ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44026

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 15, 28, 82, 73, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.135, 0.224, 0.312, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.224 std_dev=0.089
N3 B 0, 0.151, 0.263, 0.374, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.263 std_dev=0.112
N1 A 0, 0.118, 0.230, 0.343, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.230 std_dev=0.112
C2 A 0, 0.172, 0.300, 0.428, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.300 std_dev=0.128
C5 B 0, 0.248, 0.384, 0.520, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.384 std_dev=0.136
N3 A 0, 0.205, 0.354, 0.503, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.354 std_dev=0.149
C4 A 0, 0.216, 0.365, 0.514, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.365 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.131, 0.282, 0.433, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.282 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.174, 0.327, 0.481, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.327 std_dev=0.153
C5 A 0, 0.220, 0.375, 0.530, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.375 std_dev=0.155
C6 A 0, 0.183, 0.338, 0.493, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.338 std_dev=0.155
C1' A 0, 0.260, 0.428, 0.596, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.428 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.210, 0.385, 0.560, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.385 std_dev=0.175
N4 A 0, 0.289, 0.466, 0.644, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.466 std_dev=0.177
O6 B 0, 0.226, 0.404, 0.582, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.404 std_dev=0.178
N9 B 0, 0.226, 0.414, 0.602, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.414 std_dev=0.188
C2 B 0, 0.191, 0.402, 0.613, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.402 std_dev=0.211
O2 A 0, 0.236, 0.505, 0.774, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.505 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.247, 0.545, 0.843, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.545 std_dev=0.298
O3' A 0, 0.463, 0.771, 1.078, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.771 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.398, 0.714, 1.029, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.714 std_dev=0.316
C2' A 0, 0.220, 0.540, 0.859, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.540 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.345, 0.673, 1.001, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.673 std_dev=0.328
C8 B 0, 0.328, 0.684, 1.039, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.684 std_dev=0.355
O5' B 0, 0.441, 0.800, 1.159, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.800 std_dev=0.359
C3' A 0, 0.181, 0.543, 0.905, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.543 std_dev=0.362
C2' B 0, 0.241, 0.611, 0.982, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.611 std_dev=0.371
N2 B 0, 0.206, 0.597, 0.988, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.597 std_dev=0.391
O4' A 0, 0.445, 0.843, 1.242, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.843 std_dev=0.399
C4' B 0, 0.226, 0.640, 1.055, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.640 std_dev=0.415
C4' A 0, 0.545, 0.989, 1.433, 3.164 max_d=3.164 avg_d=0.989 std_dev=0.444
O2' A 0, 0.490, 1.021, 1.551, 4.188 max_d=4.188 avg_d=1.021 std_dev=0.531
P B 0, 0.374, 0.925, 1.476, 3.763 max_d=3.763 avg_d=0.925 std_dev=0.551
O3' B 0, 0.566, 1.143, 1.720, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.143 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.409, 0.992, 1.575, 2.376 max_d=2.376 avg_d=0.992 std_dev=0.583
C5' A 0, 0.773, 1.525, 2.276, 5.830 max_d=5.830 avg_d=1.525 std_dev=0.751
OP2 B 0, 0.358, 1.149, 1.941, 5.891 max_d=5.891 avg_d=1.149 std_dev=0.791
OP1 B 0, 0.629, 1.471, 2.314, 5.303 max_d=5.303 avg_d=1.471 std_dev=0.843
