ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43981

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 122, 145, 98, 20, 9, 45, 20, 13, 8, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.102, 0.262, 0.422, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.262 std_dev=0.160
N9 B 0, 0.118, 0.291, 0.464, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.291 std_dev=0.173
N1 A 0, 0.033, 0.210, 0.388, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.210 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.147, 0.334, 0.521, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.334 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.030, 0.232, 0.434, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.232 std_dev=0.202
C3' A 0, 0.185, 0.389, 0.594, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.389 std_dev=0.205
C2' A 0, 0.083, 0.292, 0.502, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.292 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.193, 0.403, 0.613, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.403 std_dev=0.210
C6 A 0, 0.056, 0.273, 0.490, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.273 std_dev=0.217
C8 B 0, 0.180, 0.403, 0.626, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.403 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.172, 0.398, 0.623, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.398 std_dev=0.225
C2 A 0, 0.085, 0.311, 0.537, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.311 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.016, 0.248, 0.479, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.248 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.104, 0.338, 0.571, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.338 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.071, 0.322, 0.573, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.322 std_dev=0.251
N2 B 0, 0.108, 0.359, 0.611, 2.187 max_d=2.187 avg_d=0.359 std_dev=0.251
C4' A 0, 0.239, 0.496, 0.753, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.496 std_dev=0.257
N7 B 0, 0.181, 0.439, 0.698, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.439 std_dev=0.259
O2 A 0, 0.161, 0.427, 0.694, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.427 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.177, 0.446, 0.715, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.446 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.168, 0.446, 0.723, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.446 std_dev=0.278
O3' A 0, 0.251, 0.530, 0.810, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.530 std_dev=0.279
N1 B 0, 0.100, 0.387, 0.673, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.387 std_dev=0.286
N4 A 0, 0.115, 0.403, 0.690, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.403 std_dev=0.288
C6 B 0, 0.121, 0.412, 0.703, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.412 std_dev=0.291
C5 A 0, 0.058, 0.358, 0.657, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.358 std_dev=0.299
N3 A 0, 0.071, 0.383, 0.695, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.383 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.255, 0.573, 0.890, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.573 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.198, 0.517, 0.836, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.517 std_dev=0.319
C4' B 0, 0.157, 0.483, 0.809, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.483 std_dev=0.326
C4 A 0, 0.035, 0.382, 0.728, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.382 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.094, 0.453, 0.812, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.453 std_dev=0.359
O2' B 0, 0.244, 0.611, 0.979, 2.780 max_d=2.780 avg_d=0.611 std_dev=0.367
O5' B 0, 0.180, 0.588, 0.996, 4.908 max_d=4.908 avg_d=0.588 std_dev=0.408
C5' A 0, 0.340, 0.757, 1.173, 2.984 max_d=2.984 avg_d=0.757 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.213, 0.787, 1.362, 3.524 max_d=3.524 avg_d=0.787 std_dev=0.575
