ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44003

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 90, 86, 57, 79, 39, 9, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.090, 0.242, 0.394, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.242 std_dev=0.152
N1 B 0, 0.037, 0.200, 0.363, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.200 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.155, 0.320, 0.485, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.320 std_dev=0.165
O4 B 0, 0.267, 0.438, 0.608, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.438 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.213, 0.387, 0.561, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.387 std_dev=0.174
N3 A 0, 0.164, 0.347, 0.530, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.347 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.175, 0.361, 0.547, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.361 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.134, 0.330, 0.525, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.330 std_dev=0.196
C5 A 0, 0.253, 0.451, 0.649, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.451 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.151, 0.350, 0.550, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.350 std_dev=0.200
C6 A 0, 0.240, 0.458, 0.677, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.458 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.170, 0.396, 0.622, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.396 std_dev=0.226
N9 A 0, 0.276, 0.505, 0.734, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.505 std_dev=0.229
O4' B 0, 0.221, 0.451, 0.681, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.451 std_dev=0.230
C1' A 0, 0.308, 0.558, 0.809, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.558 std_dev=0.251
N1 A 0, 0.241, 0.502, 0.762, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.502 std_dev=0.260
C2 A 0, 0.260, 0.522, 0.783, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.522 std_dev=0.262
N6 A 0, 0.555, 0.817, 1.079, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.817 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.411, 0.691, 0.971, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.691 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.421, 0.708, 0.995, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.708 std_dev=0.287
O2 B 0, 0.195, 0.485, 0.775, 2.624 max_d=2.624 avg_d=0.485 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.400, 0.708, 1.015, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.708 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.529, 0.863, 1.198, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.863 std_dev=0.334
N7 A 0, 0.478, 0.817, 1.155, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.817 std_dev=0.338
C8 A 0, 0.471, 0.830, 1.189, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.830 std_dev=0.359
C5' B 0, 0.468, 0.827, 1.187, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.827 std_dev=0.359
C2' A 0, 0.441, 0.877, 1.314, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.877 std_dev=0.436
O4' A 0, 0.382, 0.899, 1.416, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.899 std_dev=0.517
P B 0, 0.282, 0.846, 1.410, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.846 std_dev=0.564
O2' B 0, 0.668, 1.281, 1.894, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.281 std_dev=0.613
C3' A 0, 0.437, 1.054, 1.671, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.054 std_dev=0.617
O2' A 0, 0.370, 1.069, 1.769, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.069 std_dev=0.700
C4' A 0, 0.534, 1.234, 1.935, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.234 std_dev=0.700
O3' B 0, 0.766, 1.480, 2.195, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.480 std_dev=0.714
OP2 B 0, 0.359, 1.099, 1.838, 4.645 max_d=4.645 avg_d=1.099 std_dev=0.739
