ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44024

back

Distances from reference structure (by RMSD)

23, 33, 5, 3, 18, 41, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.050, 0.152, 0.255, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.152 std_dev=0.103
N3 B 0, 0.095, 0.228, 0.361, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.228 std_dev=0.133
C6 A 0, 0.102, 0.245, 0.388, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.245 std_dev=0.143
C4 A 0, 0.048, 0.193, 0.338, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.193 std_dev=0.145
C1' B 0, 0.042, 0.193, 0.343, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.193 std_dev=0.151
C2 B 0, 0.079, 0.240, 0.402, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.240 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.075, 0.250, 0.425, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.250 std_dev=0.175
C5 A 0, 0.101, 0.282, 0.463, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.282 std_dev=0.181
N3 A 0, 0.088, 0.279, 0.469, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.279 std_dev=0.190
O6 A 0, 0.052, 0.257, 0.462, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.257 std_dev=0.205
N1 A 0, 0.072, 0.286, 0.500, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.286 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.105, 0.321, 0.536, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.321 std_dev=0.215
C2 A 0, 0.097, 0.361, 0.625, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.361 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.128, 0.399, 0.671, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.399 std_dev=0.271
O4 B 0, -0.041, 0.264, 0.569, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.264 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.124, 0.435, 0.747, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.435 std_dev=0.311
N9 A 0, 0.098, 0.422, 0.746, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.422 std_dev=0.324
O4' B 0, -0.052, 0.289, 0.631, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.289 std_dev=0.342
O4' A 0, 0.116, 0.492, 0.868, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.492 std_dev=0.376
C2' B 0, -0.030, 0.361, 0.751, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.361 std_dev=0.390
N7 A 0, 0.189, 0.593, 0.997, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.593 std_dev=0.404
N2 A 0, -0.048, 0.374, 0.796, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.374 std_dev=0.422
C4' A 0, -0.006, 0.436, 0.877, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.436 std_dev=0.441
C1' A 0, 0.095, 0.542, 0.988, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.542 std_dev=0.447
C8 A 0, 0.186, 0.643, 1.100, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.643 std_dev=0.457
C3' B 0, -0.090, 0.439, 0.968, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.439 std_dev=0.529
C4' B 0, -0.161, 0.397, 0.956, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.397 std_dev=0.559
