ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

19, 33, 4, 5, 2, 11, 42, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.032, 0.093, 0.153, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.093 std_dev=0.060
N1 A 0, 0.038, 0.138, 0.237, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.138 std_dev=0.100
N1 B 0, 0.103, 0.202, 0.302, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.202 std_dev=0.100
N9 B 0, 0.063, 0.189, 0.314, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.189 std_dev=0.126
C6 A 0, 0.099, 0.274, 0.449, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.274 std_dev=0.175
C5 A 0, 0.123, 0.320, 0.517, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.320 std_dev=0.197
C2 A 0, 0.090, 0.317, 0.544, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.317 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.110, 0.390, 0.671, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.390 std_dev=0.281
C1' A 0, 0.063, 0.359, 0.655, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.359 std_dev=0.296
C4 A 0, 0.103, 0.403, 0.704, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.403 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.096, 0.400, 0.705, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.400 std_dev=0.304
N3 A 0, 0.109, 0.453, 0.796, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.453 std_dev=0.343
O2 A 0, 0.184, 0.541, 0.899, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.541 std_dev=0.357
N3 B 0, 0.092, 0.451, 0.811, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.451 std_dev=0.359
N4 A 0, 0.176, 0.581, 0.987, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.581 std_dev=0.405
C5 B 0, 0.115, 0.544, 0.974, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.544 std_dev=0.429
C6 B 0, 0.138, 0.588, 1.038, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.588 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.144, 0.595, 1.046, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.595 std_dev=0.451
O4' A 0, 0.001, 0.489, 0.976, 2.806 max_d=2.806 avg_d=0.489 std_dev=0.488
C3' B 0, 0.064, 0.558, 1.052, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.558 std_dev=0.494
C8 B 0, 0.149, 0.675, 1.201, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.675 std_dev=0.526
C4' B 0, 0.123, 0.692, 1.261, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.692 std_dev=0.569
C2' B 0, 0.142, 0.717, 1.292, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.717 std_dev=0.575
C4' A 0, 0.077, 0.771, 1.464, 3.490 max_d=3.490 avg_d=0.771 std_dev=0.694
O5' B 0, 0.177, 0.887, 1.597, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.887 std_dev=0.710
C2' A 0, 0.089, 0.820, 1.550, 2.842 max_d=2.842 avg_d=0.820 std_dev=0.731
N7 B 0, 0.176, 0.930, 1.683, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.930 std_dev=0.754
C3' A 0, 0.138, 0.892, 1.647, 2.792 max_d=2.792 avg_d=0.892 std_dev=0.754
C5' B 0, 0.145, 0.927, 1.709, 3.031 max_d=3.031 avg_d=0.927 std_dev=0.782
O3' A 0, 0.136, 0.925, 1.714, 3.202 max_d=3.202 avg_d=0.925 std_dev=0.789
N6 B 0, 0.187, 1.021, 1.855, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.021 std_dev=0.834
O3' B 0, 0.117, 1.000, 1.884, 3.667 max_d=3.667 avg_d=1.000 std_dev=0.884
P B 0, 0.159, 1.140, 2.120, 3.366 max_d=3.366 avg_d=1.140 std_dev=0.980
O2' A 0, 0.108, 1.225, 2.343, 4.527 max_d=4.527 avg_d=1.225 std_dev=1.118
OP2 B 0, 0.216, 1.371, 2.525, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.371 std_dev=1.155
C5' A 0, -0.016, 1.176, 2.368, 6.419 max_d=6.419 avg_d=1.176 std_dev=1.192
O5' A 0, -0.043, 1.235, 2.513, 7.334 max_d=7.334 avg_d=1.235 std_dev=1.278
OP1 B 0, 0.199, 1.530, 2.861, 4.952 max_d=4.952 avg_d=1.530 std_dev=1.331
O2' B 0, 0.318, 1.729, 3.139, 3.322 max_d=3.322 avg_d=1.729 std_dev=1.410
