ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44005

back

Distances from reference structure (by RMSD)

32, 112, 97, 104, 17, 8, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.042, 0.124, 0.206, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.124 std_dev=0.082
N1 A 0, 0.038, 0.127, 0.217, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.127 std_dev=0.089
C5 B 0, 0.051, 0.179, 0.307, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.179 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.066, 0.203, 0.339, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.203 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.040, 0.183, 0.326, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.183 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.090, 0.238, 0.386, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.238 std_dev=0.148
N1 B 0, 0.116, 0.268, 0.421, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.268 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.112, 0.268, 0.425, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.268 std_dev=0.157
C6 A 0, 0.078, 0.238, 0.398, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.238 std_dev=0.160
C2 A 0, 0.120, 0.282, 0.445, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.282 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.091, 0.260, 0.428, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.260 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.092, 0.269, 0.447, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.269 std_dev=0.177
C4 A 0, 0.067, 0.248, 0.428, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.248 std_dev=0.180
C1' A 0, 0.061, 0.244, 0.427, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.244 std_dev=0.183
N3 A 0, 0.094, 0.279, 0.464, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.279 std_dev=0.185
C5 A 0, 0.120, 0.314, 0.507, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.314 std_dev=0.193
N6 B 0, 0.114, 0.310, 0.507, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.310 std_dev=0.196
C3' A 0, 0.040, 0.260, 0.480, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.260 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.058, 0.282, 0.506, 2.590 max_d=2.590 avg_d=0.282 std_dev=0.224
C2' A 0, 0.064, 0.296, 0.527, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.296 std_dev=0.232
O4' A 0, 0.059, 0.303, 0.548, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.303 std_dev=0.244
C8 B 0, 0.119, 0.369, 0.619, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.369 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.069, 0.321, 0.572, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.321 std_dev=0.252
N7 B 0, 0.077, 0.334, 0.591, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.334 std_dev=0.257
O4 A 0, 0.096, 0.362, 0.629, 2.421 max_d=2.421 avg_d=0.362 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.029, 0.318, 0.607, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.318 std_dev=0.289
C4' A 0, 0.070, 0.363, 0.656, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.363 std_dev=0.293
O2 A 0, 0.205, 0.506, 0.807, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.506 std_dev=0.301
O3' A 0, 0.075, 0.385, 0.695, 2.795 max_d=2.795 avg_d=0.385 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.064, 0.395, 0.725, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.395 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.028, 0.364, 0.700, 4.032 max_d=4.032 avg_d=0.364 std_dev=0.336
O3' B 0, 0.028, 0.432, 0.836, 3.626 max_d=3.626 avg_d=0.432 std_dev=0.404
O5' B 0, -0.027, 0.384, 0.796, 6.062 max_d=6.062 avg_d=0.384 std_dev=0.412
O2' A 0, 0.078, 0.499, 0.920, 2.756 max_d=2.756 avg_d=0.499 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.101, 0.560, 1.019, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.560 std_dev=0.459
