ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43960

back

Distances from reference structure (by RMSD)

30, 19, 25, 45, 19, 15, 13, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.070, 0.187, 0.305, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.187 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.065, 0.184, 0.304, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.184 std_dev=0.120
N3 B 0, 0.055, 0.190, 0.326, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.190 std_dev=0.136
C2 A 0, 0.119, 0.255, 0.391, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.255 std_dev=0.136
N3 A 0, 0.129, 0.272, 0.415, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.272 std_dev=0.143
N2 B 0, 0.068, 0.218, 0.368, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.218 std_dev=0.150
C4 A 0, 0.108, 0.290, 0.472, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.290 std_dev=0.182
C6 A 0, 0.103, 0.287, 0.472, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.287 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.117, 0.304, 0.491, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.304 std_dev=0.187
C1' A 0, 0.052, 0.252, 0.453, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.252 std_dev=0.200
O4' A 0, 0.069, 0.273, 0.476, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.273 std_dev=0.203
N9 B 0, 0.079, 0.294, 0.509, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.294 std_dev=0.215
C5 A 0, 0.114, 0.339, 0.564, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.339 std_dev=0.225
O2 A 0, 0.152, 0.395, 0.638, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.395 std_dev=0.243
C2 B 0, 0.065, 0.310, 0.556, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.310 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.143, 0.389, 0.635, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.389 std_dev=0.246
N4 A 0, 0.041, 0.295, 0.548, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.295 std_dev=0.254
O6 B 0, 0.130, 0.400, 0.670, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.400 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.048, 0.328, 0.608, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.328 std_dev=0.280
C3' A 0, 0.103, 0.387, 0.670, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.387 std_dev=0.283
C2' A 0, 0.073, 0.358, 0.643, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.358 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.094, 0.384, 0.674, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.384 std_dev=0.290
N7 B 0, 0.109, 0.413, 0.717, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.413 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.086, 0.410, 0.734, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.410 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.162, 0.487, 0.812, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.487 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.015, 0.351, 0.687, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.351 std_dev=0.336
O3' A 0, 0.203, 0.572, 0.941, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.572 std_dev=0.369
O2' A 0, 0.114, 0.512, 0.911, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.512 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.056, 0.494, 0.932, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.494 std_dev=0.438
O5' A 0, 0.179, 0.663, 1.147, 2.748 max_d=2.748 avg_d=0.663 std_dev=0.484
C3' B 0, 0.075, 0.597, 1.119, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.597 std_dev=0.522
OP2 B 0, 0.414, 0.948, 1.482, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.948 std_dev=0.534
P B 0, 0.324, 0.865, 1.405, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.865 std_dev=0.540
O4' B 0, 0.050, 0.602, 1.154, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.602 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.021, 0.696, 1.371, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.696 std_dev=0.675
O5' B 0, 0.334, 1.060, 1.787, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.060 std_dev=0.726