P B 0, 0.038, 0.638, 1.239, 7.470 max_d=7.470 avg_d=0.638 std_dev=0.601
O5' A 0, 0.297, 0.971, 1.644, 4.108 max_d=4.108 avg_d=0.971 std_dev=0.674
OP1 B 0, 0.126, 0.852, 1.578, 8.464 max_d=8.464 avg_d=0.852 std_dev=0.726
OP2 B 0, 0.006, 0.786, 1.566, 9.272 max_d=9.272 avg_d=0.786 std_dev=0.780
P A 0, 0.455, 1.291, 2.128, 5.104 max_d=5.104 avg_d=1.291 std_dev=0.836
OP1 A 0, 0.562, 1.481, 2.400, 5.982 max_d=5.982 avg_d=1.481 std_dev=0.919
OP2 A 0, 0.430, 1.483, 2.537, 7.839 max_d=7.839 avg_d=1.483 std_dev=1.053

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.19 0.25 0.35 0.24
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.06 0.06 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.04 0.39 0.37 0.54 0.39
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.10 0.03 0.07 0.07 0.17 0.01 0.03 0.01 0.24 0.30 0.32 0.22
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.16 0.09 0.13 0.15 0.18 0.02 0.01 0.02 0.32 0.40 0.30 0.27
C4 0.05 0.06 0.07 0.15 0.00 0.12 0.01 0.27 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.11 0.16 0.05 0.56 0.55 0.76 0.58
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.13 0.08 0.10 0.03 0.01 0.02 0.19 0.30 0.09
C5 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.14 0.00 0.29 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.11 0.19 0.05 0.58 0.55 0.75 0.58
C5' 0.06 0.17 0.05 0.03 0.27 0.01 0.29 0.00 0.25 0.16 0.21 0.31 0.14 0.08 0.08 0.02 0.01 0.25 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.02 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.10 0.17 0.06 0.51 0.44 0.59 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.02 0.16 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.38 0.34 0.48 0.36
N3 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02 0.08 0.03 0.21 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.13 0.04 0.48 0.47 0.66 0.49
N4 0.03 0.02 0.07 0.15 0.01 0.13 0.01 0.31 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.17 0.04 0.56 0.58 0.88 0.61
O2 0.05 0.01 0.17 0.18 0.05 0.08 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.21 0.07 0.31 0.33 0.48 0.33
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.10 0.11 0.08 0.10 0.06 0.11 0.10 0.16 0.00 0.05 0.08 0.11 0.26 0.32 0.16
O3' 0.07 0.12 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.08 0.17 0.07 0.13 0.17 0.21 0.05 0.00 0.05 0.31 0.53 0.39 0.33
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.05 0.00 0.19 0.29 0.40 0.29
O5' 0.19 0.39 0.24 0.32 0.56 0.02 0.58 0.01 0.51 0.38 0.48 0.56 0.31 0.11 0.31 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.37 0.30 0.40 0.55 0.19 0.55 0.25 0.44 0.34 0.47 0.58 0.33 0.26 0.53 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.54 0.32 0.30 0.76 0.30 0.75 0.35 0.59 0.48 0.66 0.88 0.48 0.32 0.39 0.40 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.39 0.22 0.27 0.58 0.09 0.58 0.02 0.47 0.36 0.49 0.61 0.33 0.16 0.33 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.43 0.35 0.27 0.41 0.28 0.45 0.32 0.48 0.39 0.47 0.31 0.42 0.46 0.38 0.46 0.26 0.37 0.24 0.49 0.16 0.25 0.16
C2 0.53 0.54 0.48 0.36 0.50 0.38 0.48 0.36 0.51 0.40 0.54 0.43 0.54 0.42 0.48 0.56 0.36 0.45 0.28 0.49 0.19 0.34 0.18
C2' 0.37 0.40 0.30 0.26 0.40 0.26 0.46 0.31 0.48 0.43 0.45 0.31 0.39 0.50 0.37 0.37 0.25 0.37 0.29 0.49 0.22 0.30 0.23
C3' 0.31 0.45 0.27 0.29 0.44 0.21 0.54 0.28 0.58 0.49 0.52 0.36 0.40 0.59 0.40 0.27 0.28 0.32 0.23 0.60 0.31 0.39 0.35
C4 0.62 0.75 0.57 0.46 0.68 0.46 0.68 0.41 0.75 0.57 0.78 0.64 0.72 0.60 0.62 0.62 0.44 0.54 0.36 0.68 0.25 0.49 0.30
C4' 0.31 0.42 0.25 0.27 0.41 0.20 0.52 0.31 0.57 0.46 0.51 0.31 0.38 0.57 0.36 0.30 0.27 0.31 0.17 0.60 0.29 0.36 0.30
C5 0.55 0.69 0.50 0.41 0.62 0.40 0.67 0.37 0.75 0.55 0.75 0.58 0.65 0.62 0.56 0.54 0.39 0.50 0.37 0.72 0.31 0.54 0.36
C5' 0.32 0.53 0.29 0.33 0.50 0.21 0.64 0.30 0.71 0.54 0.64 0.42 0.46 0.69 0.43 0.28 0.34 0.32 0.23 0.76 0.43 0.55 0.41
C6 0.48 0.58 0.42 0.34 0.53 0.35 0.58 0.32 0.65 0.48 0.63 0.46 0.54 0.56 0.49 0.48 0.32 0.45 0.33 0.63 0.27 0.48 0.33
