ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44011

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 22, 29, 34, 23, 11, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.092, 0.194, 0.295, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.194 std_dev=0.102
N1 B 0, 0.072, 0.180, 0.287, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.180 std_dev=0.107
N1 A 0, 0.144, 0.301, 0.458, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.301 std_dev=0.157
N9 A 0, 0.174, 0.343, 0.512, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.343 std_dev=0.169
N3 A 0, 0.080, 0.262, 0.444, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.262 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.124, 0.306, 0.488, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.306 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.095, 0.289, 0.482, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.289 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.115, 0.310, 0.504, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.310 std_dev=0.195
C2 A 0, 0.098, 0.304, 0.510, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.304 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.094, 0.303, 0.511, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.303 std_dev=0.208
C1' A 0, 0.191, 0.401, 0.611, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.401 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.104, 0.329, 0.553, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.329 std_dev=0.224
O4 B 0, 0.174, 0.414, 0.654, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.414 std_dev=0.240
C6 A 0, 0.162, 0.405, 0.648, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.405 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.107, 0.351, 0.596, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.351 std_dev=0.244
C5 A 0, 0.112, 0.369, 0.627, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.369 std_dev=0.257
O4' B 0, 0.228, 0.500, 0.773, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.500 std_dev=0.273
N6 A 0, 0.149, 0.504, 0.860, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.504 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.178, 0.536, 0.894, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.536 std_dev=0.358
O2 B 0, 0.143, 0.503, 0.862, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.503 std_dev=0.359
C8 A 0, 0.153, 0.546, 0.940, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.546 std_dev=0.393
C2' A 0, 0.465, 0.865, 1.265, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.865 std_dev=0.400
C3' A 0, 0.312, 0.736, 1.160, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.736 std_dev=0.424
C4' B 0, 0.245, 0.684, 1.123, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.684 std_dev=0.439
C3' B 0, 0.230, 0.691, 1.152, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.691 std_dev=0.461
N7 A 0, 0.135, 0.597, 1.059, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.597 std_dev=0.462
C4' A 0, 0.233, 0.708, 1.182, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.708 std_dev=0.474
O4' A 0, 0.223, 0.755, 1.288, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.755 std_dev=0.533
C5' B 0, 0.325, 0.891, 1.457, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.891 std_dev=0.566
O5' B 0, 0.194, 0.801, 1.409, 3.656 max_d=3.656 avg_d=0.801 std_dev=0.608
O3' A 0, 0.233, 0.934, 1.634, 3.241 max_d=3.241 avg_d=0.934 std_dev=0.701
O5' A 0, 0.845, 1.547, 2.249, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.547 std_dev=0.702
P B 0, 0.159, 0.891, 1.622, 4.273 max_d=4.273 avg_d=0.891 std_dev=0.731
O2' B 0, 0.084, 0.829, 1.574, 3.108 max_d=3.108 avg_d=0.829 std_dev=0.745
O2' A 0, 0.826, 1.577, 2.329, 3.462 max_d=3.462 avg_d=1.577 std_dev=0.751
O3' B 0, 0.342, 1.112, 1.882, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.112 std_dev=0.770
