ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43974

back

Distances from reference structure (by RMSD)

38, 17, 1, 6, 1, 6, 11, 23, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, 0.049, 0.205, 0.360, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.205 std_dev=0.155
C4 A 0, 0.015, 0.182, 0.348, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.182 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.029, 0.218, 0.407, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.218 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.045, 0.248, 0.452, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.248 std_dev=0.203
N1 B 0, -0.004, 0.202, 0.408, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.202 std_dev=0.206
N3 A 0, 0.008, 0.222, 0.437, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.222 std_dev=0.214
C5 A 0, 0.023, 0.252, 0.481, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.252 std_dev=0.229
O4' B 0, 0.033, 0.281, 0.528, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.281 std_dev=0.247
N4 B 0, 0.042, 0.309, 0.576, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.309 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.026, 0.299, 0.573, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.299 std_dev=0.273
N9 A 0, 0.045, 0.319, 0.593, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.319 std_dev=0.274
N7 A 0, -0.005, 0.280, 0.565, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.280 std_dev=0.285
C8 A 0, 0.027, 0.327, 0.627, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.327 std_dev=0.300
C5 B 0, 0.030, 0.332, 0.635, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.332 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.002, 0.310, 0.618, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.310 std_dev=0.308
C2 A 0, -0.006, 0.312, 0.629, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.312 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.099, 0.467, 0.835, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.467 std_dev=0.368
N2 A 0, 0.006, 0.383, 0.760, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.383 std_dev=0.377
O2 B 0, 0.055, 0.439, 0.822, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.439 std_dev=0.383
C6 A 0, 0.025, 0.427, 0.830, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.427 std_dev=0.403
N1 A 0, 0.017, 0.440, 0.862, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.440 std_dev=0.423
C5' B 0, 0.059, 0.490, 0.920, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.490 std_dev=0.431
C4' B 0, 0.058, 0.513, 0.967, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.513 std_dev=0.454
P B 0, -0.132, 0.360, 0.851, 3.215 max_d=3.215 avg_d=0.360 std_dev=0.491
C1' A 0, 0.026, 0.520, 1.013, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.520 std_dev=0.493
C2' B 0, 0.012, 0.560, 1.109, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.560 std_dev=0.548
O6 A 0, 0.050, 0.620, 1.190, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.620 std_dev=0.570
C3' B 0, 0.067, 0.685, 1.302, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.685 std_dev=0.617
O2' A 0, 0.041, 0.682, 1.324, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.682 std_dev=0.642
P A 0, 0.103, 0.769, 1.435, 2.836 max_d=2.836 avg_d=0.769 std_dev=0.666
O2' B 0, -0.037, 0.703, 1.442, 3.583 max_d=3.583 avg_d=0.703 std_dev=0.739
O4' A 0, -0.005, 0.781, 1.568, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.781 std_dev=0.787
O5' A 0, 0.076, 0.980, 1.884, 2.612 max_d=2.612 avg_d=0.980 std_dev=0.904
OP2 A 0, 0.097, 1.027, 1.957, 4.225 max_d=4.225 avg_d=1.027 std_dev=0.930
C2' A 0, -0.037, 0.915, 1.867, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.915 std_dev=0.952
OP1 B 0, 0.068, 1.079, 2.090, 5.234 max_d=5.234 avg_d=1.079 std_dev=1.011
O3' B 0, 0.041, 1.091, 2.141, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.091 std_dev=1.050
OP2 B 0, -0.016, 1.145, 2.307, 5.047 max_d=5.047 avg_d=1.145 std_dev=1.162
