ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43965

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 12, 7, 5, 5, 12, 58, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.052, 0.167, 0.282, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.167 std_dev=0.115
C5 B 0, 0.070, 0.203, 0.337, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.203 std_dev=0.134
N1 A 0, 0.064, 0.205, 0.346, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.205 std_dev=0.141
N3 B 0, 0.066, 0.230, 0.395, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.230 std_dev=0.165
N4 A 0, -0.016, 0.197, 0.409, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.197 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.100, 0.313, 0.527, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.313 std_dev=0.214
C6 A 0, 0.109, 0.324, 0.540, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.324 std_dev=0.215
O6 B 0, -0.014, 0.203, 0.420, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.203 std_dev=0.217
N9 B 0, 0.088, 0.345, 0.602, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.345 std_dev=0.257
N7 B 0, 0.097, 0.357, 0.617, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.357 std_dev=0.260
O4' B 0, 0.132, 0.402, 0.672, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.402 std_dev=0.270
C2 A 0, 0.083, 0.369, 0.654, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.369 std_dev=0.286
N3 A 0, 0.125, 0.414, 0.702, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.414 std_dev=0.289
N2 B 0, -0.093, 0.202, 0.496, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.202 std_dev=0.295
C1' A 0, 0.119, 0.415, 0.712, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.415 std_dev=0.297
C4 A 0, 0.110, 0.408, 0.705, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.408 std_dev=0.297
C2' A 0, 0.030, 0.348, 0.666, 2.498 max_d=2.498 avg_d=0.348 std_dev=0.318
C5 A 0, 0.134, 0.457, 0.779, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.457 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.093, 0.430, 0.766, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.430 std_dev=0.336
C8 B 0, 0.119, 0.467, 0.815, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.467 std_dev=0.348
C1' B 0, 0.097, 0.449, 0.801, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.449 std_dev=0.352
N1 B 0, 0.102, 0.459, 0.816, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.459 std_dev=0.357
O2' A 0, 0.041, 0.474, 0.906, 3.689 max_d=3.689 avg_d=0.474 std_dev=0.433
C4' B 0, 0.149, 0.585, 1.021, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.585 std_dev=0.436
C3' A 0, 0.176, 0.648, 1.121, 2.896 max_d=2.896 avg_d=0.648 std_dev=0.472
O5' B 0, 0.240, 0.715, 1.190, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.715 std_dev=0.475
O2 A 0, 0.157, 0.676, 1.195, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.676 std_dev=0.519
O3' A 0, 0.238, 0.761, 1.283, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.761 std_dev=0.523
C5' B 0, 0.222, 0.770, 1.318, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.770 std_dev=0.548
C3' B 0, 0.185, 0.742, 1.299, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.742 std_dev=0.557
C2' B 0, 0.166, 0.731, 1.296, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.731 std_dev=0.565
O4' A 0, 0.207, 0.782, 1.357, 3.605 max_d=3.605 avg_d=0.782 std_dev=0.575
P B 0, 0.298, 0.903, 1.508, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.903 std_dev=0.605
OP2 B 0, 0.399, 1.113, 1.827, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.113 std_dev=0.714
C4' A 0, 0.234, 0.951, 1.668, 4.441 max_d=4.441 avg_d=0.951 std_dev=0.717
OP1 B 0, 0.380, 1.158, 1.936, 2.329 max_d=2.329 avg_d=1.158 std_dev=0.778
O3' B 0, 0.292, 1.303, 2.314, 3.131 max_d=3.131 avg_d=1.303 std_dev=1.011
C5' A 0, 0.255, 1.268, 2.281, 7.235 max_d=7.235 avg_d=1.268 std_dev=1.013