O2' B 0, 0.132, 1.052, 1.971, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.052 std_dev=0.920
O5' A 0, 0.850, 2.056, 3.262, 6.600 max_d=6.600 avg_d=2.056 std_dev=1.206
OP2 A 0, 1.833, 3.460, 5.087, 10.035 max_d=10.035 avg_d=3.460 std_dev=1.627
P A 0, 1.334, 3.075, 4.816, 9.340 max_d=9.340 avg_d=3.075 std_dev=1.741
OP1 A 0, 1.820, 4.448, 7.076, 10.529 max_d=10.529 avg_d=4.448 std_dev=2.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.47 0.52 0.77 0.50
C2 0.03 0.00 0.12 0.06 0.07 0.17 0.02 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.12 0.23 0.53 0.70 1.16 0.64
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.11 0.12 0.02 0.09 0.04 0.20 0.00 0.02 0.02 0.46 0.69 0.57 0.49
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.03 0.09 0.04 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.01 0.19 0.35 0.24 0.17
C4 0.04 0.07 0.06 0.09 0.00 0.08 0.01 0.22 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.11 0.09 0.05 0.94 1.37 1.82 1.19
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.21 0.04 0.13 0.09 0.30 0.06 0.02 0.00 0.02 0.32 0.25 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.10 0.01 0.18 0.00 0.37 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.26 0.09 0.16 1.16 1.70 2.02 1.47
C5' 0.07 0.25 0.11 0.03 0.22 0.01 0.37 0.00 0.39 0.15 0.23 0.29 0.41 0.08 0.06 0.02 0.01 0.37 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.09 0.02 0.21 0.00 0.39 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.31 0.09 0.22 1.13 1.51 1.77 1.34
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.73 0.90 1.25 0.83
N3 0.03 0.01 0.09 0.07 0.02 0.13 0.03 0.23 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.19 0.11 0.17 0.66 0.93 1.44 0.83
N4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.03 0.47 0.83 1.53 0.72
O2 0.04 0.01 0.20 0.08 0.04 0.30 0.02 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.46 0.18 0.39 0.34 0.55 0.88 0.44
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.11 0.06 0.26 0.08 0.31 0.06 0.19 0.11 0.46 0.00 0.05 0.04 0.41 0.79 0.54 0.48
O3' 0.11 0.12 0.02 0.01 0.09 0.02 0.09 0.06 0.09 0.09 0.11 0.06 0.18 0.05 0.00 0.09 0.24 0.41 0.38 0.25
O4' 0.00 0.23 0.02 0.01 0.05 0.00 0.16 0.02 0.22 0.02 0.17 0.03 0.39 0.04 0.09 0.00 0.38 0.34 0.71 0.37
O5' 0.47 0.53 0.46 0.19 0.94 0.02 1.16 0.01 1.13 0.73 0.66 0.47 0.34 0.41 0.24 0.38 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 0.70 0.69 0.35 1.37 0.32 1.70 0.37 1.51 0.90 0.93 0.83 0.55 0.79 0.41 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.77 1.16 0.57 0.24 1.82 0.25 2.02 0.39 1.77 1.25 1.44 1.53 0.88 0.54 0.38 0.71 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.50 0.64 0.49 0.17 1.19 0.06 1.47 0.02 1.34 0.83 0.83 0.72 0.44 0.48 0.25 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.33 0.38 0.19 0.36 0.22 0.46 0.21 0.46 0.49 0.39 0.30 0.31 0.55 0.37 0.24 0.34 0.42 0.15 0.54 0.19 0.21 0.11
C2 0.32 0.30 0.31 0.21 0.34 0.30 0.42 0.25 0.41 0.47 0.35 0.25 0.28 0.50 0.37 0.21 0.44 0.46 0.17 0.47 0.27 0.27 0.15
C2' 0.34 0.31 0.32 0.22 0.33 0.29 0.39 0.28 0.39 0.47 0.34 0.23 0.30 0.48 0.36 0.25 0.37 0.45 0.19 0.39 0.25 0.22 0.11
C3' 0.40 0.39 0.44 0.18 0.41 0.28 0.47 0.23 0.47 0.50 0.43 0.35 0.38 0.54 0.42 0.34 0.31 0.52 0.25 0.48 0.16 0.19 0.02
C4 0.43 0.31 0.25 0.25 0.38 0.34 0.44 0.28 0.42 0.55 0.35 0.28 0.31 0.55 0.45 0.36 0.43 0.52 0.19 0.48 0.33 0.28 0.17
C4' 0.60 0.70 0.58 0.24 0.69 0.34 0.77 0.23 0.79 0.73 0.75 0.70 0.66 0.81 0.66 0.54 0.28 0.68 0.32 0.84 0.25 0.32 0.13
C5 0.45 0.31 0.29 0.26 0.39 0.31 0.46 0.30 0.44 0.58 0.37 0.29 0.32 0.58 0.46 0.39 0.36 0.49 0.20 0.51 0.36 0.32 0.18
C5' 0.87 0.91 0.71 0.40 0.90 0.55 0.92 0.38 0.93 0.89 0.92 0.91 0.90 0.91 0.89 0.75 0.39 0.94 0.46 0.87 0.38 0.43 0.19
C6 0.41 0.30 0.30 0.24 0.38 0.28 0.46 0.29 0.44 0.57 0.36 0.28 0.30 0.58 0.43 0.33 0.34 0.46 0.20 0.52 0.33 0.30 0.17
N1 0.34 0.30 0.31 0.20 0.35 0.25 0.43 0.23 0.43 0.51 0.35 0.26 0.29 0.54 0.38 0.22 0.36 0.44 0.16 0.50 0.25 0.23 0.13
N3 0.36 0.28 0.28 0.23 0.34 0.32 0.40 0.26 0.38 0.49 0.32 0.24 0.28 0.49 0.38 0.26 0.45 0.48 0.18 0.44 0.30 0.27 0.15