OP1 B 0, 0.471, 1.241, 2.012, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.241 std_dev=0.771
P A 0, 0.250, 1.042, 1.833, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.042 std_dev=0.791
O3' B 0, 0.048, 0.906, 1.763, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.906 std_dev=0.858
C5' B 0, 0.069, 1.002, 1.934, 3.290 max_d=3.290 avg_d=1.002 std_dev=0.933
OP1 A 0, 0.344, 1.283, 2.223, 4.144 max_d=4.144 avg_d=1.283 std_dev=0.939
OP2 A 0, 0.227, 1.273, 2.318, 5.999 max_d=5.999 avg_d=1.273 std_dev=1.046
O2' B 0, -0.081, 1.015, 2.110, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.015 std_dev=1.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.13 0.14 0.24 0.15
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.06 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.05 0.27 0.28 0.53 0.35
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.08 0.06 0.15 0.00 0.02 0.01 0.17 0.16 0.24 0.15
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.15 0.01 0.15 0.02 0.14 0.08 0.12 0.09 0.14 0.02 0.01 0.02 0.22 0.18 0.23 0.18
C4 0.05 0.06 0.08 0.15 0.00 0.10 0.01 0.18 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.08 0.17 0.05 0.44 0.56 0.84 0.61
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.18 0.17 0.06
C5 0.02 0.02 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.17 0.05 0.47 0.60 0.85 0.66
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.13 0.13 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.15 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.15 0.06 0.42 0.45 0.66 0.53
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.08 0.02 0.29 0.27 0.48 0.35
N3 0.04 0.01 0.08 0.12 0.02 0.06 0.03 0.13 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.05 0.35 0.40 0.69 0.47
N4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.03 0.24 0.54 0.61 0.37
O2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.16 0.08 0.20 0.22 0.42 0.24
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.09 0.06 0.14 0.00 0.05 0.06 0.10 0.27 0.18 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.17 0.02 0.17 0.04 0.15 0.08 0.13 0.11 0.16 0.05 0.00 0.02 0.22 0.32 0.26 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.08 0.06 0.02 0.00 0.12 0.16 0.18 0.13
O5' 0.13 0.27 0.17 0.22 0.44 0.02 0.47 0.01 0.42 0.29 0.35 0.24 0.20 0.10 0.22 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.28 0.16 0.18 0.56 0.18 0.60 0.15 0.45 0.27 0.40 0.54 0.22 0.27 0.32 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.53 0.24 0.23 0.84 0.17 0.85 0.21 0.66 0.48 0.69 0.61 0.42 0.18 0.26 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.35 0.15 0.18 0.61 0.06 0.66 0.02 0.53 0.35 0.47 0.37 0.24 0.10 0.21 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.41 0.49 0.28 0.27 0.34 0.38 0.44 0.36 0.54 0.45 0.56 0.28 0.37 0.48 0.34 0.50 0.46 0.49 0.31 0.44 0.08 0.18 0.08
C2 0.54 0.44 0.37 0.43 0.33 0.52 0.40 0.50 0.50 0.51 0.53 0.31 0.34 0.48 0.41 0.56 0.51 0.60 0.45 0.46 0.19 0.37 0.20
C2' 0.36 0.49 0.28 0.27 0.34 0.37 0.43 0.37 0.51 0.45 0.55 0.22 0.38 0.47 0.32 0.46 0.46 0.44 0.33 0.36 0.10 0.25 0.13
C3' 0.25 0.50 0.39 0.21 0.37 0.30 0.44 0.27 0.52 0.40 0.56 0.18 0.41 0.45 0.30 0.34 0.44 0.37 0.17 0.32 0.10 0.08 0.02
C4 0.44 0.52 0.41 0.39 0.39 0.50 0.51 0.53 0.65 0.49 0.65 0.39 0.40 0.55 0.39 0.46 0.46 0.54 0.47 0.62 0.32 0.41 0.27
C4' 0.27 0.50 0.37 0.22 0.36 0.29 0.45 0.25 0.53 0.41 0.56 0.21 0.40 0.47 0.30 0.37 0.46 0.39 0.11 0.38 0.19 0.17 0.08
C5 0.38 0.59 0.47 0.32 0.47 0.42 0.61 0.45 0.74 0.52 0.72 0.39 0.46 0.63 0.41 0.48 0.42 0.47 0.42 0.65 0.35 0.35 0.25
C5' 0.28 0.51 0.51 0.27 0.41 0.28 0.50 0.24 0.58 0.46 0.59 0.22 0.43 0.54 0.35 0.42 0.46 0.37 0.15 0.45 0.34 0.36 0.19
C6 0.35 0.57 0.43 0.28 0.44 0.39 0.58 0.39 0.70 0.50 0.69 0.35 0.45 0.60 0.38 0.42 0.41 0.45 0.38 0.60 0.29 0.28 0.21
N1 0.40 0.49 0.30 0.30 0.34 0.42 0.46 0.41 0.57 0.45 0.59 0.30 0.36 0.50 0.33 0.43 0.44 0.50 0.38 0.50 0.17 0.27 0.15
N3 0.53 0.46 0.39 0.45 0.36 0.54 0.43 0.54 0.54 0.52 0.55 0.36 0.36 0.51 0.43 0.51 0.50 0.60 0.48 0.52 0.25 0.41 0.24