O2' B 0, -0.172, 0.571, 1.314, 3.539 max_d=3.539 avg_d=0.571 std_dev=0.743
C5' B 0, -0.213, 0.585, 1.383, 3.467 max_d=3.467 avg_d=0.585 std_dev=0.798
O3' B 0, -0.241, 0.561, 1.362, 4.104 max_d=4.104 avg_d=0.561 std_dev=0.801
C3' A 0, 0.116, 0.959, 1.802, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.959 std_dev=0.843
O5' B 0, 0.311, 1.234, 2.158, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.234 std_dev=0.924
C2' A 0, 0.121, 1.052, 1.983, 2.660 max_d=2.660 avg_d=1.052 std_dev=0.931
C5' A 0, 0.152, 1.211, 2.271, 3.690 max_d=3.690 avg_d=1.211 std_dev=1.060
O3' A 0, 0.163, 1.395, 2.628, 4.167 max_d=4.167 avg_d=1.395 std_dev=1.232
O2' A 0, 0.165, 1.520, 2.874, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.520 std_dev=1.355
O5' A 0, 0.172, 1.736, 3.299, 4.638 max_d=4.638 avg_d=1.736 std_dev=1.563
P B 0, 0.227, 2.129, 4.030, 4.592 max_d=4.592 avg_d=2.129 std_dev=1.902
OP1 A 0, 0.354, 2.529, 4.704, 5.588 max_d=5.588 avg_d=2.529 std_dev=2.175
P A 0, 0.229, 2.558, 4.887, 5.265 max_d=5.265 avg_d=2.558 std_dev=2.329
OP2 A 0, 0.289, 2.978, 5.667, 6.733 max_d=6.733 avg_d=2.978 std_dev=2.689
OP2 B 0, 0.250, 3.003, 5.755, 6.253 max_d=6.253 avg_d=3.003 std_dev=2.753
OP1 B 0, 0.192, 3.094, 5.996, 6.731 max_d=6.731 avg_d=3.094 std_dev=2.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.12 0.01 0.17 0.02 0.63 0.31 0.20
C2 0.05 0.00 0.33 0.65 0.02 0.49 0.04 0.83 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.24 0.57 0.30 1.20 0.01 1.90 0.93 1.53
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.14 0.02 0.06 0.08 0.11 0.24 0.22 0.33 0.34 0.18 0.05 0.00 0.03 0.02 0.18 0.07 0.47 0.37 0.28
C3' 0.02 0.65 0.00 0.00 0.28 0.00 0.18 0.03 0.26 0.46 0.45 0.20 0.65 0.38 0.14 0.02 0.01 0.02 0.12 0.24 0.39 0.32 0.21
C4 0.02 0.02 0.14 0.28 0.00 0.21 0.01 0.37 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.16 0.58 0.01 1.31 0.43 0.76
C4' 0.01 0.49 0.02 0.00 0.21 0.00 0.08 0.01 0.19 0.35 0.34 0.18 0.47 0.25 0.06 0.15 0.04 0.00 0.02 0.08 0.27 0.29 0.10
C5 0.02 0.04 0.06 0.18 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.12 0.07 0.43 0.01 1.24 0.71 0.58
C5' 0.05 0.83 0.08 0.03 0.37 0.01 0.20 0.00 0.37 0.52 0.63 0.24 0.75 0.38 0.11 0.08 0.12 0.02 0.01 0.20 0.19 0.42 0.01
C6 0.02 0.07 0.11 0.26 0.02 0.19 0.01 0.37 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.16 0.15 0.61 0.00 1.55 0.60 0.88
C8 0.02 0.03 0.24 0.46 0.01 0.35 0.01 0.52 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.45 0.18 0.79 0.02 0.57 1.34 0.68
N1 0.06 0.02 0.22 0.45 0.03 0.34 0.01 0.63 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.17 0.36 0.22 0.95 0.01 1.83 0.67 1.30
N2 0.05 0.00 0.33 0.20 0.02 0.18 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.12 0.26 0.23 0.02 0.43 0.35 0.26
N3 0.05 0.01 0.34 0.65 0.01 0.47 0.01 0.75 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.55 0.29 1.07 0.01 1.65 0.79 1.30
N7 0.01 0.03 0.18 0.38 0.01 0.25 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.39 0.10 0.65 0.02 0.80 1.37 0.58