N4 0.28 0.24 0.26 0.26 0.21 0.26 0.25 0.28 0.28 0.32 0.27 0.26 0.20 0.31 0.25 0.30 0.32 0.29 0.21 0.30 0.41 0.38 0.22
O2 0.31 0.33 0.36 0.24 0.36 0.35 0.44 0.31 0.45 0.45 0.39 0.29 0.31 0.50 0.36 0.25 0.52 0.47 0.22 0.51 0.31 0.33 0.19
O2' 0.41 0.44 0.39 0.35 0.42 0.41 0.45 0.40 0.46 0.52 0.45 0.41 0.42 0.52 0.43 0.41 0.46 0.47 0.30 0.46 0.37 0.36 0.21
O3' 0.26 0.37 0.50 0.18 0.36 0.13 0.48 0.13 0.52 0.44 0.44 0.31 0.31 0.55 0.31 0.38 0.30 0.33 0.02 0.59 0.02 0.02 0.01
O4' 0.47 0.59 0.49 0.19 0.59 0.25 0.69 0.18 0.73 0.65 0.66 0.59 0.55 0.75 0.55 0.40 0.29 0.55 0.21 0.81 0.20 0.29 0.12
O5' 0.85 0.69 1.09 0.60 0.70 0.60 0.63 0.50 0.62 0.69 0.65 0.65 0.73 0.62 0.75 1.14 0.47 0.85 0.75 0.47 0.60 0.85 0.56
OP1 1.25 1.13 1.29 0.84 1.07 0.97 1.01 0.71 1.03 0.98 1.07 0.97 1.15 0.99 1.08 1.49 0.74 1.31 0.90 0.66 0.85 1.17 0.74
OP2 1.17 1.27 1.68 1.13 1.29 0.82 1.39 0.78 1.42 1.38 1.36 1.09 1.24 1.47 1.26 1.83 1.12 0.85 1.03 1.29 0.99 1.29 0.90
P 0.94 0.85 1.18 0.64 0.83 0.62 0.81 0.48 0.83 0.82 0.84 0.76 0.87 0.82 0.85 1.32 0.54 0.91 0.78 0.71 0.70 0.97 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.00 0.38 0.02 0.53 0.28 0.30
C2 0.03 0.00 0.44 0.39 0.01 0.10 0.02 0.17 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.33 0.27 0.49 0.01 0.58 0.64 0.46
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.23 0.01 0.11 0.20 0.20 0.22 0.34 0.54 0.43 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.52 0.15 0.81 0.69 0.65
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.34 0.01 0.40 0.02 0.45 0.33 0.43 0.38 0.33 0.39 0.25 0.02 0.01 0.02 0.10 0.47 0.54 0.37 0.26
C4 0.02 0.01 0.23 0.34 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.18 0.14 0.48 0.01 0.52 0.53 0.41
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.14 0.29 0.09 0.16 0.10 0.27 0.13 0.30 0.02 0.00 0.02 0.17 0.38 0.31 0.09
C5 0.01 0.02 0.11 0.40 0.00 0.17 0.00 0.30 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.16 0.07 0.55 0.01 0.64 0.73 0.55
C5' 0.07 0.17 0.20 0.02 0.20 0.01 0.30 0.00 0.29 0.40 0.22 0.17 0.15 0.42 0.21 0.09 0.20 0.02 0.01 0.33 0.37 0.37 0.01
C6 0.02 0.05 0.20 0.45 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.26 0.21 0.12 0.57 0.00 0.72 0.85 0.62
C8 0.01 0.02 0.22 0.33 0.01 0.29 0.01 0.40 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.45 0.17 0.16 0.52 0.02 0.54 0.52 0.45
N1 0.03 0.01 0.34 0.43 0.02 0.09 0.02 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.27 0.22 0.53 0.01 0.66 0.77 0.55
N2 0.04 0.00 0.54 0.38 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.42 0.33 0.46 0.02 0.52 0.54 0.39
N3 0.03 0.01 0.43 0.33 0.00 0.10 0.01 0.15 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.33 0.26 0.45 0.01 0.52 0.50 0.38
N7 0.01 0.02 0.12 0.39 0.01 0.27 0.00 0.42 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.20 0.08 0.57 0.02 0.68 0.76 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.11 0.01 0.45 0.01 0.46 0.37 0.33
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.15 0.30 0.29 0.09 0.26 0.45 0.18 0.35 0.23 0.45 0.23 0.00 0.05 0.24 0.35 0.32 0.79 0.85 0.62
O3' 0.33 0.33 0.03 0.01 0.18 0.02 0.16 0.20 0.21 0.17 0.27 0.42 0.33 0.20 0.11 0.05 0.00 0.22 0.39 0.23 0.38 0.51 0.34
O4' 0.00 0.27 0.02 0.02 0.14 0.00 0.07 0.02 0.12 0.16 0.22 0.33 0.26 0.08 0.01 0.24 0.22 0.00 0.35 0.09 0.45 0.34 0.28
O5' 0.38 0.49 0.52 0.10 0.48 0.02 0.55 0.01 0.57 0.52 0.53 0.46 0.45 0.57 0.45 0.35 0.39 0.35 0.00 0.58 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.15 0.47 0.01 0.17 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.23 0.09 0.58 0.00 0.74 0.95 0.68
OP1 0.53 0.58 0.81 0.54 0.52 0.38 0.64 0.37 0.72 0.54 0.66 0.52 0.52 0.68 0.46 0.79 0.38 0.45 0.02 0.74 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.64 0.69 0.37 0.53 0.31 0.73 0.37 0.85 0.52 0.77 0.54 0.50 0.76 0.37 0.85 0.51 0.34 0.02 0.95 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.46 0.65 0.26 0.41 0.09 0.55 0.01 0.62 0.45 0.55 0.39 0.38 0.60 0.33 0.62 0.34 0.28 0.00 0.68 0.01 0.01 0.00