P B 0, -0.045, 0.422, 0.888, 7.568 max_d=7.568 avg_d=0.422 std_dev=0.467
OP2 B 0, 0.074, 0.584, 1.094, 7.620 max_d=7.620 avg_d=0.584 std_dev=0.510
O5' A 0, 0.128, 0.643, 1.157, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.643 std_dev=0.515
OP1 B 0, 0.172, 0.701, 1.229, 7.643 max_d=7.643 avg_d=0.701 std_dev=0.528
P A 0, 0.146, 0.938, 1.730, 3.283 max_d=3.283 avg_d=0.938 std_dev=0.792
OP1 A 0, 0.218, 1.108, 1.997, 4.303 max_d=4.303 avg_d=1.108 std_dev=0.889
OP2 A 0, 0.183, 1.075, 1.966, 5.485 max_d=5.485 avg_d=1.075 std_dev=0.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.13 0.20 0.18 0.12
C2 0.03 0.00 0.13 0.13 0.02 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.02 0.06 0.25 0.27 0.35 0.25
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.04 0.11 0.03 0.10 0.22 0.01 0.02 0.06 0.01 0.14 0.26 0.18 0.14
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.14 0.08 0.14 0.18 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.27 0.17 0.16
C4 0.02 0.02 0.05 0.13 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.05 0.39 0.44 0.57 0.45
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.07 0.07 0.07 0.02 0.12 0.01 0.02 0.15 0.14 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.15 0.01 0.14 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.01 0.08 0.42 0.47 0.58 0.49
C5' 0.04 0.11 0.04 0.03 0.24 0.01 0.29 0.00 0.25 0.13 0.17 0.08 0.06 0.05 0.27 0.02 0.01 0.12 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.14 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.15 0.02 0.10 0.37 0.37 0.43 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.25 0.26 0.31 0.24
N3 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.14 0.02 0.05 0.32 0.34 0.46 0.35
O2 0.05 0.01 0.22 0.18 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.21 0.23 0.03 0.12 0.20 0.24 0.29 0.20
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.09 0.07 0.10 0.06 0.10 0.05 0.11 0.21 0.00 0.05 0.09 0.07 0.09 0.27 0.17 0.13
O3' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.05 0.15 0.06 0.14 0.23 0.05 0.00 0.14 0.03 0.17 0.34 0.22 0.20
O4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.12 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.14 0.00 0.05 0.41 0.50 0.60 0.50
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.05 0.12 0.07 0.03 0.05 0.00 0.11 0.18 0.19 0.14
O5' 0.13 0.25 0.14 0.17 0.39 0.02 0.42 0.01 0.37 0.25 0.32 0.20 0.09 0.17 0.41 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.27 0.26 0.27 0.44 0.15 0.47 0.12 0.37 0.26 0.34 0.24 0.27 0.34 0.50 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.35 0.18 0.17 0.57 0.14 0.58 0.17 0.43 0.31 0.46 0.29 0.17 0.22 0.60 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.25 0.14 0.16 0.45 0.06 0.49 0.02 0.38 0.24 0.35 0.20 0.13 0.20 0.50 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.33 0.34 0.27 0.29 0.21 0.32 0.25 0.33 0.39 0.34 0.31 0.36 0.39 0.30 0.35 0.31 0.24 0.34 0.34 0.34 0.33
C2 0.41 0.36 0.49 0.43 0.30 0.37 0.28 0.37 0.28 0.43 0.32 0.35 0.29 0.37 0.36 0.53 0.48 0.36 0.44 0.38 0.41 0.37
C2' 0.24 0.25 0.28 0.24 0.22 0.22 0.24 0.26 0.26 0.33 0.26 0.23 0.29 0.31 0.24 0.29 0.27 0.23 0.36 0.36 0.34 0.35
C3' 0.15 0.24 0.18 0.15 0.21 0.15 0.28 0.22 0.30 0.29 0.28 0.21 0.34 0.33 0.20 0.17 0.21 0.18 0.30 0.36 0.34 0.36
C4 0.33 0.41 0.43 0.42 0.28 0.36 0.25 0.38 0.29 0.31 0.37 0.38 0.29 0.29 0.27 0.51 0.55 0.31 0.45 0.37 0.48 0.39
C4' 0.22 0.38 0.23 0.16 0.34 0.15 0.42 0.23 0.46 0.38 0.43 0.33 0.51 0.46 0.30 0.21 0.21 0.20 0.29 0.40 0.39 0.38
C5 0.33 0.40 0.42 0.44 0.30 0.41 0.27 0.44 0.31 0.30 0.37 0.38 0.32 0.30 0.28 0.49 0.59 0.35 0.48 0.41 0.51 0.43
C5' 0.19 0.39 0.19 0.19 0.34 0.23 0.44 0.32 0.51 0.36 0.47 0.32 0.59 0.48 0.27 0.19 0.28 0.22 0.33 0.47 0.51 0.43
C6 0.28 0.35 0.36 0.38 0.27 0.35 0.27 0.40 0.30 0.30 0.34 0.33 0.34 0.31 0.25 0.41 0.51 0.31 0.45 0.40 0.49 0.42
