ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44015

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 177, 187, 98, 26, 4, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.048, 0.121, 0.194, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.121 std_dev=0.073
C4 A 0, 0.052, 0.146, 0.239, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.146 std_dev=0.094
C1' B 0, 0.068, 0.165, 0.262, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.165 std_dev=0.097
C5 A 0, 0.067, 0.166, 0.264, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.166 std_dev=0.098
N1 A 0, 0.055, 0.157, 0.259, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.157 std_dev=0.102
C2 A 0, 0.073, 0.188, 0.303, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.188 std_dev=0.115
C6 A 0, 0.054, 0.170, 0.285, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.170 std_dev=0.116
N3 A 0, 0.078, 0.194, 0.310, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.194 std_dev=0.116
N9 A 0, 0.096, 0.229, 0.363, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.229 std_dev=0.133
C4 B 0, 0.132, 0.270, 0.408, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.270 std_dev=0.138
O6 A 0, 0.109, 0.259, 0.408, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.259 std_dev=0.149
O4' B 0, 0.353, 0.508, 0.663, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.508 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.097, 0.256, 0.416, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.256 std_dev=0.159
N2 A 0, 0.134, 0.295, 0.456, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.295 std_dev=0.161
C1' A 0, 0.150, 0.314, 0.478, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.314 std_dev=0.164
C8 A 0, 0.128, 0.298, 0.467, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.298 std_dev=0.170
N7 A 0, 0.107, 0.280, 0.454, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.280 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.096, 0.270, 0.444, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.270 std_dev=0.174
O4' A 0, 0.215, 0.394, 0.574, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.394 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.100, 0.285, 0.469, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.285 std_dev=0.185
P B 0, 0.261, 0.451, 0.641, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.451 std_dev=0.190
N3 B 0, 0.131, 0.329, 0.526, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.329 std_dev=0.198
C2' B 0, 0.304, 0.508, 0.712, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.508 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.649, 0.859, 1.068, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.859 std_dev=0.210
N4 B 0, 0.216, 0.427, 0.638, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.427 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.219, 0.430, 0.640, 2.883 max_d=2.883 avg_d=0.430 std_dev=0.211
O2' B 0, 0.196, 0.414, 0.633, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.414 std_dev=0.218
C2' A 0, 0.196, 0.420, 0.644, 2.735 max_d=2.735 avg_d=0.420 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.218, 0.444, 0.670, 2.794 max_d=2.794 avg_d=0.444 std_dev=0.226
C4' B 0, 0.695, 0.933, 1.171, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.933 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.396, 0.670, 0.944, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.670 std_dev=0.274
O2 B 0, 0.138, 0.433, 0.728, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.433 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.575, 0.880, 1.184, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.880 std_dev=0.305
C5' B 0, 1.312, 1.635, 1.957, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.635 std_dev=0.322
O2' A 0, 0.246, 0.577, 0.908, 3.962 max_d=3.962 avg_d=0.577 std_dev=0.331
C5' A 0, 0.274, 0.641, 1.008, 4.907 max_d=4.907 avg_d=0.641 std_dev=0.367