C5' A 0, 0.323, 1.178, 2.033, 4.553 max_d=4.553 avg_d=1.178 std_dev=0.855
P A 0, 0.627, 1.552, 2.477, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.552 std_dev=0.925
OP2 B 0, 0.319, 1.248, 2.177, 5.218 max_d=5.218 avg_d=1.248 std_dev=0.929
OP1 B 0, 0.352, 1.450, 2.549, 5.850 max_d=5.850 avg_d=1.450 std_dev=1.099
OP1 A 0, 0.887, 1.996, 3.105, 5.416 max_d=5.416 avg_d=1.996 std_dev=1.109
OP2 A 0, 0.875, 2.132, 3.390, 7.292 max_d=7.292 avg_d=2.132 std_dev=1.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.33 0.44 0.57 0.25
C2 0.04 0.00 0.31 0.18 0.01 0.11 0.03 0.24 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.46 0.42 0.21 0.44 0.73 0.85 0.37
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.15 0.03 0.08 0.21 0.13 0.20 0.23 0.31 0.08 0.14 0.04 0.01 0.08 0.03 0.57 0.65 0.50 0.51
C3' 0.03 0.18 0.01 0.00 0.13 0.01 0.18 0.03 0.18 0.26 0.17 0.17 0.09 0.26 0.13 0.03 0.01 0.02 0.36 0.42 0.33 0.32
C4 0.02 0.01 0.15 0.13 0.00 0.08 0.01 0.25 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.28 0.11 0.47 0.71 0.87 0.38
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.18 0.11 0.11 0.13 0.18 0.08 0.18 0.06 0.01 0.03 0.26 0.35 0.08
C5 0.02 0.03 0.08 0.18 0.01 0.12 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.22 0.07 0.55 0.86 1.04 0.47
C5' 0.10 0.24 0.21 0.03 0.25 0.01 0.33 0.00 0.34 0.36 0.29 0.20 0.41 0.39 0.23 0.11 0.17 0.03 0.01 0.35 0.38 0.03
C6 0.03 0.07 0.13 0.18 0.02 0.11 0.01 0.34 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.29 0.24 0.11 0.55 0.92 1.08 0.49
C8 0.02 0.03 0.20 0.26 0.01 0.18 0.01 0.36 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.32 0.23 0.13 0.57 0.78 1.02 0.46
N1 0.04 0.02 0.23 0.17 0.03 0.11 0.02 0.29 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.37 0.34 0.17 0.50 0.85 0.97 0.44
N3 0.04 0.01 0.31 0.17 0.01 0.11 0.01 0.20 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.44 0.42 0.20 0.41 0.65 0.76 0.33
N6 0.03 0.02 0.08 0.09 0.02 0.13 0.02 0.41 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.19 0.25 0.08 0.57 0.84 0.97 0.51
N7 0.02 0.03 0.14 0.26 0.01 0.18 0.01 0.39 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.31 0.22 0.08 0.60 0.92 1.15 0.54
N9 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.08 0.02 0.23 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.16 0.21 0.03 0.46 0.63 0.81 0.35
O2' 0.03 0.46 0.01 0.03 0.25 0.18 0.25 0.11 0.29 0.32 0.37 0.44 0.19 0.31 0.16 0.00 0.14 0.14 0.50 0.69 0.53 0.52
O3' 0.30 0.42 0.08 0.01 0.28 0.06 0.22 0.17 0.24 0.23 0.34 0.42 0.25 0.22 0.21 0.14 0.00 0.22 0.36 0.63 0.48 0.43
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.11 0.01 0.07 0.03 0.11 0.13 0.17 0.20 0.08 0.08 0.03 0.14 0.22 0.00 0.28 0.36 0.63 0.31
O5' 0.33 0.44 0.57 0.36 0.47 0.03 0.55 0.01 0.55 0.57 0.50 0.41 0.57 0.60 0.46 0.50 0.36 0.28 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.44 0.73 0.65 0.42 0.71 0.26 0.86 0.35 0.92 0.78 0.85 0.65 0.84 0.92 0.63 0.69 0.63 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.85 0.50 0.33 0.87 0.35 1.04 0.38 1.08 1.02 0.97 0.76 0.97 1.15 0.81 0.53 0.48 0.63 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.37 0.51 0.32 0.38 0.08 0.47 0.03 0.49 0.46 0.44 0.33 0.51 0.54 0.35 0.52 0.43 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.38 0.39 0.35 0.41 0.35 0.44 0.34 0.38 0.33 0.39 0.44 0.35 0.54 0.44 0.41 0.29 0.62 0.28 0.20
C2 0.33 0.35 0.32 0.36 0.38 0.34 0.42 0.30 0.38 0.31 0.36 0.43 0.44 0.64 0.41 0.42 0.35 0.77 0.40 0.33
C2' 0.42 0.44 0.39 0.38 0.39 0.40 0.40 0.37 0.39 0.40 0.43 0.52 0.40 0.54 0.39 0.48 0.33 0.60 0.28 0.22
C3' 0.39 0.39 0.42 0.33 0.40 0.35 0.46 0.35 0.44 0.39 0.38 0.42 0.36 0.43 0.40 0.46 0.31 0.31 0.27 0.03
C4 0.39 0.42 0.31 0.34 0.43 0.36 0.45 0.33 0.40 0.37 0.43 0.51 0.41 0.59 0.46 0.47 0.33 0.67 0.34 0.23
C4' 0.52 0.59 0.49 0.31 0.67 0.37 0.70 0.32 0.64 0.58 0.63 0.59 0.45 0.39 0.70 0.57 0.31 0.50 0.47 0.20
C5 0.52 0.55 0.38 0.40 0.50 0.46 0.49 0.40 0.47 0.48 0.54 0.66 0.54 0.61 0.54 0.59 0.38 0.65 0.41 0.25
