.02 0.13 0.14 0.02 0.05 0.45 0.65 0.92 0.60
O2 0.05 0.01 0.18 0.16 0.05 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.19 0.02 0.10 0.28 0.44 0.60 0.33
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.12 0.09 0.12 0.07 0.11 0.06 0.13 0.20 0.00 0.06 0.14 0.07 0.11 0.48 0.30 0.17
O3' 0.06 0.13 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.07 0.16 0.07 0.14 0.19 0.06 0.00 0.16 0.04 0.31 0.45 0.30 0.25
O4 0.03 0.02 0.08 0.16 0.01 0.12 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.16 0.00 0.05 0.72 0.96 1.56 1.08
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.10 0.07 0.04 0.05 0.00 0.16 0.37 0.43 0.24
O5' 0.18 0.36 0.25 0.34 0.55 0.02 0.58 0.01 0.51 0.36 0.45 0.28 0.11 0.31 0.72 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.35 0.50 0.28 0.27 0.83 0.30 0.89 0.24 0.70 0.48 0.65 0.44 0.48 0.45 0.96 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.72 0.32 0.26 1.12 0.33 1.13 0.37 0.87 0.66 0.92 0.60 0.30 0.30 1.56 0.43 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.45 0.19 0.23 0.77 0.12 0.82 0.02 0.66 0.44 0.60 0.33 0.17 0.25 1.08 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.47 0.51 0.38 0.34 0.47 0.32 0.60 0.45 0.63 0.67 0.58 0.71 0.44 0.72 0.49 0.61 0.36 0.45 0.33 0.91 0.13 0.21 0.12
C2 0.57 0.54 0.45 0.38 0.49 0.42 0.58 0.47 0.62 0.65 0.59 0.67 0.48 0.68 0.52 0.69 0.44 0.51 0.45 0.96 0.23 0.36 0.21
C2' 0.47 0.54 0.43 0.38 0.54 0.34 0.67 0.50 0.68 0.76 0.61 0.72 0.48 0.81 0.56 0.61 0.38 0.46 0.39 0.98 0.23 0.28 0.24
C3' 0.29 0.46 0.44 0.36 0.45 0.25 0.60 0.37 0.63 0.65 0.55 0.51 0.40 0.74 0.43 0.41 0.38 0.33 0.27 0.82 0.24 0.26 0.25
C4 0.51 0.51 0.43 0.42 0.41 0.50 0.47 0.54 0.55 0.49 0.55 0.43 0.46 0.53 0.43 0.52 0.47 0.55 0.48 0.70 0.31 0.46 0.29
C4' 0.28 0.45 0.42 0.37 0.41 0.24 0.57 0.39 0.61 0.60 0.53 0.55 0.37 0.70 0.40 0.42 0.40 0.33 0.21 0.76 0.28 0.31 0.24
C5 0.45 0.50 0.42 0.41 0.41 0.48 0.50 0.53 0.59 0.47 0.57 0.41 0.43 0.56 0.39 0.46 0.45 0.53 0.46 0.65 0.35 0.47 0.32
C5' 0.30 0.47 0.56 0.46 0.44 0.31 0.60 0.40 0.65 0.60 0.57 0.42 0.40 0.72 0.41 0.47 0.48 0.35 0.31 0.71 0.45 0.53 0.37
C6 0.39 0.46 0.37 0.36 0.38 0.40 0.51 0.46 0.59 0.51 0.54 0.43 0.38 0.61 0.37 0.43 0.40 0.46 0.42 0.71 0.30 0.41 0.28
N1 0.44 0.46 0.34 0.31 0.40 0.34 0.53 0.43 0.58 0.58 0.53 0.57 0.39 0.65 0.42 0.53 0.35 0.43 0.39 0.84 0.19 0.32 0.18
N3 0.58 0.53 0.46 0.42 0.47 0.48 0.53 0.50 0.58 0.59 0.57 0.56 0.49 0.61 0.50 0.64 0.49 0.54 0.48 0.88 0.27 0.42 0.25
O2 0.72 0.68 0.61 0.49 0.64 0.49 0.71 0.55 0.74 0.78 0.72 0.90 0.63 0.79 0.68 0.92 0.54 0.60 0.49 1.12 0.30 0.36 0.26
O2' 0.70 0.72 0.63 0.56 0.73 0.55 0.82 0.74 0.82 0.92 0.77 1.00 0.69 0.93 0.76 0.89 0.52 0.69 0.43 1.17 0.25 0.25 0.23
O3' 0.33 0.49 0.52 0.45 0.49 0.25 0.63 0.37 0.65 0.68 0.57 0.55 0.44 0.76 0.47 0.44 0.45 0.33 0.17 0.85 0.23 0.18 0.22
O4 0.47 0.60 0.48 0.43 0.48 0.53 0.52 0.60 0.61 0.46 0.62 0.39 0.54 0.53 0.44 0.50 0.55 0.52 0.49 0.71 0.39 0.49 0.31
O4' 0.34 0.45 0.35 0.31 0.40 0.26 0.55 0.41 0.59 0.59 0.53 0.60 0.38 0.67 0.40 0.48 0.35 0.37 0.24 0.78 0.19 0.25 0.15
O5' 0.58 0.74 0.82 0.62 0.69 0.55 0.78 0.56 0.84 0.72 0.80 0.48 0.69 0.82 0.64 0.72 0.61 0.58 0.58 0.59 0.53 0.76 0.54