OP2 B 0, 0.237, 0.607, 0.976, 2.852 max_d=2.852 avg_d=0.607 std_dev=0.370
O5' A 0, 0.144, 0.572, 1.000, 5.519 max_d=5.519 avg_d=0.572 std_dev=0.428
O3' B 0, 0.629, 1.063, 1.498, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.063 std_dev=0.434
OP1 B 0, 0.386, 0.843, 1.300, 3.488 max_d=3.488 avg_d=0.843 std_dev=0.457
P A 0, 0.163, 0.845, 1.528, 7.376 max_d=7.376 avg_d=0.845 std_dev=0.683
OP2 A 0, 0.132, 0.908, 1.684, 8.349 max_d=8.349 avg_d=0.908 std_dev=0.776
OP1 A 0, 0.214, 1.049, 1.885, 7.740 max_d=7.740 avg_d=1.049 std_dev=0.836

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.12 0.02 0.15 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.17 0.17 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.08 0.23 0.01 0.27 0.40 0.31
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.03 0.10 0.08 0.14 0.19 0.17 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.09 0.18 0.18 0.12
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.14 0.13 0.16 0.20 0.15 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.16 0.13 0.23 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.24 0.01 0.26 0.38 0.30
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.07 0.07 0.06 0.11 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.09 0.13 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03 0.29 0.01 0.33 0.45 0.37
C5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.19 0.21 0.16 0.10 0.11 0.23 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.22 0.14 0.17 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.14 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.31 0.01 0.36 0.49 0.39
C8 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.06 0.30 0.02 0.31 0.38 0.34
N1 0.03 0.01 0.14 0.16 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.06 0.28 0.01 0.32 0.46 0.35
N2 0.04 0.01 0.19 0.20 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.07 0.21 0.02 0.25 0.38 0.29
N3 0.03 0.01 0.17 0.15 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.19 0.08 0.21 0.01 0.24 0.36 0.27
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.05 0.33 0.02 0.37 0.47 0.40
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.22 0.02 0.23 0.32 0.26
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07 0.12 0.09 0.16 0.22 0.17 0.09 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.11 0.17 0.16 0.08
O3' 0.04 0.22 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.16 0.13 0.20 0.26 0.19 0.13 0.06 0.05 0.00 0.03 0.16 0.16 0.32 0.18 0.18
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.01 0.06 0.03 0.00 0.10 0.04 0.17 0.23 0.17
O5' 0.12 0.23 0.13 0.16 0.24 0.02 0.29 0.01 0.31 0.30 0.28 0.21 0.21 0.33 0.22 0.07 0.16 0.10 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.16 0.04 0.32 0.00 0.40 0.51 0.42
OP1 0.15 0.27 0.18 0.23 0.26 0.13 0.33 0.14 0.36 0.31 0.32 0.25 0.24 0.37 0.23 0.17 0.32 0.17 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.40 0.18 0.13 0.38 0.15 0.45 0.17 0.49 0.38 0.46 0.38 0.36 0.47 0.32 0.16 0.18 0.23 0.02 0.51 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.31 0.12 0.12 0.30 0.07 0.37 0.02 0.39 0.34 0.35 0.29 0.27 0.40 0.26 0.08 0.18 0.17 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.50 0.36 0.29 0.51 0.24 0.45 0.26 0.40 0.39 0.54 0.60 0.54 0.35 0.32 0.28 0.21 0.14 0.20 0.06
C2 0.22 0.38 0.23 0.24 0.33 0.28 0.32 0.38 0.31 0.23 0.42 0.42 0.51 0.28 0.31 0.24 0.42 0.38 0.33 0.28
C2' 0.35 0.45 0.35 0.34 0.45 0.31 0.40 0.31 0.38 0.38 0.48 0.52 0.49 0.33 0.37 0.33 0.26 0.13 0.18 0.12
C3' 0.24 0.34 0.23 0.26 0.40 0.26 0.37 0.30 0.31 0.28 0.39 0.49 0.35 0.21 0.33 0.27 0.23 0.15 0.14 0.16
C4 0.20 0.38 0.24 0.19 0.36 0.20 0.32 0.31 0.29 0.24 0.42 0.44 0.48 0.27 0.28 0.19 0.32 0.25 0.31 0.16
C4' 0.24 0.40 0.24 0.23 0.50 0.23 0.45 0.29 0.35 0.32 0.48 0.64 0.41 0.22 0.29 0.24 0.18 0.20 0.21 0.16