N9 0.00 0.02 0.05 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.12 0.02 0.30 0.01 0.82 0.57 0.29
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.08 0.15 0.14 0.08 0.11 0.30 0.17 0.31 0.24 0.28 0.11 0.00 0.05 0.11 0.12 0.18 0.43 0.39 0.23
O3' 0.12 0.57 0.03 0.01 0.18 0.04 0.12 0.12 0.16 0.45 0.36 0.12 0.55 0.39 0.12 0.05 0.00 0.07 0.17 0.11 0.57 0.47 0.24
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.16 0.00 0.07 0.02 0.15 0.18 0.22 0.26 0.29 0.10 0.02 0.11 0.07 0.00 0.14 0.07 0.60 0.26 0.20
O5' 0.17 1.20 0.18 0.12 0.58 0.02 0.43 0.01 0.61 0.79 0.95 0.23 1.07 0.65 0.30 0.12 0.17 0.14 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.11 0.07 0.39 0.00 0.61 0.73 0.54
OP1 0.63 1.90 0.47 0.39 1.31 0.27 1.24 0.19 1.55 0.57 1.83 0.43 1.65 0.80 0.82 0.43 0.57 0.60 0.01 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.93 0.37 0.32 0.43 0.29 0.71 0.42 0.60 1.34 0.67 0.35 0.79 1.37 0.57 0.39 0.47 0.26 0.01 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.20 1.53 0.28 0.21 0.76 0.10 0.58 0.01 0.88 0.68 1.30 0.26 1.30 0.58 0.29 0.23 0.24 0.20 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.68 0.63 0.64 0.59 0.69 0.56 0.78 0.58 0.77 0.69 0.66 0.56 0.76 0.56 0.23 0.65 0.40 0.62 0.72 0.28
C2 0.29 0.33 0.45 0.42 0.39 0.42 0.42 0.56 0.34 0.29 0.33 0.37 0.27 0.42 0.51 0.35 0.87 1.60 0.62 0.73
C2' 0.90 0.83 1.00 0.89 0.95 0.77 1.09 0.84 1.09 0.94 0.88 0.71 1.06 0.77 0.43 0.81 0.64 0.73 0.77 0.45
C3' 0.33 0.36 0.55 0.51 0.46 0.34 0.54 0.47 0.50 0.38 0.41 0.33 0.48 0.35 0.54 0.32 0.76 0.64 1.05 0.80
C4 0.30 0.25 0.34 0.28 0.38 0.22 0.48 0.30 0.43 0.31 0.30 0.22 0.36 0.25 0.28 0.28 0.42 0.96 0.91 0.25
C4' 0.27 0.29 0.46 0.52 0.36 0.36 0.38 0.57 0.35 0.30 0.31 0.29 0.30 0.38 0.39 0.29 0.76 0.59 0.97 0.79
C5 0.34 0.27 0.36 0.32 0.36 0.28 0.45 0.28 0.42 0.32 0.29 0.26 0.39 0.34 0.27 0.34 0.29 0.69 1.26 0.25
C5' 0.96 1.01 1.10 1.08 1.07 0.97 1.05 1.13 1.04 1.01 1.02 1.00 0.86 0.89 0.41 0.94 1.11 0.70 1.12 0.92
C6 0.22 0.21 0.29 0.22 0.24 0.22 0.29 0.26 0.24 0.19 0.20 0.28 0.22 0.25 0.31 0.27 0.36 0.91 1.16 0.18
C8 0.68 0.59 0.67 0.65 0.64 0.61 0.73 0.56 0.74 0.66 0.60 0.54 0.78 0.68 0.27 0.67 0.46 0.33 1.48 0.61
N1 0.28 0.33 0.40 0.33 0.34 0.34 0.34 0.43 0.28 0.27 0.32 0.40 0.26 0.34 0.43 0.33 0.64 1.29 0.84 0.42
N2 0.26 0.34 0.45 0.38 0.59 0.37 0.62 0.56 0.49 0.35 0.45 0.28 0.25 0.38 0.55 0.28 0.72 0.30 0.73 0.45
N3 0.16 0.18 0.33 0.31 0.35 0.29 0.43 0.47 0.33 0.20 0.25 0.19 0.18 0.28 0.43 0.19 0.79 1.53 0.61 0.71
N7 0.56 0.47 0.55 0.55 0.53 0.50 0.63 0.47 0.62 0.54 0.49 0.43 0.64 0.59 0.29 0.56 0.40 0.39 1.60 0.60
N9 0.55 0.48 0.54 0.49 0.56 0.44 0.66 0.44 0.65 0.55 0.51 0.43 0.63 0.48 0.23 0.52 0.34 0.58 1.04 0.26
O2' 1.55 1.47 1.54 1.42 1.52 1.40 1.65 1.45 1.68 1.58 1.49 1.35 1.65 1.30 0.27 1.50 0.80 0.69 0.29 0.19
O3' 0.43 0.41 0.72 0.66 0.54 0.39 0.67 0.51 0.65 0.49 0.47 0.32 0.74 0.47 0.58 0.34 0.78 0.73 1.11 1.00