OP1 0.65 0.81 0.94 0.78 0.79 0.63 0.92 0.66 0.99 0.85 0.92 0.58 0.74 0.98 0.74 0.86 0.87 0.61 0.59 0.92 0.86 0.95 0.68
OP2 0.91 1.17 1.04 0.79 1.11 0.73 1.24 0.72 1.33 1.11 1.29 0.88 1.08 1.26 1.03 1.01 0.79 0.85 0.64 0.97 0.67 0.83 0.56
P 0.65 0.85 0.89 0.67 0.81 0.57 0.93 0.58 1.00 0.84 0.95 0.55 0.78 0.97 0.75 0.80 0.69 0.62 0.55 0.75 0.61 0.82 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.35 0.01 0.33 0.03 0.48 0.44 0.33
C2 0.05 0.00 0.34 0.23 0.01 0.23 0.03 0.33 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.34 0.51 0.35 0.51 0.02 0.55 0.69 0.51
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.18 0.03 0.10 0.22 0.16 0.20 0.27 0.38 0.34 0.12 0.03 0.01 0.07 0.03 0.53 0.12 0.76 0.72 0.63
C3' 0.03 0.23 0.01 0.00 0.23 0.01 0.33 0.03 0.33 0.37 0.28 0.21 0.20 0.40 0.22 0.03 0.01 0.03 0.36 0.36 0.62 0.41 0.43
C4 0.02 0.01 0.18 0.23 0.00 0.08 0.01 0.22 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.32 0.18 0.53 0.01 0.57 0.68 0.52
C4' 0.02 0.23 0.03 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.10 0.29 0.16 0.37 0.22 0.25 0.10 0.31 0.05 0.01 0.02 0.12 0.36 0.28 0.11
C5 0.02 0.03 0.10 0.33 0.01 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.25 0.09 0.65 0.01 0.69 0.84 0.68
C5' 0.10 0.33 0.22 0.03 0.22 0.01 0.28 0.00 0.28 0.41 0.29 0.50 0.30 0.40 0.20 0.15 0.23 0.02 0.01 0.27 0.29 0.36 0.02
C6 0.03 0.07 0.16 0.33 0.02 0.10 0.01 0.28 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.27 0.30 0.15 0.65 0.01 0.71 0.90 0.70
C8 0.02 0.02 0.20 0.37 0.01 0.29 0.01 0.41 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.49 0.23 0.19 0.71 0.03 0.72 0.78 0.70
N1 0.05 0.02 0.27 0.28 0.04 0.16 0.02 0.29 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.26 0.41 0.28 0.58 0.01 0.62 0.81 0.60
N2 0.06 0.01 0.38 0.21 0.02 0.37 0.01 0.50 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.54 0.64 0.46 0.61 0.03 0.68 0.70 0.57
N3 0.05 0.01 0.34 0.20 0.01 0.22 0.01 0.30 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.51 0.35 0.47 0.02 0.53 0.62 0.46
N7 0.02 0.03 0.12 0.40 0.01 0.25 0.00 0.40 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.47 0.25 0.11 0.76 0.03 0.81 0.94 0.80
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.21 0.02 0.52 0.02 0.55 0.60 0.49
O2' 0.03 0.34 0.01 0.03 0.19 0.31 0.29 0.15 0.27 0.49 0.26 0.54 0.34 0.47 0.22 0.00 0.11 0.21 0.38 0.32 0.72 0.70 0.53
O3' 0.35 0.51 0.07 0.01 0.32 0.05 0.25 0.23 0.30 0.23 0.41 0.64 0.51 0.25 0.21 0.11 0.00 0.24 0.35 0.21 0.72 0.47 0.47
O4' 0.01 0.35 0.03 0.03 0.18 0.01 0.09 0.02 0.15 0.19 0.28 0.46 0.35 0.11 0.02 0.21 0.24 0.00 0.28 0.11 0.39 0.39 0.25
O5' 0.33 0.51 0.53 0.36 0.53 0.02 0.65 0.01 0.65 0.71 0.58 0.61 0.47 0.76 0.52 0.38 0.35 0.28 0.00 0.91 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.36 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.32 0.21 0.11 0.91 0.00 1.05 1.15 0.97
OP1 0.48 0.55 0.76 0.62 0.57 0.36 0.69 0.29 0.71 0.72 0.62 0.68 0.53 0.81 0.55 0.72 0.72 0.39 0.02 1.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.69 0.72 0.41 0.68 0.28 0.84 0.36 0.90 0.78 0.81 0.70 0.62 0.94 0.60 0.70 0.47 0.39 0.03 1.15 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.51 0.63 0.43 0.52 0.11 0.68 0.02 0.70 0.70 0.60 0.57 0.46 0.80 0.49 0.53 0.47 0.25 0.01 0.97 0.01 0.01 0.00