ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 43985

back

Distances from reference structure (by RMSD)

45, 16, 22, 28, 4, 13, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.035, 0.120, 0.205, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.120 std_dev=0.085
N1 A 0, 0.025, 0.128, 0.231, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.128 std_dev=0.103
N3 B 0, 0.001, 0.136, 0.272, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.136 std_dev=0.135
C2 A 0, 0.069, 0.240, 0.410, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.240 std_dev=0.171
N1 B 0, 0.064, 0.245, 0.425, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.245 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.041, 0.230, 0.418, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.230 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.024, 0.217, 0.410, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.217 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.030, 0.230, 0.429, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.230 std_dev=0.200
C6 A 0, 0.065, 0.265, 0.465, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.265 std_dev=0.200
N3 A 0, 0.082, 0.288, 0.494, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.288 std_dev=0.206
C4 A 0, 0.007, 0.216, 0.424, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.216 std_dev=0.209
C6 B 0, 0.046, 0.263, 0.480, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.263 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.053, 0.281, 0.509, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.281 std_dev=0.228
C5 A 0, 0.054, 0.285, 0.515, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.285 std_dev=0.230
C1' A 0, 0.004, 0.250, 0.496, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.250 std_dev=0.246
N4 A 0, -0.009, 0.261, 0.531, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.261 std_dev=0.270
N2 B 0, -0.005, 0.292, 0.589, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.292 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.028, 0.330, 0.633, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.330 std_dev=0.303
O2 A 0, 0.094, 0.418, 0.741, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.418 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.030, 0.363, 0.695, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.363 std_dev=0.332
N7 B 0, 0.022, 0.373, 0.725, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.373 std_dev=0.351
O4' B 0, -0.001, 0.404, 0.809, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.404 std_dev=0.405
C2' B 0, -0.079, 0.386, 0.850, 3.025 max_d=3.025 avg_d=0.386 std_dev=0.464
O2' B 0, -0.093, 0.484, 1.060, 3.261 max_d=3.261 avg_d=0.484 std_dev=0.576
C4' B 0, -0.138, 0.450, 1.038, 3.907 max_d=3.907 avg_d=0.450 std_dev=0.588
O3' A 0, -0.061, 0.537, 1.134, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.537 std_dev=0.598
C2' A 0, 0.203, 0.822, 1.442, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.822 std_dev=0.619
C3' B 0, -0.173, 0.453, 1.080, 4.374 max_d=4.374 avg_d=0.453 std_dev=0.626
C3' A 0, 0.188, 0.848, 1.507, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.848 std_dev=0.660
O4' A 0, 0.164, 0.970, 1.775, 3.452 max_d=3.452 avg_d=0.970 std_dev=0.805
C5' B 0, -0.265, 0.582, 1.430, 5.868 max_d=5.868 avg_d=0.582 std_dev=0.847
O3' B 0, -0.266, 0.643, 1.551, 5.977 max_d=5.977 avg_d=0.643 std_dev=0.909
O5' B 0, -0.290, 0.679, 1.648, 6.109 max_d=6.109 avg_d=0.679 std_dev=0.969
C4' A 0, 0.200, 1.239, 2.278, 4.118 max_d=4.118 avg_d=1.239 std_dev=1.039
O2' A 0, 0.276, 1.368, 2.459, 4.140 max_d=4.140 avg_d=1.368 std_dev=1.091
P B 0, -0.561, 0.726, 2.013, 8.406 max_d=8.406 avg_d=0.726 std_dev=1.287
OP2 B 0, -0.538, 0.901, 2.340, 7.856 max_d=7.856 avg_d=0.901 std_dev=1.439
C5' A 0, 0.326, 2.105, 3.884, 6.454 max_d=6.454 avg_d=2.105 std_dev=1.779
OP1 B 0, -0.774, 1.021, 2.816, 10.830 max_d=10.830 avg_d=1.021 std_dev=1.795
O5' A 0, 0.211, 2.115, 4.019, 6.379 max_d=6.379 avg_d=2.115 std_dev=1.904