C5' A 0, -0.026, 1.235, 2.497, 3.455 max_d=3.455 avg_d=1.235 std_dev=1.262
C4' A 0, -0.094, 1.197, 2.487, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.197 std_dev=1.290
OP1 A 0, 0.090, 1.517, 2.945, 4.834 max_d=4.834 avg_d=1.517 std_dev=1.428
C3' A 0, -0.122, 1.347, 2.815, 3.595 max_d=3.595 avg_d=1.347 std_dev=1.469
O3' A 0, -0.227, 1.890, 4.006, 5.026 max_d=5.026 avg_d=1.890 std_dev=2.117

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.29 0.02 0.19 0.31 0.24
C2 0.04 0.00 0.21 0.12 0.01 0.16 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.40 0.25 0.26 0.01 0.62 0.41 0.20
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.13 0.03 0.10 0.22 0.14 0.09 0.18 0.22 0.20 0.07 0.05 0.01 0.06 0.01 0.50 0.12 0.43 0.57 0.48
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.20 0.01 0.33 0.03 0.32 0.44 0.21 0.10 0.10 0.45 0.24 0.02 0.01 0.02 0.19 0.38 0.22 0.16 0.10
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.19 0.13 0.25 0.01 0.60 0.44 0.19
C4' 0.01 0.16 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.05 0.22 0.09 0.23 0.16 0.19 0.07 0.29 0.05 0.01 0.02 0.08 0.15 0.35 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.18 0.07 0.24 0.01 0.85 0.56 0.19
C5' 0.13 0.22 0.22 0.03 0.15 0.01 0.12 0.00 0.14 0.14 0.18 0.27 0.22 0.15 0.10 0.08 0.19 0.01 0.02 0.15 0.35 0.40 0.02
C6 0.02 0.02 0.14 0.32 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.19 0.11 0.24 0.00 0.93 0.56 0.20
C8 0.01 0.01 0.09 0.44 0.01 0.22 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.34 0.13 0.26 0.02 0.72 0.61 0.18
N1 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.20 0.24 0.01 0.80 0.48 0.20
N2 0.04 0.01 0.22 0.10 0.01 0.23 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.56 0.30 0.28 0.01 0.56 0.33 0.21
N3 0.04 0.00 0.20 0.10 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.42 0.25 0.28 0.01 0.49 0.38 0.21
N7 0.01 0.01 0.07 0.45 0.00 0.19 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.36 0.07 0.27 0.02 0.96 0.67 0.20
N9 0.01 0.01 0.05 0.24 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.01 0.25 0.02 0.47 0.44 0.20
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.18 0.29 0.25 0.08 0.25 0.28 0.20 0.18 0.16 0.30 0.18 0.00 0.08 0.18 0.34 0.28 0.38 0.49 0.37
O3' 0.25 0.40 0.06 0.01 0.19 0.05 0.18 0.19 0.19 0.34 0.26 0.56 0.42 0.36 0.11 0.08 0.00 0.22 0.29 0.24 0.30 0.31 0.29
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.13 0.20 0.30 0.25 0.07 0.01 0.18 0.22 0.00 0.08 0.09 0.17 0.42 0.17
O5' 0.29 0.26 0.50 0.19 0.25 0.02 0.24 0.02 0.24 0.26 0.24 0.28 0.28 0.27 0.25 0.34 0.29 0.08 0.00 0.26 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.24 0.09 0.26 0.00 1.08 0.59 0.22
OP1 0.19 0.62 0.43 0.22 0.60 0.15 0.85 0.35 0.93 0.72 0.80 0.56 0.49 0.96 0.47 0.38 0.30 0.17 0.02 1.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.41 0.57 0.16 0.44 0.35 0.56 0.40 0.56 0.61 0.48 0.33 0.38 0.67 0.44 0.49 0.31 0.42 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.20 0.48 0.10 0.19 0.06 0.19 0.02 0.20 0.18 0.20 0.21 0.21 0.20 0.20 0.37 0.29 0.17 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.18 0.42 0.67 0.25 0.48 0.25 0.49 0.21 0.19 0.21 0.30 0.19 0.57 1.04 0.28 0.47 0.35 0.59 0.39
C2 0.64 0.44 0.88 0.42 0.43 0.41 0.51 0.42 0.55 0.53 0.39 0.42 0.44 1.07 0.66 0.44 0.34 0.70 0.43 0.26
C2' 0.28 0.35 0.42 0.72 0.56 0.50 0.55 0.55 0.40 0.32 0.45 0.66 0.31 0.55 1.12 0.22 0.53 0.49 0.79 0.47
C3' 0.52 0.20 0.60 1.32 0.38 1.20 0.25 1.36 0.28 0.31 0.28 0.64 0.22 0.54 1.61 0.83 1.38 0.63 1.50 1.44
C4 0.47 0.33 0.71 0.31 0.34 0.28 0.39 0.30 0.41 0.40 0.30 0.34 0.33 0.84 0.64 0.29 0.21 0.52 0.38 0.15
C4' 1.01 0.82 1.01 1.63 0.65 1.44 0.77 1.47 0.92 0.92 0.70 0.48 0.84 0.90 1.85 1.21 1.54 0.77 1.26 1.42
C5 0.57 0.40 0.82 0.31 0.35 0.35 0.40 0.39 0.46 0.47 0.35 0.33 0.42 0.89 0.45 0.39 0.32 0.47 0.40 0.29
C5' 1.12 0.97 1.06 1.59 0.85 1.43 0.98 1.43 1.09 1.06 0.87 0.73 0.96 0.98 1.73 1.29 1.52 0.98 0.96 1.33