N1 0.47 0.50 0.40 0.31 0.47 0.32 0.49 0.31 0.54 0.42 0.54 0.39 0.49 0.48 0.44 0.48 0.29 0.42 0.27 0.53 0.16 0.35 0.20
N3 0.60 0.67 0.56 0.44 0.61 0.44 0.57 0.39 0.62 0.49 0.67 0.57 0.67 0.47 0.57 0.63 0.43 0.51 0.32 0.55 0.21 0.40 0.22
N4 0.47 0.61 0.45 0.38 0.51 0.39 0.53 0.40 0.65 0.46 0.67 0.46 0.55 0.47 0.47 0.49 0.38 0.43 0.37 0.59 0.28 0.55 0.34
O2 0.53 0.50 0.50 0.40 0.46 0.41 0.42 0.41 0.46 0.36 0.48 0.39 0.52 0.38 0.45 0.61 0.41 0.45 0.32 0.44 0.29 0.32 0.22
O2' 0.43 0.45 0.40 0.36 0.45 0.35 0.49 0.46 0.50 0.48 0.48 0.35 0.45 0.52 0.43 0.47 0.34 0.42 0.39 0.47 0.27 0.28 0.22
O3' 0.28 0.42 0.31 0.37 0.43 0.24 0.53 0.35 0.56 0.50 0.50 0.38 0.38 0.58 0.39 0.27 0.38 0.30 0.22 0.60 0.38 0.38 0.40
O4' 0.37 0.43 0.29 0.24 0.40 0.23 0.47 0.31 0.52 0.41 0.49 0.30 0.40 0.51 0.36 0.40 0.23 0.34 0.19 0.54 0.19 0.29 0.20
O5' 0.58 0.80 0.55 0.51 0.77 0.42 0.88 0.38 0.96 0.77 0.91 0.58 0.74 0.91 0.69 0.51 0.48 0.53 0.48 0.86 0.55 0.79 0.59
OP1 0.66 0.93 0.68 0.69 0.88 0.56 1.01 0.55 1.11 0.87 1.06 0.71 0.85 1.02 0.79 0.62 0.69 0.61 0.67 1.03 0.88 1.03 0.82
OP2 0.77 1.12 0.79 0.74 1.03 0.60 1.16 0.55 1.28 0.97 1.24 0.90 1.02 1.14 0.91 0.73 0.72 0.68 0.64 1.18 0.75 0.98 0.74
P 0.61 0.91 0.61 0.58 0.85 0.45 0.99 0.41 1.09 0.83 1.04 0.69 0.82 1.00 0.75 0.55 0.56 0.54 0.53 1.01 0.66 0.90 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.21 0.03 0.26 0.26 0.17
C2 0.05 0.00 0.19 0.23 0.02 0.11 0.03 0.19 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.19 0.28 0.07 0.42 0.02 0.42 0.51 0.40
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.04 0.10 0.08 0.17 0.19 0.19 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.26 0.08 0.36 0.23 0.23
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.18 0.15 0.22 0.24 0.21 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.35 0.15 0.43 0.23 0.31
C4 0.02 0.02 0.10 0.14 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.04 0.44 0.02 0.41 0.49 0.40
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.06 0.08 0.03 0.01 0.02 0.11 0.23 0.27 0.09
C5 0.02 0.03 0.08 0.15 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.03 0.55 0.02 0.51 0.65 0.54
C5' 0.05 0.19 0.04 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.23 0.22 0.18 0.16 0.26 0.15 0.07 0.06 0.02 0.01 0.26 0.20 0.36 0.02
C6 0.03 0.07 0.10 0.18 0.02 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.12 0.20 0.05 0.56 0.01 0.55 0.71 0.57
C8 0.02 0.03 0.08 0.15 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.06 0.55 0.03 0.48 0.57 0.51
N1 0.05 0.02 0.17 0.22 0.03 0.11 0.02 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.26 0.06 0.50 0.01 0.49 0.63 0.50
N2 0.06 0.01 0.19 0.24 0.02 0.11 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.20 0.30 0.06 0.38 0.03 0.39 0.43 0.35
N3 0.04 0.01 0.19 0.21 0.01 0.10 0.01 0.16 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.24 0.07 0.37 0.02 0.38 0.42 0.34
N7 0.02 0.03 0.07 0.15 0.01 0.13 0.00 0.26 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.05 0.61 0.03 0.57 0.72 0.61
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.41 0.02 0.36 0.41 0.35
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.09 0.17 0.20 0.18 0.09 0.05 0.00 0.05 0.07 0.10 0.11 0.29 0.24 0.13
O3' 0.05 0.28 0.02 0.01 0.15 0.03 0.16 0.06 0.20 0.16 0.26 0.30 0.24 0.16 0.07 0.05 0.00 0.04 0.32 0.18 0.49 0.32 0.34
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.02 0.07 0.04 0.00 0.18 0.04 0.24 0.33 0.18
O5' 0.21 0.42 0.26 0.35 0.44 0.02 0.55 0.01 0.56 0.55 0.50 0.38 0.37 0.61 0.41 0.10 0.32 0.18 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.15 0.02 0.11 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.11 0.18 0.04 0.61 0.00 0.61 0.75 0.63
OP1 0.26 0.42 0.36 0.43 0.41 0.23 0.51 0.20 0.55 0.48 0.49 0.39 0.38 0.57 0.36 0.29 0.49 0.24 0.02 0.61 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.51 0.23 0.23 0.49 0.27 0.65 0.36 0.71 0.57 0.63 0.43 0.42 0.72 0.41 0.24 0.32 0.33 0.02 0.75 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.40 0.23 0.31 0.40 0.09 0.54 0.02 0.57 0.51 0.50 0.35 0.34 0.61 0.35 0.13 0.34 0.18 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00