OP2 A 0, 0.369, 3.117, 5.865, 7.663 max_d=7.663 avg_d=3.117 std_dev=2.748
P A 0, 0.256, 3.086, 5.915, 7.557 max_d=7.557 avg_d=3.086 std_dev=2.829
OP1 A 0, 0.313, 4.062, 7.811, 9.539 max_d=9.539 avg_d=4.062 std_dev=3.749

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.25 0.00 0.27 0.37 0.51 0.25
C2 0.02 0.00 0.20 0.14 0.06 0.17 0.02 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.22 0.27 0.39 0.67 0.69 0.49
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.15 0.19 0.04 0.17 0.09 0.32 0.00 0.05 0.03 0.45 0.50 0.59 0.43
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.03 0.22 0.13 0.19 0.22 0.15 0.03 0.01 0.02 0.25 0.31 0.43 0.26
C4 0.05 0.06 0.08 0.22 0.00 0.13 0.01 0.32 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.25 0.15 0.06 0.44 0.84 0.97 0.52
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.31 0.07 0.12 0.13 0.38 0.18 0.03 0.01 0.02 0.28 0.41 0.12
C5 0.02 0.02 0.14 0.25 0.01 0.28 0.00 0.53 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.41 0.15 0.20 0.57 1.06 1.08 0.63
C5' 0.09 0.22 0.15 0.03 0.32 0.01 0.53 0.00 0.54 0.21 0.21 0.37 0.45 0.10 0.16 0.02 0.01 0.41 0.34 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.22 0.02 0.31 0.00 0.54 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.45 0.13 0.27 0.56 0.92 0.94 0.57
N1 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.07 0.02 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.15 0.01 0.36 0.56 0.68 0.35
N3 0.02 0.01 0.17 0.19 0.02 0.12 0.02 0.21 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.27 0.18 0.20 0.40 0.72 0.82 0.51
N4 0.02 0.01 0.09 0.22 0.00 0.13 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.13 0.04 0.37 0.86 0.91 0.44
O2 0.05 0.01 0.32 0.15 0.04 0.38 0.02 0.45 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.55 0.33 0.50 0.50 0.86 0.63 0.65
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.25 0.18 0.41 0.10 0.45 0.14 0.27 0.20 0.55 0.00 0.08 0.12 0.36 0.51 0.64 0.39
O3' 0.25 0.22 0.05 0.01 0.15 0.03 0.15 0.16 0.13 0.15 0.18 0.13 0.33 0.08 0.00 0.17 0.21 0.39 0.54 0.33
O4' 0.00 0.27 0.03 0.02 0.06 0.01 0.20 0.02 0.27 0.01 0.20 0.04 0.50 0.12 0.17 0.00 0.22 0.41 0.48 0.26
O5' 0.27 0.39 0.45 0.25 0.44 0.02 0.57 0.01 0.56 0.36 0.40 0.37 0.50 0.36 0.21 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.67 0.50 0.31 0.84 0.28 1.06 0.41 0.92 0.56 0.72 0.86 0.86 0.51 0.39 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.69 0.59 0.43 0.97 0.41 1.08 0.34 0.94 0.68 0.82 0.91 0.63 0.64 0.54 0.48 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.49 0.43 0.26 0.52 0.12 0.63 0.02 0.57 0.35 0.51 0.44 0.65 0.39 0.33 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.28 0.40 0.33 0.29 0.29 0.39 0.47 0.43 0.36 0.36 0.23 0.24 0.45 0.26 0.40 0.48 0.35 0.47 0.46 0.72 0.46 0.60
C2 0.24 0.21 0.49 0.47 0.22 0.32 0.31 0.41 0.35 0.29 0.28 0.17 0.20 0.38 0.21 0.53 0.65 0.28 0.38 0.39 0.66 0.46 0.49
C2' 0.31 0.30 0.47 0.42 0.30 0.41 0.38 0.53 0.40 0.37 0.34 0.25 0.28 0.44 0.30 0.49 0.58 0.40 0.44 0.43 0.69 0.44 0.53
C3' 0.46 0.48 0.46 0.34 0.47 0.51 0.50 0.66 0.51 0.49 0.49 0.45 0.47 0.52 0.47 0.48 0.36 0.58 0.63 0.47 0.76 0.63 0.72
C4 0.33 0.25 0.56 0.58 0.26 0.40 0.32 0.39 0.36 0.31 0.29 0.22 0.25 0.38 0.27 0.61 0.81 0.31 0.32 0.41 0.47 0.60 0.35
C4' 0.62 0.84 0.49 0.33 0.81 0.49 0.90 0.63 0.95 0.83 0.91 0.80 0.77 0.93 0.74 0.48 0.34 0.68 0.66 0.96 0.89 0.73 0.79
C5 0.36 0.32 0.55 0.58 0.33 0.41 0.39 0.40 0.42 0.37 0.36 0.28 0.31 0.43 0.33 0.60 0.80 0.36 0.32 0.46 0.49 0.65 0.37
C5' 1.08 1.34 0.84 0.62 1.28 0.80 1.35 0.79 1.40 1.25 1.38 1.30 1.27 1.35 1.20 0.86 0.50 1.09 0.74 1.35 0.89 0.74 0.74
C6 0.32 0.31 0.49 0.49 0.31 0.34 0.39 0.38 0.42 0.37 0.37 0.27 0.29 0.44 0.31 0.53 0.71 0.35 0.30 0.47 0.49 0.54 0.37
N1 0.20 0.22 0.43 0.41 0.23 0.26 0.34 0.38 0.38 0.31 0.31 0.18 0.19 0.40 0.21 0.45 0.60 0.28 0.34 0.43 0.58 0.44 0.45
N3 0.29 0.22 0.55 0.55 0.22 0.36 0.30 0.39 0.34 0.28 0.26 0.21 0.22 0.37 0.23 0.59 0.75 0.29 0.34 0.38 0.56 0.51 0.41