N4 0.54 0.39 0.43 0.53 0.32 0.66 0.40 0.66 0.48 0.55 0.49 0.19 0.31 0.53 0.43 0.47 0.60 0.70 0.45 0.27 0.20 0.25 0.18
O2 0.71 0.46 0.52 0.55 0.42 0.60 0.43 0.55 0.47 0.61 0.50 0.32 0.42 0.53 0.56 0.81 0.60 0.71 0.48 0.40 0.22 0.40 0.24
O2' 0.53 0.55 0.39 0.37 0.45 0.41 0.50 0.47 0.55 0.55 0.58 0.34 0.47 0.53 0.47 0.75 0.53 0.53 0.37 0.41 0.18 0.27 0.18
O3' 0.26 0.53 0.44 0.25 0.40 0.23 0.45 0.22 0.51 0.39 0.55 0.19 0.46 0.44 0.33 0.34 0.45 0.33 0.02 0.23 0.02 0.02 0.01
O4' 0.34 0.49 0.30 0.22 0.34 0.33 0.45 0.29 0.55 0.43 0.57 0.26 0.37 0.49 0.31 0.42 0.45 0.44 0.20 0.45 0.16 0.12 0.04
O5' 0.45 0.64 0.68 0.43 0.55 0.44 0.62 0.40 0.69 0.55 0.70 0.35 0.57 0.62 0.49 0.66 0.57 0.50 0.38 0.61 0.47 0.52 0.34
OP1 0.53 0.64 0.82 0.56 0.62 0.53 0.70 0.52 0.75 0.66 0.72 0.46 0.60 0.73 0.59 0.84 0.72 0.54 0.48 0.75 0.75 0.69 0.48
OP2 0.71 0.89 0.92 0.61 0.84 0.61 0.94 0.58 1.01 0.87 0.99 0.65 0.82 0.96 0.79 1.00 0.72 0.69 0.50 0.96 0.62 0.57 0.40
P 0.52 0.70 0.78 0.49 0.65 0.48 0.74 0.45 0.81 0.67 0.79 0.46 0.63 0.76 0.60 0.80 0.63 0.54 0.40 0.78 0.59 0.59 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.43 0.03 0.65 0.52 0.40
C2 0.06 0.00 0.26 0.13 0.01 0.32 0.03 0.44 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.34 0.45 0.40 0.69 0.01 0.73 0.77 0.63
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.19 0.12 0.18 0.18 0.16 0.26 0.12 0.03 0.00 0.05 0.03 0.58 0.05 0.96 0.81 0.71
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.23 0.02 0.22 0.32 0.15 0.11 0.12 0.32 0.18 0.02 0.01 0.02 0.23 0.14 0.68 0.39 0.34
C4 0.03 0.01 0.13 0.15 0.00 0.12 0.01 0.24 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.27 0.20 0.60 0.01 0.67 0.70 0.55
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.11 0.29 0.24 0.22 0.30 0.23 0.09 0.26 0.03 0.01 0.02 0.09 0.41 0.32 0.11
C5 0.02 0.03 0.06 0.23 0.01 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.17 0.09 0.60 0.02 0.65 0.74 0.56
C5' 0.07 0.44 0.19 0.02 0.24 0.01 0.25 0.00 0.28 0.39 0.38 0.31 0.41 0.36 0.17 0.09 0.21 0.02 0.01 0.26 0.35 0.38 0.02
C6 0.03 0.07 0.12 0.22 0.02 0.11 0.01 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.20 0.21 0.16 0.63 0.01 0.67 0.78 0.60
C8 0.02 0.02 0.18 0.32 0.01 0.29 0.01 0.39 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.51 0.16 0.21 0.52 0.03 0.61 0.63 0.49
N1 0.06 0.02 0.18 0.15 0.04 0.24 0.02 0.38 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.21 0.36 0.33 0.70 0.01 0.72 0.81 0.65
N2 0.06 0.00 0.16 0.11 0.02 0.22 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.26 0.40 0.24 0.38 0.02 0.34 0.48 0.23
N3 0.06 0.01 0.26 0.12 0.01 0.30 0.01 0.41 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.34 0.46 0.40 0.66 0.01 0.73 0.73 0.59
N7 0.02 0.03 0.12 0.32 0.01 0.23 0.00 0.36 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.47 0.16 0.11 0.56 0.03 0.62 0.71 0.54
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.20 0.18 0.02 0.52 0.02 0.63 0.62 0.48
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.14 0.26 0.24 0.09 0.20 0.51 0.21 0.26 0.34 0.47 0.20 0.00 0.06 0.18 0.38 0.17 0.87 0.79 0.58
O3' 0.32 0.45 0.05 0.01 0.27 0.03 0.17 0.21 0.21 0.16 0.36 0.40 0.46 0.16 0.18 0.06 0.00 0.22 0.43 0.16 0.51 0.42 0.37
O4' 0.01 0.40 0.03 0.02 0.20 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.33 0.24 0.40 0.11 0.02 0.18 0.22 0.00 0.32 0.07 0.46 0.41 0.26
O5' 0.43 0.69 0.58 0.23 0.60 0.02 0.60 0.01 0.63 0.52 0.70 0.38 0.66 0.56 0.52 0.38 0.43 0.32 0.00 0.46 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.17 0.16 0.07 0.46 0.00 0.33 0.43 0.25
OP1 0.65 0.73 0.96 0.68 0.67 0.41 0.65 0.35 0.67 0.61 0.72 0.34 0.73 0.62 0.63 0.87 0.51 0.46 0.02 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.77 0.81 0.39 0.70 0.32 0.74 0.38 0.78 0.63 0.81 0.48 0.73 0.71 0.62 0.79 0.42 0.41 0.02 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.40 0.63 0.71 0.34 0.55 0.11 0.56 0.02 0.60 0.49 0.65 0.23 0.59 0.54 0.48 0.58 0.37 0.26 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00