N1 0.26 0.30 0.34 0.30 0.22 0.24 0.25 0.28 0.27 0.33 0.30 0.27 0.31 0.33 0.24 0.37 0.38 0.22 0.39 0.35 0.40 0.35
N3 0.40 0.39 0.49 0.45 0.30 0.39 0.27 0.39 0.28 0.39 0.35 0.37 0.28 0.34 0.34 0.56 0.54 0.36 0.46 0.38 0.45 0.38
O2 0.62 0.46 0.68 0.59 0.47 0.53 0.41 0.49 0.36 0.58 0.40 0.50 0.32 0.49 0.55 0.72 0.59 0.55 0.51 0.45 0.42 0.41
O2' 0.47 0.38 0.50 0.44 0.39 0.41 0.36 0.38 0.34 0.47 0.35 0.40 0.33 0.41 0.44 0.51 0.41 0.43 0.39 0.38 0.28 0.32
O3' 0.20 0.29 0.20 0.15 0.27 0.16 0.32 0.20 0.35 0.30 0.32 0.26 0.37 0.35 0.25 0.18 0.17 0.22 0.27 0.40 0.32 0.38
O4 0.36 0.46 0.46 0.42 0.32 0.36 0.28 0.34 0.32 0.32 0.41 0.43 0.30 0.30 0.30 0.55 0.56 0.32 0.34 0.21 0.33 0.18
O4' 0.24 0.38 0.28 0.21 0.32 0.17 0.39 0.23 0.42 0.39 0.41 0.33 0.46 0.44 0.30 0.28 0.27 0.21 0.31 0.37 0.38 0.36
O5' 0.24 0.29 0.29 0.35 0.26 0.39 0.36 0.46 0.41 0.33 0.36 0.24 0.50 0.41 0.24 0.33 0.47 0.32 0.43 0.49 0.59 0.47
OP1 0.45 0.45 0.47 0.52 0.43 0.58 0.52 0.65 0.58 0.48 0.53 0.41 0.64 0.56 0.43 0.52 0.62 0.52 0.53 0.64 0.76 0.57
OP2 0.46 0.33 0.52 0.59 0.32 0.66 0.34 0.70 0.38 0.34 0.35 0.35 0.45 0.38 0.35 0.63 0.74 0.56 0.56 0.55 0.67 0.52
P 0.32 0.31 0.37 0.44 0.29 0.50 0.39 0.57 0.45 0.35 0.40 0.27 0.55 0.44 0.28 0.44 0.58 0.42 0.46 0.54 0.66 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.38 0.12 0.14
C2 0.04 0.00 0.21 0.20 0.01 0.08 0.02 0.13 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.27 0.11 0.22 0.42 0.21 0.21
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.12 0.01 0.08 0.03 0.12 0.09 0.18 0.20 0.09 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.32 0.14 0.11
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.15 0.14 0.20 0.19 0.12 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.14 0.24 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.12 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.06 0.20 0.41 0.17 0.18
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.08 0.08 0.08 0.10 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.24 0.11 0.07
C5 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.15 0.05 0.26 0.43 0.21 0.23
C5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.15 0.11 0.19 0.20 0.10 0.06 0.05 0.02 0.01 0.15 0.12 0.02
C6 0.02 0.04 0.12 0.15 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.19 0.07 0.26 0.43 0.23 0.24
C8 0.02 0.02 0.09 0.14 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.15 0.07 0.30 0.46 0.23 0.27
N1 0.03 0.01 0.18 0.20 0.02 0.08 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.26 0.09 0.24 0.42 0.23 0.23
N3 0.04 0.01 0.20 0.19 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.11 0.19 0.41 0.18 0.19
N6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02 0.08 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.15 0.06 0.29 0.44 0.27 0.28
N7 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.32 0.47 0.26 0.30
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.19 0.41 0.15 0.18
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.12 0.07 0.09 0.06 0.14 0.07 0.20 0.21 0.11 0.06 0.04 0.00 0.06 0.07 0.08 0.31 0.14 0.09
O3' 0.03 0.27 0.02 0.01 0.15 0.02 0.15 0.05 0.19 0.15 0.26 0.23 0.15 0.15 0.07 0.06 0.00 0.03 0.17 0.21 0.29 0.15
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.12 0.37 0.18 0.18
O5' 0.10 0.22 0.11 0.14 0.20 0.02 0.26 0.01 0.26 0.30 0.24 0.19 0.29 0.32 0.19 0.08 0.17 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.42 0.32 0.24 0.41 0.24 0.43 0.15 0.43 0.46 0.42 0.41 0.44 0.47 0.41 0.31 0.21 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.21 0.14 0.19 0.17 0.11 0.21 0.12 0.23 0.23 0.23 0.18 0.27 0.26 0.15 0.14 0.29 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.11 0.11 0.18 0.07 0.23 0.02 0.24 0.27 0.23 0.19 0.28 0.30 0.18 0.09 0.15 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00