N4 0.30 0.23 0.62 0.67 0.24 0.42 0.30 0.39 0.33 0.30 0.27 0.21 0.24 0.35 0.26 0.66 0.93 0.25 0.34 0.40 0.40 0.59 0.33
O2 0.33 0.28 0.55 0.51 0.28 0.41 0.34 0.53 0.38 0.33 0.32 0.24 0.28 0.40 0.28 0.59 0.64 0.38 0.49 0.40 0.86 0.49 0.64
O2' 0.54 0.58 0.61 0.57 0.59 0.49 0.66 0.56 0.68 0.65 0.64 0.55 0.57 0.71 0.58 0.60 0.72 0.58 0.48 0.74 0.79 0.45 0.51
O3' 0.29 0.35 0.34 0.23 0.33 0.42 0.38 0.66 0.41 0.35 0.38 0.29 0.32 0.41 0.31 0.32 0.26 0.47 0.68 0.43 0.93 0.71 0.90
O4' 0.37 0.62 0.38 0.24 0.58 0.31 0.71 0.51 0.78 0.61 0.71 0.57 0.53 0.75 0.50 0.37 0.39 0.45 0.54 0.83 0.80 0.61 0.70
O5' 1.15 1.32 0.96 0.73 1.25 0.90 1.26 0.85 1.29 1.17 1.31 1.29 1.28 1.22 1.19 1.01 0.65 1.16 0.75 1.17 0.80 0.73 0.69
OP1 1.83 2.21 1.51 1.14 2.05 1.38 2.06 1.21 2.15 1.84 2.21 1.96 2.12 1.95 1.91 1.58 0.94 1.79 1.02 1.74 1.12 0.94 0.89
OP2 1.57 1.84 1.41 1.19 1.71 1.32 1.72 1.22 1.79 1.54 1.83 1.86 1.78 1.63 1.61 1.44 1.13 1.53 1.02 1.75 0.90 0.83 0.80
P 1.61 1.92 1.36 1.05 1.79 1.22 1.79 1.08 1.86 1.61 1.91 1.89 1.85 1.70 1.68 1.41 0.90 1.56 0.93 1.71 0.86 0.72 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.23 0.02 0.45 0.28 0.24
C2 0.04 0.00 0.23 0.21 0.01 0.08 0.02 0.23 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.23 0.13 0.34 0.02 0.59 0.42 0.37
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.10 0.12 0.11 0.18 0.28 0.22 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.20 0.11 0.59 0.42 0.36
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.17 0.01 0.21 0.02 0.23 0.20 0.22 0.21 0.18 0.22 0.13 0.02 0.01 0.02 0.16 0.25 0.45 0.33 0.19
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.07 0.33 0.01 0.56 0.37 0.32
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.16 0.10 0.09 0.07 0.16 0.08 0.16 0.03 0.00 0.02 0.13 0.29 0.24 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.21 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.03 0.37 0.01 0.66 0.43 0.37
C5' 0.07 0.23 0.10 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.29 0.29 0.26 0.21 0.19 0.31 0.19 0.08 0.12 0.02 0.01 0.27 0.31 0.28 0.02
C6 0.02 0.05 0.12 0.23 0.02 0.12 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.18 0.18 0.06 0.39 0.01 0.71 0.48 0.41
C8 0.02 0.02 0.11 0.20 0.01 0.16 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.09 0.36 0.02 0.59 0.35 0.30
N1 0.04 0.01 0.18 0.22 0.03 0.10 0.02 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.20 0.20 0.11 0.38 0.02 0.67 0.46 0.40
N2 0.04 0.01 0.28 0.21 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.29 0.16 0.33 0.03 0.57 0.35 0.37
N3 0.04 0.01 0.22 0.18 0.01 0.07 0.01 0.19 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.22 0.13 0.31 0.02 0.53 0.37 0.32
N7 0.02 0.02 0.07 0.22 0.01 0.16 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.17 0.06 0.38 0.02 0.70 0.43 0.36
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.30 0.02 0.50 0.31 0.27
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.14 0.16 0.16 0.08 0.18 0.18 0.20 0.26 0.20 0.19 0.10 0.00 0.05 0.12 0.12 0.19 0.61 0.44 0.34
O3' 0.16 0.23 0.02 0.01 0.13 0.03 0.14 0.12 0.18 0.15 0.20 0.29 0.22 0.17 0.09 0.05 0.00 0.12 0.31 0.21 0.56 0.44 0.30
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.11 0.16 0.13 0.06 0.01 0.12 0.12 0.00 0.25 0.05 0.37 0.26 0.22
O5' 0.23 0.34 0.20 0.16 0.33 0.02 0.37 0.01 0.39 0.36 0.38 0.33 0.31 0.38 0.30 0.12 0.31 0.25 0.00 0.39 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.25 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.19 0.21 0.05 0.39 0.00 0.77 0.48 0.45
OP1 0.45 0.59 0.59 0.45 0.56 0.29 0.66 0.31 0.71 0.59 0.67 0.57 0.53 0.70 0.50 0.61 0.56 0.37 0.02 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.42 0.42 0.33 0.37 0.24 0.43 0.28 0.48 0.35 0.46 0.35 0.37 0.43 0.31 0.44 0.44 0.26 0.02 0.48 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.37 0.36 0.19 0.32 0.06 0.37 0.02 0.41 0.30 0.40 0.37 0.32 0.36 0.27 0.34 0.30 0.22 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00