C5' 0.92 1.01 0.76 0.61 1.04 0.69 1.04 0.56 1.00 0.97 1.02 1.01 0.78 0.59 1.07 0.94 0.54 0.50 0.66 0.32
C6 0.51 0.54 0.36 0.38 0.49 0.44 0.48 0.37 0.45 0.47 0.53 0.65 0.56 0.63 0.52 0.57 0.38 0.68 0.41 0.26
C8 0.62 0.65 0.49 0.48 0.57 0.55 0.54 0.49 0.53 0.57 0.63 0.75 0.60 0.62 0.59 0.67 0.43 0.63 0.48 0.31
N1 0.41 0.43 0.31 0.36 0.43 0.38 0.44 0.33 0.41 0.38 0.43 0.53 0.50 0.64 0.46 0.49 0.36 0.72 0.39 0.28
N3 0.30 0.33 0.32 0.35 0.38 0.33 0.42 0.29 0.37 0.30 0.35 0.41 0.38 0.62 0.41 0.40 0.33 0.75 0.38 0.32
N6 0.50 0.64 0.33 0.29 0.55 0.35 0.47 0.28 0.44 0.48 0.66 0.81 0.49 0.47 0.55 0.50 0.33 0.81 0.25 0.28
N7 0.67 0.69 0.51 0.50 0.60 0.57 0.56 0.49 0.55 0.61 0.67 0.81 0.67 0.65 0.62 0.71 0.45 0.64 0.51 0.32
N9 0.43 0.47 0.36 0.36 0.46 0.40 0.47 0.37 0.43 0.41 0.47 0.55 0.41 0.56 0.49 0.50 0.33 0.63 0.33 0.20
O2' 0.64 0.64 0.60 0.57 0.50 0.61 0.46 0.53 0.50 0.58 0.60 0.74 0.66 0.69 0.50 0.68 0.49 0.78 0.42 0.39
O3' 0.37 0.47 0.41 0.24 0.56 0.25 0.59 0.23 0.51 0.44 0.52 0.47 0.32 0.38 0.59 0.43 0.03 0.07 0.05 0.01
O4' 0.41 0.52 0.40 0.26 0.64 0.29 0.66 0.28 0.56 0.48 0.58 0.52 0.34 0.45 0.71 0.47 0.23 0.63 0.41 0.20
O5' 0.91 1.04 0.81 0.57 1.03 0.63 0.97 0.51 0.92 0.96 1.06 1.07 0.81 0.49 1.08 0.88 0.49 0.59 0.67 0.37
OP1 1.29 1.55 1.08 0.94 1.56 0.89 1.38 0.64 1.27 1.38 1.61 1.62 1.12 0.88 1.67 1.17 0.70 0.87 0.95 0.68
OP2 1.22 1.42 1.17 0.85 1.42 0.90 1.29 0.72 1.18 1.27 1.47 1.48 1.22 0.78 1.53 1.13 0.68 0.71 0.91 0.57
P 0.98 1.14 0.88 0.62 1.10 0.67 0.98 0.52 0.92 1.01 1.16 1.21 0.92 0.54 1.19 0.91 0.48 0.65 0.75 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.27 0.04 0.01 0.20 0.47 0.47 0.27
C2 0.03 0.00 0.19 0.24 0.05 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.02 0.13 0.29 0.65 0.53 0.36
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.17 0.04 0.15 0.32 0.01 0.04 0.08 0.02 0.38 0.63 0.65 0.49
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.34 0.01 0.34 0.03 0.29 0.21 0.30 0.22 0.03 0.01 0.36 0.03 0.21 0.46 0.35 0.23
C4 0.05 0.05 0.08 0.34 0.00 0.15 0.01 0.25 0.02 0.04 0.02 0.04 0.33 0.21 0.01 0.07 0.46 0.83 0.67 0.51
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.09 0.09 0.14 0.27 0.03 0.15 0.01 0.02 0.27 0.28 0.10
C5 0.03 0.02 0.14 0.34 0.01 0.21 0.00 0.32 0.01 0.02 0.02 0.02 0.39 0.24 0.01 0.12 0.53 0.81 0.70 0.54
C5' 0.08 0.14 0.19 0.03 0.25 0.01 0.32 0.00 0.29 0.14 0.17 0.17 0.11 0.20 0.26 0.02 0.01 0.22 0.21 0.03
C6 0.03 0.01 0.17 0.29 0.02 0.21 0.01 0.29 0.00 0.01 0.03 0.02 0.35 0.19 0.02 0.15 0.47 0.66 0.59 0.43
N1 0.01 0.01 0.04 0.21 0.04 0.09 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.13 0.03 0.03 0.30 0.58 0.50 0.32
N3 0.03 0.01 0.15 0.30 0.02 0.09 0.02 0.17 0.03 0.02 0.00 0.02 0.23 0.20 0.02 0.11 0.37 0.75 0.59 0.43
O2 0.05 0.01 0.32 0.22 0.04 0.14 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.22 0.37 0.03 0.22 0.25 0.62 0.51 0.35
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.33 0.27 0.39 0.11 0.35 0.19 0.23 0.22 0.00 0.07 0.35 0.19 0.26 0.62 0.72 0.45
O3' 0.27 0.23 0.04 0.01 0.21 0.03 0.24 0.20 0.19 0.13 0.20 0.37 0.07 0.00 0.23 0.18 0.31 0.61 0.46 0.37
O4 0.04 0.02 0.08 0.36 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.03 0.02 0.03 0.35 0.23 0.00 0.07 0.36 0.78 0.65 0.49
O4' 0.01 0.13 0.02 0.03 0.07 0.01 0.12 0.02 0.15 0.03 0.11 0.22 0.19 0.18 0.07 0.00 0.21 0.41 0.47 0.30
O5' 0.20 0.29 0.38 0.21 0.46 0.02 0.53 0.01 0.47 0.30 0.37 0.25 0.26 0.31 0.36 0.21 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.47 0.65 0.63 0.46 0.83 0.27 0.81 0.22 0.66 0.58 0.75 0.62 0.62 0.61 0.78 0.41 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.53 0.65 0.35 0.67 0.28 0.70 0.21 0.59 0.50 0.59 0.51 0.72 0.46 0.65 0.47 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.36 0.49 0.23 0.51 0.10 0.54 0.03 0.43 0.32 0.43 0.35 0.45 0.37 0.49 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00