O3' A 0, 0.372, 1.155, 1.938, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.155 std_dev=0.783
OP1 B 0, 0.508, 1.413, 2.317, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.413 std_dev=0.905
C5' A 0, 0.751, 1.741, 2.732, 3.774 max_d=3.774 avg_d=1.741 std_dev=0.990
O5' A 0, 1.380, 3.064, 4.748, 6.262 max_d=6.262 avg_d=3.064 std_dev=1.684
P A 0, 2.089, 4.342, 6.596, 7.930 max_d=7.930 avg_d=4.342 std_dev=2.254
OP1 A 0, 1.962, 4.245, 6.529, 8.229 max_d=8.229 avg_d=4.245 std_dev=2.283
OP2 A 0, 2.705, 5.561, 8.417, 10.323 max_d=10.323 avg_d=5.561 std_dev=2.856

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.03 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.35 0.57 0.42 0.38
C2 0.06 0.00 0.25 0.21 0.02 0.15 0.03 0.23 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.35 0.46 0.21 0.43 0.88 0.70 0.55
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.23 0.13 0.15 0.19 0.25 0.11 0.11 0.04 0.01 0.08 0.02 0.53 0.63 0.64 0.56
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.20 0.01 0.27 0.03 0.28 0.29 0.24 0.18 0.39 0.32 0.18 0.03 0.01 0.02 0.23 0.38 0.38 0.22
C4 0.02 0.02 0.14 0.20 0.00 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.30 0.11 0.48 0.89 0.74 0.59
C4' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.18 0.13 0.14 0.12 0.17 0.08 0.27 0.04 0.01 0.02 0.32 0.27 0.08
C5 0.02 0.03 0.08 0.27 0.01 0.11 0.00 0.28 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.29 0.23 0.06 0.59 1.07 0.99 0.75
C5' 0.11 0.23 0.23 0.03 0.21 0.01 0.28 0.00 0.28 0.34 0.25 0.21 0.22 0.35 0.21 0.12 0.25 0.03 0.01 0.38 0.39 0.02
C6 0.03 0.07 0.13 0.28 0.02 0.11 0.01 0.28 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.31 0.28 0.10 0.58 1.11 1.04 0.77
C8 0.02 0.03 0.15 0.29 0.01 0.18 0.01 0.34 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.33 0.17 0.12 0.66 1.05 0.98 0.78
N1 0.06 0.02 0.19 0.24 0.04 0.13 0.03 0.25 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.33 0.36 0.18 0.50 1.01 0.88 0.66
N3 0.06 0.01 0.25 0.18 0.01 0.14 0.02 0.21 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.33 0.47 0.21 0.39 0.79 0.59 0.49
N6 0.04 0.02 0.11 0.39 0.02 0.12 0.02 0.22 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.35 0.22 0.08 0.74 1.45 1.21 0.96
N7 0.02 0.03 0.11 0.32 0.01 0.17 0.01 0.35 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.35 0.21 0.07 0.68 1.18 1.16 0.87
N9 0.01 0.03 0.04 0.18 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.19 0.20 0.02 0.50 0.82 0.69 0.57
O2' 0.03 0.35 0.01 0.03 0.25 0.27 0.29 0.12 0.31 0.33 0.33 0.33 0.35 0.35 0.19 0.00 0.13 0.18 0.46 0.65 0.69 0.54
O3' 0.33 0.46 0.08 0.01 0.30 0.04 0.23 0.25 0.28 0.17 0.36 0.47 0.22 0.21 0.20 0.13 0.00 0.24 0.34 0.57 0.53 0.43
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.03 0.10 0.12 0.18 0.21 0.08 0.07 0.02 0.18 0.24 0.00 0.24 0.51 0.34 0.28
O5' 0.35 0.43 0.53 0.23 0.48 0.02 0.59 0.01 0.58 0.66 0.50 0.39 0.74 0.68 0.50 0.46 0.34 0.24 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.57 0.88 0.63 0.38 0.89 0.32 1.07 0.38 1.11 1.05 1.01 0.79 1.45 1.18 0.82 0.65 0.57 0.51 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.70 0.64 0.38 0.74 0.27 0.99 0.39 1.04 0.98 0.88 0.59 1.21 1.16 0.69 0.69 0.53 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.55 0.56 0.22 0.59 0.08 0.75 0.02 0.77 0.78 0.66 0.49 0.96 0.87 0.57 0.54 0.43 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.32 0.57 0.39 0.42 0.44 0.44 0.50 0.37 0.32 0.36 0.34 0.46 0.40 0.46 0.39 0.38 0.88 0.35 0.49
C2 0.68 0.55 0.82 0.74 0.46 0.81 0.50 0.81 0.54 0.56 0.50 0.62 0.74 0.73 0.29 0.72 0.56 1.11 0.41 0.61
C2' 0.58 0.61 0.76 0.56 0.69 0.56 0.72 0.60 0.66 0.60 0.64 0.61 0.64 0.50 0.60 0.56 0.58 0.99 0.30 0.62
C3' 0.41 0.49 0.60 0.46 0.61 0.42 0.63 0.47 0.55 0.47 0.54 0.47 0.51 0.50 0.55 0.45 0.53 0.97 0.62 0.80
C4 0.47 0.40 0.68 0.53 0.40 0.59 0.42 0.65 0.41 0.39 0.40 0.46 0.54 0.50 0.28 0.50 0.49 0.99 0.34 0.54
C4' 0.50 0.71 0.37 0.32 0.87 0.38 0.82 0.33 0.68 0.63 0.79 0.68 0.37 0.47 0.86 0.59 0.25 0.63 0.56 0.39