O4' 0.26 0.22 0.33 0.37 0.25 0.25 0.29 0.42 0.27 0.23 0.23 0.23 0.35 0.30 0.25 0.28 0.53 0.50 0.78 0.52
O5' 1.48 1.59 1.54 1.41 1.66 1.38 1.64 1.48 1.62 1.58 1.61 1.57 1.31 1.21 0.51 1.46 1.35 0.68 1.18 0.90
O6 0.30 0.29 0.35 0.26 0.28 0.29 0.26 0.27 0.23 0.26 0.28 0.34 0.27 0.37 0.32 0.38 0.29 0.39 0.33 0.21
OP1 1.35 1.62 1.33 1.04 1.96 1.06 1.97 1.12 1.80 1.60 1.77 1.50 1.15 0.82 0.33 1.30 0.89 0.85 1.33 0.78
OP2 2.52 2.53 2.71 2.51 2.49 2.29 2.49 2.20 2.55 2.55 2.49 2.53 2.63 2.33 0.48 2.34 1.61 0.55 1.04 0.81
P 2.03 2.22 2.08 1.80 2.40 1.73 2.40 1.74 2.33 2.21 2.29 2.14 1.91 1.56 0.41 1.92 1.41 0.54 1.08 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.23 0.03 0.00 0.31 0.60 0.33 0.28
C2 0.03 0.00 0.15 0.22 0.07 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.11 0.01 0.09 0.31 0.36 0.45 0.31
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.02 0.12 0.12 0.15 0.02 0.12 0.25 0.00 0.04 0.05 0.01 0.63 1.39 0.54 0.79
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.30 0.01 0.29 0.02 0.24 0.18 0.28 0.16 0.02 0.01 0.40 0.02 0.44 1.28 0.35 0.52
C4 0.05 0.07 0.05 0.30 0.00 0.13 0.01 0.21 0.02 0.04 0.02 0.04 0.31 0.15 0.00 0.05 0.46 0.45 1.01 0.64
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.09 0.08 0.22 0.02 0.17 0.00 0.02 0.43 0.74 0.13
C5 0.02 0.02 0.12 0.29 0.01 0.18 0.00 0.27 0.00 0.02 0.03 0.02 0.34 0.20 0.01 0.07 0.61 0.67 1.27 0.85
C5' 0.04 0.10 0.12 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.23 0.11 0.16 0.08 0.10 0.15 0.29 0.02 0.01 0.36 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.24 0.02 0.17 0.00 0.23 0.00 0.01 0.04 0.01 0.30 0.14 0.01 0.09 0.61 0.72 1.01 0.77
N1 0.01 0.02 0.02 0.18 0.04 0.08 0.02 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01 0.18 0.07 0.01 0.02 0.40 0.53 0.50 0.44
N3 0.03 0.01 0.12 0.28 0.02 0.09 0.03 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01 0.22 0.09 0.01 0.07 0.38 0.35 0.67 0.45
O2 0.04 0.01 0.25 0.16 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.23 0.02 0.16 0.24 0.32 0.51 0.22
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.31 0.22 0.34 0.10 0.30 0.18 0.22 0.19 0.00 0.08 0.37 0.17 0.63 1.63 0.49 0.86
O3' 0.23 0.11 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.15 0.14 0.07 0.09 0.23 0.08 0.00 0.25 0.15 0.33 1.08 0.75 0.28
O4 0.03 0.01 0.05 0.40 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.25 0.00 0.05 0.38 0.44 0.88 0.55
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.07 0.16 0.17 0.15 0.05 0.00 0.15 0.17 0.53 0.17
O5' 0.31 0.31 0.63 0.44 0.46 0.02 0.61 0.01 0.61 0.40 0.38 0.24 0.63 0.33 0.38 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.60 0.36 1.39 1.28 0.45 0.43 0.67 0.36 0.72 0.53 0.35 0.32 1.63 1.08 0.44 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.45 0.54 0.35 1.01 0.74 1.27 0.42 1.01 0.50 0.67 0.51 0.49 0.75 0.88 0.53 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.31 0.79 0.52 0.64 0.13 0.85 0.02 0.77 0.44 0.45 0.22 0.86 0.28 0.55 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00