O2' B 0, 0.276, 1.489, 2.701, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.489 std_dev=1.212
O5' A 0, 0.194, 1.548, 2.901, 8.995 max_d=8.995 avg_d=1.548 std_dev=1.353
P A 0, 0.244, 2.292, 4.340, 10.849 max_d=10.849 avg_d=2.292 std_dev=2.048
OP2 A 0, -0.187, 2.210, 4.607, 11.395 max_d=11.395 avg_d=2.210 std_dev=2.397
OP1 A 0, 0.913, 3.582, 6.251, 12.315 max_d=12.315 avg_d=3.582 std_dev=2.669

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.33 0.44 0.32 0.27
C2 0.03 0.00 0.10 0.07 0.07 0.09 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.10 0.31 0.47 0.47 0.34
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.06 0.10 0.02 0.08 0.05 0.19 0.00 0.02 0.01 0.64 1.02 0.27 0.70
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.13 0.02 0.01 0.01 0.45 0.64 0.34 0.43
C4 0.04 0.07 0.06 0.06 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.10 0.08 0.03 0.51 0.91 0.84 0.72
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.08 0.06 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.58 0.15
C5 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.22 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.13 0.05 0.08 0.67 1.21 1.03 0.95
C5' 0.05 0.15 0.06 0.02 0.15 0.01 0.22 0.00 0.22 0.10 0.15 0.15 0.23 0.05 0.04 0.02 0.01 0.30 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.05 0.10 0.67 1.11 0.83 0.86
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.44 0.66 0.45 0.49
N3 0.03 0.01 0.08 0.05 0.02 0.08 0.03 0.15 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.07 0.08 0.39 0.64 0.59 0.49
N4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.03 0.56 0.76 1.33 0.91
O2 0.03 0.01 0.19 0.13 0.04 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.28 0.13 0.17 0.20 0.30 0.57 0.20
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.10 0.02 0.13 0.05 0.15 0.04 0.12 0.07 0.28 0.00 0.05 0.01 0.67 1.18 0.30 0.77
O3' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.13 0.05 0.00 0.05 0.24 0.33 0.77 0.23
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.01 0.08 0.03 0.17 0.01 0.05 0.00 0.15 0.32 0.46 0.19
O5' 0.33 0.31 0.64 0.45 0.51 0.02 0.67 0.01 0.67 0.44 0.39 0.56 0.20 0.67 0.24 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.47 1.02 0.64 0.91 0.20 1.21 0.30 1.11 0.66 0.64 0.76 0.30 1.18 0.33 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.47 0.27 0.34 0.84 0.58 1.03 0.24 0.83 0.45 0.59 1.33 0.57 0.30 0.77 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.34 0.70 0.43 0.72 0.15 0.95 0.02 0.86 0.49 0.49 0.91 0.20 0.77 0.23 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.35 0.45 0.22 0.22 0.20 0.21 0.24 0.26 0.17 0.31 0.27 0.29 0.20 0.16 0.39 0.34 0.17 0.14 0.28 0.13 0.18 0.08
C2 0.17 0.50 0.38 0.27 0.29 0.25 0.31 0.29 0.42 0.22 0.50 0.26 0.38 0.25 0.18 0.26 0.34 0.22 0.19 0.32 0.16 0.21 0.10
C2' 0.19 0.39 0.44 0.25 0.29 0.21 0.31 0.26 0.35 0.25 0.38 0.24 0.33 0.29 0.23 0.42 0.31 0.20 0.21 0.27 0.09 0.08 0.06
C3' 0.26 0.37 0.52 0.20 0.33 0.18 0.38 0.21 0.41 0.31 0.40 0.31 0.34 0.39 0.28 0.54 0.36 0.24 0.11 0.33 0.11 0.09 0.02
C4 0.24 0.47 0.36 0.35 0.28 0.33 0.34 0.36 0.45 0.28 0.50 0.26 0.34 0.31 0.23 0.31 0.36 0.30 0.24 0.27 0.15 0.19 0.10
C4' 0.33 0.47 0.59 0.22 0.42 0.25 0.50 0.24 0.57 0.39 0.54 0.44 0.42 0.51 0.36 0.66 0.43 0.30 0.12 0.50 0.21 0.25 0.13
C5 0.27 0.43 0.44 0.34 0.31 0.33 0.35 0.35 0.41 0.31 0.44 0.27 0.34 0.34 0.28 0.44 0.35 0.32 0.24 0.23 0.14 0.17 0.08
C5' 0.44 0.73 0.63 0.28 0.63 0.32 0.76 0.28 0.88 0.54 0.85 0.60 0.63 0.72 0.51 0.83 0.48 0.40 0.17 0.68 0.24 0.28 0.12
C6 0.25 0.37 0.46 0.31 0.27 0.30 0.29 0.33 0.33 0.28 0.36 0.26 0.31 0.29 0.25 0.47 0.34 0.28 0.22 0.23 0.13 0.17 0.08
N1 0.16 0.39 0.42 0.26 0.23 0.24 0.25 0.28 0.32 0.21 0.37 0.25 0.30 0.22 0.17 0.36 0.33 0.20 0.18 0.28 0.14 0.18 0.07
N3 0.20 0.54 0.37 0.30 0.31 0.28 0.35 0.32 0.48 0.25 0.56 0.26 0.40 0.29 0.20 0.26 0.34 0.25 0.21 0.32 0.16 0.21 0.09