C5 0.50 0.52 0.72 0.55 0.51 0.61 0.48 0.68 0.45 0.46 0.54 0.58 0.56 0.51 0.34 0.52 0.56 0.99 0.32 0.54
C5' 0.85 1.09 0.58 0.58 1.20 0.65 1.11 0.52 0.97 0.98 1.17 1.08 0.62 0.65 1.20 0.92 0.41 0.49 0.58 0.29
C6 0.58 0.60 0.77 0.62 0.58 0.70 0.53 0.74 0.52 0.54 0.63 0.68 0.60 0.60 0.39 0.61 0.58 1.03 0.34 0.56
C8 0.45 0.48 0.69 0.46 0.48 0.51 0.45 0.58 0.41 0.42 0.51 0.54 0.57 0.42 0.33 0.45 0.55 0.89 0.31 0.50
N1 0.66 0.59 0.82 0.71 0.53 0.79 0.52 0.81 0.54 0.57 0.58 0.67 0.69 0.70 0.30 0.69 0.59 1.10 0.37 0.60
N3 0.61 0.48 0.76 0.66 0.43 0.73 0.48 0.75 0.51 0.51 0.44 0.53 0.68 0.66 0.32 0.65 0.52 1.07 0.41 0.60
N6 0.51 0.62 0.56 0.47 0.65 0.55 0.58 0.55 0.52 0.51 0.68 0.70 0.53 0.52 0.53 0.52 0.40 1.18 0.34 0.69
N7 0.53 0.60 0.75 0.53 0.60 0.59 0.55 0.65 0.51 0.53 0.64 0.66 0.61 0.50 0.43 0.53 0.60 0.94 0.32 0.53
N9 0.37 0.33 0.62 0.42 0.37 0.47 0.38 0.56 0.33 0.31 0.35 0.38 0.48 0.39 0.30 0.39 0.46 0.91 0.31 0.50
O2' 0.78 0.82 0.84 0.65 0.84 0.72 0.85 0.71 0.82 0.80 0.83 0.82 0.71 0.57 0.85 0.79 0.58 1.01 0.35 0.49
O3' 0.36 0.47 0.61 0.37 0.57 0.28 0.57 0.36 0.50 0.44 0.51 0.45 0.49 0.44 0.38 0.40 0.45 1.13 0.73 0.97
O4' 0.32 0.52 0.35 0.22 0.69 0.24 0.64 0.27 0.50 0.43 0.61 0.49 0.30 0.37 0.63 0.38 0.19 0.67 0.55 0.36
O5' 0.62 0.82 0.53 0.42 0.90 0.47 0.79 0.40 0.65 0.69 0.89 0.84 0.59 0.47 0.88 0.69 0.35 0.66 0.69 0.50
OP1 1.38 1.61 1.20 1.22 1.53 1.13 1.36 0.90 1.27 1.43 1.63 1.68 1.21 1.23 0.94 1.33 0.82 0.71 1.06 0.68
OP2 0.92 1.32 0.85 0.65 1.58 0.69 1.40 0.66 1.13 1.12 1.51 1.31 0.94 0.71 2.33 0.91 0.65 0.91 0.96 0.81
P 0.69 0.93 0.56 0.48 0.99 0.52 0.80 0.43 0.65 0.75 1.02 0.98 0.67 0.50 1.15 0.76 0.37 0.63 0.75 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.34 0.02 0.01 0.23 0.41 0.38 0.24
C2 0.03 0.00 0.17 0.24 0.07 0.06 0.03 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.01 0.12 0.27 0.48 0.35 0.27
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.07 0.02 0.14 0.20 0.18 0.03 0.13 0.34 0.01 0.03 0.06 0.02 0.44 0.64 0.83 0.57
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.41 0.01 0.39 0.03 0.34 0.23 0.31 0.21 0.03 0.01 0.19 0.02 0.16 0.53 0.50 0.27
C4 0.05 0.07 0.07 0.41 0.00 0.19 0.01 0.29 0.02 0.05 0.02 0.05 0.36 0.17 0.01 0.05 0.38 0.59 0.67 0.46
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.19 0.00 0.24 0.01 0.23 0.10 0.09 0.10 0.31 0.03 0.08 0.00 0.02 0.28 0.32 0.10
C5 0.02 0.03 0.14 0.39 0.01 0.24 0.00 0.34 0.01 0.02 0.02 0.02 0.43 0.22 0.01 0.11 0.40 0.54 0.68 0.46
C5' 0.07 0.14 0.20 0.03 0.29 0.01 0.34 0.00 0.30 0.15 0.19 0.14 0.13 0.23 0.15 0.02 0.02 0.22 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.34 0.02 0.23 0.01 0.30 0.00 0.01 0.04 0.02 0.38 0.17 0.02 0.14 0.34 0.44 0.45 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.05 0.10 0.02 0.15 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.13 0.02 0.02 0.26 0.42 0.30 0.23
N3 0.03 0.01 0.13 0.31 0.02 0.09 0.02 0.19 0.04 0.03 0.00 0.01 0.32 0.16 0.01 0.10 0.31 0.53 0.50 0.34
O2 0.04 0.01 0.34 0.21 0.05 0.10 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.39 0.02 0.19 0.25 0.50 0.31 0.25
O2' 0.02 0.25 0.01 0.03 0.36 0.31 0.43 0.13 0.38 0.24 0.32 0.26 0.00 0.06 0.20 0.22 0.31 0.58 0.97 0.52
O3' 0.34 0.23 0.03 0.01 0.17 0.03 0.22 0.23 0.17 0.13 0.16 0.39 0.06 0.00 0.10 0.23 0.35 0.72 0.55 0.44
O4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.10 0.00 0.04 0.24 0.31 0.52 0.32
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.05 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.10 0.19 0.22 0.23 0.04 0.00 0.20 0.33 0.25 0.20
O5' 0.23 0.27 0.44 0.16 0.38 0.02 0.40 0.02 0.34 0.26 0.31 0.25 0.31 0.35 0.24 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.41 0.48 0.64 0.53 0.59 0.28 0.54 0.22 0.44 0.42 0.53 0.50 0.58 0.72 0.31 0.33 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.35 0.83 0.50 0.67 0.32 0.68 0.22 0.45 0.30 0.50 0.31 0.97 0.55 0.52 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.27 0.57 0.27 0.46 0.10 0.46 0.02 0.33 0.23 0.34 0.25 0.52 0.44 0.32 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00