P A 0, 0.005, 1.965, 3.926, 10.162 max_d=10.162 avg_d=1.965 std_dev=1.960
OP2 A 0, -0.219, 1.911, 4.041, 11.889 max_d=11.889 avg_d=1.911 std_dev=2.130
OP1 A 0, 0.172, 2.476, 4.780, 10.495 max_d=10.495 avg_d=2.476 std_dev=2.304

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.20 0.00 0.16 0.43 0.25 0.20
C2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.04 0.13 0.02 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.14 0.30 0.89 0.47 0.41
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.12 0.15 0.02 0.12 0.04 0.26 0.00 0.03 0.01 0.32 0.40 0.41 0.34
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.17 0.10 0.18 0.07 0.19 0.01 0.01 0.02 0.13 0.29 0.21 0.17
C4 0.03 0.04 0.05 0.16 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.22 0.09 0.04 0.25 1.10 0.62 0.33
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.18 0.05 0.11 0.04 0.25 0.15 0.03 0.01 0.01 0.33 0.27 0.09
C5 0.01 0.02 0.12 0.19 0.01 0.17 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.27 0.12 0.12 0.38 1.10 0.76 0.44
C5' 0.05 0.23 0.12 0.02 0.17 0.01 0.30 0.00 0.31 0.10 0.20 0.10 0.43 0.04 0.12 0.01 0.01 0.41 0.44 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.17 0.01 0.18 0.00 0.31 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.26 0.12 0.15 0.40 0.91 0.67 0.42
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.11 0.01 0.20 0.71 0.41 0.25
N3 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.11 0.02 0.20 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.09 0.27 1.05 0.54 0.41
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.04 0.03 0.21 1.21 0.69 0.28
O2 0.04 0.01 0.26 0.19 0.03 0.25 0.02 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.32 0.22 0.25 0.52 0.99 0.62 0.65
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.22 0.15 0.27 0.04 0.26 0.12 0.18 0.12 0.32 0.00 0.05 0.10 0.23 0.43 0.48 0.33
O3' 0.20 0.13 0.03 0.01 0.09 0.03 0.12 0.12 0.12 0.11 0.09 0.04 0.22 0.05 0.00 0.14 0.18 0.41 0.37 0.22
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.09 0.03 0.25 0.10 0.14 0.00 0.12 0.42 0.22 0.23
O5' 0.16 0.30 0.32 0.13 0.25 0.01 0.38 0.01 0.40 0.20 0.27 0.21 0.52 0.23 0.18 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.43 0.89 0.40 0.29 1.10 0.33 1.10 0.41 0.91 0.71 1.05 1.21 0.99 0.43 0.41 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.47 0.41 0.21 0.62 0.27 0.76 0.44 0.67 0.41 0.54 0.69 0.62 0.48 0.37 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.41 0.34 0.17 0.33 0.09 0.44 0.01 0.42 0.25 0.41 0.28 0.65 0.33 0.22 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.28 0.39 0.27 0.28 0.37 0.37 0.38 0.39 0.37 0.32 0.25 0.42 0.47 0.26 0.26 0.39 0.38 0.24 0.25 0.14 0.12
C2 0.58 0.33 0.32 0.59 0.29 0.68 0.30 0.59 0.33 0.34 0.23 0.43 0.56 0.50 0.33 0.53 0.63 0.72 0.44 0.30 0.21 0.16
C2' 0.38 0.54 0.67 0.26 0.54 0.24 0.62 0.33 0.62 0.61 0.58 0.50 0.41 0.67 0.50 0.59 0.29 0.24 0.27 0.26 0.30 0.16
C3' 0.53 0.53 0.96 0.34 0.53 0.22 0.50 0.18 0.49 0.51 0.50 0.54 0.30 0.48 0.54 0.92 0.25 0.27 0.21 0.15 0.22 0.02
C4 0.52 0.31 0.26 0.54 0.27 0.62 0.40 0.54 0.46 0.39 0.29 0.40 0.80 0.63 0.29 0.36 0.52 0.65 0.47 0.26 0.33 0.21
C4' 0.57 0.62 1.01 0.41 0.60 0.37 0.58 0.32 0.59 0.55 0.61 0.62 0.55 0.55 0.58 1.02 0.37 0.41 0.34 0.21 0.38 0.17
C5 0.30 0.25 0.28 0.40 0.24 0.47 0.47 0.47 0.54 0.43 0.37 0.24 0.84 0.67 0.22 0.26 0.41 0.48 0.41 0.25 0.33 0.22
C5' 0.88 1.01 1.38 0.66 0.94 0.53 0.90 0.38 0.93 0.80 0.98 0.99 0.87 0.82 0.88 1.55 0.54 0.59 0.46 0.33 0.47 0.22
C6 0.19 0.26 0.37 0.31 0.25 0.39 0.46 0.41 0.51 0.42 0.37 0.21 0.71 0.62 0.21 0.34 0.37 0.38 0.35 0.23 0.25 0.17
N1 0.28 0.16 0.21 0.36 0.15 0.46 0.33 0.45 0.37 0.33 0.23 0.18 0.55 0.51 0.14 0.15 0.43 0.47 0.33 0.24 0.16 0.11
N3 0.67 0.42 0.40 0.66 0.36 0.73 0.36 0.62 0.40 0.39 0.30 0.53 0.68 0.58 0.40 0.62 0.65 0.78 0.50 0.29 0.30 0.21