C5 0.19 0.35 0.25 0.23 0.33 0.24 0.29 0.34 0.26 0.22 0.39 0.41 0.46 0.28 0.35 0.20 0.35 0.27 0.38 0.19
C5' 0.25 0.36 0.24 0.29 0.48 0.33 0.44 0.40 0.33 0.29 0.44 0.65 0.36 0.25 0.38 0.31 0.29 0.32 0.37 0.27
C6 0.17 0.34 0.21 0.22 0.30 0.27 0.28 0.38 0.25 0.19 0.37 0.38 0.47 0.26 0.35 0.21 0.40 0.32 0.40 0.24
C8 0.29 0.41 0.35 0.34 0.41 0.31 0.36 0.34 0.32 0.31 0.44 0.49 0.47 0.37 0.45 0.28 0.30 0.26 0.39 0.19
N1 0.18 0.35 0.20 0.24 0.31 0.29 0.30 0.40 0.28 0.19 0.39 0.40 0.49 0.24 0.34 0.22 0.43 0.37 0.37 0.27
N2 0.28 0.41 0.30 0.32 0.34 0.34 0.33 0.41 0.33 0.28 0.44 0.45 0.55 0.33 0.37 0.29 0.43 0.40 0.29 0.30
N3 0.23 0.40 0.25 0.20 0.36 0.23 0.33 0.33 0.32 0.26 0.44 0.44 0.52 0.29 0.25 0.22 0.36 0.33 0.30 0.23
N7 0.26 0.37 0.32 0.32 0.36 0.31 0.32 0.36 0.28 0.27 0.40 0.43 0.46 0.36 0.45 0.26 0.33 0.28 0.43 0.21
N9 0.27 0.42 0.31 0.26 0.42 0.23 0.37 0.29 0.33 0.31 0.46 0.50 0.49 0.32 0.34 0.23 0.26 0.19 0.28 0.11
O2' 0.51 0.61 0.49 0.42 0.59 0.40 0.54 0.35 0.54 0.55 0.63 0.66 0.63 0.48 0.39 0.46 0.29 0.20 0.20 0.14
O3' 0.25 0.33 0.20 0.22 0.41 0.23 0.39 0.24 0.33 0.30 0.38 0.49 0.32 0.18 0.27 0.27 0.17 0.17 0.03 0.16
O4' 0.28 0.47 0.30 0.23 0.54 0.21 0.47 0.27 0.38 0.36 0.54 0.67 0.49 0.29 0.29 0.24 0.17 0.15 0.19 0.08
O5' 0.27 0.31 0.22 0.32 0.42 0.40 0.40 0.48 0.32 0.27 0.38 0.55 0.31 0.25 0.44 0.37 0.38 0.37 0.42 0.31
O6 0.18 0.33 0.22 0.20 0.28 0.26 0.26 0.39 0.25 0.19 0.36 0.37 0.45 0.27 0.22 0.22 0.38 0.30 0.42 0.24
OP1 0.47 0.46 0.36 0.42 0.55 0.58 0.54 0.66 0.48 0.46 0.50 0.71 0.45 0.40 0.49 0.60 0.53 0.58 0.67 0.51
OP2 0.42 0.35 0.37 0.45 0.41 0.57 0.41 0.65 0.38 0.36 0.38 0.52 0.37 0.42 0.57 0.54 0.50 0.46 0.53 0.38
P 0.33 0.32 0.26 0.36 0.44 0.48 0.42 0.57 0.35 0.31 0.38 0.58 0.32 0.30 0.48 0.46 0.44 0.45 0.53 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.10 0.50 0.21 0.21
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.06 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.05 0.20 0.61 0.31 0.29
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.09 0.03 0.10 0.07 0.19 0.00 0.02 0.01 0.12 0.38 0.18 0.15
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.13 0.07 0.14 0.13 0.18 0.02 0.01 0.01 0.15 0.26 0.22 0.12
C4 0.04 0.06 0.07 0.13 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.10 0.13 0.04 0.27 0.65 0.41 0.37
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.25 0.11 0.08
C5 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.14 0.04 0.28 0.64 0.42 0.37
C5' 0.03 0.09 0.04 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.12 0.16 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.14 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.13 0.05 0.24 0.61 0.35 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.18 0.58 0.29 0.27
N3 0.02 0.01 0.10 0.14 0.02 0.06 0.02 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.05 0.25 0.65 0.37 0.34
N4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.03 0.31 0.66 0.46 0.43
O2 0.04 0.01 0.19 0.18 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.21 0.07 0.18 0.59 0.28 0.26
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.08 0.09 0.06 0.09 0.04 0.09 0.09 0.17 0.00 0.05 0.07 0.09 0.35 0.18 0.11
O3' 0.05 0.14 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.05 0.13 0.06 0.16 0.15 0.21 0.05 0.00 0.04 0.17 0.21 0.35 0.16
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.00 0.10 0.46 0.23 0.22
O5' 0.10 0.20 0.12 0.15 0.27 0.02 0.28 0.01 0.24 0.18 0.25 0.31 0.18 0.09 0.17 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.61 0.38 0.26 0.65 0.25 0.64 0.14 0.61 0.58 0.65 0.66 0.59 0.35 0.21 0.46 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.31 0.18 0.22 0.41 0.11 0.42 0.13 0.35 0.29 0.37 0.46 0.28 0.18 0.35 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.29 0.15 0.12 0.37 0.08 0.37 0.02 0.33 0.27 0.34 0.43 0.26 0.11 0.16 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00