N4 0.17 0.23 0.18 0.15 0.14 0.16 0.15 0.18 0.20 0.18 0.23 0.27 0.19 0.18 0.14 0.16 0.16 0.21 0.13 0.24 0.13 0.26 0.09
O2 0.22 0.56 0.35 0.30 0.33 0.29 0.33 0.31 0.45 0.25 0.54 0.29 0.44 0.26 0.22 0.24 0.41 0.27 0.22 0.36 0.19 0.25 0.14
O2' 0.32 0.65 0.42 0.33 0.50 0.28 0.52 0.33 0.61 0.39 0.66 0.35 0.56 0.44 0.38 0.34 0.31 0.31 0.32 0.37 0.14 0.15 0.14
O3' 0.27 0.36 0.51 0.16 0.30 0.15 0.31 0.15 0.33 0.27 0.34 0.34 0.34 0.32 0.26 0.42 0.38 0.24 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01
O4' 0.25 0.35 0.54 0.21 0.29 0.24 0.34 0.24 0.38 0.27 0.37 0.35 0.31 0.35 0.26 0.55 0.40 0.25 0.10 0.41 0.22 0.27 0.14
O5' 0.99 1.10 1.20 0.47 1.06 0.59 1.08 0.48 1.10 1.02 1.10 1.19 1.07 1.07 1.02 1.43 0.31 0.78 0.43 1.27 0.31 0.27 0.23
OP1 1.87 2.40 1.95 1.02 2.24 1.08 2.37 0.74 2.48 2.08 2.47 2.27 2.26 2.30 2.06 2.30 0.79 1.47 0.76 2.55 0.49 0.38 0.32
OP2 0.68 1.32 0.78 0.57 1.09 0.57 1.27 0.72 1.50 0.90 1.48 1.48 1.12 1.16 0.87 1.14 0.94 0.53 0.67 1.92 1.36 1.13 1.02
P 1.29 1.57 1.45 0.54 1.48 0.65 1.56 0.45 1.63 1.43 1.61 1.55 1.48 1.55 1.40 1.80 0.38 0.97 0.46 1.83 0.54 0.45 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.39 0.01 0.21 0.02 0.19 0.35 0.22
C2 0.04 0.00 0.44 0.33 0.01 0.11 0.03 0.15 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.20 0.27 0.29 0.18 0.01 0.20 0.44 0.22
C2' 0.00 0.44 0.00 0.01 0.24 0.01 0.14 0.23 0.21 0.17 0.38 0.26 0.42 0.07 0.03 0.00 0.05 0.02 0.47 0.07 0.46 0.70 0.54
C3' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.34 0.01 0.45 0.02 0.46 0.39 0.44 0.21 0.27 0.47 0.28 0.03 0.01 0.03 0.10 0.21 0.20 0.26 0.16
C4 0.02 0.01 0.24 0.34 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.16 0.16 0.19 0.01 0.19 0.38 0.20
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.14 0.01 0.10 0.28 0.07 0.08 0.12 0.26 0.11 0.34 0.02 0.00 0.02 0.09 0.13 0.16 0.05
C5 0.01 0.03 0.14 0.45 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.06 0.29 0.01 0.29 0.51 0.31
C5' 0.08 0.15 0.23 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.17 0.29 0.13 0.12 0.15 0.30 0.11 0.11 0.27 0.01 0.01 0.19 0.18 0.12 0.01
C6 0.03 0.07 0.21 0.46 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.26 0.13 0.14 0.30 0.01 0.32 0.61 0.35
C8 0.02 0.02 0.17 0.39 0.01 0.28 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.45 0.17 0.19 0.30 0.02 0.28 0.36 0.26
N1 0.03 0.02 0.38 0.44 0.03 0.07 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.13 0.16 0.20 0.25 0.01 0.27 0.57 0.30
N2 0.05 0.00 0.26 0.21 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.21 0.14 0.13 0.02 0.18 0.34 0.20
N3 0.04 0.00 0.42 0.27 0.00 0.12 0.01 0.15 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.33 0.28 0.17 0.01 0.17 0.36 0.19
N7 0.02 0.03 0.07 0.47 0.00 0.26 0.00 0.30 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.23 0.11 0.37 0.02 0.37 0.52 0.37
N9 0.00 0.01 0.03 0.28 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.01 0.17 0.02 0.17 0.31 0.17
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.14 0.34 0.29 0.11 0.26 0.45 0.13 0.21 0.21 0.45 0.23 0.00 0.09 0.24 0.34 0.12 0.31 0.80 0.47
O3' 0.39 0.27 0.05 0.01 0.16 0.02 0.12 0.27 0.13 0.17 0.16 0.21 0.33 0.23 0.12 0.09 0.00 0.26 0.36 0.15 0.60 0.58 0.50
O4' 0.01 0.29 0.02 0.03 0.16 0.00 0.06 0.01 0.14 0.19 0.20 0.14 0.28 0.11 0.01 0.24 0.26 0.00 0.14 0.05 0.14 0.20 0.12
O5' 0.21 0.18 0.47 0.10 0.19 0.02 0.29 0.01 0.30 0.30 0.25 0.13 0.17 0.37 0.17 0.34 0.36 0.14 0.00 0.23 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.05 0.23 0.00 0.29 0.47 0.28
OP1 0.19 0.20 0.46 0.20 0.19 0.13 0.29 0.18 0.32 0.28 0.27 0.18 0.17 0.37 0.17 0.31 0.60 0.14 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.44 0.70 0.26 0.38 0.16 0.51 0.12 0.61 0.36 0.57 0.34 0.36 0.52 0.31 0.80 0.58 0.20 0.02 0.47 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.22 0.54 0.16 0.20 0.05 0.31 0.01 0.35 0.26 0.30 0.20 0.19 0.37 0.17 0.47 0.50 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00