N4 0.50 0.29 0.18 0.47 0.16 0.56 0.38 0.43 0.48 0.34 0.24 0.39 0.88 0.66 0.16 0.35 0.40 0.62 0.29 0.15 0.18 0.10
O2 0.75 0.50 0.52 0.73 0.45 0.81 0.35 0.68 0.35 0.38 0.35 0.60 0.48 0.47 0.48 0.83 0.79 0.86 0.47 0.37 0.19 0.19
O2' 0.75 0.98 0.71 0.54 0.95 0.49 1.00 0.45 1.01 0.95 1.00 0.94 0.55 0.99 0.90 0.59 0.46 0.66 0.44 0.39 0.49 0.28
O3' 0.28 0.26 0.60 0.14 0.25 0.14 0.25 0.17 0.26 0.25 0.25 0.26 0.18 0.27 0.26 0.46 0.35 0.22 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.42 0.48 0.70 0.34 0.48 0.41 0.54 0.40 0.56 0.52 0.52 0.46 0.57 0.58 0.47 0.64 0.42 0.45 0.28 0.22 0.29 0.15
O5' 0.89 1.12 1.36 0.61 1.05 0.48 1.08 0.36 1.12 0.94 1.13 1.08 1.00 1.03 0.97 1.59 0.53 0.55 0.38 0.40 0.52 0.28
OP1 1.35 2.03 1.67 0.72 1.77 0.57 1.85 0.29 2.03 1.38 2.09 1.88 2.02 1.62 1.51 2.11 0.65 0.86 0.24 0.84 0.98 0.59
OP2 1.00 1.14 1.62 0.91 1.03 0.69 1.00 0.58 1.07 0.82 1.12 1.12 0.66 0.89 0.95 2.09 0.88 0.65 0.62 0.62 0.84 0.56
P 1.43 1.76 1.93 1.06 1.63 0.84 1.61 0.57 1.67 1.36 1.74 1.71 1.49 1.45 1.49 2.33 0.98 0.96 0.59 0.36 0.64 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.01 0.18 0.21 0.27 0.20
C2 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.06 0.02 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.47 0.42 0.08 0.25 0.33 0.54 0.31
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.22 0.09 0.07 0.15 0.17 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.52 0.43 0.68 0.55
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.27 0.01 0.42 0.02 0.40 0.48 0.31 0.16 0.46 0.52 0.28 0.02 0.01 0.02 0.16 0.30 0.27 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.27 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.41 0.20 0.04 0.27 0.32 0.55 0.31
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.16 0.26 0.11 0.06 0.19 0.26 0.12 0.35 0.02 0.00 0.02 0.15 0.17 0.08
C5 0.01 0.02 0.06 0.42 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.46 0.09 0.03 0.42 0.47 0.84 0.49
C5' 0.07 0.10 0.22 0.02 0.12 0.01 0.23 0.00 0.23 0.28 0.18 0.08 0.26 0.32 0.12 0.12 0.25 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01
C6 0.02 0.04 0.09 0.40 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.53 0.11 0.04 0.43 0.52 0.90 0.52
C8 0.01 0.01 0.07 0.48 0.00 0.26 0.00 0.28 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.24 0.07 0.46 0.42 0.77 0.46
N1 0.03 0.01 0.15 0.31 0.02 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.52 0.24 0.06 0.35 0.44 0.74 0.43
N3 0.03 0.01 0.17 0.16 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.47 0.08 0.21 0.27 0.43 0.25
N6 0.02 0.01 0.07 0.46 0.01 0.19 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.55 0.14 0.03 0.46 0.52 1.00 0.55
N7 0.01 0.02 0.05 0.52 0.00 0.26 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.27 0.05 0.54 0.56 1.02 0.60
N9 0.00 0.01 0.02 0.28 0.00 0.12 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.09 0.01 0.25 0.26 0.46 0.27
O2' 0.01 0.47 0.00 0.02 0.41 0.35 0.46 0.12 0.53 0.30 0.52 0.41 0.55 0.41 0.27 0.00 0.04 0.24 0.36 0.28 0.77 0.45
O3' 0.37 0.42 0.03 0.01 0.20 0.02 0.09 0.25 0.11 0.24 0.24 0.47 0.14 0.27 0.09 0.04 0.00 0.24 0.29 0.65 0.45 0.43
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06 0.08 0.03 0.05 0.01 0.24 0.24 0.00 0.10 0.14 0.20 0.11
O5' 0.18 0.25 0.52 0.16 0.27 0.02 0.42 0.01 0.43 0.46 0.35 0.21 0.46 0.54 0.25 0.36 0.29 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.33 0.43 0.30 0.32 0.15 0.47 0.14 0.52 0.42 0.44 0.27 0.52 0.56 0.26 0.28 0.65 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.54 0.68 0.27 0.55 0.17 0.84 0.15 0.90 0.77 0.74 0.43 1.00 1.02 0.46 0.77 0.45 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.31 0.55 0.19 0.31 0.08 0.49 0.01 0.52 0.46 0.43 0.25 0.55 0.60 0.27 0.45 0.43 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00