C6 0.70 0.49 0.98 0.44 0.40 0.48 0.47 0.51 0.56 0.57 0.41 0.36 0.51 1.05 0.41 0.50 0.46 0.54 0.44 0.40
C8 0.37 0.30 0.58 0.28 0.30 0.26 0.30 0.30 0.31 0.32 0.29 0.29 0.31 0.62 0.58 0.25 0.22 0.33 0.39 0.22
N1 0.71 0.49 0.98 0.44 0.43 0.46 0.51 0.48 0.59 0.59 0.42 0.40 0.50 1.11 0.50 0.50 0.44 0.65 0.39 0.36
N2 0.64 0.47 0.84 0.40 0.47 0.41 0.56 0.42 0.60 0.56 0.42 0.46 0.45 1.04 0.73 0.45 0.37 0.79 0.45 0.28
N3 0.52 0.36 0.75 0.42 0.38 0.36 0.45 0.36 0.47 0.44 0.33 0.39 0.35 0.94 0.76 0.35 0.26 0.65 0.47 0.18
N7 0.52 0.39 0.76 0.30 0.33 0.36 0.36 0.40 0.41 0.44 0.34 0.30 0.41 0.76 0.44 0.38 0.31 0.37 0.49 0.32
N9 0.33 0.24 0.54 0.37 0.28 0.26 0.30 0.29 0.29 0.27 0.25 0.31 0.24 0.66 0.74 0.19 0.22 0.39 0.40 0.15
O2' 0.43 0.41 0.55 0.59 0.54 0.34 0.63 0.31 0.56 0.45 0.44 0.57 0.37 0.74 1.01 0.27 0.25 1.00 0.53 0.17
O3' 1.20 0.62 1.21 2.08 0.36 2.04 0.44 2.22 0.85 0.89 0.37 0.63 0.68 1.02 2.32 1.63 2.25 1.22 2.26 2.27
O4' 0.64 0.61 0.63 1.17 0.56 0.98 0.57 0.97 0.60 0.61 0.58 0.50 0.62 0.62 1.45 0.80 1.01 0.33 0.85 0.88
O5' 0.58 0.48 0.54 0.97 0.47 0.86 0.49 0.91 0.54 0.53 0.47 0.39 0.48 0.53 1.14 0.74 0.95 0.75 0.53 0.84
O6 0.79 0.56 1.07 0.57 0.42 0.61 0.49 0.65 0.61 0.65 0.45 0.36 0.59 1.09 0.39 0.61 0.58 0.52 0.55 0.52
OP1 0.66 0.77 0.66 0.65 0.78 0.64 0.67 0.67 0.64 0.68 0.83 0.55 0.81 0.65 0.76 0.64 0.64 0.75 0.45 0.60
OP2 0.44 0.42 0.53 0.41 0.62 0.53 0.54 0.57 0.41 0.39 0.53 0.87 0.40 0.52 0.47 0.49 0.34 0.38 0.94 0.31
P 0.53 0.47 0.51 0.75 0.50 0.66 0.52 0.67 0.53 0.50 0.48 0.50 0.46 0.51 0.88 0.62 0.70 0.69 0.35 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.26 0.01 0.24 0.48 0.44 0.30
C2 0.02 0.00 0.17 0.27 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.11 0.21 0.64 0.48 0.26
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.07 0.03 0.12 0.21 0.14 0.04 0.13 0.04 0.30 0.02 0.05 0.02 0.45 0.69 0.48 0.51
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.41 0.01 0.41 0.04 0.35 0.25 0.34 0.40 0.19 0.04 0.01 0.03 0.08 0.17 0.31 0.14
C4 0.04 0.05 0.07 0.41 0.00 0.16 0.01 0.16 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.36 0.25 0.04 0.31 0.72 0.45 0.27
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.09 0.17 0.09 0.30 0.04 0.01 0.03 0.16 0.18 0.06
C5 0.02 0.02 0.12 0.41 0.01 0.21 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.31 0.10 0.33 0.73 0.40 0.26
C5' 0.11 0.08 0.21 0.04 0.16 0.01 0.20 0.00 0.16 0.07 0.10 0.18 0.12 0.10 0.23 0.02 0.02 0.25 0.17 0.04
C6 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.20 0.01 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.31 0.23 0.13 0.26 0.68 0.40 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.25 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.09 0.01 0.20 0.61 0.44 0.26
N3 0.03 0.01 0.13 0.34 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.31 0.14 0.08 0.25 0.69 0.49 0.26
N4 0.02 0.01 0.04 0.40 0.00 0.17 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.24 0.03 0.27 0.64 0.30 0.20
O2 0.04 0.01 0.30 0.19 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.26 0.19 0.20 0.61 0.51 0.28
O2' 0.03 0.23 0.02 0.04 0.36 0.30 0.37 0.10 0.31 0.21 0.31 0.41 0.20 0.00 0.15 0.20 0.31 0.58 0.39 0.39
O3' 0.26 0.12 0.05 0.01 0.25 0.04 0.31 0.23 0.23 0.09 0.14 0.24 0.26 0.15 0.00 0.18 0.27 0.30 0.66 0.40
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.04 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.08 0.03 0.19 0.20 0.18 0.00 0.11 0.26 0.38 0.15
O5' 0.24 0.21 0.45 0.08 0.31 0.03 0.33 0.02 0.26 0.20 0.25 0.27 0.20 0.31 0.27 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.48 0.64 0.69 0.17 0.72 0.16 0.73 0.25 0.68 0.61 0.69 0.64 0.61 0.58 0.30 0.26 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.48 0.48 0.31 0.45 0.18 0.40 0.17 0.40 0.44 0.49 0.30 0.51 0.39 0.66 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.26 0.51 0.14 0.27 0.06 0.26 0.04 0.24 0.26 0.26 0.20 0.28 0.39 0.40 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00